ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 10, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.020, 0.053, 0.086, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.053 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.034, 0.082, 0.130, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.082 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.036, 0.091, 0.146, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.091 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.024, 0.079, 0.134, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.079 std_dev=0.055
C5' A 0, 0.057, 0.134, 0.210, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.134 std_dev=0.076
O5' A 0, 0.057, 0.139, 0.221, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.139 std_dev=0.082
O3' A 0, 0.038, 0.123, 0.208, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.123 std_dev=0.085
O4' B 0, 0.085, 0.174, 0.263, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.174 std_dev=0.089
C2' B 0, 0.117, 0.207, 0.296, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.207 std_dev=0.090
O2' B 0, 0.139, 0.231, 0.323, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.231 std_dev=0.092
P A 0, 0.088, 0.181, 0.274, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.181 std_dev=0.093
C1' B 0, 0.093, 0.187, 0.280, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.187 std_dev=0.093
O5' B 0, 0.096, 0.190, 0.284, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.190 std_dev=0.094
C3' B 0, 0.105, 0.199, 0.293, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.199 std_dev=0.094
C4' B 0, 0.082, 0.177, 0.272, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.177 std_dev=0.095
O2 B 0, 0.129, 0.228, 0.328, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.228 std_dev=0.099
C2 B 0, 0.104, 0.208, 0.312, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.208 std_dev=0.104
O3' B 0, 0.122, 0.226, 0.330, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.226 std_dev=0.104
C5' B 0, 0.077, 0.181, 0.286, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.181 std_dev=0.105
N1 B 0, 0.085, 0.190, 0.295, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.190 std_dev=0.105
OP1 A 0, 0.091, 0.200, 0.308, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.200 std_dev=0.109
OP2 A 0, 0.099, 0.214, 0.330, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.214 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.086, 0.203, 0.320, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.203 std_dev=0.117
OP1 B 0, 0.108, 0.229, 0.351, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.229 std_dev=0.121
N3 B 0, 0.098, 0.222, 0.346, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.222 std_dev=0.124
P B 0, 0.097, 0.222, 0.347, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.222 std_dev=0.125
C5 B 0, 0.089, 0.223, 0.357, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.223 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.088, 0.229, 0.371, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.229 std_dev=0.142
O4 B 0, 0.102, 0.260, 0.418, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.260 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.085, 0.250, 0.415, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.250 std_dev=0.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.13 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
C2 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
C2' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C3' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06
C4 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06
C4' 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04
C5 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07
C5' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
C6 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06
N1 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05
N3 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
N4 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07
O2 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.05 0.06 0.09 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04
O2' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08
O3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
O4' 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.05
O5' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05
OP1 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07
OP2 0.10 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10
P 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.09 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00