ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50319

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C5' A 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
O5' A 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP2 A 0, 0.000, 0.328, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.328 std_dev=0.328
P A 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C5' B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
OP1 A 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
C4' B 0, 0.000, 0.371, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.371 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C4 B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C6 B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O4 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N3 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
N1 B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
O2 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O5' B 0, 0.000, 0.439, 0.877, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C1' B 0, 0.000, 0.445, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.445 std_dev=0.445
C3' B 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
OP1 B 0, 0.000, 0.455, 0.910, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.455 std_dev=0.455
P B 0, 0.000, 0.485, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.485 std_dev=0.485
C2' B 0, 0.000, 0.506, 1.013, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.506 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
OP2 B 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.576 std_dev=0.576

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.12 0.06 0.11
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.14 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.08 0.12
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.11 0.02 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.10
N2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.14 0.08 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.09 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.06
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.04 0.04 0.15 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.14 0.00 0.15 0.11 0.15
OP1 0.00 0.07 0.00 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.10 0.06 0.05 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.01 0.07 0.06 0.00 0.07 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.03 0.09 0.04 0.13 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.12 0.10 0.10 0.05 0.04 0.14 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.15 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06
C2 0.07 0.00 0.11 0.11 0.04 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.00 0.04 0.13 0.10 0.03 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08
C2' 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.14 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.10 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03
C4 0.06 0.01 0.10 0.12 0.04 0.09 0.09 0.11 0.10 0.05 0.01 0.07 0.11 0.10 0.03 0.06 0.11 0.10 0.11 0.11
C4' 0.06 0.06 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.11 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03
C5 0.11 0.03 0.16 0.18 0.07 0.14 0.12 0.15 0.13 0.09 0.03 0.02 0.18 0.15 0.06 0.10 0.16 0.14 0.16 0.15
C5' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.06 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02
C6 0.14 0.05 0.19 0.19 0.08 0.15 0.13 0.15 0.15 0.11 0.05 0.01 0.21 0.16 0.07 0.12 0.16 0.13 0.16 0.15
C8 0.06 0.01 0.13 0.16 0.05 0.12 0.10 0.16 0.11 0.05 0.00 0.07 0.11 0.14 0.04 0.06 0.17 0.16 0.17 0.16
N1 0.11 0.03 0.16 0.16 0.06 0.13 0.11 0.13 0.13 0.09 0.03 0.01 0.18 0.13 0.05 0.10 0.13 0.10 0.13 0.12
N2 0.07 0.00 0.10 0.10 0.03 0.08 0.08 0.08 0.09 0.05 0.01 0.05 0.12 0.08 0.02 0.06 0.08 0.04 0.07 0.06
N3 0.04 0.02 0.08 0.08 0.02 0.07 0.07 0.08 0.08 0.03 0.02 0.07 0.09 0.07 0.01 0.04 0.08 0.06 0.07 0.07
N7 0.12 0.04 0.19 0.21 0.08 0.17 0.13 0.18 0.15 0.10 0.04 0.02 0.20 0.18 0.07 0.12 0.19 0.17 0.19 0.18
N9 0.02 0.04 0.07 0.09 0.02 0.07 0.07 0.11 0.08 0.02 0.03 0.10 0.06 0.07 0.02 0.02 0.11 0.11 0.11 0.11
O2' 0.10 0.13 0.07 0.07 0.06 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.18 0.07 0.06 0.05 0.10 0.04 0.03 0.04 0.04
O3' 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.07 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.14 0.07 0.06 0.00 0.05 0.07 0.11 0.08 0.09
O5' 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03
O6 0.17 0.09 0.22 0.22 0.11 0.18 0.15 0.17 0.17 0.14 0.08 0.05 0.26 0.19 0.09 0.15 0.19 0.15 0.19 0.17
OP1 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.02 0.10 0.07 0.07 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.09 0.09 0.10 0.09
OP2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05
P 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.17 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.14 0.18 0.14
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.11 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.13 0.09
O2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.03
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O3' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.18 0.13
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.05 0.08 0.01 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.10 0.00 0.01 0.17 0.01 0.18 0.00 0.13 0.09 0.13 0.08 0.02 0.02 0.18 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.13 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00