ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.001, 0.030, 0.059, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.004, 0.114, 0.223, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.114 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.004, 0.160, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.160 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.003, 0.167, 0.331, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.167 std_dev=0.164
C3' A 0, 0.004, 0.185, 0.366, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.008, 0.222, 0.437, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.005, 0.220, 0.435, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.220 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.008, 0.229, 0.450, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.229 std_dev=0.221
N2 B 0, 0.011, 0.267, 0.522, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.256
O2' B 0, 0.013, 0.277, 0.540, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.277 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.008, 0.286, 0.565, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.006, 0.301, 0.596, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.301 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.007, 0.320, 0.633, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.320 std_dev=0.313
C2' B 0, 0.008, 0.326, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.326 std_dev=0.318
C5' A 0, 0.004, 0.325, 0.646, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.005, 0.338, 0.671, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.333
N1 B 0, 0.007, 0.399, 0.790, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.399 std_dev=0.392
C5 B 0, 0.005, 0.416, 0.827, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.416 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.010, 0.464, 0.919, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.464 std_dev=0.454
C6 B 0, 0.006, 0.462, 0.917, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.462 std_dev=0.456
C8 B 0, 0.003, 0.467, 0.931, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.467 std_dev=0.464
N7 B 0, 0.003, 0.505, 1.008, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.502
O4' B 0, 0.007, 0.534, 1.061, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.527
O6 B 0, 0.007, 0.567, 1.126, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.567 std_dev=0.560
C3' B 0, 0.010, 0.591, 1.173, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.591 std_dev=0.581
C4' B 0, 0.007, 0.658, 1.309, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.658 std_dev=0.651
P A 0, 0.010, 0.712, 1.414, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.712 std_dev=0.702
O3' B 0, 0.015, 0.733, 1.451, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.733 std_dev=0.718
OP1 A 0, 0.012, 0.739, 1.465, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.739 std_dev=0.726
O5' B 0, 0.015, 0.792, 1.569, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.792 std_dev=0.777
C5' B 0, 0.009, 0.844, 1.679, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.844 std_dev=0.835
OP2 A 0, 0.012, 0.964, 1.916, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.964 std_dev=0.952
P B 0, 0.016, 1.132, 2.249, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.132 std_dev=1.116
OP2 B 0, 0.016, 1.473, 2.930, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.473 std_dev=1.457
OP1 B 0, 0.014, 1.535, 3.056, 3.067 max_d=3.067 avg_d=1.535 std_dev=1.521

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.03 0.10
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.28 0.02 0.11
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.23 0.03 0.09
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.17 0.14 0.02
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.20 0.05 0.09
C5 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.11 0.10 0.22 0.09
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.11 0.12 0.19 0.07
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.22 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.25 0.04 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.16 0.17 0.03
O2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.37 0.13 0.21
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.11 0.14
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.05 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.03 0.09
O5' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.00 0.06 0.09 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.28 0.23 0.17 0.17 0.20 0.10 0.07 0.12 0.22 0.25 0.16 0.37 0.29 0.15 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.01 0.14 0.05 0.22 0.02 0.19 0.05 0.04 0.17 0.13 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.09 0.06 0.02 0.09 0.09 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.21 0.14 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.19 0.08 0.08 0.12 0.06 0.16 0.08 0.20 0.10 0.21 0.20 0.13 0.14 0.07 0.03 0.09 0.12 0.06 0.22 0.08 0.44 0.13
C2 0.08 0.10 0.04 0.04 0.05 0.10 0.07 0.11 0.10 0.02 0.11 0.10 0.06 0.05 0.01 0.07 0.05 0.15 0.01 0.11 0.15 0.30 0.04
C2' 0.01 0.26 0.10 0.09 0.19 0.06 0.24 0.08 0.29 0.17 0.30 0.27 0.19 0.22 0.13 0.02 0.08 0.10 0.10 0.32 0.06 0.52 0.18
C3' 0.02 0.26 0.12 0.12 0.19 0.05 0.25 0.07 0.31 0.18 0.32 0.26 0.18 0.24 0.13 0.01 0.12 0.10 0.13 0.35 0.01 0.58 0.22
C4 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.18 0.01 0.01 0.13 0.32 0.06
C4' 0.03 0.23 0.15 0.17 0.17 0.01 0.23 0.01 0.28 0.17 0.29 0.23 0.17 0.22 0.13 0.02 0.20 0.06 0.13 0.31 0.05 0.57 0.23
C5 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.12 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.07 0.01 0.07 0.43 0.13
C5' 0.03 0.21 0.17 0.21 0.17 0.04 0.23 0.03 0.28 0.18 0.28 0.19 0.15 0.23 0.13 0.04 0.25 0.05 0.16 0.32 0.12 0.62 0.27
C6 0.04 0.09 0.06 0.04 0.06 0.10 0.08 0.13 0.09 0.05 0.09 0.07 0.07 0.07 0.03 0.01 0.04 0.15 0.08 0.09 0.06 0.46 0.15
N1 0.04 0.14 0.07 0.06 0.09 0.08 0.12 0.10 0.15 0.07 0.15 0.15 0.10 0.10 0.05 0.03 0.07 0.13 0.05 0.15 0.09 0.41 0.11
N3 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.13 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.17 0.03 0.04 0.17 0.25 0.01
N4 0.12 0.07 0.01 0.06 0.08 0.16 0.08 0.19 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.01 0.05 0.21 0.00 0.08 0.15 0.27 0.03
O2 0.09 0.11 0.03 0.04 0.05 0.09 0.08 0.09 0.12 0.02 0.13 0.13 0.07 0.06 0.00 0.10 0.05 0.15 0.05 0.14 0.19 0.24 0.01
O2' 0.01 0.23 0.07 0.06 0.16 0.09 0.21 0.10 0.27 0.14 0.28 0.24 0.17 0.20 0.10 0.05 0.03 0.12 0.07 0.30 0.12 0.47 0.14
O3' 0.03 0.27 0.12 0.12 0.20 0.05 0.27 0.07 0.34 0.20 0.34 0.26 0.19 0.26 0.14 0.02 0.11 0.10 0.14 0.38 0.01 0.61 0.23
O4' 0.02 0.21 0.14 0.17 0.16 0.01 0.20 0.00 0.24 0.15 0.24 0.21 0.16 0.19 0.11 0.02 0.19 0.06 0.12 0.26 0.03 0.52 0.20
O5' 0.02 0.20 0.16 0.19 0.16 0.01 0.23 0.01 0.29 0.18 0.28 0.18 0.14 0.24 0.12 0.03 0.23 0.08 0.15 0.34 0.11 0.64 0.26
OP1 0.14 0.26 0.30 0.34 0.23 0.15 0.24 0.12 0.26 0.23 0.27 0.26 0.24 0.25 0.21 0.21 0.40 0.06 0.26 0.26 0.21 0.68 0.35
OP2 0.14 0.00 0.03 0.06 0.04 0.14 0.01 0.18 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.13 0.24 0.02 0.07 0.04 0.46 0.09
P 0.01 0.13 0.16 0.20 0.10 0.01 0.13 0.02 0.16 0.11 0.16 0.12 0.10 0.14 0.07 0.05 0.26 0.09 0.12 0.19 0.09 0.58 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.38 0.16
C2 0.08 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.12 0.04 0.00 0.06 0.44 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.10 0.10 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.24 0.08 0.17 0.06 0.18
C4 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.07 0.01 0.11 0.45 0.17
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.17 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.07 0.01 0.18 0.50 0.20
C5' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.18 0.01
C6 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.07 0.00 0.19 0.52 0.20
C8 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.19 0.47 0.19
N1 0.06 0.00 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.11 0.10 0.05 0.00 0.12 0.48 0.17
N2 0.10 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.15 0.02 0.01 0.01 0.41 0.12
N3 0.07 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.11 0.04 0.01 0.04 0.41 0.13
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.23 0.51 0.21
N9 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.11 0.43 0.17
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.10 0.11 0.01
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.08 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.40 0.12 0.34 0.31 0.36
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.15 0.11 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.22 0.04 0.13 0.47 0.24
O5' 0.10 0.04 0.09 0.24 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.04 0.07 0.08 0.01 0.40 0.22 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04 0.07 0.00 0.24 0.54 0.22
OP1 0.06 0.06 0.10 0.17 0.11 0.03 0.18 0.08 0.19 0.19 0.12 0.01 0.04 0.23 0.11 0.10 0.34 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.44 0.10 0.06 0.45 0.17 0.50 0.18 0.52 0.47 0.48 0.41 0.41 0.51 0.43 0.11 0.31 0.47 0.01 0.54 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.14 0.04 0.18 0.17 0.01 0.20 0.01 0.20 0.19 0.17 0.12 0.13 0.21 0.17 0.01 0.36 0.24 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00