ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C5 A 0, -0.002, 0.028, 0.058, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.028 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.008, 0.040, 0.072, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.040 std_dev=0.032
C6 A 0, 0.006, 0.039, 0.072, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.012, 0.046, 0.079, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.010, 0.054, 0.098, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.054 std_dev=0.044
C2 A 0, 0.012, 0.061, 0.110, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.061 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.033, 0.136, 0.239, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.136 std_dev=0.103
N4 A 0, 0.038, 0.150, 0.261, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.150 std_dev=0.111
O2' B 0, 0.220, 0.532, 0.844, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.532 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.294, 0.704, 1.114, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.704 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.075, 0.936, 1.798, 2.488 max_d=2.488 avg_d=0.936 std_dev=0.862
O4' A 0, -0.065, 1.004, 2.073, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.004 std_dev=1.069
C2' A 0, -0.173, 1.003, 2.180, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.003 std_dev=1.176
C4' A 0, -0.050, 1.233, 2.515, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.233 std_dev=1.282
C1' B 0, 0.219, 1.539, 2.859, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.539 std_dev=1.320
C3' A 0, -0.212, 1.238, 2.688, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.238 std_dev=1.450
O3' B 0, -0.151, 1.395, 2.940, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.395 std_dev=1.546
O3' A 0, -0.372, 1.175, 2.723, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.175 std_dev=1.548
O2' A 0, -0.301, 1.487, 3.274, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.487 std_dev=1.787
N9 B 0, 0.306, 2.408, 4.510, 5.951 max_d=5.951 avg_d=2.408 std_dev=2.102
C4' B 0, -0.178, 1.940, 4.057, 5.023 max_d=5.023 avg_d=1.940 std_dev=2.117
O4' B 0, -0.034, 2.236, 4.507, 5.451 max_d=5.451 avg_d=2.236 std_dev=2.270
C5' A 0, -0.130, 2.421, 4.972, 6.425 max_d=6.425 avg_d=2.421 std_dev=2.551
C8 B 0, 0.249, 2.863, 5.477, 6.991 max_d=6.991 avg_d=2.863 std_dev=2.614
O5' B 0, 0.003, 2.799, 5.594, 6.933 max_d=6.933 avg_d=2.799 std_dev=2.796
C5' B 0, -0.126, 2.693, 5.511, 6.691 max_d=6.691 avg_d=2.693 std_dev=2.819
C4 B 0, 0.449, 3.276, 6.102, 7.890 max_d=7.890 avg_d=3.276 std_dev=2.827
N3 B 0, 0.517, 3.524, 6.532, 7.714 max_d=7.714 avg_d=3.524 std_dev=3.008
O5' A 0, -0.133, 2.983, 6.098, 7.631 max_d=7.631 avg_d=2.983 std_dev=3.116
N7 B 0, 0.318, 3.826, 7.334, 9.519 max_d=9.519 avg_d=3.826 std_dev=3.508
C5 B 0, 0.443, 4.057, 7.671, 10.088 max_d=10.088 avg_d=4.057 std_dev=3.614
OP1 B 0, -0.114, 3.714, 7.543, 10.339 max_d=10.339 avg_d=3.714 std_dev=3.828
P B 0, -0.080, 3.756, 7.591, 9.854 max_d=9.854 avg_d=3.756 std_dev=3.836
C2 B 0, 0.606, 4.512, 8.417, 9.915 max_d=9.915 avg_d=4.512 std_dev=3.905
OP2 B 0, -0.023, 4.280, 8.583, 10.988 max_d=10.988 avg_d=4.280 std_dev=4.303
N2 B 0, 0.620, 4.993, 9.365, 11.439 max_d=11.439 avg_d=4.993 std_dev=4.372
P A 0, -0.125, 4.263, 8.651, 10.672 max_d=10.672 avg_d=4.263 std_dev=4.388
C6 B 0, 0.546, 5.089, 9.632, 12.514 max_d=12.514 avg_d=5.089 std_dev=4.543
N1 B 0, 0.640, 5.218, 9.795, 12.208 max_d=12.208 avg_d=5.218 std_dev=4.578
OP2 A 0, 0.019, 4.703, 9.387, 11.541 max_d=11.541 avg_d=4.703 std_dev=4.684
OP1 A 0, -0.365, 4.616, 9.597, 11.803 max_d=11.803 avg_d=4.616 std_dev=4.981
O6 B 0, 0.555, 5.927, 11.298, 14.753 max_d=14.753 avg_d=5.927 std_dev=5.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.12 0.02 0.36 0.01 0.12 0.15 0.25 0.12
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.04 0.32 0.03 0.58 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.10 0.18 0.39 0.59 0.52 0.40 0.48
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.17 0.14 0.02 0.06 0.06 0.21 0.01 0.03 0.03 0.39 0.53 0.46 0.43
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.31 0.01 0.47 0.03 0.47 0.20 0.11 0.33 0.31 0.03 0.01 0.02 0.12 0.31 0.18 0.17
C4 0.03 0.04 0.05 0.31 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.39 0.08 0.08 0.31 0.45 0.76 0.50
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.09 0.00 0.39 0.01 0.47 0.09 0.24 0.10 0.69 0.32 0.03 0.01 0.04 0.16 0.16 0.05
C5 0.06 0.03 0.12 0.47 0.01 0.39 0.00 0.62 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.61 0.19 0.20 0.95 1.18 1.64 1.30
C5' 0.04 0.58 0.17 0.03 0.12 0.01 0.62 0.00 0.72 0.09 0.48 0.15 1.20 0.15 0.24 0.02 0.01 0.14 0.08 0.02
C6 0.07 0.02 0.14 0.47 0.01 0.47 0.01 0.72 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.61 0.19 0.33 1.03 1.13 1.57 1.31
N1 0.02 0.02 0.02 0.20 0.02 0.09 0.03 0.09 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.26 0.16 0.01 0.24 0.25 0.55 0.36
N3 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.24 0.02 0.48 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.18 0.08 0.33 0.45 0.32 0.22 0.31
N4 0.03 0.06 0.06 0.33 0.01 0.10 0.03 0.15 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.40 0.10 0.11 0.32 0.49 0.77 0.50
O2 0.12 0.03 0.21 0.31 0.06 0.69 0.06 1.20 0.06 0.07 0.04 0.08 0.00 0.36 0.33 0.68 1.34 1.31 1.25 1.33
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.39 0.32 0.61 0.15 0.61 0.26 0.18 0.40 0.36 0.00 0.04 0.21 0.27 0.48 0.56 0.38
O3' 0.36 0.18 0.03 0.01 0.08 0.03 0.19 0.24 0.19 0.16 0.08 0.10 0.33 0.04 0.00 0.22 0.30 0.15 0.28 0.24
O4' 0.01 0.39 0.03 0.02 0.08 0.01 0.20 0.02 0.33 0.01 0.33 0.11 0.68 0.21 0.22 0.00 0.19 0.16 0.39 0.26
O5' 0.12 0.59 0.39 0.12 0.31 0.04 0.95 0.01 1.03 0.24 0.45 0.32 1.34 0.27 0.30 0.19 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.15 0.52 0.53 0.31 0.45 0.16 1.18 0.14 1.13 0.25 0.32 0.49 1.31 0.48 0.15 0.16 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.25 0.40 0.46 0.18 0.76 0.16 1.64 0.08 1.57 0.55 0.22 0.77 1.25 0.56 0.28 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.48 0.43 0.17 0.50 0.05 1.30 0.02 1.31 0.36 0.31 0.50 1.33 0.38 0.24 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.28 1.83 0.17 0.17 1.64 0.47 2.55 0.30 3.13 1.89 2.68 1.63 1.26 2.68 1.21 0.14 0.46 0.30 0.60 3.87 0.70 1.12 0.85
C2 0.17 1.38 0.12 0.18 1.36 0.54 2.17 0.36 2.55 1.64 2.08 1.11 0.95 2.31 1.00 0.12 0.46 0.41 0.46 3.05 0.47 0.91 0.64
C2' 0.47 1.95 0.37 0.21 1.82 0.31 2.79 0.24 3.36 2.21 2.81 1.79 1.38 3.01 1.44 0.09 0.44 0.22 0.69 4.19 0.73 1.10 0.88
C3' 0.60 2.15 0.50 0.35 1.98 0.20 2.95 0.37 3.60 2.29 3.11 1.89 1.53 3.10 1.58 0.16 0.48 0.32 1.02 4.47 1.10 1.42 1.25
C4 0.31 2.01 0.22 0.19 1.74 0.67 2.29 0.47 2.71 1.51 2.55 1.76 1.52 2.11 1.17 0.13 0.48 0.43 0.59 2.97 0.78 1.11 0.84
C4' 0.22 1.45 0.16 0.28 1.27 0.55 2.21 0.35 2.85 1.58 2.39 1.23 0.86 2.35 0.88 0.42 0.49 0.42 0.64 3.68 0.75 1.26 0.97
C5 0.43 2.65 0.29 0.17 2.10 0.60 2.75 0.44 3.38 1.74 3.32 2.47 1.95 2.47 1.40 0.14 0.56 0.33 0.80 3.73 1.13 1.50 1.16
C5' 0.61 0.88 0.52 0.60 0.74 0.85 1.62 0.61 2.25 1.03 1.83 0.65 0.40 1.75 0.40 0.75 0.69 0.80 0.60 3.05 0.76 1.30 0.98
C6 0.41 2.57 0.26 0.15 2.05 0.54 2.82 0.38 3.53 1.84 3.37 2.38 1.84 2.63 1.40 0.15 0.50 0.30 0.79 4.04 1.07 1.46 1.13
N1 0.29 1.98 0.18 0.17 1.72 0.53 2.56 0.34 3.15 1.80 2.79 1.75 1.39 2.56 1.22 0.15 0.46 0.33 0.62 3.74 0.75 1.16 0.88
N3 0.18 1.33 0.12 0.19 1.32 0.62 1.98 0.43 2.28 1.46 1.92 1.04 0.96 2.03 0.94 0.11 0.41 0.49 0.41 2.61 0.44 0.82 0.57
N4 0.30 1.84 0.25 0.27 1.59 0.78 1.98 0.57 2.28 1.30 2.20 1.67 1.46 1.78 1.08 0.12 0.57 0.51 0.55 2.44 0.75 1.01 0.77
O2 0.11 0.77 0.08 0.23 0.98 0.51 1.86 0.34 2.12 1.61 1.48 0.66 0.49 2.23 0.81 0.12 0.56 0.44 0.33 2.70 0.22 0.78 0.47
O2' 0.36 1.81 0.23 0.18 1.68 0.54 2.66 0.49 3.19 2.16 2.64 1.76 1.27 2.97 1.33 0.12 0.43 0.31 0.44 4.03 0.45 0.96 0.65
O3' 0.68 2.38 0.47 0.31 2.15 0.20 3.15 0.39 3.83 2.46 3.35 2.18 1.72 3.31 1.72 0.07 0.42 0.41 1.05 4.74 1.16 1.45 1.30
O4' 0.34 1.34 0.31 0.46 1.12 0.77 2.02 0.53 2.65 1.35 2.24 1.14 0.75 2.12 0.69 0.56 0.64 0.63 0.52 3.41 0.62 1.18 0.84
O5' 0.59 0.83 0.38 0.49 0.70 0.81 1.56 0.57 2.19 0.96 1.80 0.51 0.33 1.64 0.37 0.62 0.59 0.81 0.60 2.93 0.81 1.31 1.00
OP1 0.47 0.67 0.24 0.31 0.62 0.60 1.42 0.55 1.97 0.92 1.59 0.33 0.18 1.53 0.34 0.43 0.33 0.64 0.89 2.67 1.20 1.64 1.36
OP2 0.57 0.47 0.22 0.32 0.41 0.69 1.15 0.62 1.65 0.74 1.30 0.44 0.14 1.28 0.20 0.30 0.26 0.81 0.84 2.26 1.13 1.54 1.27
P 0.67 0.44 0.36 0.44 0.40 0.79 1.18 0.62 1.73 0.71 1.35 0.24 0.15 1.30 0.16 0.52 0.46 0.87 0.73 2.40 1.00 1.46 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.13 0.09 0.04 0.01 0.01 0.31 0.01 0.10 0.04 0.25 0.36 0.15
C2 0.09 0.00 0.44 0.36 0.01 0.30 0.02 0.65 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.45 0.48 0.09 1.01 0.03 1.07 1.57 1.28
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.27 0.01 0.16 0.17 0.25 0.19 0.37 0.49 0.44 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.35 0.22 0.37 0.36 0.36
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.15 0.01 0.26 0.02 0.21 0.63 0.22 0.49 0.37 0.55 0.25 0.03 0.01 0.01 0.08 0.27 0.33 0.11 0.09
C4 0.03 0.01 0.27 0.15 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.43 0.24 0.04 0.42 0.03 0.84 0.77 0.63
C4' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.12 0.44 0.17 0.40 0.32 0.38 0.15 0.30 0.03 0.00 0.02 0.16 0.27 0.36 0.04
C5 0.02 0.02 0.16 0.26 0.01 0.16 0.00 0.31 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.52 0.06 0.02 0.49 0.03 1.45 0.81 0.84
C5' 0.04 0.65 0.17 0.02 0.25 0.01 0.31 0.00 0.28 0.68 0.42 0.89 0.65 0.64 0.22 0.12 0.16 0.02 0.01 0.34 0.35 0.34 0.02
C6 0.02 0.02 0.25 0.21 0.01 0.12 0.02 0.28 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.58 0.13 0.02 0.48 0.02 1.46 0.93 0.88
C8 0.05 0.02 0.19 0.63 0.01 0.44 0.02 0.68 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.33 0.29 0.12 0.97 0.07 1.72 0.99 1.16
N1 0.05 0.01 0.37 0.22 0.01 0.17 0.02 0.42 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.55 0.32 0.05 0.68 0.03 1.13 1.25 1.00
N2 0.13 0.01 0.49 0.49 0.02 0.40 0.03 0.89 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.39 0.61 0.09 1.37 0.05 1.48 2.13 1.77
N3 0.09 0.01 0.44 0.37 0.01 0.32 0.02 0.65 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.38 0.49 0.11 0.99 0.03 0.89 1.33 1.15
N7 0.04 0.02 0.07 0.55 0.01 0.38 0.01 0.64 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.46 0.25 0.10 0.94 0.07 2.03 1.04 1.26
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.15 0.02 0.22 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.28 0.08 0.02 0.33 0.05 0.86 0.57 0.52
O2' 0.01 0.45 0.01 0.03 0.43 0.30 0.52 0.12 0.58 0.33 0.55 0.39 0.38 0.46 0.28 0.00 0.05 0.25 0.26 0.63 0.43 0.35 0.31
O3' 0.31 0.48 0.03 0.01 0.24 0.03 0.06 0.16 0.13 0.29 0.32 0.61 0.49 0.25 0.08 0.05 0.00 0.19 0.21 0.07 0.30 0.19 0.15
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.05 0.09 0.11 0.10 0.02 0.25 0.19 0.00 0.08 0.02 0.15 0.56 0.18
O5' 0.10 1.01 0.35 0.08 0.42 0.02 0.49 0.01 0.48 0.97 0.68 1.37 0.99 0.94 0.33 0.26 0.21 0.08 0.00 0.55 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.22 0.27 0.03 0.16 0.03 0.34 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.63 0.07 0.02 0.55 0.00 1.80 0.94 1.01
OP1 0.25 1.07 0.37 0.33 0.84 0.27 1.45 0.35 1.46 1.72 1.13 1.48 0.89 2.03 0.86 0.43 0.30 0.15 0.03 1.80 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 1.57 0.36 0.11 0.77 0.36 0.81 0.34 0.93 0.99 1.25 2.13 1.33 1.04 0.57 0.35 0.19 0.56 0.02 0.94 0.02 0.00 0.01
P 0.15 1.28 0.36 0.09 0.63 0.04 0.84 0.02 0.88 1.16 1.00 1.77 1.15 1.26 0.52 0.31 0.15 0.18 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00