ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 2, 4, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.041, 0.065, 0.089, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.065 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.038, 0.074, 0.110, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.074 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.049, 0.125, 0.201, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.125 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.005, 0.106, 0.208, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.106 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.054, 0.160, 0.265, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.160 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.010, 0.124, 0.238, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.124 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.072, 0.197, 0.321, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.197 std_dev=0.125
O4' B 0, 0.142, 0.273, 0.405, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.273 std_dev=0.132
C1' B 0, 0.186, 0.323, 0.460, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.323 std_dev=0.137
C4' B 0, 0.146, 0.298, 0.451, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.298 std_dev=0.152
C2' B 0, 0.212, 0.379, 0.545, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.379 std_dev=0.167
C3' B 0, 0.189, 0.372, 0.554, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.372 std_dev=0.182
N9 B 0, 0.240, 0.423, 0.607, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.423 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.016, 0.216, 0.416, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.216 std_dev=0.200
O2' A 0, -0.004, 0.197, 0.397, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.197 std_dev=0.200
C5' B 0, 0.144, 0.348, 0.552, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.348 std_dev=0.204
C8 B 0, 0.303, 0.508, 0.713, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.508 std_dev=0.205
O5' B 0, 0.144, 0.371, 0.598, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.371 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.185, 0.414, 0.644, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.414 std_dev=0.229
O3' B 0, 0.209, 0.460, 0.711, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.460 std_dev=0.251
O5' A 0, -0.017, 0.251, 0.518, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.251 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.235, 0.505, 0.775, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.505 std_dev=0.270
N7 B 0, 0.350, 0.631, 0.911, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.631 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.304, 0.618, 0.932, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.618 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.168, 0.501, 0.834, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.501 std_dev=0.333
P B 0, 0.152, 0.487, 0.821, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.487 std_dev=0.334
OP2 B 0, 0.239, 0.606, 0.973, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.606 std_dev=0.367
P A 0, -0.060, 0.327, 0.714, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.327 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.207, 0.610, 1.013, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.610 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.318, 0.729, 1.140, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.729 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.193, 0.613, 1.034, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.613 std_dev=0.421
OP2 A 0, 0.088, 0.514, 0.940, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.514 std_dev=0.426
N1 B 0, 0.263, 0.713, 1.163, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.713 std_dev=0.450
OP1 A 0, 0.043, 0.505, 0.966, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.505 std_dev=0.462
O6 B 0, 0.363, 0.842, 1.320, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.842 std_dev=0.478
N2 B 0, 0.177, 0.673, 1.168, 2.061 max_d=2.061 avg_d=0.673 std_dev=0.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.10 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.03 0.08 0.17 0.07 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.03 0.10 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.15 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.17 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.27 0.11 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02
C5 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.14 0.31 0.16 0.19
C5' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.13 0.26 0.14 0.17
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.18 0.07 0.09
N3 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.10 0.22 0.06 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.12 0.30 0.12 0.16
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.10 0.05 0.07 0.13 0.12 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.05 0.17 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.19 0.09
O3' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.18 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.04 0.03
O5' 0.06 0.08 0.06 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.13 0.09 0.10 0.12 0.07 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.17 0.08 0.04 0.27 0.02 0.31 0.05 0.26 0.18 0.22 0.30 0.13 0.09 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.07 0.15 0.17 0.11 0.08 0.16 0.03 0.14 0.07 0.06 0.12 0.12 0.19 0.18 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.07 0.07 0.15 0.02 0.19 0.01 0.17 0.09 0.09 0.16 0.05 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.12 0.05 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.06 0.12 0.13 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12
C2 0.06 0.11 0.06 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12
C2' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.13 0.09 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.10 0.11 0.09 0.12 0.09
C3' 0.05 0.10 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.10 0.13 0.09 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10
C4 0.08 0.14 0.07 0.08 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.08 0.13 0.15 0.13 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.13 0.08 0.09
C4' 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.06 0.10 0.13 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13
C5 0.07 0.17 0.07 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.14 0.07 0.16 0.19 0.15 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.14 0.15 0.08 0.09
C5' 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.12 0.07 0.14 0.09 0.06 0.10 0.14 0.10 0.06 0.07 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.15 0.17 0.15
C6 0.06 0.15 0.06 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.13 0.06 0.15 0.18 0.14 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.14 0.12 0.09 0.08
N1 0.06 0.12 0.06 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.06 0.12 0.14 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10
N3 0.07 0.11 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10
N4 0.09 0.15 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.12 0.09 0.14 0.17 0.14 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.17 0.10 0.12
O2 0.07 0.12 0.07 0.09 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12 0.08 0.12 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.14 0.13 0.17 0.18 0.17
O2' 0.05 0.11 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.11 0.12 0.07 0.13 0.08
O3' 0.06 0.11 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.13 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11
O4' 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.10 0.12 0.09 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.12 0.11 0.15 0.17 0.15
O5' 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.14 0.10 0.07 0.11 0.15 0.12 0.07 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.14 0.18 0.15
OP1 0.23 0.27 0.23 0.24 0.25 0.24 0.24 0.24 0.24 0.22 0.26 0.29 0.27 0.22 0.23 0.23 0.25 0.24 0.21 0.25 0.21 0.27 0.24
OP2 0.05 0.09 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.13 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.13 0.13 0.12
P 0.08 0.12 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.09 0.06 0.11 0.16 0.12 0.06 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.07 0.01 0.10 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.10 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.11 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.12 0.14 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.10 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.09 0.01 0.11 0.13 0.10
N2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.06 0.01 0.09 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.01 0.13 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.09 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.03 0.08 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.12 0.00 0.14 0.17 0.13
OP1 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.08 0.08 0.09 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.05 0.04 0.10 0.03 0.13 0.02 0.14 0.11 0.13 0.10 0.09 0.14 0.08 0.04 0.06 0.06 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00