ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50365

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C1' A 0, -0.004, 0.034, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.012, 0.105, 0.198, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.105 std_dev=0.093
C2' B 0, 0.043, 0.335, 0.626, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.335 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.134, 0.476, 0.819, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.476 std_dev=0.342
O5' A 0, 0.236, 0.833, 1.431, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.833 std_dev=0.597
O4' A 0, 0.266, 0.926, 1.586, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.926 std_dev=0.660
C2' A 0, 0.275, 0.962, 1.649, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.962 std_dev=0.687
C3' A 0, 0.392, 1.364, 2.336, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.364 std_dev=0.972
P A 0, 0.410, 1.403, 2.397, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.403 std_dev=0.993
C4' A 0, 0.418, 1.447, 2.475, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.447 std_dev=1.028
O2' A 0, 0.446, 1.525, 2.605, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.525 std_dev=1.080
OP2 A 0, 0.459, 1.630, 2.802, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.630 std_dev=1.171
O3' A 0, 0.521, 1.786, 3.051, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.786 std_dev=1.265
OP2 B 0, 0.500, 1.774, 3.048, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.774 std_dev=1.274
C3' B 0, 0.490, 1.804, 3.119, 3.095 max_d=3.095 avg_d=1.804 std_dev=1.315
C5' A 0, 0.579, 2.000, 3.421, 3.168 max_d=3.168 avg_d=2.000 std_dev=1.421
C1' B 0, 0.637, 2.202, 3.767, 3.498 max_d=3.498 avg_d=2.202 std_dev=1.565
O5' B 0, 0.590, 2.272, 3.954, 4.017 max_d=4.017 avg_d=2.272 std_dev=1.682
P B 0, 0.643, 2.467, 4.290, 4.351 max_d=4.351 avg_d=2.467 std_dev=1.823
OP1 A 0, 0.758, 2.589, 4.419, 3.924 max_d=3.924 avg_d=2.589 std_dev=1.831
C4' B 0, 0.847, 2.990, 5.134, 4.918 max_d=4.918 avg_d=2.990 std_dev=2.144
O4' B 0, 0.913, 3.168, 5.423, 5.071 max_d=5.071 avg_d=3.168 std_dev=2.255
O3' B 0, 0.927, 3.213, 5.500, 5.131 max_d=5.131 avg_d=3.213 std_dev=2.286
OP1 B 0, 0.884, 3.247, 5.610, 5.556 max_d=5.556 avg_d=3.247 std_dev=2.363
N1 B 0, 0.979, 3.342, 5.706, 5.033 max_d=5.033 avg_d=3.342 std_dev=2.363
C6 B 0, 1.028, 3.525, 6.023, 5.475 max_d=5.475 avg_d=3.525 std_dev=2.497
C5' B 0, 1.010, 3.575, 6.140, 5.894 max_d=5.894 avg_d=3.575 std_dev=2.565
O2 B 0, 1.297, 4.430, 7.563, 6.733 max_d=6.733 avg_d=4.430 std_dev=3.133
C2 B 0, 1.328, 4.534, 7.739, 6.816 max_d=6.816 avg_d=4.534 std_dev=3.206
C5 B 0, 1.467, 5.035, 8.604, 7.841 max_d=7.841 avg_d=5.035 std_dev=3.568
N3 B 0, 1.761, 6.017, 10.272, 9.132 max_d=9.132 avg_d=6.017 std_dev=4.255
C4 B 0, 1.878, 6.426, 10.973, 9.876 max_d=9.876 avg_d=6.426 std_dev=4.548
O4 B 0, 2.321, 7.943, 13.565, 12.208 max_d=12.208 avg_d=7.943 std_dev=5.622

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.01 0.20 0.00 0.13 0.04 0.19 0.04
C2 0.06 0.00 0.15 0.22 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.08 0.06 0.09 0.25 0.42 0.19
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.14 0.15 0.03 0.13 0.07 0.26 0.01 0.03 0.01 0.42 0.36 0.28 0.37
C3' 0.00 0.22 0.01 0.00 0.23 0.00 0.16 0.01 0.10 0.13 0.26 0.26 0.22 0.02 0.01 0.01 0.22 0.21 0.07 0.18
C4 0.05 0.00 0.07 0.23 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.04 0.07 0.48 0.61 0.35
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.11 0.07 0.19 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.01
C5 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.06 0.07 0.09 0.45 0.62 0.35
C5' 0.06 0.03 0.14 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.04 0.07 0.10 0.04 0.06 0.12 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.10 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.25 0.02 0.08 0.10 0.29 0.48 0.25
N1 0.02 0.02 0.03 0.13 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.14 0.06 0.01 0.11 0.19 0.37 0.16
N3 0.06 0.01 0.13 0.26 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.23 0.11 0.04 0.07 0.40 0.53 0.29
N4 0.05 0.00 0.07 0.26 0.00 0.11 0.02 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.30 0.15 0.04 0.06 0.57 0.65 0.39
O2 0.09 0.00 0.26 0.22 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.16 0.13 0.12 0.16 0.33 0.11
O2' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.27 0.19 0.29 0.06 0.25 0.14 0.23 0.30 0.20 0.00 0.03 0.13 0.28 0.37 0.37 0.35
O3' 0.20 0.08 0.03 0.01 0.11 0.02 0.06 0.12 0.02 0.06 0.11 0.15 0.16 0.03 0.00 0.14 0.10 0.06 0.04 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.13 0.13 0.14 0.00 0.08 0.11 0.36 0.18
O5' 0.13 0.09 0.42 0.22 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.07 0.06 0.12 0.28 0.10 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.04 0.25 0.36 0.21 0.48 0.06 0.45 0.05 0.29 0.19 0.40 0.57 0.16 0.37 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.19 0.42 0.28 0.07 0.61 0.14 0.62 0.08 0.48 0.37 0.53 0.65 0.33 0.37 0.04 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.19 0.37 0.18 0.35 0.01 0.35 0.02 0.25 0.16 0.29 0.39 0.11 0.35 0.06 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 1.20 0.08 0.14 1.55 0.20 1.22 0.22 0.91 0.84 1.55 1.16 0.15 0.20 1.78 0.17 0.05 0.02 0.32 0.08
C2 0.31 1.08 0.02 0.15 1.35 0.24 1.08 0.25 0.81 0.76 1.36 1.04 0.14 0.21 1.50 0.10 0.07 0.04 0.28 0.08
C2' 0.13 0.92 0.20 0.33 1.29 0.49 0.96 0.56 0.65 0.57 1.27 0.89 0.29 0.35 1.53 0.17 0.26 0.33 0.05 0.25
C3' 0.07 0.77 0.32 0.43 1.20 0.60 0.88 0.64 0.53 0.43 1.15 0.70 0.43 0.42 1.48 0.29 0.33 0.40 0.05 0.33
C4 0.31 0.64 0.14 0.15 0.70 0.10 0.61 0.10 0.53 0.51 0.72 0.65 0.21 0.29 0.74 0.23 0.21 0.29 0.29 0.22
C4' 0.28 1.10 0.09 0.16 1.50 0.23 1.17 0.25 0.83 0.75 1.47 1.05 0.24 0.17 1.77 0.11 0.03 0.07 0.27 0.03
C5 0.36 0.68 0.17 0.21 0.74 0.19 0.63 0.18 0.55 0.53 0.76 0.71 0.22 0.36 0.78 0.31 0.25 0.32 0.31 0.26
C5' 0.28 0.99 0.06 0.06 1.32 0.11 1.03 0.14 0.75 0.69 1.30 0.95 0.22 0.04 1.54 0.15 0.10 0.04 0.27 0.09
C6 0.37 0.89 0.14 0.13 1.03 0.10 0.84 0.08 0.68 0.65 1.07 0.91 0.19 0.19 1.14 0.27 0.18 0.21 0.31 0.20
N1 0.36 1.08 0.09 0.10 1.32 0.13 1.05 0.14 0.80 0.76 1.35 1.06 0.16 0.10 1.48 0.19 0.09 0.07 0.30 0.11
N3 0.29 0.88 0.05 0.06 1.03 0.14 0.86 0.13 0.68 0.64 1.04 0.85 0.15 0.05 1.11 0.12 0.10 0.12 0.28 0.12
N4 0.26 0.28 0.19 0.30 0.30 0.25 0.33 0.25 0.34 0.29 0.27 0.25 0.25 0.56 0.28 0.26 0.28 0.42 0.28 0.29
O2 0.30 1.19 0.10 0.32 1.60 0.44 1.26 0.47 0.91 0.82 1.57 1.09 0.17 0.48 1.82 0.14 0.19 0.22 0.28 0.17
O2' 0.37 1.16 0.19 0.15 1.57 0.32 1.26 0.40 0.92 0.83 1.52 1.10 0.17 0.20 1.83 0.09 0.08 0.16 0.29 0.07
O3' 0.09 0.95 0.15 0.32 1.50 0.53 1.15 0.58 0.75 0.61 1.40 0.84 0.26 0.34 1.83 0.21 0.22 0.32 0.12 0.21
O4' 0.49 1.30 0.11 0.06 1.66 0.04 1.33 0.03 1.01 0.95 1.66 1.27 0.12 0.08 1.90 0.34 0.22 0.14 0.46 0.24
O5' 0.35 0.92 0.06 0.10 1.16 0.05 0.93 0.03 0.72 0.67 1.16 0.91 0.12 0.21 1.33 0.26 0.20 0.20 0.34 0.20
OP1 0.32 0.15 0.53 0.41 0.41 0.51 0.23 0.53 0.04 0.04 0.38 0.11 0.61 0.20 0.58 0.39 0.37 0.33 0.28 0.38
OP2 0.37 0.10 0.60 0.42 0.14 0.48 0.04 0.49 0.14 0.18 0.16 0.13 0.65 0.18 0.24 0.40 0.40 0.30 0.35 0.40
P 0.07 0.36 0.34 0.21 0.56 0.26 0.39 0.27 0.22 0.18 0.55 0.35 0.43 0.04 0.70 0.13 0.15 0.10 0.07 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.20 0.05 0.01 0.10 0.13 0.04 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.01 0.04 0.02 0.01 0.17 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.11 0.15 0.03 0.03 0.09 0.00 0.02 0.11 0.02 0.22 0.35 0.25 0.24
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.17 0.10 0.10 0.03 0.01 0.00 0.16 0.02 0.08 0.17 0.04 0.07
C4 0.05 0.00 0.10 0.15 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.32 0.04 0.01 0.04 0.05 0.14 0.26 0.17
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.18 0.01 0.06 0.01 0.02 0.10 0.02 0.03
C5 0.06 0.01 0.15 0.18 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.10 0.02 0.03 0.07 0.14 0.25 0.17
C5' 0.05 0.02 0.11 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.03 0.01 0.04 0.09 0.13 0.05 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02
C6 0.06 0.01 0.15 0.17 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.09 0.02 0.03 0.04 0.07 0.17 0.13
N1 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.11 0.01 0.04 0.02 0.07 0.23 0.14
O2 0.02 0.01 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.01 0.05 0.04 0.04 0.14 0.07
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.32 0.18 0.35 0.09 0.30 0.16 0.23 0.02 0.00 0.02 0.35 0.12 0.15 0.30 0.28 0.20
O3' 0.20 0.18 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.13 0.09 0.09 0.11 0.29 0.02 0.00 0.05 0.11 0.22 0.09 0.18 0.17
O4 0.05 0.01 0.11 0.16 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.35 0.05 0.00 0.05 0.08 0.18 0.30 0.20
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.12 0.11 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.10 0.02 0.22 0.08 0.05 0.02 0.07 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.15 0.22 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.01 0.35 0.17 0.14 0.10 0.14 0.06 0.07 0.02 0.07 0.04 0.30 0.09 0.18 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02
OP2 0.04 0.17 0.25 0.04 0.26 0.02 0.25 0.01 0.17 0.13 0.23 0.14 0.28 0.18 0.30 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.24 0.07 0.17 0.03 0.17 0.02 0.13 0.09 0.14 0.07 0.20 0.17 0.20 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00