ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N4 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O3' A 0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.031
C3' A 0, -0.018, 0.096, 0.210, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.096 std_dev=0.114
C2' A 0, -0.025, 0.107, 0.238, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.107 std_dev=0.131
O4' A 0, -0.030, 0.110, 0.251, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.110 std_dev=0.140
C4' A 0, -0.033, 0.135, 0.304, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.135 std_dev=0.168
OP2 A 0, -0.021, 0.206, 0.433, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.206 std_dev=0.227
O2' A 0, -0.046, 0.186, 0.418, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.186 std_dev=0.232
O5' A 0, -0.054, 0.218, 0.490, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.218 std_dev=0.272
C5' A 0, -0.062, 0.236, 0.534, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.236 std_dev=0.298
O3' B 0, -0.056, 0.262, 0.579, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.262 std_dev=0.317
C3' B 0, -0.053, 0.273, 0.600, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.273 std_dev=0.327
O5' B 0, -0.039, 0.289, 0.616, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.289 std_dev=0.328
P B 0, -0.034, 0.304, 0.641, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.304 std_dev=0.337
P A 0, -0.071, 0.278, 0.627, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.278 std_dev=0.349
C2' B 0, -0.068, 0.305, 0.678, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.305 std_dev=0.373
OP1 B 0, -0.045, 0.331, 0.707, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.331 std_dev=0.376
N3 B 0, -0.071, 0.309, 0.690, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.309 std_dev=0.380
OP2 B 0, -0.044, 0.345, 0.733, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.345 std_dev=0.388
C2 B 0, -0.078, 0.321, 0.720, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.321 std_dev=0.399
C1' B 0, -0.073, 0.330, 0.733, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.330 std_dev=0.403
C4' B 0, -0.072, 0.336, 0.744, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.336 std_dev=0.408
N1 B 0, -0.076, 0.339, 0.754, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.339 std_dev=0.415
C5' B 0, -0.073, 0.353, 0.779, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.353 std_dev=0.426
O4' B 0, -0.076, 0.355, 0.787, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.355 std_dev=0.432
C4 B 0, -0.078, 0.354, 0.786, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.354 std_dev=0.432
O2' B 0, -0.092, 0.354, 0.800, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.354 std_dev=0.446
N4 B 0, -0.080, 0.371, 0.821, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.371 std_dev=0.451
O2 B 0, -0.105, 0.364, 0.833, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.364 std_dev=0.469
C6 B 0, -0.096, 0.406, 0.909, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.406 std_dev=0.502
C5 B 0, -0.099, 0.423, 0.946, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.423 std_dev=0.523
OP1 A 0, -0.137, 0.420, 0.977, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.420 std_dev=0.557

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.09 0.09 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.11 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.10 0.10 0.02
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.08 0.02
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.12 0.10 0.05
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.16 0.12 0.06
O2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.05
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.13 0.03
O5' 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.04 0.05 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.09 0.02 0.06 0.13 0.08 0.10 0.12 0.04 0.04 0.12 0.16 0.08 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.03 0.02 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.08 0.19 0.18 0.07 0.20 0.03 0.19 0.05 0.12 0.03 0.15 0.16 0.30 0.20 0.20 0.19 0.21 0.22 0.18
C2 0.18 0.03 0.19 0.19 0.11 0.22 0.06 0.20 0.03 0.09 0.08 0.18 0.10 0.32 0.22 0.20 0.19 0.21 0.21 0.18
C2' 0.26 0.20 0.25 0.22 0.03 0.25 0.04 0.23 0.12 0.21 0.10 0.05 0.30 0.35 0.21 0.27 0.26 0.29 0.31 0.26
C3' 0.24 0.19 0.24 0.22 0.03 0.24 0.04 0.22 0.12 0.20 0.09 0.05 0.28 0.33 0.21 0.25 0.25 0.27 0.30 0.25
C4 0.04 0.11 0.05 0.10 0.22 0.12 0.17 0.12 0.10 0.05 0.20 0.27 0.07 0.17 0.16 0.08 0.12 0.15 0.13 0.11
C4' 0.17 0.10 0.18 0.18 0.04 0.19 0.01 0.18 0.06 0.13 0.01 0.11 0.17 0.27 0.20 0.19 0.20 0.22 0.24 0.19
C5 0.03 0.09 0.04 0.08 0.21 0.09 0.17 0.09 0.10 0.04 0.17 0.26 0.04 0.14 0.13 0.07 0.11 0.14 0.13 0.10
C5' 0.15 0.09 0.16 0.17 0.04 0.16 0.02 0.16 0.04 0.11 0.01 0.09 0.16 0.23 0.19 0.16 0.20 0.23 0.26 0.20
C6 0.09 0.03 0.09 0.11 0.16 0.13 0.13 0.13 0.05 0.02 0.12 0.22 0.04 0.20 0.15 0.12 0.14 0.16 0.16 0.13
N1 0.15 0.03 0.16 0.16 0.11 0.19 0.07 0.17 0.01 0.08 0.08 0.18 0.10 0.28 0.19 0.17 0.18 0.19 0.20 0.17
N3 0.12 0.05 0.14 0.17 0.17 0.19 0.11 0.18 0.03 0.03 0.15 0.23 0.01 0.29 0.21 0.16 0.17 0.19 0.18 0.15
N4 0.06 0.20 0.05 0.04 0.27 0.06 0.23 0.07 0.17 0.13 0.26 0.31 0.17 0.05 0.12 0.01 0.08 0.11 0.08 0.07
O2 0.24 0.09 0.25 0.23 0.06 0.26 0.00 0.24 0.10 0.16 0.03 0.14 0.18 0.37 0.24 0.25 0.22 0.23 0.24 0.21
O2' 0.32 0.28 0.30 0.25 0.08 0.28 0.09 0.26 0.17 0.27 0.17 0.01 0.40 0.40 0.21 0.32 0.28 0.31 0.33 0.29
O3' 0.25 0.18 0.24 0.21 0.02 0.24 0.04 0.22 0.12 0.20 0.08 0.06 0.27 0.34 0.20 0.26 0.23 0.25 0.27 0.22
O4' 0.13 0.03 0.14 0.15 0.10 0.17 0.06 0.16 0.02 0.08 0.06 0.17 0.09 0.25 0.19 0.15 0.17 0.18 0.19 0.15
O5' 0.23 0.17 0.24 0.24 0.02 0.24 0.03 0.24 0.10 0.18 0.08 0.04 0.25 0.31 0.26 0.24 0.29 0.34 0.35 0.30
OP1 0.22 0.16 0.24 0.29 0.06 0.26 0.07 0.28 0.13 0.19 0.10 0.01 0.22 0.28 0.33 0.24 0.36 0.41 0.42 0.37
OP2 0.19 0.14 0.20 0.21 0.02 0.21 0.01 0.20 0.06 0.15 0.05 0.08 0.22 0.27 0.22 0.21 0.26 0.31 0.32 0.27
P 0.16 0.12 0.18 0.19 0.02 0.18 0.02 0.18 0.05 0.13 0.04 0.07 0.20 0.23 0.21 0.17 0.25 0.31 0.32 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.07 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
C4 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.03 0.03 0.03 0.09 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.05 0.10 0.05 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.06 0.02 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01
N4 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.17 0.03 0.02 0.06 0.12 0.05
O2 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.03 0.04
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.17 0.08 0.09 0.17 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.09
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.08 0.07 0.09 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.06 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00