ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.030, 0.062, 0.094, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.062 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.022, 0.055, 0.088, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.055 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.189, 0.352, 0.515, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.352 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.312, 0.493, 0.675, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.493 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.410, 0.639, 0.869, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.639 std_dev=0.229
C2' A 0, 0.344, 0.577, 0.809, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.577 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.417, 0.689, 0.961, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.689 std_dev=0.272
O5' A 0, 0.309, 0.582, 0.856, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.582 std_dev=0.273
C3' B 0, 0.484, 0.786, 1.089, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.786 std_dev=0.303
C5' A 0, 0.372, 0.677, 0.981, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.677 std_dev=0.304
P A 0, 0.304, 0.611, 0.918, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.611 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.422, 0.800, 1.178, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.800 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.402, 0.828, 1.255, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.828 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.256, 0.686, 1.117, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.686 std_dev=0.431
OP2 A 0, 0.362, 0.798, 1.234, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.798 std_dev=0.436
O2' A 0, 0.835, 1.282, 1.729, 1.644 max_d=1.644 avg_d=1.282 std_dev=0.447
O3' A 0, 1.036, 1.493, 1.951, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.493 std_dev=0.457
O2 B 0, 0.440, 0.948, 1.455, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.948 std_dev=0.507
N1 B 0, 0.250, 0.924, 1.598, 2.948 max_d=2.948 avg_d=0.924 std_dev=0.674
C4' B 0, 0.193, 0.901, 1.609, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.901 std_dev=0.708
C2 B 0, 0.245, 0.976, 1.708, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.976 std_dev=0.731
OP1 A 0, 0.119, 0.876, 1.632, 3.271 max_d=3.271 avg_d=0.876 std_dev=0.757
O4' B 0, 0.172, 0.947, 1.721, 3.344 max_d=3.344 avg_d=0.947 std_dev=0.774
C5' B 0, 0.032, 1.055, 2.078, 4.316 max_d=4.316 avg_d=1.055 std_dev=1.023
C6 B 0, -0.045, 1.040, 2.125, 4.406 max_d=4.406 avg_d=1.040 std_dev=1.085
N3 B 0, -0.076, 1.123, 2.323, 4.967 max_d=4.967 avg_d=1.123 std_dev=1.199
C5 B 0, -0.327, 1.158, 2.642, 5.837 max_d=5.837 avg_d=1.158 std_dev=1.485
C4 B 0, -0.355, 1.190, 2.734, 6.126 max_d=6.126 avg_d=1.190 std_dev=1.545
O5' B 0, -0.332, 1.325, 2.981, 6.724 max_d=6.724 avg_d=1.325 std_dev=1.656
N4 B 0, -0.683, 1.348, 3.379, 7.870 max_d=7.870 avg_d=1.348 std_dev=2.031
P B 0, -0.748, 1.478, 3.704, 8.787 max_d=8.787 avg_d=1.478 std_dev=2.226
OP1 B 0, -0.807, 1.540, 3.887, 9.255 max_d=9.255 avg_d=1.540 std_dev=2.347
OP2 B 0, -0.737, 1.627, 3.992, 9.358 max_d=9.358 avg_d=1.627 std_dev=2.365

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.29 0.48 0.25 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.34 0.76 0.36 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.08 0.05 0.16 0.00 0.01 0.01 0.44 0.55 0.26 0.34
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.07 0.11 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.19 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.37 0.96 0.46 0.34
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.13
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.37 0.96 0.47 0.34
C5' 0.04 0.15 0.06 0.02 0.17 0.00 0.13 0.00 0.10 0.10 0.17 0.18 0.15 0.05 0.03 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.37 0.84 0.41 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.35 0.71 0.34 0.24
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.36 0.88 0.41 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03 0.36 1.01 0.49 0.36
O2 0.03 0.00 0.16 0.11 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.17 0.06 0.03 0.31 0.67 0.32 0.23
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.06 0.17 0.00 0.04 0.03 0.44 0.59 0.27 0.37
O3' 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.00 0.05 0.12 0.14 0.13 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.16 0.28 0.29 0.11
O5' 0.29 0.34 0.44 0.25 0.37 0.01 0.37 0.01 0.37 0.35 0.36 0.36 0.31 0.44 0.12 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.48 0.76 0.55 0.24 0.96 0.09 0.96 0.11 0.84 0.71 0.88 1.01 0.67 0.59 0.14 0.28 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.36 0.26 0.19 0.46 0.14 0.47 0.14 0.41 0.34 0.41 0.49 0.32 0.27 0.13 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.34 0.16 0.34 0.13 0.34 0.01 0.29 0.24 0.31 0.36 0.23 0.37 0.14 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.34 0.14 0.25 0.42 0.56 0.21 0.65 0.15 0.13 0.51 0.56 0.43 0.25 0.25 0.52 0.84 1.07 0.77 0.98
C2 0.26 0.29 0.14 0.23 0.31 0.50 0.16 0.56 0.16 0.13 0.40 0.41 0.39 0.21 0.21 0.48 0.70 0.84 0.66 0.81
C2' 0.30 0.42 0.21 0.31 0.56 0.60 0.33 0.66 0.21 0.20 0.63 0.74 0.47 0.39 0.35 0.52 0.78 0.98 0.64 0.87
C3' 0.31 0.43 0.23 0.35 0.60 0.64 0.35 0.71 0.21 0.20 0.66 0.79 0.47 0.40 0.40 0.54 0.87 1.12 0.72 0.98
C4 0.39 0.17 0.12 0.25 0.18 0.63 0.31 0.75 0.39 0.27 0.20 0.18 0.29 0.12 0.17 0.69 1.03 1.16 1.08 1.18
C4' 0.34 0.36 0.22 0.37 0.47 0.70 0.25 0.82 0.21 0.18 0.56 0.64 0.44 0.35 0.39 0.62 1.06 1.37 0.97 1.22
C5 0.39 0.18 0.11 0.26 0.18 0.68 0.31 0.85 0.40 0.26 0.23 0.19 0.33 0.11 0.17 0.73 1.20 1.42 1.25 1.40
C5' 0.51 0.35 0.38 0.55 0.43 0.90 0.32 1.04 0.38 0.32 0.51 0.57 0.41 0.49 0.56 0.81 1.33 1.66 1.24 1.50
C6 0.35 0.23 0.12 0.25 0.21 0.65 0.21 0.79 0.30 0.20 0.32 0.29 0.37 0.14 0.18 0.67 1.10 1.35 1.11 1.29
N1 0.30 0.28 0.13 0.25 0.30 0.58 0.16 0.67 0.19 0.14 0.41 0.41 0.40 0.20 0.21 0.56 0.89 1.10 0.86 1.04
N3 0.31 0.20 0.14 0.23 0.18 0.52 0.18 0.59 0.25 0.18 0.26 0.23 0.33 0.16 0.19 0.54 0.75 0.86 0.76 0.87
N4 0.43 0.18 0.14 0.26 0.30 0.66 0.47 0.81 0.53 0.36 0.19 0.27 0.23 0.22 0.21 0.77 1.13 1.21 1.23 1.29
O2 0.17 0.38 0.15 0.20 0.47 0.39 0.29 0.41 0.17 0.17 0.53 0.59 0.44 0.25 0.23 0.33 0.47 0.60 0.41 0.55
O2' 0.21 0.46 0.16 0.24 0.66 0.47 0.43 0.49 0.23 0.21 0.71 0.86 0.47 0.38 0.31 0.39 0.53 0.68 0.36 0.59
O3' 0.20 0.47 0.15 0.26 0.67 0.52 0.42 0.58 0.21 0.19 0.72 0.89 0.49 0.33 0.32 0.42 0.71 0.96 0.56 0.81
O4' 0.30 0.31 0.15 0.29 0.38 0.63 0.19 0.75 0.19 0.14 0.48 0.52 0.41 0.24 0.27 0.59 1.02 1.31 0.98 1.19
O5' 0.16 0.64 0.30 0.19 0.70 0.38 0.43 0.53 0.27 0.33 0.82 0.86 0.75 0.20 0.20 0.33 0.84 1.22 0.76 1.03
OP1 0.70 1.08 0.95 0.82 1.08 0.49 0.88 0.42 0.78 0.85 1.19 1.19 1.19 0.88 0.90 0.49 0.55 0.91 0.56 0.75
OP2 0.71 0.19 0.46 0.63 0.18 1.11 0.43 1.32 0.61 0.48 0.20 0.18 0.23 0.53 0.55 1.09 1.71 2.16 1.71 1.97
P 0.24 0.53 0.35 0.27 0.55 0.47 0.33 0.62 0.26 0.28 0.68 0.69 0.65 0.29 0.32 0.46 0.97 1.38 0.95 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.20 0.08 0.15
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.02 0.41 0.39 0.35 0.37
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.16 0.00 0.01 0.00 0.17 0.22 0.07 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.06 0.06 0.14 0.02 0.01 0.01 0.19 0.28 0.04 0.16
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.59 0.59 0.60 0.59
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.03 0.62 0.62 0.60 0.62
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.14 0.07 0.07 0.12 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.03 0.55 0.52 0.43 0.50
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.41 0.38 0.29 0.35
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.51 0.50 0.50 0.49
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.62 0.65 0.68 0.65
O2 0.01 0.01 0.16 0.14 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.19 0.04 0.31 0.30 0.27 0.27
O2' 0.00 0.10 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.05 0.17 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.07
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.14 0.03 0.08 0.07 0.19 0.02 0.00 0.01 0.04 0.23 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.14 0.14 0.08
O5' 0.20 0.41 0.17 0.19 0.59 0.01 0.62 0.01 0.55 0.41 0.51 0.62 0.31 0.05 0.04 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.39 0.22 0.28 0.59 0.12 0.62 0.20 0.52 0.38 0.50 0.65 0.30 0.07 0.23 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.08 0.35 0.07 0.04 0.60 0.19 0.60 0.28 0.43 0.29 0.50 0.68 0.27 0.10 0.09 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.37 0.14 0.16 0.59 0.03 0.62 0.01 0.50 0.35 0.49 0.65 0.27 0.07 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00