ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 9, 18, 9, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.055, 0.112, 0.170, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.112 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.044, 0.105, 0.167, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.105 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.068, 0.149, 0.229, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.149 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.075, 0.164, 0.254, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.164 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.090, 0.185, 0.279, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.185 std_dev=0.095
C2 B 0, 0.190, 0.306, 0.423, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.306 std_dev=0.116
N1 B 0, 0.161, 0.288, 0.414, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.288 std_dev=0.126
C2' B 0, 0.141, 0.275, 0.408, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.275 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.127, 0.261, 0.395, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.261 std_dev=0.134
O2 B 0, 0.181, 0.315, 0.450, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.315 std_dev=0.134
C1' B 0, 0.170, 0.305, 0.440, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.305 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.230, 0.366, 0.502, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.366 std_dev=0.136
C5' A 0, 0.145, 0.295, 0.444, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.295 std_dev=0.150
C4 B 0, 0.230, 0.383, 0.537, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.383 std_dev=0.153
C3' B 0, 0.225, 0.382, 0.540, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.382 std_dev=0.158
OP2 A 0, 0.213, 0.373, 0.533, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.373 std_dev=0.160
O2' B 0, 0.190, 0.351, 0.511, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.351 std_dev=0.161
O4' B 0, 0.246, 0.412, 0.578, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.412 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.159, 0.325, 0.492, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.325 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.241, 0.413, 0.585, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.413 std_dev=0.172
P A 0, 0.225, 0.398, 0.571, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.398 std_dev=0.173
O3' B 0, 0.317, 0.490, 0.663, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.490 std_dev=0.173
C4' B 0, 0.277, 0.452, 0.627, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.452 std_dev=0.175
O4 B 0, 0.272, 0.447, 0.623, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.447 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.181, 0.357, 0.534, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.357 std_dev=0.176
OP1 B 0, 0.310, 0.500, 0.691, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.500 std_dev=0.191
C5' B 0, 0.351, 0.546, 0.741, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.546 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.231, 0.436, 0.640, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.436 std_dev=0.205
O5' B 0, 0.312, 0.517, 0.722, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.517 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.307, 0.514, 0.720, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.514 std_dev=0.207
P B 0, 0.256, 0.471, 0.686, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.471 std_dev=0.215

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.08 0.11 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.11 0.13 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.06 0.07 0.10 0.04 0.10 0.04 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.07 0.06 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.06 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.14 0.10 0.11 0.10 0.08 0.07 0.14 0.10 0.10 0.08 0.18 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10
C2 0.09 0.10 0.08 0.08 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.15 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
C2' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.13 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.13 0.10 0.08 0.08 0.16 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09
C3' 0.05 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.13 0.09 0.07 0.07 0.17 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
C4 0.08 0.09 0.07 0.07 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09 0.08 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
C4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.14 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.13 0.08 0.09 0.08 0.19 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07
C5 0.08 0.10 0.07 0.07 0.14 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.14 0.10 0.09 0.08 0.16 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09
C5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.13 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.12 0.06 0.10 0.09 0.18 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C6 0.08 0.10 0.07 0.07 0.15 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.14 0.10 0.09 0.08 0.18 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09
N1 0.08 0.10 0.07 0.07 0.14 0.10 0.10 0.10 0.08 0.07 0.13 0.10 0.10 0.08 0.17 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10
N3 0.09 0.09 0.07 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.09 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11
N4 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10
O2 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.13 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13
O2' 0.09 0.10 0.08 0.09 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.08 0.13 0.10 0.11 0.10 0.17 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11
O3' 0.05 0.09 0.05 0.05 0.14 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.13 0.09 0.07 0.07 0.17 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07
O4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.15 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.14 0.09 0.10 0.09 0.20 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09
O5' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.14 0.09 0.10 0.09 0.06 0.05 0.12 0.06 0.11 0.10 0.18 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08
OP1 0.11 0.08 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.12 0.17 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12
OP2 0.12 0.08 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.13 0.08 0.09 0.11 0.10 0.16 0.13 0.18 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12
P 0.10 0.07 0.10 0.10 0.13 0.11 0.10 0.11 0.07 0.07 0.11 0.07 0.13 0.11 0.17 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.10 0.13 0.16 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.10 0.13 0.15 0.13
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.09 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.09 0.11 0.15 0.11
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.07 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.11 0.15 0.18 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.04 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.05 0.11 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.05 0.06 0.13 0.05 0.13 0.05 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.07 0.06 0.16 0.02 0.15 0.01 0.11 0.10 0.15 0.11 0.05 0.07 0.18 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.04 0.13 0.01 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.08 0.04 0.05 0.14 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00