ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50343

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 6, 0, 0, 3, 6, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.003, 0.007, 0.017, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.007 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.064, 0.164, 0.264, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.164 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.058, 0.163, 0.269, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.163 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.100, 0.221, 0.341, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.221 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.123, 0.266, 0.409, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.266 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.121, 0.278, 0.435, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.278 std_dev=0.157
O2 B 0, 0.224, 0.430, 0.636, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.430 std_dev=0.206
O3' A 0, 0.193, 0.408, 0.622, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.408 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.235, 0.455, 0.675, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.455 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.322, 0.545, 0.768, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.545 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.210, 0.476, 0.742, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.476 std_dev=0.266
P A 0, 0.367, 0.676, 0.985, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.676 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.473, 0.790, 1.107, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.790 std_dev=0.317
OP2 A 0, 0.449, 0.775, 1.100, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.775 std_dev=0.326
OP1 A 0, 0.472, 0.877, 1.282, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.877 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.345, 0.756, 1.167, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.756 std_dev=0.411
N3 B 0, 0.702, 1.125, 1.547, 1.708 max_d=1.708 avg_d=1.125 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.638, 1.111, 1.585, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.111 std_dev=0.473
C1' B 0, 0.525, 1.021, 1.517, 1.719 max_d=1.719 avg_d=1.021 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.766, 1.419, 2.072, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.419 std_dev=0.653
C4 B 0, 0.990, 1.655, 2.320, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.655 std_dev=0.665
OP2 B 0, 1.027, 1.698, 2.369, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.698 std_dev=0.671
C6 B 0, 0.878, 1.622, 2.367, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.622 std_dev=0.745
O3' B 0, 0.634, 1.389, 2.143, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.389 std_dev=0.755
P B 0, 0.899, 1.669, 2.438, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.669 std_dev=0.769
C3' B 0, 0.561, 1.335, 2.108, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.335 std_dev=0.774
N4 B 0, 1.207, 2.025, 2.844, 3.088 max_d=3.088 avg_d=2.025 std_dev=0.819
C5 B 0, 1.054, 1.893, 2.732, 3.013 max_d=3.013 avg_d=1.893 std_dev=0.839
O4' B 0, 0.802, 1.657, 2.512, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.657 std_dev=0.855
OP1 B 0, 0.866, 1.761, 2.656, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.761 std_dev=0.895
C4' B 0, 0.753, 1.695, 2.637, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.695 std_dev=0.942
C5' B 0, 0.984, 2.261, 3.539, 3.497 max_d=3.497 avg_d=2.261 std_dev=1.278

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.09 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.14 0.16 0.18 0.13
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.02 0.01 0.06 0.12 0.10 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.04 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.09 0.14 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.17 0.20 0.23 0.18
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.16 0.18 0.21 0.18
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.14 0.14 0.15 0.14
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.13 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.16 0.19 0.22 0.17
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.17 0.22 0.26 0.21
O2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.04 0.13 0.16 0.17 0.12
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.03 0.03 0.04 0.10 0.07 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.11 0.03 0.06 0.07 0.13 0.03 0.00 0.01 0.14 0.18 0.17 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.10 0.09 0.09 0.09
O5' 0.08 0.14 0.06 0.09 0.17 0.01 0.16 0.01 0.14 0.12 0.16 0.17 0.13 0.04 0.14 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.12 0.14 0.20 0.07 0.18 0.07 0.14 0.13 0.19 0.22 0.16 0.10 0.18 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.18 0.10 0.12 0.23 0.03 0.21 0.02 0.15 0.13 0.22 0.26 0.17 0.07 0.17 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.13 0.07 0.09 0.18 0.01 0.18 0.01 0.14 0.11 0.17 0.21 0.12 0.04 0.14 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.18 0.11 0.12 0.26 0.26 0.20 0.26 0.15 0.18 0.22 0.37 0.25 0.23 0.26 0.41 0.43 0.46 0.23 0.39
C2 0.28 0.14 0.12 0.13 0.20 0.26 0.14 0.26 0.13 0.17 0.18 0.29 0.20 0.24 0.27 0.38 0.35 0.41 0.16 0.31
C2' 0.37 0.19 0.15 0.14 0.19 0.38 0.15 0.41 0.19 0.24 0.18 0.28 0.26 0.26 0.23 0.53 0.48 0.54 0.27 0.45
C3' 0.39 0.22 0.16 0.16 0.21 0.41 0.18 0.45 0.21 0.26 0.20 0.29 0.28 0.26 0.22 0.56 0.56 0.60 0.33 0.52
C4 0.28 0.14 0.12 0.12 0.18 0.24 0.13 0.25 0.14 0.17 0.17 0.24 0.19 0.23 0.23 0.36 0.42 0.45 0.19 0.36
C4' 0.31 0.20 0.11 0.11 0.29 0.28 0.23 0.31 0.18 0.21 0.25 0.41 0.26 0.23 0.24 0.44 0.51 0.53 0.31 0.48
C5 0.28 0.16 0.11 0.11 0.22 0.23 0.17 0.25 0.14 0.18 0.20 0.30 0.25 0.21 0.21 0.37 0.50 0.50 0.26 0.44
C5' 0.26 0.22 0.12 0.14 0.36 0.24 0.30 0.28 0.22 0.21 0.30 0.49 0.25 0.18 0.24 0.39 0.53 0.52 0.34 0.49
C6 0.28 0.17 0.11 0.11 0.24 0.24 0.19 0.25 0.15 0.18 0.21 0.34 0.25 0.22 0.24 0.39 0.49 0.50 0.27 0.44
N1 0.29 0.17 0.11 0.12 0.24 0.25 0.18 0.26 0.14 0.18 0.21 0.33 0.24 0.23 0.25 0.40 0.43 0.46 0.22 0.38
N3 0.27 0.13 0.13 0.14 0.17 0.26 0.13 0.25 0.13 0.16 0.16 0.24 0.17 0.24 0.26 0.37 0.34 0.41 0.14 0.30
N4 0.27 0.12 0.14 0.14 0.14 0.24 0.12 0.25 0.15 0.17 0.14 0.19 0.15 0.23 0.21 0.34 0.42 0.45 0.18 0.36
O2 0.27 0.13 0.12 0.15 0.19 0.27 0.13 0.26 0.12 0.16 0.18 0.28 0.19 0.24 0.29 0.38 0.29 0.38 0.12 0.27
O2' 0.36 0.19 0.15 0.15 0.20 0.38 0.15 0.40 0.17 0.23 0.19 0.31 0.25 0.27 0.26 0.53 0.44 0.51 0.25 0.42
O3' 0.43 0.25 0.20 0.21 0.21 0.48 0.20 0.55 0.26 0.31 0.21 0.27 0.29 0.29 0.23 0.63 0.60 0.66 0.38 0.58
O4' 0.27 0.19 0.10 0.13 0.32 0.21 0.26 0.21 0.18 0.18 0.26 0.45 0.26 0.22 0.27 0.37 0.46 0.47 0.27 0.42
O5' 0.26 0.26 0.15 0.17 0.38 0.24 0.33 0.31 0.26 0.24 0.34 0.48 0.25 0.13 0.22 0.38 0.53 0.52 0.37 0.50
OP1 0.27 0.31 0.20 0.23 0.44 0.28 0.40 0.38 0.33 0.29 0.40 0.54 0.27 0.15 0.24 0.38 0.59 0.58 0.47 0.57
OP2 0.26 0.32 0.24 0.26 0.43 0.27 0.39 0.35 0.33 0.30 0.40 0.50 0.27 0.19 0.27 0.34 0.57 0.55 0.45 0.54
P 0.24 0.29 0.19 0.23 0.43 0.24 0.39 0.31 0.31 0.27 0.38 0.53 0.24 0.15 0.25 0.33 0.55 0.52 0.40 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.25 0.25 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.06 0.58 0.49 0.27 0.46
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.07 0.10 0.00 0.03 0.01 0.33 0.38 0.09 0.25
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.07 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.43 0.49 0.09 0.35
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.04 0.90 0.79 0.67 0.83
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.17 0.37 0.03
C5 0.01 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.04 0.97 0.83 0.70 0.90
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.14 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.23 0.44 0.03
C6 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05 0.85 0.68 0.41 0.70
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.58 0.48 0.19 0.44
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.05 0.74 0.64 0.48 0.65
N4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.04 0.97 0.89 0.84 0.95
O2 0.04 0.01 0.10 0.07 0.01 0.05 0.02 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.10 0.41 0.37 0.16 0.31
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.09 0.07 0.12 0.00 0.06 0.03 0.06 0.18 0.21 0.06
O3' 0.02 0.07 0.03 0.00 0.08 0.02 0.10 0.04 0.11 0.03 0.09 0.11 0.11 0.06 0.00 0.02 0.29 0.47 0.14 0.30
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.03 0.02 0.00 0.07 0.11 0.46 0.10
O5' 0.25 0.58 0.33 0.43 0.90 0.01 0.97 0.01 0.85 0.58 0.74 0.97 0.41 0.06 0.29 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.25 0.49 0.38 0.49 0.79 0.17 0.83 0.23 0.68 0.48 0.64 0.89 0.37 0.18 0.47 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.27 0.09 0.09 0.67 0.37 0.70 0.44 0.41 0.19 0.48 0.84 0.16 0.21 0.14 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.46 0.25 0.35 0.83 0.03 0.90 0.03 0.70 0.44 0.65 0.95 0.31 0.06 0.30 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00