ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50353

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C2' B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C3' A 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O5' A 0, 0.000, 0.272, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
O2' B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
P A 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
O3' A 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
OP1 A 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
OP2 A 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C1' B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
N3 B 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
N9 B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C2 B 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.000, 0.668, 1.337, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.668 std_dev=0.668
C8 B 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
O4' B 0, 0.000, 0.698, 1.395, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.698 std_dev=0.698
N1 B 0, 0.000, 0.713, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.713 std_dev=0.713
C4' B 0, 0.000, 0.717, 1.433, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.717 std_dev=0.717
C5 B 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733
O5' B 0, 0.000, 0.782, 1.564, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.782 std_dev=0.782
N7 B 0, 0.000, 0.799, 1.597, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.799 std_dev=0.799
C6 B 0, 0.000, 0.812, 1.623, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.812 std_dev=0.812
C5' B 0, 0.000, 0.948, 1.896, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.948 std_dev=0.948
N6 B 0, 0.000, 0.978, 1.956, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.978 std_dev=0.978
OP2 B 0, 0.000, 1.145, 2.291, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.145 std_dev=1.145
P B 0, 0.000, 1.209, 2.417, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.209 std_dev=1.209
OP1 B 0, 0.000, 1.459, 2.919, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.459 std_dev=1.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.08 0.09
C2 0.04 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03 0.18 0.19 0.20 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.04 0.06 0.12 0.08 0.14 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.19 0.22 0.23 0.21
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.19 0.22 0.23 0.21
C5' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.10 0.09 0.12 0.11 0.12 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.19 0.18 0.19
N1 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.16 0.16 0.16 0.17
N3 0.03 0.00 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.02 0.19 0.21 0.23 0.21
N4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.18 0.22 0.24 0.21
O2 0.07 0.01 0.12 0.14 0.00 0.09 0.02 0.12 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.14 0.06 0.19 0.19 0.20 0.20
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.01 0.05 0.06 0.13 0.11 0.14 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.06 0.08
O5' 0.09 0.18 0.02 0.04 0.19 0.02 0.19 0.01 0.18 0.16 0.19 0.18 0.19 0.04 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.08 0.19 0.01 0.03 0.22 0.04 0.22 0.05 0.19 0.16 0.21 0.22 0.19 0.04 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.20 0.00 0.05 0.23 0.01 0.23 0.01 0.18 0.16 0.23 0.24 0.20 0.03 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.02 0.03 0.21 0.02 0.21 0.01 0.19 0.17 0.21 0.21 0.20 0.05 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.14 0.01 0.03 0.16 0.02 0.17 0.05 0.15 0.17 0.14 0.16 0.14 0.18 0.16 0.07 0.14 0.11 0.11 0.06 0.23 0.20
C2 0.04 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.10 0.04 0.08 0.11 0.06 0.08 0.08 0.12 0.09 0.11 0.17 0.02 0.03 0.04 0.13 0.10
C2' 0.12 0.10 0.03 0.02 0.13 0.07 0.13 0.10 0.09 0.15 0.08 0.13 0.07 0.14 0.14 0.00 0.05 0.14 0.13 0.12 0.25 0.23
C3' 0.22 0.17 0.10 0.11 0.22 0.19 0.19 0.23 0.14 0.23 0.13 0.22 0.12 0.21 0.23 0.07 0.02 0.27 0.25 0.27 0.38 0.37
C4 0.10 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04 0.09 0.07 0.04 0.13 0.00 0.06 0.03 0.12 0.12 0.05 0.09 0.11 0.10 0.07 0.20 0.18
C4' 0.21 0.23 0.06 0.04 0.25 0.14 0.25 0.19 0.22 0.26 0.22 0.25 0.21 0.27 0.25 0.00 0.07 0.25 0.23 0.23 0.38 0.36
C5 0.16 0.10 0.02 0.01 0.17 0.11 0.16 0.15 0.10 0.19 0.07 0.16 0.08 0.18 0.19 0.03 0.08 0.20 0.18 0.17 0.30 0.28
C5' 0.31 0.33 0.13 0.13 0.36 0.26 0.35 0.32 0.32 0.36 0.31 0.36 0.30 0.37 0.35 0.07 0.01 0.38 0.35 0.38 0.52 0.50
C6 0.15 0.14 0.01 0.00 0.19 0.08 0.18 0.13 0.14 0.20 0.12 0.18 0.13 0.20 0.19 0.05 0.10 0.18 0.17 0.16 0.30 0.27
N1 0.10 0.12 0.02 0.04 0.15 0.02 0.16 0.05 0.13 0.16 0.11 0.14 0.12 0.17 0.15 0.08 0.14 0.11 0.10 0.06 0.23 0.19
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.08 0.01 0.03 0.03 0.08 0.06 0.11 0.15 0.01 0.02 0.04 0.11 0.08
N4 0.10 0.10 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.04 0.10 0.08 0.03 0.04 0.07 0.09 0.01 0.05 0.11 0.11 0.08 0.18 0.18
O2 0.01 0.06 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.14 0.21 0.04 0.04 0.13 0.07 0.02
O2' 0.06 0.10 0.03 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.07 0.13 0.06 0.06 0.02 0.19 0.15
O3' 0.25 0.18 0.14 0.15 0.23 0.25 0.21 0.30 0.15 0.25 0.14 0.24 0.12 0.23 0.25 0.12 0.08 0.32 0.30 0.34 0.43 0.43
O4' 0.14 0.20 0.01 0.04 0.21 0.04 0.22 0.09 0.20 0.21 0.19 0.20 0.19 0.23 0.20 0.08 0.16 0.16 0.14 0.11 0.29 0.25
O5' 0.38 0.38 0.22 0.22 0.41 0.35 0.40 0.41 0.35 0.42 0.34 0.41 0.32 0.41 0.41 0.16 0.10 0.45 0.43 0.47 0.59 0.58
OP1 0.49 0.51 0.30 0.32 0.53 0.48 0.53 0.56 0.49 0.54 0.49 0.52 0.46 0.55 0.53 0.23 0.19 0.59 0.58 0.68 0.78 0.77
OP2 0.51 0.52 0.33 0.35 0.54 0.49 0.53 0.57 0.47 0.55 0.47 0.54 0.42 0.54 0.54 0.26 0.23 0.59 0.59 0.67 0.77 0.76
P 0.45 0.48 0.27 0.28 0.50 0.43 0.49 0.50 0.45 0.51 0.45 0.50 0.42 0.51 0.50 0.21 0.15 0.54 0.53 0.59 0.71 0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.10
C2 0.02 0.00 0.14 0.13 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.19 0.05 0.05 0.11 0.21 0.19
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.08 0.06 0.11 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.10 0.13 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.05
C4 0.01 0.02 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.03 0.04 0.10 0.17 0.16
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05
C5 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.07 0.15 0.22 0.20
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07 0.02 0.11 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.10 0.05 0.09 0.19 0.27 0.24
C8 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.13 0.16 0.16
N1 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.15 0.06 0.08 0.17 0.26 0.23
N3 0.03 0.00 0.14 0.13 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.14 0.17 0.03 0.03 0.07 0.16 0.15
N6 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.06 0.12 0.23 0.30 0.27
N7 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.17 0.22 0.20
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.13 0.13
O2' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.05 0.13 0.14 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06
O3' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.10 0.01 0.06 0.03 0.10 0.07 0.15 0.17 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08
O5' 0.02 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.08 0.03 0.12 0.09 0.03 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.04 0.11 0.01 0.04 0.10 0.01 0.15 0.01 0.19 0.13 0.17 0.07 0.23 0.17 0.07 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.21 0.07 0.03 0.17 0.04 0.22 0.02 0.27 0.16 0.26 0.16 0.30 0.22 0.13 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.08 0.05 0.16 0.05 0.20 0.03 0.24 0.16 0.23 0.15 0.27 0.20 0.13 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00