ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.014, 0.048, 0.083, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.048 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.080, 0.272, 0.464, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.272 std_dev=0.192
C2' A 0, 0.085, 0.292, 0.499, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.292 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.119, 0.408, 0.698, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.408 std_dev=0.289
C4' A 0, 0.122, 0.418, 0.714, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.418 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.124, 0.423, 0.722, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.423 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.134, 0.459, 0.783, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.459 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.139, 0.473, 0.808, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.473 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.139, 0.475, 0.811, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.475 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.143, 0.488, 0.833, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.488 std_dev=0.345
P B 0, 0.149, 0.508, 0.868, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.508 std_dev=0.360
C3' A 0, 0.150, 0.511, 0.873, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.511 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.151, 0.516, 0.881, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.516 std_dev=0.365
C4' B 0, 0.151, 0.517, 0.882, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.517 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.162, 0.555, 0.949, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.555 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.164, 0.561, 0.958, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.561 std_dev=0.397
C5' B 0, 0.165, 0.565, 0.964, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.565 std_dev=0.399
O4' B 0, 0.170, 0.581, 0.991, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.581 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.170, 0.581, 0.992, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.581 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.198, 0.675, 1.152, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.675 std_dev=0.477
C6 B 0, 0.205, 0.698, 1.192, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.698 std_dev=0.494
C5' A 0, 0.204, 0.699, 1.193, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.699 std_dev=0.495
C5 B 0, 0.229, 0.780, 1.332, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.780 std_dev=0.552
C2 B 0, 0.232, 0.794, 1.355, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.794 std_dev=0.561
P A 0, 0.235, 0.804, 1.373, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.804 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.248, 0.847, 1.446, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.847 std_dev=0.599
C4 B 0, 0.250, 0.853, 1.456, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.853 std_dev=0.603
O2 B 0, 0.250, 0.853, 1.457, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.853 std_dev=0.604
N3 B 0, 0.258, 0.882, 1.505, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.882 std_dev=0.623
N4 B 0, 0.274, 0.934, 1.595, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.934 std_dev=0.661
OP2 A 0, 0.276, 0.941, 1.607, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.941 std_dev=0.666
OP1 A 0, 0.287, 0.981, 1.675, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.981 std_dev=0.694

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C2 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.09 0.18 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.09 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.17 0.20 0.28 0.21
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.10 0.06 0.06 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.02 0.18 0.20 0.27 0.21
C5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.16 0.00 0.18 0.00 0.15 0.09 0.12 0.18 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.14 0.14 0.18 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.07 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.13 0.15 0.23 0.17
N4 0.03 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.12 0.03 0.19 0.24 0.32 0.25
O2 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.15 0.09
O2' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.08 0.05
O3' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.02 0.15 0.05 0.14 0.06 0.03 0.12 0.06 0.06 0.00 0.01 0.14 0.14 0.14 0.14
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.01 0.00 0.10 0.11 0.08 0.09
O5' 0.01 0.10 0.05 0.09 0.17 0.01 0.18 0.01 0.14 0.08 0.13 0.19 0.07 0.05 0.14 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.09 0.04 0.06 0.20 0.04 0.20 0.06 0.14 0.07 0.15 0.24 0.06 0.02 0.14 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.18 0.09 0.09 0.28 0.02 0.27 0.02 0.18 0.13 0.23 0.32 0.15 0.08 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.06 0.08 0.21 0.01 0.21 0.01 0.15 0.09 0.17 0.25 0.09 0.05 0.14 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.13 0.02 0.06
C2 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.04 0.13 0.01 0.06
C2' 0.05 0.04 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.05 0.15 0.02 0.06
C3' 0.09 0.07 0.03 0.03 0.07 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.02 0.01 0.12 0.09 0.20 0.08 0.12
C4 0.03 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.03 0.02 0.12 0.02 0.03
C4' 0.07 0.07 0.01 0.02 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.01 0.02 0.11 0.09 0.19 0.07 0.11
C5 0.05 0.06 0.09 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.11 0.09 0.03 0.00 0.11 0.02 0.02
C5' 0.13 0.12 0.06 0.07 0.13 0.12 0.14 0.17 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.04 0.03 0.17 0.16 0.26 0.15 0.19
C6 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.03 0.01 0.11 0.02 0.02
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.05 0.03 0.12 0.01 0.04
N3 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.07 0.04 0.13 0.01 0.05
N4 0.07 0.09 0.11 0.08 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.09 0.08 0.12 0.15 0.09 0.04 0.01 0.11 0.03 0.02
O2 0.08 0.07 0.02 0.02 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.02 0.03 0.10 0.06 0.14 0.03 0.07
O2' 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.13 0.01 0.05
O3' 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.09 0.05 0.12 0.06 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.12 0.09 0.21 0.07 0.12
O4' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.11 0.01 0.05
O5' 0.13 0.12 0.09 0.09 0.13 0.13 0.14 0.18 0.14 0.13 0.12 0.13 0.10 0.07 0.06 0.16 0.16 0.27 0.16 0.19
OP1 0.18 0.15 0.14 0.16 0.16 0.20 0.19 0.25 0.19 0.17 0.15 0.16 0.12 0.12 0.13 0.22 0.24 0.38 0.25 0.29
OP2 0.25 0.23 0.20 0.21 0.25 0.25 0.26 0.29 0.26 0.25 0.24 0.24 0.21 0.19 0.17 0.28 0.28 0.40 0.30 0.32
P 0.18 0.16 0.13 0.14 0.17 0.18 0.19 0.23 0.19 0.18 0.16 0.17 0.13 0.11 0.11 0.21 0.22 0.35 0.23 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.16 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.16 0.10
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.14 0.09
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.14 0.08
N4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.16 0.10
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.11 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
O5' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.02 0.04 0.08 0.01 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.12 0.04 0.01 0.16 0.01 0.16 0.00 0.14 0.11 0.14 0.16 0.11 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00