ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.005, 0.008, 0.022, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.008 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.034, 0.063, 0.092, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.063 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.032, 0.065, 0.097, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.065 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.087, 0.233, 0.379, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.233 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.054, 0.244, 0.433, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.244 std_dev=0.189
C2' A 0, 0.024, 0.249, 0.474, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.249 std_dev=0.225
O4' A 0, 0.019, 0.254, 0.489, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.254 std_dev=0.235
C4' A 0, -0.030, 0.318, 0.667, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.318 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.127, 0.497, 0.866, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.497 std_dev=0.369
O2' A 0, 0.029, 0.414, 0.800, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.414 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.132, 0.579, 1.026, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.579 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.145, 0.621, 1.097, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.621 std_dev=0.476
C5' A 0, -0.042, 0.619, 1.281, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.619 std_dev=0.662
O5' A 0, -0.023, 0.719, 1.462, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.719 std_dev=0.742
OP2 A 0, 0.150, 0.959, 1.768, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.959 std_dev=0.809
O4' B 0, 0.167, 1.051, 1.936, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.051 std_dev=0.884
C3' B 0, 0.080, 1.011, 1.942, 3.297 max_d=3.297 avg_d=1.011 std_dev=0.931
N9 B 0, -0.171, 0.812, 1.794, 3.896 max_d=3.896 avg_d=0.812 std_dev=0.982
O3' B 0, -0.083, 0.939, 1.961, 4.043 max_d=4.043 avg_d=0.939 std_dev=1.022
P A 0, -0.134, 0.998, 2.130, 4.441 max_d=4.441 avg_d=0.998 std_dev=1.132
C4' B 0, 0.111, 1.314, 2.517, 3.922 max_d=3.922 avg_d=1.314 std_dev=1.203
C4 B 0, -0.448, 0.945, 2.338, 5.567 max_d=5.567 avg_d=0.945 std_dev=1.393
C8 B 0, -0.450, 1.054, 2.557, 5.960 max_d=5.960 avg_d=1.054 std_dev=1.504
N3 B 0, -0.570, 0.964, 2.497, 6.125 max_d=6.125 avg_d=0.964 std_dev=1.533
OP1 A 0, -0.452, 1.345, 3.143, 7.088 max_d=7.088 avg_d=1.345 std_dev=1.797
O5' B 0, -0.306, 1.492, 3.290, 7.111 max_d=7.111 avg_d=1.492 std_dev=1.798
C5' B 0, 0.006, 1.858, 3.710, 6.393 max_d=6.393 avg_d=1.858 std_dev=1.852
OP1 B 0, -0.325, 1.537, 3.399, 7.449 max_d=7.449 avg_d=1.537 std_dev=1.862
C5 B 0, -0.737, 1.224, 3.184, 7.786 max_d=7.786 avg_d=1.224 std_dev=1.960
N7 B 0, -0.768, 1.256, 3.279, 8.012 max_d=8.012 avg_d=1.256 std_dev=2.023
C2 B 0, -0.865, 1.298, 3.461, 8.595 max_d=8.595 avg_d=1.298 std_dev=2.163
P B 0, -0.634, 1.580, 3.794, 8.838 max_d=8.838 avg_d=1.580 std_dev=2.214
C6 B 0, -0.987, 1.532, 4.050, 10.000 max_d=10.000 avg_d=1.532 std_dev=2.519
N1 B 0, -1.013, 1.569, 4.152, 10.259 max_d=10.259 avg_d=1.569 std_dev=2.583
OP2 B 0, -1.012, 1.740, 4.492, 10.958 max_d=10.958 avg_d=1.740 std_dev=2.752
N6 B 0, -1.242, 1.851, 4.945, 12.264 max_d=12.264 avg_d=1.851 std_dev=3.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.20 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.02 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.07 0.06 0.11 0.55 0.30 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.11 0.01 0.08 0.03 0.19 0.00 0.02 0.01 0.06 0.38 0.06 0.09
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.18 0.05 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.11 0.43 0.28 0.10
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.17 0.03
C5 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.06 0.19 0.18 0.18 0.16
C5' 0.06 0.18 0.09 0.01 0.21 0.00 0.18 0.00 0.14 0.14 0.20 0.23 0.17 0.08 0.04 0.01 0.01 0.20 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.04 0.07 0.22 0.11 0.13 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.11 0.29 0.18 0.05
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.11 0.59 0.33 0.18
N4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.11 0.47 0.31 0.12
O2 0.03 0.00 0.19 0.10 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.28 0.10 0.10 0.17 0.68 0.35 0.28
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.08 0.14 0.02 0.09 0.04 0.28 0.00 0.05 0.01 0.09 0.55 0.06 0.16
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.10 0.05 0.00 0.07 0.04 0.14 0.06 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.13 0.13 0.14 0.14
O5' 0.09 0.11 0.06 0.04 0.11 0.01 0.19 0.01 0.22 0.11 0.11 0.11 0.17 0.09 0.04 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.55 0.38 0.18 0.43 0.09 0.18 0.20 0.11 0.29 0.59 0.47 0.68 0.55 0.14 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.30 0.06 0.05 0.28 0.17 0.18 0.27 0.13 0.18 0.33 0.31 0.35 0.06 0.06 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.09 0.07 0.10 0.03 0.16 0.01 0.20 0.05 0.18 0.12 0.28 0.16 0.06 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.59 0.23 0.14 0.81 0.31 1.34 0.79 1.46 1.25 1.07 0.41 1.89 1.61 0.76 0.37 0.64 0.39 0.82 0.91 1.73 1.13
C2 0.27 0.45 0.23 0.13 0.68 0.36 1.12 0.82 1.15 1.11 0.81 0.32 1.43 1.38 0.67 0.42 0.56 0.40 0.77 0.83 1.61 1.03
C2' 0.19 0.45 0.14 0.19 0.63 0.31 1.11 0.78 1.23 1.02 0.88 0.28 1.62 1.34 0.58 0.42 0.64 0.30 0.69 0.85 1.66 1.02
C3' 0.24 0.53 0.17 0.17 0.72 0.30 1.24 0.78 1.39 1.15 1.01 0.34 1.84 1.50 0.67 0.41 0.66 0.35 0.77 0.93 1.76 1.12
C4 0.24 0.95 0.13 0.32 0.93 0.23 1.28 0.50 1.42 0.98 1.25 0.72 1.58 1.29 0.72 0.27 0.76 0.19 0.30 0.50 0.95 0.52
C4' 0.31 0.83 0.17 0.22 0.94 0.24 1.52 0.68 1.74 1.31 1.36 0.57 2.25 1.75 0.82 0.35 0.75 0.38 0.72 0.85 1.64 1.05
C5 0.26 1.21 0.11 0.39 1.08 0.25 1.53 0.44 1.79 1.09 1.62 0.89 2.05 1.50 0.80 0.20 0.87 0.15 0.28 0.48 0.91 0.50
C5' 0.16 0.95 0.09 0.46 0.91 0.28 1.48 0.52 1.80 1.14 1.50 0.61 2.33 1.62 0.69 0.41 0.97 0.20 0.37 0.54 1.24 0.68
C6 0.29 1.06 0.15 0.30 1.04 0.19 1.55 0.51 1.80 1.20 1.53 0.76 2.16 1.63 0.82 0.26 0.81 0.23 0.44 0.59 1.18 0.69
N1 0.28 0.71 0.20 0.18 0.86 0.26 1.36 0.69 1.50 1.20 1.15 0.50 1.86 1.57 0.76 0.35 0.68 0.34 0.67 0.77 1.51 0.95
N3 0.25 0.53 0.20 0.16 0.70 0.32 1.06 0.72 1.09 0.99 0.83 0.40 1.27 1.23 0.65 0.40 0.58 0.35 0.59 0.67 1.32 0.80
N4 0.19 1.06 0.13 0.43 0.92 0.31 1.13 0.45 1.28 0.76 1.24 0.85 1.34 1.03 0.64 0.19 0.81 0.09 0.19 0.45 0.64 0.36
O2 0.27 0.22 0.27 0.16 0.50 0.50 0.91 1.01 0.86 1.07 0.48 0.19 1.14 1.26 0.59 0.49 0.43 0.51 1.01 1.04 1.94 1.30
O2' 0.15 0.15 0.18 0.14 0.40 0.37 0.80 0.89 0.84 0.87 0.48 0.12 1.17 1.09 0.44 0.48 0.52 0.31 0.80 0.98 1.82 1.15
O3' 0.30 0.35 0.29 0.09 0.66 0.36 1.18 0.90 1.25 1.22 0.81 0.24 1.71 1.53 0.69 0.47 0.59 0.44 1.01 1.17 2.07 1.41
O4' 0.37 0.89 0.24 0.17 1.02 0.26 1.62 0.70 1.83 1.40 1.43 0.63 2.33 1.85 0.90 0.31 0.72 0.43 0.78 0.86 1.65 1.08
O5' 0.26 1.08 0.12 0.35 0.98 0.26 1.50 0.60 1.81 1.13 1.58 0.75 2.27 1.57 0.76 0.30 0.76 0.29 0.39 0.57 1.24 0.67
OP1 0.32 0.84 0.59 0.94 0.55 0.67 1.03 0.66 1.44 0.53 1.33 0.43 1.92 1.00 0.25 0.83 1.28 0.31 0.42 0.52 0.49 0.35
OP2 0.16 1.12 0.33 0.74 0.80 0.57 1.25 0.66 1.65 0.74 1.57 0.70 2.06 1.19 0.47 0.45 1.10 0.22 0.31 0.46 0.65 0.34
P 0.15 1.22 0.14 0.52 0.96 0.32 1.45 0.51 1.84 0.96 1.70 0.82 2.29 1.42 0.65 0.35 0.89 0.13 0.13 0.39 0.85 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.18 0.49 0.32 0.27
C2 0.04 0.00 0.24 0.12 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.12 0.12 0.16 0.76 0.36 0.31
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.04 0.11 0.11 0.18 0.24 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.49 0.71 0.65 0.61
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.52 0.38 0.42
C4 0.02 0.00 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.13 0.06 0.07 0.15 0.76 0.35 0.31
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.05 0.10 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.13 0.04
C5 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.16 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.11 0.93 0.32 0.35
C5' 0.03 0.11 0.04 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.18 0.15 0.15 0.09 0.22 0.18 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.32 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.06 0.02 0.18 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.06 0.09 0.11 0.98 0.31 0.37
C8 0.03 0.01 0.11 0.06 0.01 0.09 0.01 0.15 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.16 0.06 0.08 0.11 0.87 0.31 0.33
N1 0.02 0.01 0.18 0.10 0.02 0.04 0.02 0.15 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.23 0.09 0.11 0.13 0.89 0.33 0.35
N3 0.05 0.01 0.24 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.11 0.11 0.18 0.68 0.37 0.29
N6 0.04 0.01 0.08 0.08 0.03 0.10 0.03 0.22 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.06 0.06 0.11 0.10 1.10 0.27 0.43
N7 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.09 0.01 0.18 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.12 0.05 0.07 0.09 0.99 0.29 0.36
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.16 0.69 0.34 0.30
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.04 0.11 0.16 0.23 0.33 0.06 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.53 0.82 0.82 0.70
O3' 0.04 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.11 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.20 0.37 0.28 0.25
O4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.37 0.10 0.14
O5' 0.18 0.16 0.49 0.36 0.15 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.13 0.18 0.10 0.09 0.16 0.53 0.20 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.49 0.76 0.71 0.52 0.76 0.08 0.93 0.08 0.98 0.87 0.89 0.68 1.10 0.99 0.69 0.82 0.37 0.37 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.36 0.65 0.38 0.35 0.13 0.32 0.32 0.31 0.31 0.33 0.37 0.27 0.29 0.34 0.82 0.28 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.31 0.61 0.42 0.31 0.04 0.35 0.02 0.37 0.33 0.35 0.29 0.43 0.36 0.30 0.70 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00