ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50327

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 6, 8, 5, 6, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C3' A 0, 0.030, 0.081, 0.133, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.081 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.034, 0.089, 0.144, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.089 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.009, 0.072, 0.135, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.072 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.012, 0.077, 0.142, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.077 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.026, 0.104, 0.182, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.104 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.018, 0.124, 0.231, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.124 std_dev=0.107
N9 B 0, 0.125, 0.252, 0.379, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.252 std_dev=0.127
C1' B 0, 0.162, 0.295, 0.429, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.295 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.124, 0.258, 0.392, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.258 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.039, 0.181, 0.323, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.181 std_dev=0.142
C5 B 0, 0.134, 0.285, 0.436, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.285 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.169, 0.325, 0.482, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.325 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.169, 0.328, 0.487, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.328 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.186, 0.346, 0.506, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.346 std_dev=0.160
O5' A 0, 0.034, 0.204, 0.375, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.204 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.150, 0.322, 0.494, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.322 std_dev=0.172
C8 B 0, 0.116, 0.290, 0.463, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.290 std_dev=0.173
C3' B 0, 0.191, 0.372, 0.553, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.372 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.147, 0.331, 0.515, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.331 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.173, 0.358, 0.542, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.358 std_dev=0.185
C4' B 0, 0.209, 0.396, 0.584, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.396 std_dev=0.188
P A 0, 0.084, 0.276, 0.467, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.276 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.166, 0.362, 0.559, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.362 std_dev=0.196
N7 B 0, 0.135, 0.331, 0.527, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.331 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.099, 0.299, 0.499, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.299 std_dev=0.200
OP1 A 0, 0.118, 0.323, 0.529, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.323 std_dev=0.205
C5' B 0, 0.222, 0.437, 0.652, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.437 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.171, 0.386, 0.601, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.386 std_dev=0.215
O6 B 0, 0.172, 0.390, 0.608, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.390 std_dev=0.218
O3' B 0, 0.172, 0.393, 0.615, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.393 std_dev=0.222
N2 B 0, 0.219, 0.464, 0.709, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.464 std_dev=0.245
P B 0, 0.188, 0.445, 0.701, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.445 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.155, 0.477, 0.799, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.477 std_dev=0.322
OP1 B 0, 0.240, 0.580, 0.919, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.580 std_dev=0.339

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.13 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.14 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.17 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.09 0.18 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.09 0.18 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.15 0.09
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.08 0.17 0.10
O2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.03 0.06 0.09 0.14 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.15 0.09
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.11 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.11 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.14 0.14 0.11 0.17 0.07 0.18 0.02 0.18 0.15 0.15 0.17 0.14 0.15 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.03 0.11 0.01 0.11 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.12 0.16 0.09 0.18 0.09 0.17 0.10 0.12 0.06 0.19 0.14 0.14 0.11 0.12 0.17 0.17 0.12 0.18 0.14 0.11 0.11
C2 0.14 0.10 0.13 0.17 0.07 0.19 0.11 0.17 0.13 0.12 0.10 0.14 0.11 0.16 0.09 0.12 0.18 0.17 0.12 0.19 0.14 0.11 0.11
C2' 0.14 0.15 0.12 0.15 0.11 0.17 0.10 0.16 0.10 0.13 0.09 0.21 0.15 0.15 0.12 0.11 0.15 0.17 0.12 0.18 0.14 0.11 0.11
C3' 0.14 0.16 0.13 0.15 0.12 0.17 0.11 0.16 0.10 0.13 0.10 0.23 0.16 0.15 0.12 0.12 0.16 0.17 0.12 0.17 0.14 0.12 0.11
C4 0.13 0.09 0.14 0.18 0.06 0.18 0.11 0.16 0.13 0.09 0.11 0.12 0.09 0.13 0.06 0.15 0.20 0.15 0.12 0.16 0.18 0.12 0.13
C4' 0.15 0.15 0.13 0.16 0.11 0.18 0.11 0.17 0.11 0.12 0.09 0.22 0.16 0.14 0.12 0.13 0.18 0.17 0.12 0.18 0.14 0.11 0.11
C5 0.13 0.11 0.14 0.17 0.08 0.17 0.11 0.16 0.14 0.09 0.12 0.15 0.12 0.12 0.08 0.16 0.20 0.14 0.11 0.17 0.18 0.12 0.12
C5' 0.15 0.16 0.14 0.16 0.12 0.18 0.13 0.17 0.14 0.13 0.12 0.23 0.16 0.15 0.13 0.13 0.18 0.17 0.12 0.21 0.15 0.12 0.12
C6 0.14 0.11 0.14 0.16 0.08 0.17 0.11 0.16 0.14 0.10 0.10 0.17 0.13 0.13 0.09 0.15 0.18 0.15 0.11 0.18 0.17 0.11 0.12
N1 0.14 0.11 0.13 0.16 0.07 0.18 0.09 0.16 0.12 0.11 0.07 0.16 0.12 0.14 0.10 0.13 0.18 0.16 0.12 0.18 0.15 0.11 0.11
N3 0.14 0.09 0.13 0.17 0.06 0.19 0.12 0.17 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.15 0.08 0.13 0.19 0.17 0.12 0.17 0.16 0.11 0.12
N4 0.11 0.11 0.14 0.19 0.08 0.18 0.11 0.17 0.13 0.10 0.12 0.12 0.09 0.12 0.07 0.16 0.22 0.13 0.13 0.15 0.21 0.14 0.14
O2 0.14 0.12 0.13 0.16 0.09 0.19 0.13 0.18 0.15 0.14 0.13 0.15 0.12 0.18 0.11 0.12 0.18 0.18 0.13 0.21 0.14 0.12 0.12
O2' 0.14 0.17 0.12 0.14 0.12 0.16 0.11 0.15 0.12 0.14 0.15 0.21 0.15 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.12 0.17 0.14 0.13 0.12
O3' 0.14 0.16 0.12 0.14 0.11 0.16 0.11 0.15 0.10 0.14 0.11 0.22 0.15 0.16 0.12 0.11 0.16 0.16 0.12 0.16 0.14 0.14 0.12
O4' 0.14 0.13 0.13 0.16 0.09 0.18 0.10 0.17 0.11 0.11 0.06 0.20 0.14 0.14 0.10 0.13 0.18 0.16 0.12 0.19 0.15 0.11 0.11
O5' 0.13 0.15 0.12 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.14 0.22 0.15 0.16 0.12 0.12 0.14 0.14 0.10 0.23 0.14 0.13 0.11
OP1 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.11 0.13 0.10 0.15 0.12 0.11 0.17 0.11 0.14 0.10 0.08 0.10 0.11 0.07 0.20 0.10 0.13 0.08
OP2 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.13 0.12 0.17 0.12 0.14 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.19 0.11 0.15 0.10
P 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.14 0.11 0.12 0.17 0.11 0.13 0.09 0.07 0.10 0.10 0.05 0.20 0.09 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.07 0.00 0.09 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.16 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.11 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.00 0.12 0.12 0.09
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.09 0.00 0.12 0.13 0.09
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.09 0.01 0.11 0.12 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.08 0.00 0.10 0.12 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.10 0.03 0.07 0.00 0.08 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.07 0.00 0.08 0.12 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.13 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.08 0.18 0.07
O3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.14 0.14 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.08 0.04
O5' 0.05 0.07 0.06 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.09 0.00 0.14 0.14 0.11
OP1 0.07 0.09 0.07 0.13 0.09 0.11 0.12 0.07 0.12 0.11 0.10 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.14 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.12 0.16 0.13 0.11 0.07 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.18 0.14 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00