ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 2, 3, 5, 2, 0, 0, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.004, 0.018, 0.040, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.018 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.029 std_dev=0.028
C5 B 0, 0.342, 0.699, 1.055, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.699 std_dev=0.357
N7 B 0, 0.336, 0.695, 1.053, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.695 std_dev=0.359
C8 B 0, 0.427, 0.797, 1.166, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.797 std_dev=0.370
C6 B 0, 0.334, 0.718, 1.102, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.718 std_dev=0.384
O6 B 0, 0.511, 0.949, 1.387, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.949 std_dev=0.438
C4 B 0, 0.645, 1.083, 1.522, 1.727 max_d=1.727 avg_d=1.083 std_dev=0.439
N9 B 0, 0.690, 1.134, 1.578, 1.560 max_d=1.560 avg_d=1.134 std_dev=0.444
N1 B 0, 0.413, 0.894, 1.375, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.894 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.726, 1.321, 1.917, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.321 std_dev=0.595
N3 B 0, 0.883, 1.482, 2.081, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.482 std_dev=0.599
O4' B 0, 1.086, 1.710, 2.335, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.710 std_dev=0.624
C1' B 0, 1.048, 1.689, 2.330, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.689 std_dev=0.641
O4' A 0, 1.315, 2.033, 2.752, 2.343 max_d=2.343 avg_d=2.033 std_dev=0.718
C2' A 0, 1.392, 2.154, 2.916, 2.484 max_d=2.484 avg_d=2.154 std_dev=0.762
N2 B 0, 0.926, 1.699, 2.472, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.699 std_dev=0.773
C4' A 0, 1.726, 2.672, 3.619, 3.127 max_d=3.127 avg_d=2.672 std_dev=0.947
C3' A 0, 1.982, 3.068, 4.154, 3.552 max_d=3.552 avg_d=3.068 std_dev=1.086
O2' A 0, 2.154, 3.328, 4.502, 3.814 max_d=3.814 avg_d=3.328 std_dev=1.174
C4' B 0, 2.221, 3.487, 4.753, 4.458 max_d=4.458 avg_d=3.487 std_dev=1.266
O3' A 0, 2.342, 3.625, 4.908, 4.207 max_d=4.207 avg_d=3.625 std_dev=1.283
C2' B 0, 2.731, 4.251, 5.770, 5.110 max_d=5.110 avg_d=4.251 std_dev=1.519
C3' B 0, 3.143, 4.898, 6.652, 5.943 max_d=5.943 avg_d=4.898 std_dev=1.755
C5' A 0, 3.373, 5.213, 7.053, 6.017 max_d=6.017 avg_d=5.213 std_dev=1.840
O2' B 0, 3.587, 5.562, 7.536, 6.611 max_d=6.611 avg_d=5.562 std_dev=1.974
C5' B 0, 3.651, 5.661, 7.671, 6.875 max_d=6.875 avg_d=5.661 std_dev=2.010
O5' A 0, 3.785, 5.850, 7.915, 7.032 max_d=7.032 avg_d=5.850 std_dev=2.065
O3' B 0, 3.708, 5.774, 7.841, 6.925 max_d=6.925 avg_d=5.774 std_dev=2.067
O5' B 0, 3.850, 5.960, 8.069, 7.167 max_d=7.167 avg_d=5.960 std_dev=2.109
OP2 A 0, 4.733, 7.326, 9.919, 8.633 max_d=8.633 avg_d=7.326 std_dev=2.593
P A 0, 5.142, 7.944, 10.745, 9.123 max_d=9.123 avg_d=7.944 std_dev=2.802
P B 0, 5.252, 8.119, 10.987, 9.528 max_d=9.528 avg_d=8.119 std_dev=2.868
OP1 B 0, 5.511, 8.528, 11.545, 10.270 max_d=10.270 avg_d=8.528 std_dev=3.017
OP1 A 0, 6.179, 9.549, 12.918, 11.009 max_d=11.009 avg_d=9.549 std_dev=3.370
OP2 B 0, 6.205, 9.587, 12.970, 11.165 max_d=11.165 avg_d=9.587 std_dev=3.382

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.12 0.18 0.31 0.13
C2 0.05 0.00 0.06 0.07 0.01 0.29 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.27 0.88 1.54 0.96 1.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.26 0.26 0.19
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.16 0.28 0.08 0.08 0.21 0.29 0.14 0.02 0.01 0.01 0.17 0.19 0.18 0.08
C4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.14 0.42 0.74 0.47 0.49
C4' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.07 0.26 0.19 0.29 0.07 0.21 0.06 0.17 0.01 0.00 0.01 0.12 0.28 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.11 0.06 0.29 0.55 0.30 0.28
C5' 0.04 0.62 0.10 0.01 0.25 0.01 0.13 0.00 0.22 0.39 0.45 0.59 0.17 0.32 0.07 0.06 0.12 0.02 0.01 0.19 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.11 0.41 0.86 0.43 0.49
C8 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.26 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.16 0.49 0.27 0.49 0.45
N1 0.04 0.00 0.05 0.08 0.02 0.19 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.21 0.67 1.32 0.75 0.88
N3 0.05 0.00 0.06 0.08 0.00 0.29 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.27 0.84 1.28 0.87 0.98
N6 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.16 0.07 0.34 0.72 0.35 0.38
N7 0.01 0.01 0.03 0.29 0.01 0.21 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.09 0.43 0.24 0.48 0.39
N9 0.00 0.02 0.01 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01 0.18 0.26 0.26 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.10 0.17 0.16 0.06 0.16 0.21 0.13 0.12 0.19 0.22 0.12 0.00 0.03 0.13 0.11 0.19 0.26 0.12
O3' 0.16 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10 0.07 0.16 0.13 0.05 0.03 0.00 0.11 0.21 0.39 0.17 0.19
O4' 0.00 0.27 0.01 0.01 0.14 0.00 0.06 0.02 0.11 0.16 0.21 0.27 0.07 0.09 0.01 0.13 0.11 0.00 0.07 0.10 0.38 0.15
O5' 0.12 0.88 0.22 0.17 0.42 0.01 0.29 0.01 0.41 0.49 0.67 0.84 0.34 0.43 0.18 0.11 0.21 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 1.54 0.26 0.19 0.74 0.12 0.55 0.19 0.86 0.27 1.32 1.28 0.72 0.24 0.26 0.19 0.39 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.96 0.26 0.18 0.47 0.28 0.30 0.22 0.43 0.49 0.75 0.87 0.35 0.48 0.26 0.26 0.17 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 1.11 0.19 0.08 0.49 0.05 0.28 0.01 0.49 0.45 0.88 0.98 0.38 0.39 0.12 0.12 0.19 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.25 0.37 0.84 0.11 0.74 0.15 1.15 0.29 0.15 0.32 0.29 0.14 0.10 0.12 0.27 0.77 0.38 1.13 0.40 1.26 1.40 1.27
C2 0.21 0.21 0.39 0.85 0.13 0.80 0.20 1.26 0.32 0.14 0.30 0.22 0.14 0.17 0.14 0.32 0.74 0.44 1.28 0.44 1.41 1.60 1.43
C2' 0.19 0.24 0.37 0.83 0.11 0.75 0.16 1.20 0.30 0.13 0.32 0.27 0.14 0.10 0.12 0.29 0.76 0.38 1.23 0.41 1.41 1.61 1.42
C3' 0.25 0.37 0.37 0.84 0.24 0.72 0.30 1.14 0.44 0.23 0.46 0.41 0.27 0.25 0.21 0.32 0.82 0.34 1.13 0.55 1.32 1.50 1.30
C4 0.20 0.24 0.37 0.82 0.11 0.73 0.16 1.12 0.30 0.16 0.32 0.27 0.14 0.10 0.13 0.28 0.73 0.39 1.11 0.42 1.21 1.34 1.23
C4' 0.37 0.23 0.62 1.14 0.14 1.01 0.14 1.43 0.29 0.27 0.33 0.28 0.14 0.15 0.25 0.33 1.16 0.59 1.35 0.43 1.51 1.64 1.48
C5 0.20 0.24 0.34 0.76 0.11 0.66 0.15 0.99 0.30 0.18 0.32 0.28 0.14 0.10 0.14 0.27 0.67 0.36 0.98 0.41 1.02 1.08 1.04
C5' 0.61 0.23 0.89 1.45 0.27 1.32 0.20 1.73 0.30 0.47 0.33 0.28 0.23 0.28 0.45 0.58 1.52 0.86 1.60 0.46 1.78 1.86 1.71
C6 0.20 0.23 0.33 0.74 0.11 0.65 0.16 0.97 0.31 0.17 0.31 0.25 0.14 0.10 0.14 0.28 0.62 0.36 0.98 0.43 1.01 1.05 1.03
C8 0.20 0.26 0.34 0.77 0.12 0.64 0.14 0.96 0.27 0.20 0.32 0.31 0.16 0.12 0.15 0.25 0.70 0.34 0.93 0.37 0.97 1.02 0.98
N1 0.21 0.22 0.36 0.80 0.13 0.74 0.20 1.14 0.32 0.15 0.30 0.23 0.14 0.16 0.14 0.31 0.67 0.41 1.16 0.44 1.23 1.35 1.26
N3 0.21 0.22 0.39 0.86 0.12 0.79 0.19 1.24 0.31 0.15 0.31 0.24 0.13 0.14 0.14 0.31 0.77 0.43 1.25 0.43 1.39 1.58 1.41
N6 0.19 0.24 0.28 0.64 0.11 0.54 0.15 0.79 0.31 0.21 0.31 0.26 0.14 0.11 0.14 0.27 0.52 0.31 0.78 0.43 0.78 0.73 0.78
N7 0.20 0.26 0.32 0.72 0.12 0.60 0.14 0.88 0.27 0.21 0.32 0.31 0.16 0.14 0.16 0.25 0.65 0.32 0.85 0.37 0.87 0.88 0.88
N9 0.20 0.25 0.37 0.82 0.11 0.71 0.15 1.08 0.29 0.17 0.32 0.29 0.14 0.10 0.14 0.27 0.74 0.37 1.07 0.40 1.16 1.27 1.17
O2' 0.22 0.27 0.40 0.84 0.19 0.79 0.22 1.26 0.31 0.19 0.33 0.29 0.20 0.19 0.19 0.28 0.71 0.46 1.35 0.40 1.55 1.78 1.58
O3' 0.26 0.32 0.35 0.78 0.23 0.65 0.27 1.05 0.37 0.23 0.39 0.36 0.25 0.23 0.23 0.34 0.75 0.30 1.06 0.46 1.24 1.43 1.22
O4' 0.37 0.24 0.61 1.12 0.18 1.00 0.15 1.39 0.27 0.29 0.31 0.30 0.19 0.16 0.27 0.29 1.11 0.60 1.31 0.38 1.43 1.53 1.41
O5' 0.73 0.38 0.99 1.57 0.39 1.44 0.33 1.84 0.42 0.58 0.46 0.43 0.37 0.39 0.56 0.68 1.65 0.98 1.72 0.57 1.87 1.93 1.81
OP1 1.54 0.62 1.83 2.45 0.96 2.32 0.76 2.69 0.46 1.29 0.45 0.56 0.88 0.96 1.28 1.57 2.59 1.80 2.49 0.37 2.64 2.61 2.53
OP2 0.89 0.37 1.19 1.75 0.44 1.53 0.38 1.80 0.47 0.72 0.50 0.42 0.38 0.50 0.68 0.94 1.93 1.05 1.56 0.67 1.61 1.54 1.51
P 1.03 0.33 1.33 1.93 0.53 1.77 0.39 2.12 0.34 0.83 0.37 0.35 0.46 0.55 0.80 1.05 2.08 1.27 1.91 0.50 2.04 2.01 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.08 0.05 0.12 0.22 0.06
C2 0.02 0.00 0.17 0.18 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.27 0.76 0.01 0.81 1.40 0.99
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.11 0.08 0.09 0.12 0.20 0.17 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.31 0.07 0.25 0.47 0.33
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.05 0.00 0.16 0.02 0.12 0.34 0.08 0.28 0.18 0.31 0.13 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15
C4 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.13 0.29 0.03 0.24 0.64 0.37
C4' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.28 0.19 0.42 0.30 0.22 0.06 0.17 0.02 0.00 0.02 0.06 0.11 0.03 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.16 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.08 0.05 0.07 0.02 0.07 0.39 0.14
C5' 0.04 0.56 0.11 0.02 0.19 0.01 0.08 0.00 0.12 0.43 0.36 0.77 0.52 0.35 0.09 0.08 0.10 0.02 0.00 0.08 0.05 0.11 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.12 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.24 0.09 0.10 0.20 0.00 0.24 0.64 0.34
C8 0.01 0.02 0.09 0.34 0.01 0.28 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.14 0.16 0.45 0.04 0.47 0.28 0.42
N1 0.03 0.00 0.12 0.08 0.01 0.19 0.01 0.36 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.10 0.19 0.52 0.01 0.59 1.11 0.73
N2 0.03 0.00 0.20 0.28 0.01 0.42 0.01 0.77 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.33 1.03 0.02 1.17 1.86 1.36
N3 0.02 0.01 0.17 0.18 0.00 0.30 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.19 0.27 0.72 0.02 0.67 1.20 0.86
N7 0.02 0.01 0.06 0.31 0.01 0.22 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.16 0.10 0.36 0.04 0.37 0.17 0.32
N9 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.06 0.02 0.07 0.04 0.13 0.21 0.06
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.17 0.17 0.22 0.08 0.24 0.21 0.22 0.21 0.17 0.24 0.14 0.00 0.05 0.12 0.20 0.26 0.20 0.43 0.23
O3' 0.17 0.17 0.03 0.01 0.09 0.02 0.08 0.10 0.09 0.14 0.10 0.23 0.19 0.16 0.06 0.05 0.00 0.11 0.06 0.12 0.07 0.06 0.05
O4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.13 0.00 0.05 0.02 0.10 0.16 0.19 0.33 0.27 0.10 0.02 0.12 0.11 0.00 0.10 0.07 0.23 0.09 0.10
O5' 0.08 0.76 0.31 0.15 0.29 0.02 0.07 0.00 0.20 0.45 0.52 1.03 0.72 0.36 0.07 0.20 0.06 0.10 0.00 0.09 0.01 0.02 0.00
O6 0.05 0.01 0.07 0.17 0.03 0.06 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.26 0.12 0.07 0.09 0.00 0.13 0.48 0.20
OP1 0.12 0.81 0.25 0.16 0.24 0.11 0.07 0.05 0.24 0.47 0.59 1.17 0.67 0.37 0.13 0.20 0.07 0.23 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 1.40 0.47 0.16 0.64 0.03 0.39 0.11 0.64 0.28 1.11 1.86 1.20 0.17 0.21 0.43 0.06 0.09 0.02 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.99 0.33 0.15 0.37 0.02 0.14 0.01 0.34 0.42 0.73 1.36 0.86 0.32 0.06 0.23 0.05 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00