ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50352

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.002, 0.025, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.001, 0.026, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.002, 0.030, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.009, 0.037, 0.066, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.052 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.016, 0.056, 0.097, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.056 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.018, 0.066, 0.114, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.066 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.038, 0.196, 0.353, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.196 std_dev=0.158
C4' A 0, 0.051, 0.250, 0.448, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.250 std_dev=0.198
C2' A 0, 0.087, 0.324, 0.561, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.324 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.111, 0.423, 0.735, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.423 std_dev=0.312
O2' A 0, 0.131, 0.467, 0.804, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.467 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.110, 0.511, 0.912, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.511 std_dev=0.401
C2' B 0, 0.166, 0.575, 0.983, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.575 std_dev=0.408
O3' A 0, 0.164, 0.626, 1.088, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.626 std_dev=0.462
O5' A 0, 0.149, 0.643, 1.137, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.643 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.224, 0.764, 1.304, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.764 std_dev=0.540
P A 0, 0.280, 1.097, 1.915, 1.961 max_d=1.961 avg_d=1.097 std_dev=0.817
OP2 A 0, 0.300, 1.151, 2.003, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.151 std_dev=0.852
C3' B 0, 0.360, 1.233, 2.106, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.233 std_dev=0.873
OP1 A 0, 0.343, 1.331, 2.319, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.331 std_dev=0.988
OP1 B 0, 0.667, 2.282, 3.897, 3.512 max_d=3.512 avg_d=2.282 std_dev=1.615
C1' B 0, 0.702, 2.396, 4.091, 3.605 max_d=3.605 avg_d=2.396 std_dev=1.694
C4' B 0, 0.763, 2.606, 4.448, 3.938 max_d=3.938 avg_d=2.606 std_dev=1.843
O3' B 0, 0.796, 2.719, 4.642, 4.121 max_d=4.121 avg_d=2.719 std_dev=1.923
C5' B 0, 0.845, 2.888, 4.931, 4.400 max_d=4.400 avg_d=2.888 std_dev=2.043
O5' B 0, 0.849, 2.906, 4.963, 4.473 max_d=4.473 avg_d=2.906 std_dev=2.057
O4' B 0, 0.979, 3.344, 5.708, 5.029 max_d=5.029 avg_d=3.344 std_dev=2.364
P B 0, 1.037, 3.543, 6.050, 5.376 max_d=5.376 avg_d=3.543 std_dev=2.506
N9 B 0, 1.116, 3.810, 6.505, 5.737 max_d=5.737 avg_d=3.810 std_dev=2.694
N3 B 0, 1.220, 4.166, 7.113, 6.290 max_d=6.290 avg_d=4.166 std_dev=2.946
OP2 B 0, 1.355, 4.628, 7.900, 6.968 max_d=6.968 avg_d=4.628 std_dev=3.272
C4 B 0, 1.377, 4.701, 8.025, 7.061 max_d=7.061 avg_d=4.701 std_dev=3.324
C8 B 0, 1.423, 4.857, 8.291, 7.307 max_d=7.307 avg_d=4.857 std_dev=3.434
C2 B 0, 1.578, 5.389, 9.201, 8.126 max_d=8.126 avg_d=5.389 std_dev=3.811
C5 B 0, 1.853, 6.328, 10.802, 9.501 max_d=9.501 avg_d=6.328 std_dev=4.474
N7 B 0, 1.878, 6.413, 10.948, 9.632 max_d=9.632 avg_d=6.413 std_dev=4.535
N1 B 0, 2.063, 7.043, 12.023, 10.591 max_d=10.591 avg_d=7.043 std_dev=4.980
C6 B 0, 2.217, 7.570, 12.922, 11.368 max_d=11.368 avg_d=7.570 std_dev=5.353
N6 B 0, 2.713, 9.264, 15.814, 13.921 max_d=13.921 avg_d=9.264 std_dev=6.550

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04
C2 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.09 0.09 0.04 0.07
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
C4 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.07 0.02 0.06
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.04 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.09 0.04 0.06 0.06 0.03 0.06
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03 0.06
N3 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.09 0.04 0.07
N4 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.06 0.03 0.06
O2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.09 0.04 0.10 0.11 0.05 0.08
O2' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.05 0.08 0.00 0.02 0.05 0.09 0.02 0.00 0.00 0.07 0.09 0.09 0.06
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
O5' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.09 0.09 0.06 0.11 0.07 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.09 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 1.51 0.20 0.09 1.28 0.05 1.73 0.07 2.09 1.26 1.99 1.11 2.42 1.68 0.97 0.05 0.07 0.21 0.54 0.42 1.16 0.71
C2 0.40 1.26 0.21 0.13 1.15 0.04 1.49 0.10 1.69 1.12 1.59 0.98 1.86 1.44 0.89 0.09 0.12 0.22 0.52 0.40 1.03 0.66
C2' 0.55 1.76 0.22 0.11 1.48 0.08 1.98 0.22 2.41 1.45 2.32 1.30 2.80 1.91 1.14 0.01 0.06 0.41 0.69 0.55 1.33 0.89
C3' 0.54 1.79 0.22 0.05 1.55 0.02 2.13 0.14 2.59 1.56 2.42 1.32 3.10 2.09 1.20 0.05 0.14 0.36 0.69 0.55 1.43 0.91
C4 0.27 0.96 0.20 0.03 1.04 0.24 1.44 0.08 1.54 1.18 1.32 0.75 1.73 1.51 0.85 0.07 0.13 0.07 0.44 0.36 1.07 0.61
C4' 0.42 1.64 0.20 0.04 1.40 0.13 1.95 0.01 2.37 1.41 2.22 1.19 2.85 1.92 1.06 0.06 0.12 0.19 0.55 0.42 1.29 0.76
C5 0.27 1.16 0.19 0.06 1.16 0.31 1.67 0.15 1.87 1.30 1.61 0.87 2.17 1.74 0.91 0.07 0.23 0.07 0.43 0.36 1.18 0.64
C5' 0.33 1.58 0.15 0.11 1.35 0.29 1.94 0.16 2.37 1.39 2.18 1.12 2.90 1.94 1.00 0.10 0.28 0.07 0.45 0.33 1.27 0.68
C6 0.34 1.37 0.21 0.00 1.27 0.22 1.79 0.08 2.08 1.34 1.86 1.02 2.43 1.80 0.98 0.05 0.15 0.06 0.48 0.39 1.21 0.69
N1 0.39 1.41 0.21 0.07 1.26 0.09 1.71 0.03 2.00 1.26 1.86 1.06 2.29 1.67 0.97 0.06 0.04 0.16 0.52 0.41 1.14 0.69
N3 0.36 1.00 0.21 0.12 1.04 0.07 1.34 0.07 1.45 1.08 1.29 0.82 1.57 1.34 0.84 0.09 0.09 0.15 0.49 0.39 0.99 0.62
N4 0.15 0.65 0.16 0.08 0.80 0.36 1.16 0.17 1.18 1.06 0.96 0.50 1.35 1.30 0.70 0.08 0.24 0.19 0.37 0.33 1.01 0.55
O2 0.43 1.23 0.21 0.20 1.06 0.12 1.33 0.20 1.53 1.01 1.50 0.96 1.67 1.27 0.83 0.10 0.26 0.31 0.54 0.42 0.96 0.65
O2' 0.58 1.76 0.24 0.18 1.45 0.17 1.90 0.29 2.32 1.39 2.28 1.31 2.69 1.82 1.12 0.05 0.15 0.48 0.72 0.58 1.31 0.90
O3' 0.60 1.89 0.22 0.05 1.62 0.05 2.22 0.22 2.71 1.64 2.54 1.40 3.27 2.19 1.26 0.06 0.17 0.46 0.76 0.61 1.51 1.00
O4' 0.34 1.46 0.19 0.04 1.24 0.17 1.74 0.05 2.10 1.25 1.97 1.06 2.50 1.71 0.93 0.06 0.04 0.10 0.46 0.36 1.16 0.65
O5' 0.29 1.51 0.12 0.18 1.33 0.36 1.95 0.22 2.36 1.41 2.12 1.07 2.91 1.98 0.99 0.15 0.41 0.05 0.42 0.30 1.29 0.67
OP1 0.25 1.49 0.12 0.28 1.31 0.49 1.96 0.34 2.38 1.43 2.12 1.04 2.98 2.03 0.97 0.20 0.58 0.12 0.35 0.23 1.32 0.63
OP2 0.23 1.37 0.14 0.30 1.26 0.52 1.90 0.37 2.25 1.42 1.97 0.97 2.80 2.00 0.95 0.20 0.63 0.17 0.33 0.22 1.30 0.60
P 0.22 1.42 0.12 0.26 1.26 0.50 1.89 0.36 2.28 1.37 2.02 0.99 2.84 1.95 0.93 0.18 0.54 0.16 0.32 0.21 1.26 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00 0.15 0.10 0.24 0.18
C2 0.04 0.00 0.24 0.19 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.09 0.16 0.08 0.04 0.14 0.14
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.00 0.07 0.13 0.13 0.12 0.19 0.23 0.12 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.23 0.40 0.32
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.19 0.01 0.23 0.01 0.25 0.19 0.23 0.15 0.28 0.23 0.15 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.02 0.04
C4 0.02 0.02 0.13 0.19 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.07 0.07 0.05 0.18 0.14
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.05 0.05 0.11 0.13 0.06 0.20 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01
C5 0.03 0.01 0.07 0.23 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.19 0.08 0.03 0.00 0.01 0.13 0.09
C5' 0.05 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.10 0.05 0.08 0.08 0.10 0.02 0.07 0.14 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.04 0.02 0.13 0.25 0.02 0.07 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.16 0.09 0.06 0.02 0.03 0.09 0.08
C8 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.14 0.02 0.10 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.27 0.09 0.13 0.03 0.04 0.19 0.09
N1 0.05 0.01 0.19 0.23 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.10 0.08 0.13 0.05 0.04 0.11 0.12
N3 0.03 0.01 0.23 0.15 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.11 0.16 0.11 0.06 0.18 0.17
N6 0.05 0.03 0.12 0.28 0.03 0.11 0.03 0.08 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.05 0.21 0.15 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06
N7 0.01 0.01 0.06 0.23 0.01 0.13 0.00 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.28 0.12 0.09 0.07 0.00 0.12 0.06
N9 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.14 0.02 0.02 0.07 0.07 0.21 0.15
O2' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.09 0.20 0.19 0.07 0.16 0.27 0.10 0.09 0.21 0.28 0.14 0.00 0.04 0.14 0.21 0.12 0.43 0.24
O3' 0.17 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.14 0.09 0.09 0.08 0.11 0.15 0.12 0.02 0.04 0.00 0.13 0.14 0.39 0.21 0.24
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.13 0.13 0.16 0.06 0.09 0.02 0.14 0.13 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06
O5' 0.15 0.08 0.30 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.11 0.08 0.07 0.07 0.21 0.14 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.04 0.23 0.09 0.05 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.00 0.07 0.12 0.39 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.14 0.40 0.02 0.18 0.02 0.13 0.01 0.09 0.19 0.11 0.18 0.06 0.12 0.21 0.43 0.21 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.14 0.32 0.04 0.14 0.01 0.09 0.01 0.08 0.09 0.12 0.17 0.06 0.06 0.15 0.24 0.24 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00