ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 19, 17, 8, 7, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.011, 0.034, 0.058, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.053 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.017, 0.054, 0.091, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.054 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.023, 0.066, 0.108, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.066 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.033, 0.085, 0.137, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.085 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.048, 0.103, 0.157, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.103 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.040, 0.095, 0.151, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.095 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.059, 0.145, 0.230, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.145 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.053, 0.139, 0.225, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.139 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.070, 0.165, 0.261, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.165 std_dev=0.096
P A 0, 0.099, 0.211, 0.322, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.211 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.136, 0.255, 0.374, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.255 std_dev=0.119
O4' B 0, 0.115, 0.235, 0.354, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.235 std_dev=0.120
C1' B 0, 0.100, 0.220, 0.340, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.220 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.117, 0.238, 0.359, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.238 std_dev=0.121
C4' B 0, 0.126, 0.258, 0.390, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.258 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.174, 0.306, 0.438, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.306 std_dev=0.132
O2 B 0, 0.138, 0.271, 0.404, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.271 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.096, 0.236, 0.377, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.236 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.136, 0.279, 0.422, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.279 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.149, 0.293, 0.436, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.293 std_dev=0.144
C3' B 0, 0.128, 0.273, 0.418, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.273 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.147, 0.294, 0.441, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.294 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.184, 0.336, 0.489, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.336 std_dev=0.152
C5' B 0, 0.146, 0.306, 0.467, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.306 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.176, 0.338, 0.500, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.338 std_dev=0.162
O5' B 0, 0.171, 0.344, 0.516, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.173
O4 B 0, 0.217, 0.391, 0.566, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.391 std_dev=0.174
O3' B 0, 0.146, 0.325, 0.503, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.325 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.116, 0.309, 0.502, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.309 std_dev=0.193
P B 0, 0.175, 0.396, 0.616, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.396 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.027, 0.392, 0.756, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.392 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.170, 0.550, 0.930, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.550 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.11 0.13 0.06
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.08 0.13 0.18 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.08 0.13 0.17 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.12 0.13 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.11 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.12 0.16 0.07
N4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.08 0.14 0.20 0.09
O2 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.02 0.07 0.11 0.11 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.00 0.02 0.05 0.05 0.09 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.08 0.04 0.04
O5' 0.04 0.07 0.02 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.11 0.06 0.05 0.13 0.04 0.13 0.04 0.12 0.11 0.12 0.14 0.11 0.06 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.04 0.05 0.18 0.06 0.17 0.08 0.13 0.10 0.16 0.20 0.11 0.05 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.09 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.12 0.16 0.27 0.14
C2 0.08 0.11 0.07 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.16 0.23 0.13
C2' 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.09 0.14 0.11 0.13 0.10 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.09 0.13 0.19 0.30 0.16
C3' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.12 0.14 0.10 0.10 0.13 0.09 0.12 0.15 0.32 0.15
C4 0.07 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.08 0.11 0.13 0.12 0.10 0.10 0.08 0.13 0.12 0.20 0.10
C4' 0.08 0.11 0.07 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.15 0.11 0.10 0.13 0.09 0.12 0.14 0.30 0.14
C5 0.08 0.11 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.09 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.09 0.14 0.13 0.22 0.11
C5' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.13 0.16 0.12 0.10 0.13 0.09 0.13 0.13 0.31 0.14
C6 0.08 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.14 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.13 0.25 0.12
N1 0.07 0.10 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.08 0.11 0.14 0.25 0.12
N3 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.14 0.20 0.11
N4 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.13 0.17 0.10
O2 0.09 0.11 0.08 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.21 0.25 0.16
O2' 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.10 0.12 0.13 0.11 0.14 0.23 0.30 0.18
O3' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.12 0.09 0.12 0.13 0.10 0.10 0.13 0.08 0.13 0.17 0.34 0.16
O4' 0.07 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.14 0.27 0.13
O5' 0.09 0.13 0.09 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.13 0.10 0.14 0.17 0.12 0.11 0.14 0.10 0.13 0.13 0.32 0.14
OP1 0.17 0.19 0.19 0.17 0.18 0.15 0.19 0.14 0.18 0.17 0.19 0.23 0.23 0.18 0.17 0.16 0.14 0.12 0.19 0.07
OP2 0.20 0.24 0.18 0.20 0.28 0.21 0.28 0.25 0.26 0.23 0.27 0.25 0.15 0.19 0.30 0.22 0.26 0.32 0.47 0.31
P 0.09 0.14 0.08 0.09 0.15 0.10 0.16 0.12 0.14 0.11 0.15 0.18 0.10 0.10 0.15 0.11 0.13 0.15 0.30 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.16 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02 0.09 0.23 0.10 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.14 0.10 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.13 0.06
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.03 0.13 0.31 0.15 0.16
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.15 0.31 0.15 0.17
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.05 0.04 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.14 0.26 0.12 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.10 0.22 0.09 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.11 0.28 0.12 0.13
O2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.11 0.04 0.04 0.08 0.21 0.09 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.03 0.06 0.04 0.04 0.12 0.11 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.11 0.03 0.00 0.06 0.01 0.10 0.10 0.17 0.07
O4 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.00 0.03 0.13 0.33 0.18 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.13 0.06 0.05
O5' 0.06 0.09 0.05 0.07 0.13 0.01 0.15 0.01 0.14 0.10 0.11 0.08 0.04 0.10 0.13 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.23 0.14 0.12 0.31 0.10 0.31 0.10 0.26 0.22 0.28 0.21 0.12 0.10 0.33 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.10 0.13 0.15 0.07 0.15 0.07 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.17 0.18 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.05 0.06 0.16 0.01 0.17 0.01 0.13 0.09 0.13 0.07 0.04 0.07 0.18 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00