ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50321

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N7 A 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O3' B 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
P A 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O5' A 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP1 A 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O4' A 0, 0.000, 0.234, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C5' A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C2' A 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
OP2 A 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C4' B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP2 B 0, 0.000, 0.522, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.522 std_dev=0.522
O5' B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.000, 0.543, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O3' A 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
P B 0, 0.000, 0.612, 1.224, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.612 std_dev=0.612
C1' B 0, 0.000, 0.619, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.619 std_dev=0.619
O4' B 0, 0.000, 0.620, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.620 std_dev=0.620
OP1 B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
N1 B 0, 0.000, 0.788, 1.575, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.788 std_dev=0.788
C6 B 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
O2' A 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842
C2 B 0, 0.000, 0.969, 1.937, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.969 std_dev=0.969
C5 B 0, 0.000, 0.995, 1.990, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.995 std_dev=0.995
O2 B 0, 0.000, 1.042, 2.084, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.042 std_dev=1.042
N3 B 0, 0.000, 1.113, 2.226, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.113 std_dev=1.113
C4 B 0, 0.000, 1.120, 2.240, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.120 std_dev=1.120
O4 B 0, 0.000, 1.265, 2.530, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.265 std_dev=1.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.21 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.08 0.13 0.00 0.07 0.13 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.07 0.14 0.02 0.06 0.04 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.32 0.10 0.30 0.46 0.37
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.04 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.24 0.07
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.15 0.01 0.04 0.14 0.07
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.19 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01
C5 0.00 0.01 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.03 0.00 0.15 0.01 0.07 0.09 0.04
C5' 0.07 0.18 0.14 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.16 0.11 0.18 0.18 0.17 0.12 0.12 0.05 0.15 0.00 0.00 0.15 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.03
C8 0.01 0.01 0.14 0.11 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.05 0.05 0.17 0.02 0.01 0.13 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.05 0.13 0.00 0.09 0.09 0.03
N2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.10 0.12 0.00 0.07 0.14 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.09 0.14 0.00 0.04 0.16 0.07
N7 0.01 0.01 0.13 0.11 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.05 0.05 0.16 0.02 0.05 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.16 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.19 0.20 0.05 0.17 0.31 0.06 0.13 0.07 0.31 0.14 0.00 0.00 0.14 0.23 0.23 0.34 0.47 0.39
O3' 0.12 0.15 0.00 0.00 0.09 0.03 0.03 0.15 0.05 0.05 0.11 0.19 0.16 0.05 0.04 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.10 0.03 0.09
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.10 0.09 0.05 0.00 0.14 0.09 0.00 0.06 0.01 0.13 0.05 0.07
O5' 0.12 0.13 0.32 0.05 0.15 0.00 0.15 0.00 0.13 0.17 0.13 0.12 0.14 0.16 0.16 0.23 0.07 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.23 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.04 0.01
OP1 0.01 0.07 0.30 0.02 0.04 0.00 0.07 0.05 0.10 0.01 0.09 0.07 0.04 0.05 0.01 0.34 0.10 0.13 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.13 0.46 0.24 0.14 0.13 0.09 0.02 0.07 0.13 0.09 0.14 0.16 0.08 0.16 0.47 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.05 0.37 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.08 0.03 0.05 0.07 0.05 0.09 0.39 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.23 0.15 0.07 0.13 0.05 0.06 0.02 0.06 0.15 0.20 0.31 0.21 0.03 0.12 0.09 0.01 0.03 0.02 0.02
C2 0.02 0.09 0.05 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08 0.01 0.07 0.17 0.10 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08
C2' 0.36 0.38 0.35 0.32 0.32 0.32 0.29 0.31 0.30 0.35 0.35 0.41 0.38 0.28 0.30 0.33 0.30 0.33 0.29 0.31
C3' 0.05 0.14 0.04 0.05 0.07 0.07 0.00 0.09 0.01 0.06 0.13 0.22 0.07 0.12 0.06 0.02 0.09 0.07 0.08 0.08
C4 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.07 0.08 0.00 0.05 0.14 0.09 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.04 0.05
C4' 0.02 0.09 0.02 0.08 0.02 0.10 0.09 0.13 0.09 0.01 0.06 0.17 0.08 0.14 0.03 0.05 0.15 0.12 0.13 0.13
C5 0.06 0.02 0.01 0.04 0.10 0.11 0.16 0.11 0.15 0.08 0.04 0.04 0.03 0.02 0.11 0.13 0.10 0.02 0.06 0.07
C5' 0.02 0.01 0.00 0.08 0.14 0.09 0.19 0.13 0.17 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.16 0.06 0.16 0.13 0.15 0.14
C6 0.08 0.04 0.02 0.04 0.13 0.13 0.18 0.14 0.18 0.10 0.06 0.03 0.03 0.02 0.13 0.15 0.12 0.04 0.08 0.10
C8 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.12 0.05 0.11 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01
N1 0.04 0.02 0.01 0.03 0.08 0.11 0.14 0.13 0.14 0.05 0.00 0.10 0.06 0.02 0.08 0.12 0.11 0.05 0.08 0.10
N2 0.04 0.12 0.06 0.00 0.02 0.07 0.06 0.10 0.06 0.03 0.11 0.21 0.12 0.01 0.02 0.05 0.10 0.06 0.07 0.08
N3 0.05 0.12 0.07 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.11 0.21 0.12 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.05
N7 0.10 0.08 0.05 0.05 0.15 0.13 0.19 0.10 0.18 0.12 0.10 0.03 0.01 0.02 0.15 0.16 0.09 0.02 0.05 0.05
N9 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.16 0.11 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
O2' 0.79 0.79 0.68 0.58 0.68 0.68 0.65 0.64 0.67 0.76 0.74 0.85 0.76 0.45 0.65 0.77 0.60 0.59 0.57 0.60
O3' 0.03 0.06 0.09 0.18 0.05 0.14 0.13 0.18 0.13 0.04 0.03 0.16 0.02 0.24 0.06 0.08 0.22 0.20 0.25 0.22
O4' 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.13 0.11 0.18 0.11 0.00 0.07 0.20 0.10 0.15 0.04 0.07 0.20 0.18 0.18 0.19
O5' 0.07 0.06 0.10 0.01 0.08 0.02 0.14 0.08 0.11 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.10
O6 0.12 0.09 0.05 0.06 0.18 0.15 0.23 0.16 0.22 0.14 0.12 0.03 0.00 0.02 0.19 0.19 0.14 0.05 0.10 0.12
OP1 0.03 0.02 0.05 0.01 0.13 0.14 0.19 0.22 0.17 0.07 0.06 0.04 0.08 0.01 0.15 0.11 0.18 0.18 0.09 0.16
OP2 0.11 0.10 0.17 0.02 0.08 0.03 0.15 0.15 0.11 0.04 0.03 0.20 0.25 0.00 0.11 0.02 0.21 0.25 0.23 0.23
P 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.06 0.16 0.13 0.13 0.02 0.02 0.11 0.16 0.00 0.13 0.02 0.15 0.14 0.12 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.16 0.26 0.20
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.07 0.01 0.02 0.00 0.12 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02 0.20 0.29 0.38 0.30
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.01 0.21 0.30 0.36 0.30
C5' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.04 0.02 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.01 0.18 0.22 0.26 0.23
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.12 0.14 0.21 0.17
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.17 0.23 0.33 0.25
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.12 0.23 0.17
O2' 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.11 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01
O4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.00 0.02 0.22 0.34 0.42 0.33
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04
O5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.20 0.00 0.21 0.00 0.18 0.12 0.17 0.10 0.01 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.16 0.00 0.02 0.29 0.02 0.30 0.02 0.22 0.14 0.23 0.12 0.03 0.05 0.34 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.26 0.07 0.03 0.38 0.02 0.36 0.00 0.26 0.21 0.33 0.23 0.05 0.00 0.42 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.20 0.04 0.01 0.30 0.01 0.30 0.00 0.23 0.17 0.25 0.17 0.02 0.01 0.33 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00