ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 13, 10, 8, 6, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.019, 0.041, 0.062, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.041 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.020, 0.042, 0.063, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.016, 0.080, 0.145, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.080 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.026, 0.094, 0.162, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.094 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.047, 0.132, 0.217, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.132 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.042, 0.132, 0.222, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.132 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.037, 0.136, 0.235, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.136 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.077, 0.219, 0.361, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.219 std_dev=0.142
C5' A 0, 0.058, 0.211, 0.365, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.211 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.084, 0.242, 0.400, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.242 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.072, 0.233, 0.393, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.233 std_dev=0.161
O3' B 0, 0.108, 0.271, 0.434, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.271 std_dev=0.163
C5' B 0, 0.097, 0.262, 0.426, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.262 std_dev=0.164
O2' B 0, 0.111, 0.280, 0.448, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.280 std_dev=0.168
C3' B 0, 0.078, 0.263, 0.449, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.263 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.107, 0.308, 0.509, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.308 std_dev=0.201
C2' B 0, 0.071, 0.283, 0.495, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.283 std_dev=0.212
P A 0, 0.078, 0.298, 0.517, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.298 std_dev=0.219
OP1 B 0, 0.069, 0.289, 0.510, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.289 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.099, 0.323, 0.546, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.323 std_dev=0.223
OP2 A 0, 0.128, 0.360, 0.592, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.360 std_dev=0.232
O5' B 0, 0.079, 0.324, 0.568, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.324 std_dev=0.245
OP1 A 0, 0.078, 0.335, 0.592, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.335 std_dev=0.257
P B 0, 0.061, 0.326, 0.590, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.326 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.095, 0.388, 0.682, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.388 std_dev=0.294
O2 B 0, 0.120, 0.431, 0.743, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.431 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.088, 0.414, 0.740, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.414 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.106, 0.439, 0.772, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.439 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.064, 0.399, 0.735, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.399 std_dev=0.335
C5 B 0, 0.087, 0.479, 0.872, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.479 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.107, 0.505, 0.904, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.505 std_dev=0.399
C4 B 0, 0.095, 0.522, 0.949, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.522 std_dev=0.427
N4 B 0, 0.097, 0.590, 1.083, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.590 std_dev=0.493

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.12 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.10 0.13 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06
N3 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.11 0.15 0.11
O2 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.03 0.04 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.03 0.00 0.02 0.04 0.10 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.06 0.09 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.08 0.08 0.10 0.06 0.12 0.05 0.10 0.07 0.07 0.11 0.06 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.07 0.07 0.13 0.03 0.16 0.02 0.13 0.09 0.10 0.15 0.07 0.07 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.10 0.06 0.07 0.11 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04
C2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.04
C2' 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04
C3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04
C4 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06
C4' 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.04
C5 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06
C5' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.03
C6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04
N1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.04
N3 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05
N4 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
O2 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.05 0.05
O2' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06
O3' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.04 0.04
O4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05
O5' 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04
OP1 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06
OP2 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07
P 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.09 0.10 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.08 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.08 0.09 0.06
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.08 0.05 0.04 0.10 0.03 0.10 0.02 0.08 0.07 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00