ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50331

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.015, 0.037, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O2' B 0, 0.274, 0.628, 0.982, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.628 std_dev=0.354
O4' A 0, -0.202, 0.320, 0.841, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.320 std_dev=0.522
C2' A 0, -0.188, 0.362, 0.912, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.362 std_dev=0.550
C2' B 0, 0.212, 0.825, 1.438, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.825 std_dev=0.613
C3' B 0, 0.303, 0.998, 1.694, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.998 std_dev=0.696
C3' A 0, -0.230, 0.490, 1.210, 2.339 max_d=2.339 avg_d=0.490 std_dev=0.720
O3' B 0, 0.405, 1.141, 1.876, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.141 std_dev=0.736
C4' A 0, -0.279, 0.480, 1.240, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.480 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.300, 1.064, 1.827, 2.428 max_d=2.428 avg_d=1.064 std_dev=0.763
O5' A 0, -0.040, 0.750, 1.539, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.750 std_dev=0.789
O2' A 0, -0.289, 0.522, 1.332, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.522 std_dev=0.811
O3' A 0, -0.233, 0.584, 1.400, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.584 std_dev=0.816
P A 0, 0.099, 0.999, 1.900, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.999 std_dev=0.901
OP2 A 0, 0.225, 1.206, 2.186, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.206 std_dev=0.981
C1' B 0, -0.073, 0.965, 2.004, 3.423 max_d=3.423 avg_d=0.965 std_dev=1.038
C5' B 0, 0.198, 1.294, 2.389, 3.536 max_d=3.536 avg_d=1.294 std_dev=1.096
O4' B 0, -0.023, 1.120, 2.263, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.120 std_dev=1.143
C5' A 0, -0.301, 0.867, 2.034, 3.879 max_d=3.879 avg_d=0.867 std_dev=1.168
O5' B 0, 0.182, 1.579, 2.977, 5.059 max_d=5.059 avg_d=1.579 std_dev=1.397
OP1 A 0, -0.184, 1.227, 2.638, 4.728 max_d=4.728 avg_d=1.227 std_dev=1.411
N9 B 0, -0.552, 1.143, 2.838, 5.221 max_d=5.221 avg_d=1.143 std_dev=1.695
N3 B 0, -0.655, 1.113, 2.880, 5.157 max_d=5.157 avg_d=1.113 std_dev=1.767
OP1 B 0, 0.173, 1.998, 3.823, 6.450 max_d=6.450 avg_d=1.998 std_dev=1.825
P B 0, -0.123, 1.725, 3.573, 6.616 max_d=6.616 avg_d=1.725 std_dev=1.848
C4 B 0, -0.859, 1.136, 3.132, 5.460 max_d=5.460 avg_d=1.136 std_dev=1.996
OP2 B 0, -0.437, 1.656, 3.749, 7.410 max_d=7.410 avg_d=1.656 std_dev=2.093
N2 B 0, -0.465, 1.630, 3.726, 7.291 max_d=7.291 avg_d=1.630 std_dev=2.095
C2 B 0, -0.605, 1.491, 3.587, 6.469 max_d=6.469 avg_d=1.491 std_dev=2.096
C8 B 0, -0.711, 1.504, 3.718, 7.093 max_d=7.093 avg_d=1.504 std_dev=2.215
N1 B 0, -0.772, 1.818, 4.407, 7.282 max_d=7.282 avg_d=1.818 std_dev=2.589
C5 B 0, -1.149, 1.462, 4.073, 7.466 max_d=7.466 avg_d=1.462 std_dev=2.611
N7 B 0, -1.133, 1.651, 4.435, 8.503 max_d=8.503 avg_d=1.651 std_dev=2.784
C6 B 0, -1.115, 1.816, 4.747, 8.184 max_d=8.184 avg_d=1.816 std_dev=2.931
O6 B 0, -1.293, 2.184, 5.660, 9.943 max_d=9.943 avg_d=2.184 std_dev=3.477

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.00 0.27 0.28 0.28 0.30
C2 0.01 0.00 0.20 0.21 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.11 0.40 0.42 0.21 0.39
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.15 0.19 0.01 0.15 0.03 0.36 0.00 0.03 0.01 0.51 0.51 0.76 0.65
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.22 0.00 0.20 0.02 0.17 0.13 0.23 0.24 0.24 0.01 0.00 0.01 0.33 0.30 0.51 0.39
C4 0.01 0.00 0.03 0.22 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.04 0.02 0.50 0.57 0.33 0.49
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.05 0.04 0.07 0.07 0.19 0.03 0.00 0.01 0.07 0.21 0.05
C5 0.01 0.00 0.14 0.20 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.12 0.08 0.51 0.58 0.35 0.49
C5' 0.05 0.08 0.15 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.08 0.07 0.11 0.05 0.13 0.01 0.00 0.12 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.19 0.17 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.13 0.13 0.46 0.50 0.24 0.44
N1 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.39 0.41 0.20 0.38
N3 0.01 0.00 0.15 0.23 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.09 0.46 0.50 0.26 0.44
N4 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.07 0.02 0.53 0.62 0.41 0.52
O2 0.01 0.00 0.36 0.24 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.23 0.18 0.35 0.36 0.22 0.35
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.20 0.19 0.32 0.05 0.32 0.13 0.07 0.21 0.26 0.00 0.03 0.13 0.27 0.28 0.78 0.51
O3' 0.23 0.12 0.03 0.00 0.04 0.03 0.12 0.13 0.13 0.09 0.06 0.07 0.23 0.03 0.00 0.17 0.19 0.22 0.34 0.17
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.09 0.02 0.18 0.13 0.17 0.00 0.05 0.09 0.14 0.03
O5' 0.27 0.40 0.51 0.33 0.50 0.01 0.51 0.00 0.46 0.39 0.46 0.53 0.35 0.27 0.19 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.28 0.42 0.51 0.30 0.57 0.07 0.58 0.12 0.50 0.41 0.50 0.62 0.36 0.28 0.22 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.21 0.76 0.51 0.33 0.21 0.35 0.26 0.24 0.20 0.26 0.41 0.22 0.78 0.34 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.39 0.65 0.39 0.49 0.05 0.49 0.01 0.44 0.38 0.44 0.52 0.35 0.51 0.17 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.52 1.19 0.18 0.19 0.99 0.41 1.21 0.46 1.44 0.90 1.44 1.14 0.94 1.13 0.78 0.21 0.25 0.56 0.43 1.57 0.66 0.31 0.48
C2 0.46 0.91 0.18 0.20 0.82 0.41 0.96 0.41 1.08 0.72 1.06 0.82 0.78 0.89 0.65 0.21 0.26 0.49 0.36 1.15 0.56 0.22 0.38
C2' 0.44 1.64 0.12 0.21 1.22 0.19 1.49 0.20 1.82 1.00 1.91 1.71 1.24 1.32 0.88 0.36 0.49 0.39 0.23 1.98 0.44 0.20 0.28
C3' 0.27 1.45 0.20 0.28 1.09 0.20 1.46 0.16 1.85 0.97 1.87 1.44 1.01 1.34 0.76 0.46 0.53 0.24 0.19 2.09 0.42 0.18 0.21
C4 0.07 0.20 0.14 0.16 0.42 0.17 0.74 0.13 0.75 0.67 0.49 0.23 0.12 0.85 0.38 0.21 0.21 0.08 0.15 0.87 0.17 0.28 0.10
C4' 0.33 1.11 0.15 0.20 0.91 0.33 1.25 0.35 1.57 0.88 1.51 1.02 0.78 1.20 0.68 0.28 0.29 0.37 0.32 1.82 0.60 0.22 0.37
C5 0.07 0.27 0.13 0.14 0.50 0.14 0.91 0.18 1.00 0.76 0.68 0.28 0.16 1.02 0.43 0.22 0.20 0.06 0.13 1.19 0.13 0.32 0.11
C5' 0.20 0.83 0.21 0.24 0.73 0.32 1.14 0.26 1.46 0.81 1.31 0.65 0.52 1.15 0.53 0.34 0.30 0.24 0.28 1.78 0.50 0.14 0.24
C6 0.23 0.68 0.15 0.16 0.70 0.22 1.05 0.23 1.24 0.80 1.05 0.48 0.49 1.07 0.55 0.22 0.20 0.23 0.15 1.42 0.29 0.20 0.13
N1 0.40 0.97 0.17 0.19 0.86 0.34 1.09 0.35 1.28 0.81 1.22 0.84 0.76 1.04 0.67 0.22 0.24 0.42 0.30 1.40 0.50 0.19 0.32
N3 0.27 0.56 0.16 0.19 0.59 0.31 0.75 0.26 0.81 0.59 0.71 0.44 0.48 0.75 0.47 0.22 0.24 0.30 0.22 0.87 0.37 0.13 0.19
N4 0.33 0.38 0.18 0.16 0.37 0.18 0.58 0.20 0.49 0.71 0.27 0.58 0.46 0.81 0.43 0.18 0.22 0.30 0.32 0.60 0.23 0.48 0.33
O2 0.61 1.07 0.20 0.22 0.91 0.54 0.99 0.59 1.11 0.76 1.15 1.06 0.94 0.89 0.75 0.18 0.31 0.70 0.54 1.15 0.78 0.40 0.60
O2' 0.83 1.95 0.31 0.24 1.55 0.46 1.77 0.53 2.08 1.32 2.17 2.05 1.59 1.61 1.23 0.24 0.32 0.81 0.62 2.22 0.79 0.57 0.71
O3' 0.51 1.68 0.17 0.22 1.28 0.34 1.64 0.41 2.05 1.15 2.10 1.72 1.22 1.52 0.95 0.37 0.38 0.52 0.46 2.32 0.75 0.42 0.55
O4' 0.44 0.91 0.22 0.25 0.80 0.48 1.09 0.52 1.32 0.82 1.24 0.78 0.67 1.07 0.65 0.26 0.23 0.52 0.44 1.52 0.72 0.29 0.48
O5' 0.70 1.22 0.48 0.45 1.22 0.59 1.63 0.73 1.91 1.34 1.70 0.97 0.99 1.67 1.06 0.41 0.36 0.70 0.54 2.25 0.72 0.65 0.64
OP1 0.65 1.10 0.52 0.49 1.15 0.55 1.61 0.70 1.90 1.36 1.61 0.84 0.88 1.71 1.02 0.45 0.44 0.62 0.50 2.32 0.66 0.67 0.61
OP2 0.37 0.64 0.25 0.23 0.89 0.26 1.42 0.55 1.65 1.25 1.22 0.26 0.48 1.61 0.82 0.12 0.17 0.36 0.31 2.10 0.40 0.70 0.48
P 0.61 0.96 0.46 0.43 1.08 0.51 1.52 0.68 1.77 1.31 1.46 0.69 0.79 1.64 0.97 0.38 0.36 0.59 0.47 2.16 0.63 0.65 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.25 0.27 0.22
C2 0.02 0.00 0.23 0.19 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.29 0.13 0.45 0.01 0.40 0.69 0.49
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.02 0.08 0.14 0.13 0.08 0.19 0.26 0.21 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.09 0.21 0.10
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.16 0.00 0.21 0.03 0.22 0.22 0.21 0.20 0.16 0.23 0.14 0.01 0.01 0.02 0.09 0.25 0.13 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.13 0.16 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.14 0.08 0.50 0.01 0.45 0.67 0.51
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03 0.07 0.05 0.09 0.04 0.19 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.13 0.05 0.62 0.01 0.60 0.87 0.65
C5' 0.08 0.14 0.14 0.03 0.13 0.01 0.16 0.00 0.16 0.16 0.15 0.14 0.13 0.18 0.12 0.06 0.14 0.02 0.01 0.17 0.25 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.22 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.18 0.07 0.62 0.00 0.62 0.94 0.68
C8 0.01 0.00 0.08 0.22 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.17 0.06 0.65 0.01 0.62 0.76 0.62
N1 0.01 0.00 0.19 0.21 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.24 0.11 0.55 0.00 0.52 0.84 0.60
N2 0.02 0.00 0.26 0.20 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.37 0.15 0.40 0.01 0.33 0.63 0.44
N3 0.02 0.00 0.21 0.16 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.27 0.12 0.41 0.01 0.35 0.58 0.43
N7 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.17 0.02 0.69 0.01 0.70 0.95 0.72
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.01 0.49 0.01 0.44 0.56 0.45
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.13 0.19 0.17 0.06 0.17 0.20 0.17 0.23 0.17 0.21 0.12 0.00 0.01 0.13 0.07 0.18 0.16 0.18 0.03
O3' 0.15 0.29 0.01 0.01 0.14 0.02 0.13 0.14 0.18 0.17 0.24 0.37 0.27 0.17 0.04 0.01 0.00 0.12 0.12 0.20 0.19 0.14 0.07
O4' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.11 0.15 0.12 0.02 0.01 0.13 0.12 0.00 0.28 0.06 0.28 0.21 0.22
O5' 0.27 0.45 0.08 0.09 0.50 0.02 0.62 0.01 0.62 0.65 0.55 0.40 0.41 0.69 0.49 0.07 0.12 0.28 0.00 0.67 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.06 0.67 0.00 0.70 1.05 0.76
OP1 0.25 0.40 0.09 0.13 0.45 0.12 0.60 0.25 0.62 0.62 0.52 0.33 0.35 0.70 0.44 0.16 0.19 0.28 0.02 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.69 0.21 0.10 0.67 0.10 0.87 0.15 0.94 0.76 0.84 0.63 0.58 0.95 0.56 0.18 0.14 0.21 0.01 1.05 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.49 0.10 0.05 0.51 0.02 0.65 0.01 0.68 0.62 0.60 0.44 0.43 0.72 0.45 0.03 0.07 0.22 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00