ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C3' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O5' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O3' A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
OP2 A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
P A 0, 0.000, 0.098, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.098 std_dev=0.098
O3' B 0, 0.000, 0.110, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C3' B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O5' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
P B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
OP2 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C5' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
N1 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O2 B 0, 0.000, 0.240, 0.479, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
N3 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O4 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01
C2 0.08 0.07 0.07 0.09 0.04 0.11 0.04 0.12 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.03 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07
C2' 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01
C3' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00
C4 0.08 0.06 0.06 0.08 0.03 0.10 0.03 0.11 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.09 0.05 0.08 0.04 0.05
C4' 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03
C5 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.11 0.05 0.12 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06
C5' 0.03 0.04 0.06 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06
C6 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.13 0.08 0.09 0.08 0.09 0.05 0.05 0.06 0.11 0.08 0.11 0.08 0.08
C8 0.07 0.06 0.05 0.07 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.01 0.08 0.03 0.05 0.00 0.02
N1 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.13 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.05 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08
N2 0.08 0.07 0.07 0.08 0.04 0.11 0.04 0.12 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.02 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07
N3 0.08 0.06 0.06 0.08 0.02 0.10 0.02 0.12 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06
N7 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.11 0.05 0.12 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.10 0.06 0.08 0.02 0.04
N9 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02 0.02
O2' 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00
O4' 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02
O5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03
O6 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.13 0.09 0.10 0.09 0.10 0.05 0.05 0.08 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10
OP1 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03
OP2 0.07 0.08 0.03 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.05 0.07 0.08 0.09 0.00 0.00 0.07 0.09 0.02 0.02 0.05 0.02
P 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O5' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00