ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.160, 0.312, 0.465, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.312 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.207, 0.367, 0.527, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.367 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.217, 0.527, 0.836, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.527 std_dev=0.309
C4' A 0, 0.247, 0.562, 0.878, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.562 std_dev=0.315
O5' A 0, 0.671, 0.990, 1.310, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.990 std_dev=0.320
O2' B 0, 0.122, 0.467, 0.812, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.467 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.205, 0.702, 1.199, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.702 std_dev=0.497
O2' A 0, 0.422, 0.965, 1.509, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.965 std_dev=0.544
C3' A 0, 0.248, 0.796, 1.343, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.796 std_dev=0.547
P A 0, 0.610, 1.253, 1.895, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.253 std_dev=0.643
OP1 A 0, 1.392, 2.064, 2.735, 2.572 max_d=2.572 avg_d=2.064 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.285, 0.957, 1.629, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.957 std_dev=0.672
C8 B 0, 0.434, 1.379, 2.325, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.379 std_dev=0.946
C3' B 0, 0.375, 1.348, 2.320, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.348 std_dev=0.973
O4' B 0, 0.363, 1.356, 2.349, 2.628 max_d=2.628 avg_d=1.356 std_dev=0.993
OP2 A 0, 0.944, 2.020, 3.096, 3.268 max_d=3.268 avg_d=2.020 std_dev=1.076
N9 B 0, 0.408, 1.532, 2.657, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.532 std_dev=1.125
C4' B 0, 0.414, 1.629, 2.843, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.629 std_dev=1.215
O3' A 0, 0.223, 1.446, 2.668, 2.875 max_d=2.875 avg_d=1.446 std_dev=1.222
N7 B 0, 0.560, 2.183, 3.806, 4.428 max_d=4.428 avg_d=2.183 std_dev=1.623
O5' B 0, 0.647, 2.482, 4.317, 4.551 max_d=4.551 avg_d=2.482 std_dev=1.835
O3' B 0, 0.491, 2.355, 4.219, 4.589 max_d=4.589 avg_d=2.355 std_dev=1.864
C4 B 0, 0.556, 2.586, 4.615, 5.315 max_d=5.315 avg_d=2.586 std_dev=2.030
C5' B 0, 0.583, 2.651, 4.719, 4.941 max_d=4.941 avg_d=2.651 std_dev=2.068
C5 B 0, 0.642, 2.999, 5.355, 6.143 max_d=6.143 avg_d=2.999 std_dev=2.356
N3 B 0, 0.633, 3.139, 5.646, 6.482 max_d=6.482 avg_d=3.139 std_dev=2.507
P B 0, 0.763, 3.343, 5.922, 6.187 max_d=6.187 avg_d=3.343 std_dev=2.580
OP2 B 0, 0.837, 3.434, 6.031, 6.371 max_d=6.371 avg_d=3.434 std_dev=2.597
OP1 B 0, 0.788, 3.915, 7.043, 7.298 max_d=7.298 avg_d=3.915 std_dev=3.127
C6 B 0, 0.820, 4.172, 7.524, 8.527 max_d=8.527 avg_d=4.172 std_dev=3.352
C2 B 0, 0.820, 4.236, 7.652, 8.713 max_d=8.713 avg_d=4.236 std_dev=3.416
O6 B 0, 0.918, 4.718, 8.518, 9.584 max_d=9.584 avg_d=4.718 std_dev=3.800
N1 B 0, 0.901, 4.741, 8.582, 9.721 max_d=9.721 avg_d=4.741 std_dev=3.840
N2 B 0, 0.966, 4.944, 8.921, 10.133 max_d=10.133 avg_d=4.944 std_dev=3.977

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.38 0.00 0.22 0.46 0.37 0.30
C2 0.01 0.00 0.14 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.31 0.06 0.18 0.68 0.26 0.25
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.25 0.11 0.02 0.11 0.04 0.23 0.01 0.04 0.02 0.56 0.57 0.98 0.77
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.32 0.00 0.36 0.02 0.31 0.19 0.24 0.35 0.09 0.01 0.01 0.02 0.14 0.24 0.64 0.26
C4 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.08 0.02 0.24 0.83 0.59 0.24
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.07 0.13 0.04 0.30 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.36 0.00 0.16 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.13 0.07 0.27 0.83 0.66 0.23
C5' 0.09 0.09 0.25 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.10 0.06 0.23 0.01 0.01 0.20 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.08 0.09 0.24 0.73 0.41 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.01 0.19 0.63 0.23 0.25
N3 0.01 0.00 0.11 0.24 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.21 0.05 0.20 0.77 0.40 0.24
N4 0.01 0.01 0.04 0.35 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.09 0.03 0.26 0.88 0.74 0.26
O2 0.02 0.00 0.23 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.51 0.11 0.19 0.60 0.28 0.28
O2' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.38 0.30 0.39 0.06 0.32 0.21 0.31 0.41 0.17 0.00 0.04 0.20 0.44 0.42 1.11 0.73
O3' 0.38 0.31 0.04 0.01 0.08 0.02 0.13 0.23 0.08 0.18 0.21 0.09 0.51 0.04 0.00 0.26 0.20 0.65 0.48 0.23
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.11 0.20 0.26 0.00 0.12 0.36 0.19 0.12
O5' 0.22 0.18 0.56 0.14 0.24 0.02 0.27 0.01 0.24 0.19 0.20 0.26 0.19 0.44 0.20 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.68 0.57 0.24 0.83 0.14 0.83 0.20 0.73 0.63 0.77 0.88 0.60 0.42 0.65 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.26 0.98 0.64 0.59 0.38 0.66 0.36 0.41 0.23 0.40 0.74 0.28 1.11 0.48 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.25 0.77 0.26 0.24 0.06 0.23 0.02 0.21 0.25 0.24 0.26 0.28 0.73 0.23 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.47 2.21 0.11 0.74 1.42 0.92 1.42 1.32 1.80 0.62 2.16 2.58 1.84 0.96 0.85 0.10 1.24 0.24 1.09 1.82 1.53 1.18 1.30
C2 0.41 1.77 0.10 0.65 1.17 0.85 1.11 1.12 1.38 0.48 1.67 2.02 1.56 0.73 0.70 0.09 1.03 0.26 0.91 1.35 1.16 0.92 1.02
C2' 0.32 2.55 0.11 0.97 1.52 1.28 1.55 1.85 2.07 0.52 2.53 3.03 2.04 0.96 0.79 0.16 1.47 0.50 1.57 2.10 2.21 1.73 1.88
C3' 0.24 2.32 0.16 0.92 1.36 1.20 1.41 1.71 1.92 0.45 2.34 2.77 1.83 0.87 0.68 0.23 1.38 0.50 1.47 1.98 2.01 1.64 1.76
C4 0.16 1.48 0.20 0.25 0.84 0.67 0.82 0.83 1.10 0.26 1.38 1.77 1.22 0.49 0.40 0.14 0.27 0.55 0.68 1.09 0.81 0.63 0.77
C4' 0.38 2.23 0.10 0.73 1.36 0.93 1.38 1.37 1.83 0.53 2.22 2.66 1.79 0.90 0.75 0.10 1.18 0.30 1.17 1.87 1.65 1.31 1.43
C5 0.18 1.80 0.20 0.29 1.00 0.75 1.01 0.97 1.38 0.32 1.72 2.22 1.43 0.62 0.47 0.13 0.35 0.57 0.79 1.39 1.00 0.76 0.93
C5' 0.37 2.35 0.14 0.61 1.40 0.88 1.45 1.30 1.95 0.56 2.36 2.83 1.86 0.95 0.77 0.12 0.99 0.32 1.11 2.01 1.58 1.22 1.37
C6 0.25 2.06 0.15 0.46 1.20 0.84 1.21 1.14 1.61 0.44 1.99 2.49 1.66 0.77 0.63 0.07 0.67 0.47 0.93 1.62 1.22 0.94 1.10
N1 0.37 2.05 0.10 0.62 1.28 0.88 1.26 1.21 1.62 0.51 1.97 2.41 1.72 0.83 0.73 0.07 0.98 0.33 0.99 1.61 1.32 1.03 1.15
N3 0.25 1.46 0.12 0.45 0.94 0.73 0.87 0.90 1.10 0.33 1.35 1.67 1.30 0.55 0.52 0.08 0.63 0.38 0.73 1.07 0.87 0.71 0.81
N4 0.27 1.01 0.28 0.16 0.51 0.50 0.53 0.59 0.75 0.18 0.96 1.23 0.79 0.30 0.22 0.24 0.26 0.63 0.49 0.76 0.54 0.41 0.55
O2 0.56 1.69 0.16 0.83 1.21 0.85 1.13 1.17 1.35 0.57 1.60 1.88 1.52 0.79 0.80 0.15 1.39 0.15 0.96 1.32 1.25 1.01 1.07
O2' 0.90 3.20 0.33 0.65 2.20 0.90 2.26 1.54 2.79 1.18 3.23 3.61 2.68 1.66 1.44 0.22 1.30 0.19 1.22 2.84 2.06 1.43 1.59
O3' 0.75 2.65 0.34 0.47 1.78 0.69 1.82 1.23 2.28 0.91 2.66 3.03 2.21 1.31 1.15 0.29 0.96 0.12 1.03 2.33 1.61 1.26 1.36
O4' 0.47 2.08 0.15 0.61 1.32 0.76 1.33 1.11 1.70 0.60 2.04 2.45 1.72 0.91 0.80 0.12 1.05 0.21 0.93 1.72 1.32 1.02 1.13
O5' 0.35 2.46 0.23 0.53 1.46 0.87 1.55 1.26 2.07 0.61 2.50 2.97 1.92 1.04 0.80 0.22 0.85 0.39 1.04 2.16 1.47 1.11 1.27
OP1 0.82 2.92 0.84 0.63 1.86 0.76 1.95 1.09 2.51 1.01 2.97 3.48 2.33 1.42 1.20 0.82 0.75 0.53 0.90 2.61 1.34 0.97 1.14
OP2 0.43 2.27 0.38 0.77 1.27 1.15 1.45 1.47 2.02 0.59 2.41 2.75 1.65 0.99 0.67 0.49 1.00 0.81 1.23 2.18 1.56 1.29 1.43
P 0.42 2.70 0.32 0.35 1.63 0.73 1.77 1.11 2.36 0.78 2.79 3.23 2.08 1.25 0.93 0.22 0.63 0.30 0.86 2.48 1.30 0.92 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.01 0.05 0.29 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.02 0.27 0.01 0.26 0.66 0.33
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.03 0.12 0.16 0.11
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.18 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.27 0.01 0.24 0.64 0.33
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.34 0.01 0.35 0.81 0.42
C5' 0.04 0.11 0.03 0.04 0.13 0.01 0.19 0.00 0.19 0.21 0.15 0.09 0.09 0.23 0.13 0.05 0.03 0.02 0.01 0.22 0.07 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.35 0.00 0.40 0.87 0.45
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.33 0.01 0.29 0.72 0.38
N1 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.32 0.01 0.35 0.79 0.40
N2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.24 0.01 0.24 0.61 0.31
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.24 0.01 0.20 0.57 0.28
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.37 0.01 0.39 0.88 0.46
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.25 0.01 0.18 0.54 0.28
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.09 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.11 0.09 0.15 0.11 0.11 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.26 0.19 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.13 0.18 0.06
O5' 0.13 0.27 0.09 0.07 0.27 0.02 0.34 0.01 0.35 0.33 0.32 0.24 0.24 0.37 0.25 0.05 0.06 0.07 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.38 0.00 0.47 0.96 0.50
OP1 0.05 0.26 0.12 0.18 0.24 0.05 0.35 0.07 0.40 0.29 0.35 0.24 0.20 0.39 0.18 0.07 0.26 0.13 0.02 0.47 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.66 0.16 0.09 0.64 0.04 0.81 0.07 0.87 0.72 0.79 0.61 0.57 0.88 0.54 0.07 0.19 0.18 0.02 0.96 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.33 0.11 0.08 0.33 0.02 0.42 0.01 0.45 0.38 0.40 0.31 0.28 0.46 0.28 0.05 0.08 0.06 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00