Doublet Group distance statistics: 50346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N4	A	0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C2'	A	0, 0.033, 0.130, 0.226, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.130 std_dev=0.096
O2'	A	0, 0.032, 0.149, 0.265, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.149 std_dev=0.116
O4'	A	0, 0.014, 0.157, 0.300, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.157 std_dev=0.143
C3'	A	0, 0.032, 0.225, 0.417, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.225 std_dev=0.193
C4'	A	0, 0.030, 0.241, 0.453, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.241 std_dev=0.212
O3'	A	0, 0.057, 0.311, 0.565, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.254
O5'	A	0, 0.035, 0.304, 0.574, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.304 std_dev=0.270
C5'	A	0, 0.024, 0.368, 0.711, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.368 std_dev=0.343
O2'	B	0, 0.134, 0.683, 1.232, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.683 std_dev=0.549
P	A	0, 0.180, 0.804, 1.429, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.804 std_dev=0.624
C2'	B	0, 0.264, 0.904, 1.543, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.904 std_dev=0.640
C1'	B	0, 0.447, 1.535, 2.624, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.535 std_dev=1.089
C3'	B	0, 0.525, 1.810, 3.094, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.810 std_dev=1.285
O3'	B	0, 0.547, 1.870, 3.194, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.870 std_dev=1.323
OP2	A	0, 0.542, 2.019, 3.497, 3.495 max_d=3.495 avg_d=2.019 std_dev=1.478
O4'	B	0, 0.645, 2.222, 3.799, 3.502 max_d=3.502 avg_d=2.222 std_dev=1.577
C4'	B	0, 0.725, 2.502, 4.279, 3.960 max_d=3.960 avg_d=2.502 std_dev=1.777
OP1	A	0, 0.755, 2.599, 4.444, 4.082 max_d=4.082 avg_d=2.599 std_dev=1.844
N1	B	0, 0.768, 2.636, 4.505, 4.104 max_d=4.104 avg_d=2.636 std_dev=1.868
O2	B	0, 0.791, 2.702, 4.612, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.702 std_dev=1.910
C2	B	0, 0.890, 3.043, 5.197, 4.668 max_d=4.668 avg_d=3.043 std_dev=2.154
C6	B	0, 1.049, 3.608, 6.167, 5.653 max_d=5.653 avg_d=3.608 std_dev=2.559
C5'	B	0, 1.084, 3.750, 6.416, 5.965 max_d=5.965 avg_d=3.750 std_dev=2.666
O5'	B	0, 1.186, 4.115, 7.044, 6.586 max_d=6.586 avg_d=4.115 std_dev=2.929
N3	B	0, 1.220, 4.178, 7.136, 6.444 max_d=6.444 avg_d=4.178 std_dev=2.958
C5	B	0, 1.339, 4.598, 7.858, 7.182 max_d=7.182 avg_d=4.598 std_dev=3.260
C4	B	0, 1.405, 4.818, 8.231, 7.485 max_d=7.485 avg_d=4.818 std_dev=3.413
P	B	0, 1.572, 5.468, 9.364, 8.786 max_d=8.786 avg_d=5.468 std_dev=3.896
N4	B	0, 1.729, 5.929, 10.129, 9.207 max_d=9.207 avg_d=5.929 std_dev=4.200
OP2	B	0, 1.708, 5.946, 10.185, 9.571 max_d=9.571 avg_d=5.946 std_dev=4.238
OP1	B	0, 1.710, 5.955, 10.199, 9.586 max_d=9.586 avg_d=5.955 std_dev=4.244

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.07	0.38	0.09	0.10
C2	0.01	0.00	0.02	0.04	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.04	0.02	0.12	0.56	0.31	0.15
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.05	0.02	0.03	0.04	0.05	0.00	0.01	0.00	0.02	0.16	0.09	0.04
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.06	0.00	0.01	0.00	0.05	0.09	0.03	0.01
C4	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.04	0.02	0.15	0.67	0.47	0.18
C4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.09	0.12	0.03
C5	0.01	0.00	0.05	0.02	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.03	0.03	0.14	0.68	0.44	0.17
C5'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.07	0.00	0.07	0.00	0.05	0.04	0.06	0.07	0.03	0.02	0.02	0.01	0.00	0.11	0.24	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.03	0.00	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.04	0.03	0.12	0.61	0.30	0.15
N1	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.01	0.11	0.53	0.24	0.14
N3	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.05	0.01	0.14	0.62	0.41	0.17
N4	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.04	0.02	0.16	0.70	0.54	0.19
O2	0.02	0.00	0.05	0.06	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.06	0.03	0.11	0.50	0.26	0.14
O2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.06	0.03	0.05	0.02	0.04	0.03	0.05	0.06	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.13	0.02	0.04
O3'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.04	0.02	0.05	0.04	0.06	0.03	0.00	0.01	0.09	0.25	0.05	0.03
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.00	0.08	0.36	0.05	0.10
O5'	0.07	0.12	0.02	0.05	0.15	0.01	0.14	0.00	0.12	0.11	0.14	0.16	0.11	0.02	0.09	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.38	0.56	0.16	0.09	0.67	0.09	0.68	0.11	0.61	0.53	0.62	0.70	0.50	0.13	0.25	0.36	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.09	0.31	0.09	0.03	0.47	0.12	0.44	0.24	0.30	0.24	0.41	0.54	0.26	0.02	0.05	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.10	0.15	0.04	0.01	0.18	0.03	0.17	0.01	0.15	0.14	0.17	0.19	0.14	0.04	0.03	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.18	0.21	0.59	0.08	0.90	0.31	1.21	0.40	0.20	0.20	0.08	0.40	0.14	0.62	0.67	1.05	1.46	1.03	1.23
C2	0.26	0.15	0.20	0.52	0.10	0.81	0.27	1.00	0.34	0.18	0.16	0.09	0.32	0.15	0.52	0.61	0.84	1.08	0.78	0.94
C2'	0.33	0.13	0.22	0.59	0.22	0.91	0.48	1.29	0.53	0.29	0.12	0.19	0.33	0.20	0.55	0.72	1.18	1.65	1.25	1.42
C3'	0.26	0.19	0.18	0.54	0.12	0.85	0.38	1.22	0.44	0.21	0.19	0.09	0.43	0.19	0.53	0.65	1.11	1.61	1.19	1.37
C4	0.16	0.42	0.19	0.29	0.35	0.48	0.20	0.57	0.16	0.22	0.46	0.39	0.57	0.19	0.33	0.33	0.42	0.61	0.32	0.48
C4'	0.24	0.26	0.19	0.57	0.10	0.87	0.26	1.21	0.35	0.15	0.31	0.15	0.50	0.15	0.62	0.63	1.06	1.56	1.09	1.30
C5	0.17	0.50	0.17	0.32	0.43	0.54	0.23	0.68	0.17	0.25	0.57	0.49	0.67	0.19	0.38	0.36	0.50	0.75	0.39	0.59
C5'	0.17	0.37	0.14	0.51	0.22	0.80	0.12	1.12	0.23	0.08	0.44	0.30	0.60	0.13	0.58	0.55	0.96	1.46	0.97	1.18
C6	0.17	0.41	0.17	0.41	0.30	0.68	0.12	0.88	0.16	0.16	0.47	0.37	0.60	0.18	0.47	0.47	0.70	1.01	0.62	0.82
N1	0.23	0.25	0.18	0.50	0.13	0.80	0.20	1.03	0.28	0.14	0.29	0.16	0.45	0.16	0.54	0.58	0.86	1.18	0.80	1.00
N3	0.19	0.22	0.18	0.39	0.14	0.63	0.15	0.73	0.21	0.13	0.23	0.16	0.36	0.17	0.39	0.47	0.59	0.76	0.51	0.66
N4	0.24	0.55	0.23	0.20	0.51	0.28	0.38	0.30	0.31	0.37	0.59	0.54	0.65	0.18	0.21	0.17	0.21	0.32	0.14	0.21
O2	0.34	0.09	0.23	0.62	0.24	0.92	0.45	1.16	0.50	0.31	0.10	0.22	0.18	0.11	0.59	0.70	1.01	1.26	0.97	1.13
O2'	0.41	0.15	0.28	0.68	0.36	1.00	0.64	1.43	0.67	0.40	0.15	0.34	0.24	0.21	0.63	0.80	1.33	1.87	1.45	1.62
O3'	0.29	0.15	0.20	0.55	0.20	0.86	0.48	1.27	0.53	0.26	0.13	0.18	0.39	0.22	0.52	0.68	1.20	1.76	1.35	1.51
O4'	0.23	0.29	0.19	0.57	0.15	0.87	0.19	1.16	0.30	0.12	0.35	0.21	0.51	0.15	0.65	0.62	0.98	1.42	0.96	1.17
O5'	0.08	0.43	0.05	0.41	0.30	0.70	0.01	0.99	0.12	0.08	0.51	0.39	0.66	0.08	0.48	0.46	0.83	1.28	0.82	1.03
OP1	0.61	0.14	0.65	0.95	0.19	1.13	0.45	1.32	0.58	0.44	0.06	0.09	0.05	0.65	1.05	0.90	1.17	1.51	1.12	1.31
OP2	0.50	1.05	0.44	0.08	0.98	0.16	0.67	0.41	0.53	0.70	1.17	1.09	1.23	0.43	0.11	0.15	0.23	0.71	0.20	0.41
P	0.10	0.43	0.11	0.45	0.36	0.70	0.05	0.94	0.08	0.09	0.54	0.46	0.62	0.11	0.55	0.46	0.78	1.19	0.74	0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.03
C2	0.02	0.00	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.07	0.02	0.07	0.07	0.11	0.10
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.03	0.07	0.00	0.01	0.00	0.02	0.04	0.06	0.03
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.02	0.05	0.04	0.05	0.04	0.07	0.01	0.01	0.00	0.04	0.06	0.07	0.05
C4	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.02	0.09	0.13	0.17	0.15
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01
C5	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.02	0.10	0.15	0.18	0.16
C5'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.07	0.00	0.08	0.00	0.07	0.05	0.06	0.07	0.05	0.04	0.06	0.01	0.00	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.03	0.09	0.11	0.13	0.13
N1	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.02	0.07	0.07	0.10	0.09
N3	0.02	0.00	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.01	0.08	0.10	0.15	0.12
N4	0.01	0.00	0.03	0.04	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.02	0.10	0.15	0.19	0.16
O2	0.03	0.00	0.07	0.07	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.09	0.03	0.06	0.06	0.10	0.09
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.02	0.03	0.02	0.04	0.01	0.02	0.03	0.02	0.06	0.00	0.02	0.01	0.03	0.08	0.05	0.03
O3'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.07	0.03	0.07	0.06	0.06	0.05	0.07	0.07	0.09	0.02	0.00	0.02	0.07	0.12	0.09	0.09
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.00	0.04	0.05	0.02	0.04
O5'	0.02	0.07	0.02	0.04	0.09	0.01	0.10	0.00	0.09	0.07	0.08	0.10	0.06	0.03	0.07	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.02	0.07	0.04	0.06	0.13	0.04	0.15	0.04	0.11	0.07	0.10	0.15	0.06	0.08	0.12	0.05	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.04	0.11	0.06	0.07	0.17	0.02	0.18	0.02	0.13	0.10	0.15	0.19	0.10	0.05	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.10	0.03	0.05	0.15	0.01	0.16	0.01	0.13	0.09	0.12	0.16	0.09	0.03	0.09	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00