ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.013, 0.048, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.048 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.015, 0.057, 0.099, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.057 std_dev=0.042
N4 A 0, 0.026, 0.092, 0.159, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.092 std_dev=0.066
C1' B 0, 0.064, 0.248, 0.432, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.248 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.038, 0.242, 0.446, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.242 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.024, 0.240, 0.456, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.240 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.016, 0.237, 0.458, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.237 std_dev=0.221
C4 B 0, 0.060, 0.286, 0.511, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.286 std_dev=0.226
C6 B 0, 0.072, 0.299, 0.526, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.299 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.101, 0.346, 0.590, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.346 std_dev=0.245
N6 B 0, 0.099, 0.348, 0.596, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.348 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.085, 0.334, 0.583, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.334 std_dev=0.249
N9 B 0, 0.092, 0.357, 0.623, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.357 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.118, 0.424, 0.731, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.424 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.119, 0.428, 0.738, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.428 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.146, 0.553, 0.960, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.553 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.208, 0.723, 1.239, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.723 std_dev=0.516
P B 0, 0.219, 0.751, 1.283, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.751 std_dev=0.532
C4' B 0, 0.231, 0.797, 1.362, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.797 std_dev=0.565
O5' B 0, 0.253, 0.874, 1.494, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.874 std_dev=0.620
O3' A 0, 0.272, 0.933, 1.593, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.933 std_dev=0.661
O2' B 0, 0.283, 0.972, 1.661, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.972 std_dev=0.689
C4' A 0, 0.297, 1.018, 1.738, 1.575 max_d=1.575 avg_d=1.018 std_dev=0.721
O4' A 0, 0.298, 1.020, 1.742, 1.566 max_d=1.566 avg_d=1.020 std_dev=0.722
OP2 B 0, 0.326, 1.119, 1.911, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.119 std_dev=0.792
C3' A 0, 0.338, 1.154, 1.971, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.154 std_dev=0.816
C3' B 0, 0.357, 1.227, 2.098, 1.928 max_d=1.928 avg_d=1.227 std_dev=0.871
C2' A 0, 0.401, 1.369, 2.338, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.369 std_dev=0.969
OP1 B 0, 0.438, 1.495, 2.552, 2.249 max_d=2.249 avg_d=1.495 std_dev=1.057
O3' B 0, 0.603, 2.059, 3.516, 3.109 max_d=3.109 avg_d=2.059 std_dev=1.456
C5' A 0, 0.637, 2.176, 3.715, 3.310 max_d=3.310 avg_d=2.176 std_dev=1.539
O2' A 0, 0.693, 2.365, 4.038, 3.580 max_d=3.580 avg_d=2.365 std_dev=1.673
O5' A 0, 1.119, 3.822, 6.524, 5.779 max_d=5.779 avg_d=3.822 std_dev=2.703
P A 0, 1.434, 4.897, 8.359, 7.380 max_d=7.380 avg_d=4.897 std_dev=3.463
OP1 A 0, 1.443, 4.929, 8.414, 7.423 max_d=7.423 avg_d=4.929 std_dev=3.485
OP2 A 0, 1.848, 6.309, 10.771, 9.466 max_d=9.466 avg_d=6.309 std_dev=4.461

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.39 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.09 0.12 0.59 0.07 0.08
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.20 0.07 0.24 0.05 0.07 0.08 0.32 0.01 0.03 0.02 0.16 0.36 0.11 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.08 0.02 0.22 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.19 0.12
C4 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.16 0.65 0.12 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.11 0.02 0.01 0.01 0.20 0.12 0.06
C5 0.01 0.02 0.20 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.13 0.06 0.20 0.59 0.24 0.09
C5' 0.02 0.06 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.04 0.07 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.24 0.12 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.14 0.08 0.21 0.52 0.22 0.11
N1 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03 0.15 0.53 0.05 0.01
N3 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.13 0.65 0.05 0.07
N4 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.15 0.07 0.02 0.16 0.68 0.13 0.03
O2 0.01 0.01 0.32 0.22 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.26 0.11 0.13 0.08 0.56 0.18 0.13
O2' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.11 0.24 0.04 0.25 0.08 0.03 0.15 0.26 0.00 0.04 0.06 0.18 0.28 0.09 0.06
O3' 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.13 0.07 0.14 0.07 0.01 0.07 0.11 0.04 0.00 0.04 0.13 0.04 0.09 0.08
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.06 0.02 0.13 0.06 0.04 0.00 0.03 0.37 0.16 0.07
O5' 0.12 0.12 0.16 0.21 0.16 0.01 0.20 0.01 0.21 0.15 0.13 0.16 0.08 0.18 0.13 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.59 0.36 0.12 0.65 0.20 0.59 0.08 0.52 0.53 0.65 0.68 0.56 0.28 0.04 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.11 0.19 0.12 0.12 0.24 0.04 0.22 0.05 0.05 0.13 0.18 0.09 0.09 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.08 0.03 0.12 0.02 0.06 0.09 0.02 0.11 0.01 0.07 0.03 0.13 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.07 0.13 0.12 0.09 0.18 0.08 0.11 0.07 0.18 0.16 0.12 0.16 0.04 0.18 0.42 0.17 0.18
C2 0.12 0.06 0.08 0.10 0.11 0.06 0.10 0.12 0.04 0.19 0.04 0.08 0.02 0.17 0.17 0.11 0.14 0.03 0.16 0.37 0.18 0.17
C2' 0.07 0.29 0.08 0.17 0.08 0.04 0.05 0.10 0.14 0.21 0.31 0.19 0.12 0.19 0.11 0.09 0.12 0.00 0.37 0.71 0.39 0.44
C3' 0.19 0.10 0.22 0.28 0.19 0.08 0.25 0.11 0.18 0.35 0.08 0.12 0.25 0.37 0.26 0.15 0.02 0.06 0.41 0.75 0.38 0.45
C4 0.10 0.05 0.09 0.02 0.07 0.13 0.04 0.16 0.03 0.13 0.06 0.05 0.04 0.09 0.14 0.16 0.32 0.09 0.06 0.19 0.10 0.06
C4' 0.16 0.20 0.18 0.15 0.24 0.08 0.30 0.13 0.31 0.29 0.25 0.20 0.38 0.33 0.24 0.17 0.16 0.04 0.20 0.49 0.19 0.21
C5 0.11 0.06 0.12 0.03 0.11 0.14 0.09 0.16 0.03 0.14 0.03 0.10 0.03 0.12 0.15 0.18 0.36 0.10 0.06 0.21 0.09 0.07
C5' 0.18 0.32 0.23 0.14 0.32 0.13 0.42 0.18 0.49 0.36 0.42 0.27 0.62 0.44 0.30 0.23 0.20 0.09 0.18 0.50 0.17 0.19
C6 0.12 0.10 0.13 0.05 0.14 0.11 0.13 0.15 0.08 0.17 0.07 0.13 0.07 0.16 0.17 0.17 0.29 0.07 0.11 0.29 0.12 0.11
N1 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.07 0.14 0.12 0.09 0.19 0.08 0.13 0.07 0.19 0.18 0.14 0.20 0.05 0.15 0.37 0.16 0.16
N3 0.11 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.14 0.02 0.16 0.05 0.04 0.04 0.12 0.15 0.12 0.19 0.04 0.11 0.28 0.15 0.12
N4 0.08 0.09 0.06 0.09 0.00 0.18 0.04 0.20 0.08 0.06 0.10 0.05 0.09 0.05 0.09 0.18 0.40 0.12 0.03 0.08 0.04 0.02
O2 0.10 0.05 0.04 0.13 0.09 0.05 0.09 0.12 0.04 0.18 0.04 0.06 0.04 0.16 0.15 0.07 0.06 0.00 0.20 0.44 0.21 0.21
O2' 0.17 0.59 0.21 0.01 0.36 0.10 0.40 0.08 0.59 0.13 0.69 0.46 0.68 0.22 0.21 0.32 0.27 0.14 0.22 0.53 0.26 0.30
O3' 0.07 0.16 0.08 0.18 0.07 0.02 0.08 0.07 0.05 0.18 0.15 0.11 0.01 0.18 0.12 0.09 0.08 0.02 0.32 0.65 0.28 0.35
O4' 0.15 0.26 0.15 0.08 0.24 0.14 0.28 0.22 0.32 0.24 0.30 0.23 0.36 0.28 0.23 0.18 0.21 0.08 0.09 0.33 0.09 0.08
O5' 0.53 0.84 0.61 0.46 0.77 0.14 0.91 0.09 1.05 0.74 1.01 0.73 1.22 0.88 0.69 0.62 0.14 0.20 0.42 0.72 0.36 0.39
OP1 0.27 0.26 0.15 0.37 0.12 0.72 0.26 0.80 0.47 0.08 0.48 0.13 0.69 0.21 0.11 0.14 0.74 0.64 0.41 0.06 0.40 0.40
OP2 0.65 1.36 0.78 0.50 1.07 0.07 1.22 0.13 1.51 0.88 1.60 1.11 1.68 1.07 0.88 0.86 0.20 0.18 0.28 0.55 0.18 0.20
P 0.42 0.94 0.53 0.29 0.75 0.07 0.89 0.21 1.11 0.64 1.14 0.76 1.27 0.80 0.62 0.58 0.06 0.04 0.18 0.48 0.14 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.23 0.01 0.07 0.09 0.15 0.12
C2 0.07 0.00 0.12 0.07 0.03 0.15 0.02 0.18 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.33 0.19 0.03 0.07 0.20 0.10
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.14 0.05 0.08 0.09 0.11 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.37 0.39 0.35
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.12 0.18 0.09 0.06 0.15 0.19 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03
C4 0.04 0.03 0.05 0.08 0.00 0.08 0.00 0.13 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.20 0.13 0.01 0.04 0.21 0.09
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.12 0.14 0.05 0.05 0.03 0.20 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C5 0.03 0.02 0.02 0.14 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.16 0.09 0.11 0.06 0.12 0.22 0.06
C5' 0.06 0.18 0.14 0.01 0.13 0.00 0.11 0.00 0.13 0.06 0.16 0.17 0.11 0.08 0.06 0.06 0.13 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00
C6 0.03 0.02 0.05 0.12 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.14 0.13 0.14 0.06 0.15 0.21 0.05
C8 0.02 0.04 0.08 0.18 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.21 0.06 0.03 0.09 0.08 0.24 0.06
N1 0.05 0.01 0.09 0.09 0.01 0.12 0.02 0.16 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.23 0.17 0.03 0.12 0.20 0.07
N3 0.07 0.00 0.11 0.06 0.01 0.14 0.00 0.17 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.34 0.18 0.05 0.05 0.19 0.12
N6 0.04 0.02 0.06 0.15 0.04 0.05 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.19 0.08 0.12 0.11 0.21 0.21 0.05
N7 0.03 0.03 0.04 0.19 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.22 0.05 0.06 0.11 0.16 0.24 0.03
N9 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.13 0.11 0.03 0.04 0.01 0.20 0.09
O2' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.20 0.16 0.06 0.14 0.21 0.07 0.02 0.19 0.22 0.13 0.00 0.05 0.13 0.20 0.44 0.34 0.31
O3' 0.23 0.33 0.02 0.01 0.20 0.02 0.09 0.13 0.13 0.06 0.23 0.34 0.08 0.05 0.11 0.05 0.00 0.18 0.15 0.17 0.04 0.13
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.14 0.03 0.17 0.18 0.12 0.06 0.03 0.13 0.18 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04
O5' 0.07 0.03 0.27 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.05 0.11 0.11 0.04 0.20 0.15 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.07 0.37 0.02 0.04 0.00 0.12 0.01 0.15 0.08 0.12 0.05 0.21 0.16 0.01 0.44 0.17 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.20 0.39 0.05 0.21 0.03 0.22 0.05 0.21 0.24 0.20 0.19 0.21 0.24 0.20 0.34 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.10 0.35 0.03 0.09 0.01 0.06 0.00 0.05 0.06 0.07 0.12 0.05 0.03 0.09 0.31 0.13 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00