ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50334

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.046 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.030, 0.084, 0.139, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.084 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.065, 0.135, 0.205, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.135 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.029, 0.112, 0.195, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.112 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.062, 0.149, 0.236, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.149 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.054, 0.173, 0.292, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.173 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.135, 0.281, 0.427, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.281 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.156, 0.320, 0.483, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.320 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.124, 0.291, 0.458, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.291 std_dev=0.167
P A 0, 0.128, 0.313, 0.499, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.313 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.292, 0.585, 0.878, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.585 std_dev=0.293
N9 B 0, 0.259, 0.567, 0.876, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.567 std_dev=0.309
C1' B 0, 0.189, 0.502, 0.815, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.502 std_dev=0.313
C3' B 0, 0.285, 0.602, 0.919, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.602 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.269, 0.590, 0.911, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.590 std_dev=0.321
O3' B 0, 0.257, 0.581, 0.904, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.581 std_dev=0.323
OP1 A 0, 0.282, 0.608, 0.934, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.608 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.306, 0.641, 0.977, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.641 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.291, 0.628, 0.965, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.628 std_dev=0.337
N7 B 0, 0.330, 0.693, 1.055, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.693 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.277, 0.640, 1.002, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.640 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.269, 0.637, 1.005, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.637 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.315, 0.727, 1.140, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.727 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.380, 0.796, 1.212, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.796 std_dev=0.416
C4' B 0, 0.412, 0.828, 1.244, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.828 std_dev=0.416
P B 0, 0.299, 0.717, 1.136, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.717 std_dev=0.418
N3 B 0, 0.299, 0.724, 1.148, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.724 std_dev=0.425
OP2 A 0, 0.337, 0.788, 1.240, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.788 std_dev=0.452
OP1 B 0, 0.382, 0.854, 1.327, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.854 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.435, 0.916, 1.397, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.916 std_dev=0.481
C6 B 0, 0.381, 0.920, 1.459, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.920 std_dev=0.539
C2 B 0, 0.411, 0.955, 1.499, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.955 std_dev=0.544
N1 B 0, 0.451, 1.055, 1.658, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.055 std_dev=0.604
O6 B 0, 0.406, 1.013, 1.619, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.013 std_dev=0.606
N2 B 0, 0.508, 1.146, 1.785, 1.676 max_d=1.676 avg_d=1.146 std_dev=0.639
C5' B 0, 0.485, 1.147, 1.808, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.147 std_dev=0.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02 0.10 0.07 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.10 0.06
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.05 0.14 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02
C6 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.01 0.03 0.08 0.06 0.03
N4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03
O2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.10 0.03 0.03 0.14 0.09 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.04 0.05 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.07 0.06 0.12 0.00 0.03 0.04 0.04 0.10 0.08 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.10 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.09 0.06
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.01
O5' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.10 0.13 0.14 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.12 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.10 0.10 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.09 0.08 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.10 0.08 0.14 0.09 0.23 0.13 0.26 0.22 0.20 0.10 0.09 0.27 0.16 0.18 0.10 0.16 0.16 0.36 0.15 0.16 0.15
C2 0.09 0.09 0.08 0.06 0.14 0.08 0.22 0.12 0.24 0.23 0.17 0.06 0.06 0.27 0.16 0.14 0.10 0.15 0.16 0.32 0.16 0.16 0.15
C2' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.15 0.09 0.22 0.14 0.26 0.22 0.20 0.10 0.10 0.26 0.16 0.16 0.12 0.16 0.17 0.35 0.16 0.16 0.16
C3' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.10 0.04 0.18 0.07 0.23 0.17 0.17 0.09 0.07 0.22 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.33 0.10 0.11 0.10
C4 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.13 0.13 0.14 0.16 0.07 0.05 0.04 0.19 0.08 0.12 0.12 0.07 0.13 0.22 0.14 0.16 0.14
C4' 0.06 0.10 0.06 0.04 0.11 0.05 0.19 0.08 0.24 0.17 0.18 0.08 0.07 0.22 0.12 0.17 0.11 0.10 0.10 0.34 0.08 0.11 0.09
C5 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.12 0.16 0.14 0.14 0.07 0.05 0.05 0.18 0.08 0.14 0.12 0.06 0.13 0.23 0.12 0.19 0.15
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.02 0.15 0.07 0.21 0.13 0.15 0.06 0.03 0.19 0.08 0.15 0.12 0.05 0.07 0.32 0.04 0.10 0.07
C6 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.16 0.14 0.19 0.17 0.11 0.04 0.05 0.21 0.10 0.16 0.11 0.09 0.13 0.28 0.13 0.17 0.14
N1 0.08 0.09 0.08 0.06 0.12 0.07 0.21 0.12 0.24 0.21 0.16 0.05 0.06 0.26 0.14 0.16 0.10 0.13 0.15 0.33 0.14 0.16 0.14
N3 0.07 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.18 0.12 0.18 0.21 0.11 0.04 0.03 0.23 0.13 0.13 0.11 0.13 0.15 0.26 0.16 0.15 0.15
N4 0.06 0.07 0.03 0.06 0.06 0.08 0.10 0.16 0.11 0.13 0.06 0.09 0.08 0.15 0.07 0.09 0.13 0.02 0.13 0.17 0.14 0.16 0.14
O2 0.12 0.15 0.09 0.06 0.18 0.10 0.26 0.16 0.29 0.26 0.22 0.12 0.12 0.29 0.19 0.15 0.09 0.18 0.17 0.37 0.18 0.18 0.17
O2' 0.16 0.15 0.15 0.13 0.18 0.17 0.25 0.21 0.28 0.25 0.22 0.13 0.13 0.28 0.20 0.23 0.10 0.21 0.22 0.37 0.20 0.20 0.20
O3' 0.05 0.11 0.05 0.06 0.11 0.04 0.19 0.06 0.23 0.17 0.17 0.09 0.08 0.22 0.11 0.13 0.15 0.11 0.10 0.33 0.08 0.08 0.08
O4' 0.08 0.11 0.08 0.06 0.12 0.07 0.21 0.11 0.25 0.19 0.19 0.08 0.08 0.25 0.13 0.18 0.09 0.12 0.12 0.36 0.10 0.14 0.11
O5' 0.05 0.10 0.05 0.04 0.09 0.04 0.17 0.08 0.22 0.14 0.17 0.08 0.07 0.20 0.09 0.14 0.12 0.05 0.08 0.33 0.05 0.10 0.07
OP1 0.08 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.09 0.08 0.16 0.06 0.11 0.07 0.06 0.11 0.05 0.15 0.13 0.06 0.08 0.26 0.12 0.09 0.09
OP2 0.09 0.08 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.14 0.04 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.13 0.09 0.05 0.07 0.24 0.06 0.15 0.09
P 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.11 0.10 0.17 0.08 0.12 0.06 0.04 0.13 0.04 0.12 0.12 0.02 0.07 0.28 0.05 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.06 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.11 0.03 0.16 0.12 0.12
C2 0.06 0.00 0.13 0.12 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.17 0.09 0.04 0.10 0.01 0.19 0.14 0.13
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.11 0.06 0.07 0.11 0.15 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.11 0.15 0.12 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.11 0.04 0.03
C4 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.18 0.14 0.11
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.11 0.04 0.10 0.08 0.11 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.03 0.07 0.02 0.15 0.17 0.11
C5' 0.05 0.12 0.11 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.26 0.18 0.09 0.09 0.29 0.15 0.06 0.08 0.02 0.01 0.30 0.15 0.04 0.03
C6 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02 0.07 0.01 0.15 0.18 0.11
C8 0.03 0.03 0.07 0.06 0.02 0.11 0.02 0.26 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.12 0.06 0.06 0.04 0.15 0.15 0.09
N1 0.06 0.01 0.11 0.11 0.02 0.04 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.07 0.02 0.07 0.01 0.18 0.16 0.11
N2 0.07 0.02 0.15 0.15 0.03 0.10 0.03 0.09 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.18 0.14 0.06 0.13 0.01 0.20 0.15 0.15
N3 0.06 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.16 0.07 0.05 0.12 0.01 0.19 0.14 0.14
N7 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.11 0.02 0.29 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.13 0.18 0.10
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.02 0.18 0.13 0.12
O2' 0.04 0.17 0.01 0.03 0.09 0.05 0.07 0.06 0.11 0.04 0.15 0.18 0.16 0.05 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.11 0.09 0.08 0.05
O3' 0.10 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.12 0.07 0.14 0.07 0.09 0.08 0.05 0.00 0.11 0.03 0.04 0.12 0.03 0.02
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.13 0.04 0.18 0.13 0.14
O5' 0.11 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.13 0.12 0.09 0.08 0.06 0.03 0.13 0.00 0.10 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.09 0.02 0.30 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.11 0.04 0.04 0.10 0.00 0.13 0.23 0.13
OP1 0.16 0.19 0.09 0.11 0.18 0.07 0.15 0.15 0.15 0.15 0.18 0.20 0.19 0.13 0.18 0.09 0.12 0.18 0.02 0.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.14 0.06 0.04 0.14 0.05 0.17 0.04 0.18 0.15 0.16 0.15 0.14 0.18 0.13 0.08 0.03 0.13 0.02 0.23 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.04 0.03 0.11 0.03 0.11 0.03 0.11 0.09 0.11 0.15 0.14 0.10 0.12 0.05 0.02 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00