ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50330

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 6, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.027, 0.045, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.045 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.028, 0.046, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.046 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.028, 0.047, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.047 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.029, 0.048, 0.066, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.048 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.060, 0.103, 0.146, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.103 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.101, 0.169, 0.237, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.169 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.054, 0.127, 0.200, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.127 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.092, 0.172, 0.253, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.172 std_dev=0.081
C3' A 0, 0.126, 0.227, 0.327, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.227 std_dev=0.100
C1' B 0, 0.156, 0.263, 0.370, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.263 std_dev=0.107
C2' B 0, 0.218, 0.347, 0.477, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.347 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.094, 0.229, 0.364, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.229 std_dev=0.135
O4' A 0, 0.126, 0.265, 0.404, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.265 std_dev=0.139
O2' B 0, 0.189, 0.340, 0.492, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.340 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.215, 0.371, 0.527, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.371 std_dev=0.156
O4' B 0, 0.148, 0.310, 0.472, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.310 std_dev=0.162
N9 B 0, 0.170, 0.332, 0.494, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.332 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.179, 0.345, 0.512, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.345 std_dev=0.166
O3' B 0, 0.151, 0.328, 0.504, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.328 std_dev=0.177
N3 B 0, 0.204, 0.407, 0.611, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.407 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.182, 0.387, 0.593, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.387 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.178, 0.388, 0.598, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.388 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.250, 0.480, 0.709, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.480 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.273, 0.551, 0.830, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.551 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.273, 0.556, 0.839, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.556 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.267, 0.558, 0.850, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.558 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.312, 0.604, 0.896, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.604 std_dev=0.292
C5' A 0, 0.300, 0.598, 0.897, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.598 std_dev=0.299
OP1 B 0, 0.326, 0.630, 0.935, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.630 std_dev=0.304
N2 B 0, 0.352, 0.675, 0.998, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.675 std_dev=0.323
P B 0, 0.330, 0.689, 1.048, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.689 std_dev=0.359
O5' B 0, 0.330, 0.692, 1.054, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.692 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.325, 0.688, 1.051, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.688 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.297, 0.662, 1.026, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.662 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.321, 0.688, 1.056, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.688 std_dev=0.368
OP2 B 0, 0.403, 0.832, 1.260, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.832 std_dev=0.429
O6 B 0, 0.410, 0.857, 1.304, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.857 std_dev=0.447
P A 0, 0.465, 0.977, 1.490, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.977 std_dev=0.512
OP2 A 0, 0.468, 0.983, 1.497, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.983 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.556, 1.133, 1.709, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.133 std_dev=0.576

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.07 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.12 0.16 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.08 0.11 0.10 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.10 0.15 0.12
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.09 0.10 0.18 0.13
C5' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.08 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.10 0.18 0.13
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.13 0.17 0.13
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.11 0.12 0.17 0.14
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.13 0.17 0.20 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.14 0.12 0.11
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.12 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05
O5' 0.04 0.11 0.08 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.11 0.11 0.13 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.12 0.11 0.10 0.10 0.05 0.10 0.01 0.10 0.07 0.13 0.12 0.17 0.14 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.16 0.10 0.06 0.15 0.05 0.18 0.02 0.18 0.13 0.17 0.17 0.20 0.12 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.08 0.07 0.12 0.03 0.13 0.00 0.13 0.08 0.13 0.14 0.16 0.11 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.18 0.14 0.18 0.20 0.06 0.19 0.08 0.25 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.26 0.16 0.12 0.12
C2 0.10 0.13 0.10 0.12 0.05 0.13 0.12 0.14 0.10 0.17 0.07 0.20 0.12 0.20 0.09 0.10 0.13 0.12 0.13 0.16 0.16 0.13 0.13
C2' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.17 0.13 0.18 0.19 0.07 0.19 0.09 0.23 0.12 0.12 0.10 0.12 0.13 0.28 0.16 0.12 0.13
C3' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.17 0.13 0.17 0.19 0.08 0.21 0.10 0.23 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.27 0.17 0.12 0.13
C4 0.09 0.08 0.10 0.12 0.05 0.13 0.12 0.14 0.11 0.15 0.07 0.14 0.08 0.17 0.09 0.11 0.13 0.12 0.15 0.14 0.17 0.16 0.15
C4' 0.10 0.13 0.10 0.12 0.08 0.13 0.15 0.14 0.16 0.16 0.07 0.24 0.12 0.21 0.10 0.10 0.13 0.12 0.13 0.25 0.18 0.13 0.14
C5 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.14 0.19 0.15 0.20 0.19 0.16 0.12 0.08 0.22 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.23 0.17 0.15 0.15
C5' 0.14 0.17 0.13 0.15 0.10 0.16 0.09 0.17 0.10 0.10 0.08 0.29 0.17 0.13 0.10 0.13 0.18 0.16 0.17 0.18 0.24 0.19 0.19
C6 0.11 0.09 0.12 0.12 0.14 0.13 0.22 0.14 0.24 0.20 0.17 0.11 0.07 0.25 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.28 0.16 0.13 0.14
N1 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.12 0.18 0.13 0.18 0.19 0.08 0.16 0.07 0.24 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.24 0.16 0.13 0.13
N3 0.10 0.13 0.10 0.12 0.04 0.13 0.08 0.13 0.08 0.14 0.08 0.19 0.14 0.16 0.07 0.10 0.14 0.12 0.13 0.12 0.17 0.15 0.14
N4 0.08 0.10 0.10 0.13 0.05 0.14 0.09 0.17 0.08 0.12 0.07 0.14 0.10 0.13 0.07 0.11 0.15 0.14 0.18 0.10 0.19 0.19 0.18
O2 0.11 0.18 0.11 0.12 0.08 0.14 0.09 0.15 0.10 0.16 0.14 0.24 0.15 0.19 0.10 0.10 0.13 0.13 0.14 0.15 0.17 0.14 0.13
O2' 0.14 0.10 0.15 0.14 0.13 0.13 0.20 0.14 0.19 0.23 0.08 0.17 0.10 0.28 0.16 0.16 0.12 0.13 0.14 0.28 0.16 0.12 0.13
O3' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.19 0.12 0.19 0.22 0.07 0.21 0.08 0.27 0.13 0.12 0.09 0.10 0.12 0.29 0.15 0.11 0.11
O4' 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.16 0.14 0.17 0.17 0.07 0.21 0.09 0.22 0.10 0.09 0.12 0.12 0.13 0.26 0.17 0.13 0.13
O5' 0.13 0.18 0.12 0.13 0.11 0.14 0.08 0.15 0.08 0.08 0.10 0.27 0.17 0.08 0.10 0.12 0.14 0.15 0.17 0.11 0.26 0.23 0.21
OP1 0.10 0.14 0.08 0.09 0.09 0.10 0.05 0.12 0.04 0.05 0.09 0.20 0.13 0.04 0.08 0.08 0.10 0.12 0.14 0.05 0.25 0.24 0.20
OP2 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.08 0.10 0.10 0.15 0.13 0.08 0.11 0.09 0.11 0.13 0.15 0.06 0.26 0.26 0.21
P 0.10 0.14 0.09 0.09 0.10 0.10 0.06 0.12 0.05 0.06 0.08 0.20 0.14 0.04 0.09 0.09 0.11 0.12 0.15 0.05 0.25 0.24 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.04 0.06 0.00 0.14 0.14 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.14 0.11 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.17 0.15 0.11
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.00 0.22 0.20 0.16
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.00 0.21 0.20 0.16
C8 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.07 0.01 0.25 0.20 0.17
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.17 0.18 0.13
N2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.07 0.05 0.06 0.01 0.12 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.04 0.05 0.00 0.13 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.09 0.01 0.26 0.23 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.18 0.14 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.14 0.11 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.15 0.14 0.10
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.07 0.04
O5' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.03 0.00 0.09 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.00 0.24 0.23 0.18
OP1 0.13 0.14 0.14 0.09 0.17 0.08 0.22 0.04 0.21 0.25 0.17 0.12 0.13 0.26 0.18 0.15 0.09 0.09 0.02 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.14 0.11 0.08 0.15 0.05 0.20 0.01 0.20 0.20 0.18 0.13 0.13 0.23 0.14 0.14 0.08 0.07 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.09 0.06 0.11 0.03 0.16 0.01 0.16 0.17 0.13 0.09 0.09 0.19 0.11 0.10 0.06 0.04 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00