ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.034, 0.059, 0.084, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.059 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.039, 0.082, 0.126, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.082 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.462, 0.724, 0.985, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.724 std_dev=0.262
O3' B 0, 0.694, 1.051, 1.409, 1.309 max_d=1.309 avg_d=1.051 std_dev=0.357
C2' B 0, 0.924, 1.457, 1.991, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.457 std_dev=0.534
C3' B 0, 0.949, 1.527, 2.105, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.527 std_dev=0.578
N2 B 0, 1.237, 1.933, 2.628, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.933 std_dev=0.695
C4' B 0, 1.312, 2.035, 2.759, 2.691 max_d=2.691 avg_d=2.035 std_dev=0.724
O4' A 0, 1.469, 2.205, 2.942, 2.504 max_d=2.504 avg_d=2.205 std_dev=0.736
C2' A 0, 1.555, 2.337, 3.119, 2.724 max_d=2.724 avg_d=2.337 std_dev=0.782
N3 B 0, 1.623, 2.482, 3.340, 2.931 max_d=2.931 avg_d=2.482 std_dev=0.859
C1' B 0, 1.611, 2.479, 3.347, 3.097 max_d=3.097 avg_d=2.479 std_dev=0.868
C4' A 0, 1.852, 2.789, 3.726, 3.203 max_d=3.203 avg_d=2.789 std_dev=0.937
C2 B 0, 1.757, 2.695, 3.632, 3.266 max_d=3.266 avg_d=2.695 std_dev=0.938
C5' B 0, 1.662, 2.601, 3.541, 3.516 max_d=3.516 avg_d=2.601 std_dev=0.940
O4' B 0, 1.896, 2.917, 3.938, 3.694 max_d=3.694 avg_d=2.917 std_dev=1.021
C3' A 0, 2.126, 3.191, 4.256, 3.601 max_d=3.601 avg_d=3.191 std_dev=1.065
C4 B 0, 2.201, 3.377, 4.554, 4.118 max_d=4.118 avg_d=3.377 std_dev=1.176
O2' A 0, 2.376, 3.568, 4.759, 4.089 max_d=4.089 avg_d=3.568 std_dev=1.191
N9 B 0, 2.213, 3.407, 4.602, 4.267 max_d=4.267 avg_d=3.407 std_dev=1.194
O3' A 0, 2.445, 3.671, 4.898, 4.192 max_d=4.192 avg_d=3.671 std_dev=1.226
O5' B 0, 2.135, 3.368, 4.600, 4.565 max_d=4.565 avg_d=3.368 std_dev=1.232
N1 B 0, 2.466, 3.785, 5.104, 4.517 max_d=4.517 avg_d=3.785 std_dev=1.319
OP1 B 0, 2.201, 3.541, 4.881, 4.991 max_d=4.991 avg_d=3.541 std_dev=1.340
P B 0, 2.674, 4.221, 5.768, 5.811 max_d=5.811 avg_d=4.221 std_dev=1.547
C5 B 0, 2.926, 4.506, 6.086, 5.680 max_d=5.680 avg_d=4.506 std_dev=1.580
C8 B 0, 2.937, 4.538, 6.138, 5.855 max_d=5.855 avg_d=4.538 std_dev=1.601
C6 B 0, 3.111, 4.790, 6.468, 5.998 max_d=5.998 avg_d=4.790 std_dev=1.679
C5' A 0, 3.623, 5.443, 7.263, 6.190 max_d=6.190 avg_d=5.443 std_dev=1.820
N7 B 0, 3.393, 5.243, 7.092, 6.773 max_d=6.773 avg_d=5.243 std_dev=1.849
OP2 B 0, 3.280, 5.147, 7.015, 7.038 max_d=7.038 avg_d=5.147 std_dev=1.868
O6 B 0, 3.753, 5.794, 7.836, 7.394 max_d=7.394 avg_d=5.794 std_dev=2.041
O5' A 0, 4.087, 6.143, 8.200, 7.085 max_d=7.085 avg_d=6.143 std_dev=2.057
OP2 A 0, 5.024, 7.548, 10.072, 8.710 max_d=8.710 avg_d=7.548 std_dev=2.524
P A 0, 5.211, 7.833, 10.454, 9.059 max_d=9.059 avg_d=7.833 std_dev=2.621
OP1 A 0, 5.721, 8.612, 11.504, 10.112 max_d=10.112 avg_d=8.612 std_dev=2.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.05 0.05 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.02 0.08 0.04 0.16 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.06 0.08 0.15 0.19 0.16 0.16
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.06 0.17 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.06 0.08 0.11 0.13 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.09 0.05
C4 0.01 0.02 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.03 0.17 0.14 0.26 0.22
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.03 0.07 0.06 0.17 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.07
C5 0.01 0.04 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.10 0.05 0.06 0.27 0.23 0.34 0.32
C5' 0.02 0.16 0.05 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.17 0.06 0.15 0.12 0.30 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.04 0.08 0.27 0.21 0.25 0.28
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.11 0.09 0.10 0.12
N3 0.02 0.01 0.08 0.08 0.01 0.07 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.05 0.06 0.14 0.17 0.18 0.16
N4 0.02 0.03 0.06 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.09 0.06 0.04 0.18 0.15 0.32 0.24
O2 0.05 0.01 0.17 0.13 0.03 0.17 0.04 0.30 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.22 0.12 0.15 0.30 0.35 0.27 0.30
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.07 0.10 0.04 0.11 0.05 0.12 0.09 0.22 0.00 0.02 0.04 0.08 0.09 0.10 0.05
O3' 0.08 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.12 0.02 0.00 0.05 0.11 0.14 0.14 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.15 0.04 0.05 0.00 0.04 0.06 0.16 0.07
O5' 0.05 0.15 0.05 0.10 0.17 0.01 0.27 0.01 0.27 0.11 0.14 0.18 0.30 0.08 0.11 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.19 0.05 0.10 0.14 0.02 0.23 0.08 0.21 0.09 0.17 0.15 0.35 0.09 0.14 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.16 0.09 0.09 0.26 0.18 0.34 0.07 0.25 0.10 0.18 0.32 0.27 0.10 0.14 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.16 0.05 0.05 0.22 0.07 0.32 0.01 0.28 0.12 0.16 0.24 0.30 0.05 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.05 0.08 0.08 0.14 0.07 0.19 0.06 0.09 0.06 0.11 0.09 0.08 0.09 0.06 0.11 0.17 0.16 0.06 0.19 0.15 0.18
C2 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.15 0.10 0.19 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.06 0.14 0.16 0.16 0.09 0.21 0.17 0.18
C2' 0.12 0.11 0.09 0.14 0.10 0.16 0.08 0.22 0.06 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.11 0.07 0.20 0.19 0.19 0.05 0.15 0.11 0.18
C3' 0.15 0.15 0.07 0.12 0.14 0.16 0.11 0.21 0.10 0.12 0.12 0.18 0.16 0.10 0.14 0.06 0.17 0.21 0.19 0.09 0.11 0.09 0.16
C4 0.12 0.08 0.07 0.08 0.08 0.16 0.09 0.19 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.18 0.16 0.10 0.19 0.15 0.17
C4' 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.09 0.05 0.14 0.04 0.06 0.06 0.12 0.09 0.06 0.06 0.05 0.16 0.11 0.14 0.04 0.08 0.07 0.10
C5 0.12 0.08 0.06 0.05 0.09 0.16 0.10 0.18 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.07 0.19 0.15 0.14 0.19 0.15 0.17
C5' 0.10 0.11 0.13 0.19 0.10 0.15 0.11 0.21 0.11 0.14 0.10 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.25 0.11 0.24 0.12 0.23 0.20 0.21
C6 0.11 0.07 0.05 0.05 0.08 0.15 0.09 0.18 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.18 0.15 0.12 0.19 0.15 0.17
N1 0.10 0.08 0.05 0.07 0.08 0.14 0.07 0.18 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.17 0.15 0.07 0.20 0.15 0.17
N3 0.11 0.10 0.08 0.11 0.10 0.16 0.10 0.19 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.07 0.13 0.17 0.17 0.09 0.20 0.17 0.18
N4 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.18 0.09 0.19 0.10 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08 0.19 0.17 0.11 0.18 0.15 0.18
O2 0.11 0.12 0.11 0.15 0.13 0.15 0.14 0.19 0.13 0.16 0.12 0.13 0.12 0.16 0.13 0.07 0.17 0.15 0.18 0.14 0.22 0.20 0.20
O2' 0.15 0.16 0.18 0.23 0.15 0.21 0.13 0.28 0.12 0.14 0.13 0.18 0.17 0.12 0.15 0.15 0.29 0.21 0.25 0.11 0.22 0.15 0.23
O3' 0.16 0.14 0.08 0.13 0.14 0.18 0.12 0.24 0.11 0.14 0.12 0.16 0.16 0.12 0.15 0.06 0.19 0.23 0.22 0.09 0.16 0.14 0.21
O4' 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.05 0.07 0.06 0.11 0.08 0.07 0.07 0.06 0.14 0.11 0.11 0.05 0.11 0.10 0.10
O5' 0.09 0.14 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.14 0.09 0.07 0.12 0.18 0.13 0.08 0.08 0.09 0.15 0.09 0.16 0.08 0.17 0.13 0.15
OP1 0.07 0.13 0.07 0.11 0.08 0.08 0.06 0.13 0.07 0.07 0.11 0.18 0.12 0.07 0.07 0.09 0.17 0.06 0.15 0.06 0.22 0.17 0.17
OP2 0.30 0.40 0.24 0.15 0.33 0.20 0.30 0.18 0.32 0.25 0.37 0.44 0.38 0.26 0.30 0.28 0.09 0.29 0.18 0.31 0.11 0.13 0.15
P 0.16 0.24 0.12 0.08 0.18 0.09 0.15 0.11 0.17 0.12 0.21 0.29 0.23 0.12 0.15 0.16 0.10 0.14 0.14 0.16 0.15 0.11 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.06
C2 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.10 0.04 0.06 0.02 0.04 0.11 0.06
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.12 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.10 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.11 0.01 0.10 0.14 0.12
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.12 0.01 0.12 0.17 0.14
C8 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.11 0.02 0.09 0.12 0.11
N1 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.03 0.09 0.02 0.08 0.14 0.10
N2 0.06 0.01 0.12 0.10 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.14 0.14 0.07 0.06 0.03 0.04 0.10 0.04
N3 0.04 0.01 0.09 0.08 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.09 0.05 0.05 0.02 0.02 0.09 0.04
N7 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.13 0.02 0.13 0.16 0.15
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.06
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.14 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.08 0.14 0.09 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.13 0.10 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.08
O5' 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.11 0.09 0.06 0.05 0.13 0.06 0.04 0.07 0.03 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.05 0.14 0.00 0.16 0.21 0.18
OP1 0.02 0.04 0.06 0.09 0.05 0.05 0.10 0.05 0.12 0.09 0.08 0.04 0.02 0.13 0.04 0.07 0.13 0.03 0.02 0.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.11 0.04 0.07 0.10 0.02 0.14 0.01 0.17 0.12 0.14 0.10 0.09 0.16 0.08 0.04 0.10 0.10 0.02 0.21 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.12 0.02 0.14 0.11 0.10 0.04 0.04 0.15 0.06 0.05 0.08 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00