ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 23, 12, 7, 2, 2, 1, 2, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.034 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.006, 0.077, 0.147, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.077 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.037, 0.112, 0.188, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.112 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.014, 0.124, 0.233, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.124 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.080, 0.190, 0.300, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.190 std_dev=0.110
C3' A 0, 0.027, 0.148, 0.268, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.148 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.040, 0.208, 0.376, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.208 std_dev=0.168
N7 B 0, 0.075, 0.257, 0.438, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.257 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.035, 0.223, 0.410, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.223 std_dev=0.188
O6 B 0, 0.195, 0.390, 0.584, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.390 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.102, 0.305, 0.508, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.305 std_dev=0.203
O5' A 0, 0.087, 0.290, 0.493, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.290 std_dev=0.203
C8 B 0, 0.050, 0.256, 0.463, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.256 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.152, 0.364, 0.575, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.364 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.069, 0.316, 0.562, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.316 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.089, 0.337, 0.585, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.337 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.197, 0.451, 0.704, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.451 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.265, 0.530, 0.794, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.530 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.284, 0.551, 0.817, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.551 std_dev=0.266
N1 B 0, 0.161, 0.428, 0.695, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.428 std_dev=0.267
P A 0, 0.066, 0.346, 0.626, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.346 std_dev=0.280
O5' B 0, 0.275, 0.556, 0.837, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.556 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.109, 0.397, 0.684, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.397 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.254, 0.543, 0.832, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.543 std_dev=0.289
P B 0, 0.260, 0.556, 0.852, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.556 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.256, 0.560, 0.863, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.560 std_dev=0.303
OP1 B 0, 0.258, 0.561, 0.865, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.561 std_dev=0.303
N3 B 0, 0.108, 0.412, 0.715, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.412 std_dev=0.304
O3' B 0, 0.282, 0.593, 0.903, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.593 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.134, 0.446, 0.758, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.446 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.124, 0.451, 0.777, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.451 std_dev=0.326
N2 B 0, 0.153, 0.526, 0.899, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.526 std_dev=0.373
O2' B 0, -0.012, 0.459, 0.930, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.459 std_dev=0.471
OP1 A 0, -0.043, 0.589, 1.221, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.589 std_dev=0.632
OP2 A 0, -0.321, 0.830, 1.982, 3.767 max_d=3.767 avg_d=0.830 std_dev=1.152

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.12 0.30 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.02 0.13 0.27 0.16 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.11 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.13 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.12 0.22 0.19 0.14
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.22 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.12 0.30 0.20 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.34 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.12 0.36 0.18 0.16
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.20 0.33 0.12
N1 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.13 0.33 0.17 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.13 0.20 0.16 0.15
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.12 0.42 0.19 0.16
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.30 0.27 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.16 0.26 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.10 0.16 0.05
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.09 0.14 0.26 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.23 0.45 0.11
O5' 0.07 0.13 0.06 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.04 0.09 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.27 0.09 0.09 0.22 0.22 0.30 0.34 0.36 0.20 0.33 0.20 0.42 0.30 0.16 0.10 0.14 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.16 0.11 0.13 0.19 0.21 0.20 0.18 0.18 0.33 0.17 0.16 0.19 0.27 0.26 0.16 0.26 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.05 0.06 0.14 0.03 0.15 0.01 0.16 0.12 0.17 0.15 0.16 0.14 0.11 0.05 0.10 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.13 0.17 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.11 0.14 0.14 0.12 0.11 0.12 0.21 0.19 0.14 0.15 0.17 0.15 0.17 0.15
C2 0.15 0.15 0.19 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.26 0.20 0.16 0.16 0.17 0.16 0.18 0.16
C2' 0.13 0.16 0.19 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.17 0.12 0.17 0.17 0.15 0.13 0.13 0.25 0.17 0.13 0.13 0.19 0.13 0.15 0.12
C3' 0.12 0.15 0.18 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.16 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.12 0.24 0.16 0.10 0.11 0.18 0.11 0.13 0.10
C4 0.13 0.13 0.17 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.15 0.14 0.12 0.11 0.12 0.22 0.18 0.14 0.15 0.17 0.15 0.17 0.15
C4' 0.12 0.12 0.16 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.14 0.13 0.11 0.09 0.10 0.21 0.17 0.11 0.12 0.15 0.12 0.14 0.12
C5 0.12 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11 0.15 0.14 0.12 0.10 0.11 0.19 0.17 0.12 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14
C5' 0.09 0.10 0.12 0.09 0.07 0.10 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.12 0.08 0.07 0.08 0.16 0.17 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14
C6 0.12 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.11 0.15 0.14 0.12 0.11 0.11 0.19 0.16 0.12 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14
C8 0.12 0.13 0.15 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.11 0.10 0.11 0.18 0.17 0.12 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14
N1 0.13 0.14 0.18 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.15 0.12 0.15 0.15 0.13 0.13 0.13 0.23 0.18 0.14 0.15 0.17 0.15 0.18 0.15
N3 0.14 0.14 0.19 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.15 0.15 0.13 0.12 0.13 0.25 0.20 0.15 0.16 0.17 0.16 0.18 0.16
N6 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.11 0.10 0.11 0.16 0.15 0.11 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14
N7 0.11 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.10 0.11 0.18 0.16 0.11 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14
N9 0.12 0.13 0.16 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.11 0.15 0.14 0.12 0.11 0.11 0.20 0.18 0.13 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14
O2' 0.18 0.18 0.23 0.18 0.17 0.17 0.17 0.18 0.18 0.16 0.19 0.19 0.17 0.16 0.17 0.28 0.20 0.18 0.17 0.20 0.17 0.18 0.17
O3' 0.14 0.18 0.20 0.14 0.15 0.12 0.15 0.11 0.18 0.13 0.18 0.19 0.16 0.13 0.14 0.27 0.16 0.11 0.11 0.19 0.11 0.13 0.10
O4' 0.13 0.13 0.16 0.14 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.11 0.10 0.11 0.20 0.20 0.13 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14
O5' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.15 0.14 0.09 0.15 0.15 0.10 0.09 0.09 0.12 0.18 0.13 0.15 0.16 0.17 0.17 0.17
OP1 0.48 0.59 0.50 0.48 0.53 0.49 0.53 0.50 0.57 0.46 0.60 0.62 0.56 0.49 0.50 0.48 0.39 0.48 0.50 0.59 0.48 0.51 0.48
OP2 0.13 0.19 0.19 0.14 0.15 0.16 0.16 0.22 0.20 0.13 0.21 0.21 0.17 0.14 0.14 0.31 0.17 0.18 0.18 0.22 0.24 0.20 0.25
P 0.12 0.14 0.09 0.12 0.12 0.16 0.12 0.19 0.15 0.13 0.16 0.16 0.12 0.12 0.12 0.11 0.21 0.17 0.19 0.16 0.22 0.21 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.09
C2 0.03 0.00 0.12 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.06 0.14 0.12 0.01 0.12 0.15 0.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.10 0.14 0.12 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.15 0.06 0.16 0.22 0.17
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.07 0.10 0.01 0.11 0.16 0.12
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.13 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.04 0.10 0.01 0.12 0.16 0.13
C5' 0.03 0.10 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.09 0.14 0.09 0.08 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.07 0.11 0.00 0.12 0.15 0.13
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.06 0.10 0.01 0.12 0.16 0.13
N1 0.03 0.00 0.10 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.05 0.11 0.12 0.01 0.12 0.15 0.12
N2 0.04 0.00 0.14 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.07 0.17 0.14 0.01 0.14 0.15 0.14
N3 0.03 0.01 0.12 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.14 0.11 0.01 0.11 0.16 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.03 0.10 0.01 0.12 0.16 0.13
N9 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.15 0.12
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.11 0.05 0.10 0.04 0.13 0.10 0.18 0.23 0.18 0.08 0.04 0.00 0.05 0.03 0.15 0.13 0.17 0.28 0.18
O3' 0.09 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.00 0.07 0.06 0.06 0.14 0.07 0.07
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.11 0.17 0.14 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07
O5' 0.08 0.12 0.15 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.10 0.12 0.14 0.11 0.10 0.09 0.15 0.06 0.05 0.00 0.11 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.05 0.11 0.00 0.12 0.15 0.13
OP1 0.09 0.12 0.16 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.11 0.17 0.14 0.06 0.02 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.15 0.22 0.07 0.16 0.04 0.16 0.02 0.15 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.28 0.07 0.09 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.17 0.04 0.12 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.18 0.07 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00