ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 13, 13, 8, 1, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.014, 0.025, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C3' A 0, 0.021, 0.090, 0.160, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.090 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.062, 0.132, 0.202, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.132 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.045, 0.117, 0.188, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.117 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.042, 0.121, 0.200, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.121 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.065, 0.153, 0.240, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.153 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.068, 0.196, 0.324, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.196 std_dev=0.128
O2' B 0, 0.091, 0.246, 0.402, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.246 std_dev=0.156
P A 0, 0.191, 0.362, 0.532, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.362 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.079, 0.264, 0.450, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.264 std_dev=0.186
C5' A 0, 0.135, 0.327, 0.520, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.327 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.088, 0.288, 0.488, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.288 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.160, 0.368, 0.576, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.368 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.109, 0.326, 0.543, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.326 std_dev=0.217
N9 B 0, 0.097, 0.314, 0.531, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.314 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.111, 0.354, 0.596, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.354 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.207, 0.450, 0.693, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.450 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.086, 0.336, 0.586, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.336 std_dev=0.250
C5 B 0, 0.117, 0.370, 0.622, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.370 std_dev=0.252
C8 B 0, 0.139, 0.392, 0.644, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.392 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.196, 0.459, 0.723, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.459 std_dev=0.263
O3' B 0, 0.088, 0.356, 0.623, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.356 std_dev=0.267
C4' B 0, 0.113, 0.382, 0.652, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.382 std_dev=0.269
N7 B 0, 0.145, 0.416, 0.688, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.416 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.148, 0.420, 0.693, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.420 std_dev=0.273
N2 B 0, 0.269, 0.561, 0.853, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.561 std_dev=0.292
O6 B 0, 0.156, 0.469, 0.781, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.469 std_dev=0.312
C5' B 0, 0.170, 0.511, 0.852, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.511 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.377, 0.730, 1.083, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.730 std_dev=0.353
O5' B 0, 0.182, 0.544, 0.906, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.544 std_dev=0.362
O5' A 0, 0.367, 0.751, 1.136, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.751 std_dev=0.385
P B 0, 0.245, 0.665, 1.084, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.665 std_dev=0.420
OP1 B 0, 0.287, 0.723, 1.160, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.723 std_dev=0.437
OP2 B 0, 0.262, 0.704, 1.146, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.704 std_dev=0.442
OP2 A 0, 0.466, 0.922, 1.378, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.922 std_dev=0.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.22 0.39 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.14 0.29 0.32 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.08 0.50 0.15
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.13 0.07 0.51 0.14
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.20 0.33 0.19 0.09
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.35 0.06
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.21 0.33 0.16 0.10
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.18 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.20 0.31 0.22 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.14 0.28 0.31 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.17 0.31 0.27 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.21 0.34 0.16 0.10
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.11 0.27 0.38 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.13 0.06 0.55 0.17
O3' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.12 0.09 0.52 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.11 0.29 0.30 0.04
O5' 0.08 0.14 0.10 0.13 0.20 0.01 0.21 0.00 0.20 0.14 0.17 0.21 0.11 0.13 0.12 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.29 0.08 0.07 0.33 0.18 0.33 0.17 0.31 0.28 0.31 0.34 0.27 0.06 0.09 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.32 0.50 0.51 0.19 0.35 0.16 0.18 0.22 0.31 0.27 0.16 0.38 0.55 0.52 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.15 0.14 0.09 0.06 0.10 0.00 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.17 0.14 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.13 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.17 0.10 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07
C2 0.06 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06
C2' 0.09 0.14 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.12 0.20 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09
C3' 0.08 0.14 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.13 0.21 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08
C4 0.09 0.13 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.13 0.14 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09
C4' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.17 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07
C5 0.08 0.13 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.13 0.15 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08
C5' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.15 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07
C6 0.07 0.13 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.13 0.16 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06
N1 0.06 0.12 0.05 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.15 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06
N3 0.08 0.12 0.06 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07
N4 0.12 0.17 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.16 0.19 0.15 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12
O2 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.08 0.09 0.07
O2' 0.10 0.17 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.14 0.24 0.13 0.12 0.09 0.10 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11
O3' 0.08 0.18 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.11 0.13 0.11 0.16 0.24 0.14 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.14 0.09 0.10 0.08
O4' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.16 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07
O5' 0.11 0.11 0.15 0.15 0.10 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.10 0.14 0.10 0.18 0.18 0.13 0.12 0.15 0.11 0.14 0.11
OP1 0.31 0.19 0.31 0.33 0.23 0.33 0.21 0.34 0.18 0.27 0.17 0.18 0.22 0.23 0.27 0.36 0.37 0.33 0.31 0.17 0.32 0.31 0.30
OP2 0.32 0.33 0.28 0.29 0.32 0.33 0.32 0.34 0.32 0.32 0.33 0.34 0.32 0.32 0.32 0.25 0.25 0.34 0.35 0.32 0.38 0.36 0.37
P 0.09 0.14 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.14 0.18 0.11 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.09 0.00 0.07 0.16 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.07 0.14 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.01 0.10 0.16 0.12
C5' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.18 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.10 0.00 0.09 0.18 0.12
N2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02 0.09 0.01 0.07 0.16 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.02 0.08 0.00 0.07 0.14 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.11 0.16 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.11 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.09 0.09 0.07
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.08 0.12 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06
O5' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.06 0.06 0.05 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.11 0.00 0.12 0.20 0.15
OP1 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.03 0.10 0.03 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.09 0.09 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.16 0.08 0.08 0.14 0.04 0.16 0.04 0.18 0.13 0.18 0.16 0.14 0.16 0.11 0.09 0.11 0.06 0.02 0.20 0.00 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.05 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.07 0.07 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00