ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 13, 9, 7, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.004, 0.008, 0.020, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.008 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O3' A 0, 0.056, 0.101, 0.145, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.101 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.021, 0.074, 0.127, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.074 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.008, 0.069, 0.131, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.069 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.032, 0.094, 0.156, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.094 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.029, 0.116, 0.204, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.116 std_dev=0.087
C4' A 0, 0.004, 0.107, 0.209, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.107 std_dev=0.103
C1' B 0, 0.064, 0.202, 0.340, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.202 std_dev=0.138
O4' B 0, 0.045, 0.188, 0.332, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.188 std_dev=0.144
O2' B 0, 0.104, 0.257, 0.410, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.257 std_dev=0.153
N9 B 0, 0.069, 0.222, 0.376, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.222 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.073, 0.233, 0.393, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.233 std_dev=0.160
N3 B 0, 0.097, 0.259, 0.421, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.259 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.087, 0.248, 0.410, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.248 std_dev=0.162
C4' B 0, 0.041, 0.216, 0.391, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.216 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.058, 0.247, 0.436, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.247 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.110, 0.299, 0.489, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.299 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.055, 0.247, 0.439, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.247 std_dev=0.192
C3' B 0, 0.042, 0.237, 0.432, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.237 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.087, 0.283, 0.479, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.283 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.056, 0.255, 0.454, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.255 std_dev=0.199
C5' A 0, -0.002, 0.198, 0.397, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.198 std_dev=0.200
N2 B 0, 0.123, 0.333, 0.543, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.333 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.117, 0.332, 0.547, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.332 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.070, 0.286, 0.502, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.286 std_dev=0.216
O3' B 0, 0.052, 0.270, 0.487, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.270 std_dev=0.217
C6 B 0, 0.108, 0.329, 0.550, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.329 std_dev=0.221
O5' A 0, 0.021, 0.250, 0.478, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.250 std_dev=0.229
P B 0, 0.082, 0.331, 0.580, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.331 std_dev=0.249
O6 B 0, 0.123, 0.377, 0.630, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.377 std_dev=0.253
OP2 B 0, 0.100, 0.384, 0.668, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.384 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.115, 0.411, 0.707, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.411 std_dev=0.296
OP1 A 0, 0.035, 0.425, 0.815, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.425 std_dev=0.390
P A 0, -0.070, 0.356, 0.782, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.356 std_dev=0.426
OP2 A 0, -0.142, 0.427, 0.996, 3.006 max_d=3.006 avg_d=0.427 std_dev=0.569

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.10 0.18 0.14
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.13 0.20 0.20 0.21
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.26 0.14
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.18 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.17 0.30 0.23 0.29
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.18 0.31 0.24 0.30
C5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.17 0.25 0.22 0.26
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.13 0.18 0.20 0.21
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.15 0.26 0.22 0.25
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.18 0.34 0.24 0.31
O2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.05 0.10 0.15 0.18 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.10 0.30 0.15
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.03 0.05 0.13 0.14 0.06
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
O5' 0.09 0.13 0.07 0.04 0.17 0.01 0.18 0.01 0.17 0.13 0.15 0.18 0.10 0.07 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.20 0.07 0.10 0.30 0.02 0.31 0.03 0.25 0.18 0.26 0.34 0.15 0.10 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.20 0.26 0.18 0.23 0.09 0.24 0.03 0.22 0.20 0.22 0.24 0.18 0.30 0.14 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.21 0.14 0.04 0.29 0.02 0.30 0.01 0.26 0.21 0.25 0.31 0.17 0.15 0.06 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07
C2 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06
C2' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06
C3' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06
C4 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07
C4' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.10
C5 0.09 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.13 0.12 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.07 0.08
C5' 0.09 0.14 0.08 0.07 0.11 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.16 0.13 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09
C6 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.06 0.06
N1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06
N3 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06
N4 0.12 0.14 0.10 0.09 0.13 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.14 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.08 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.10
O2 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
O2' 0.10 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.14 0.09
O3' 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.06 0.07 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.12 0.09
O4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.10
O5' 0.19 0.23 0.18 0.16 0.21 0.15 0.20 0.13 0.20 0.19 0.21 0.24 0.23 0.20 0.20 0.18 0.15 0.17 0.11 0.19 0.10 0.16 0.12
OP1 0.35 0.37 0.36 0.33 0.35 0.31 0.34 0.28 0.33 0.33 0.35 0.38 0.37 0.33 0.35 0.36 0.33 0.32 0.25 0.31 0.23 0.29 0.26
OP2 0.32 0.48 0.29 0.24 0.42 0.21 0.43 0.17 0.47 0.37 0.49 0.50 0.44 0.40 0.37 0.27 0.20 0.26 0.18 0.47 0.12 0.25 0.18
P 0.36 0.43 0.35 0.31 0.40 0.28 0.40 0.25 0.41 0.36 0.42 0.45 0.42 0.38 0.38 0.34 0.29 0.31 0.24 0.40 0.19 0.28 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.10 0.07
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.05 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00