ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.010, 0.040, 0.069, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.040 std_dev=0.030
C2 A 0, -0.007, 0.024, 0.056, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.024 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.004, 0.039, 0.074, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.039 std_dev=0.035
C1' A 0, -0.005, 0.032, 0.070, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.032 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.058, 0.164, 0.270, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.164 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.047, 0.175, 0.302, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.175 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.096, 0.240, 0.384, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.240 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.095, 0.269, 0.443, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.269 std_dev=0.174
C3' A 0, 0.094, 0.285, 0.476, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.285 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.147, 0.384, 0.621, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.384 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.151, 0.413, 0.675, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.413 std_dev=0.262
O3' A 0, 0.137, 0.420, 0.703, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.420 std_dev=0.283
P A 0, 0.136, 0.474, 0.811, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.474 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.086, 0.494, 0.903, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.494 std_dev=0.409
OP2 A 0, 0.133, 0.565, 0.996, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.565 std_dev=0.432
O6 B 0, 0.303, 0.776, 1.249, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.776 std_dev=0.473
C6 B 0, 0.295, 0.781, 1.267, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.781 std_dev=0.486
N7 B 0, 0.380, 0.876, 1.372, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.876 std_dev=0.496
C5 B 0, 0.291, 0.787, 1.284, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.787 std_dev=0.497
C4 B 0, 0.307, 0.834, 1.361, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.834 std_dev=0.527
C8 B 0, 0.360, 0.890, 1.419, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.890 std_dev=0.530
N9 B 0, 0.299, 0.839, 1.378, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.839 std_dev=0.539
N1 B 0, 0.309, 0.868, 1.428, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.868 std_dev=0.560
N3 B 0, 0.351, 0.949, 1.548, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.949 std_dev=0.599
C1' B 0, 0.313, 0.919, 1.526, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.919 std_dev=0.607
C2 B 0, 0.340, 0.975, 1.611, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.975 std_dev=0.635
O4' B 0, 0.570, 1.351, 2.133, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.351 std_dev=0.781
N2 B 0, 0.344, 1.152, 1.960, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.152 std_dev=0.808
C4' B 0, 0.706, 1.650, 2.593, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.650 std_dev=0.944
C3' B 0, 0.721, 1.911, 3.101, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.911 std_dev=1.190
C2' B 0, 0.674, 1.875, 3.077, 3.604 max_d=3.604 avg_d=1.875 std_dev=1.201
O3' B 0, 0.604, 2.106, 3.608, 3.840 max_d=3.840 avg_d=2.106 std_dev=1.502
C5' B 0, 1.422, 3.503, 5.583, 5.878 max_d=5.878 avg_d=3.503 std_dev=2.081
O2' B 0, 0.729, 2.822, 4.916, 5.769 max_d=5.769 avg_d=2.822 std_dev=2.094
O5' B 0, 1.026, 3.953, 6.881, 7.131 max_d=7.131 avg_d=3.953 std_dev=2.928
P B 0, 0.977, 5.553, 10.129, 10.259 max_d=10.259 avg_d=5.553 std_dev=4.576
OP2 B 0, 1.015, 6.117, 11.218, 11.389 max_d=11.389 avg_d=6.117 std_dev=5.102
OP1 B 0, 1.034, 6.304, 11.574, 11.824 max_d=11.824 avg_d=6.304 std_dev=5.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.08 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.17 0.08
C2 0.08 0.00 0.14 0.13 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.16 0.06 0.09 0.09 0.21 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.07 0.13 0.14 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.06 0.04
C4 0.04 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.02 0.09 0.10 0.22 0.12
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.11 0.13 0.24 0.14
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.06 0.07 0.10 0.12 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.05 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.13 0.02 0.12 0.13 0.24 0.14
C8 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.05 0.12 0.13 0.24 0.14
N1 0.08 0.00 0.13 0.12 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.17 0.15 0.05 0.09 0.10 0.22 0.12
N3 0.08 0.01 0.14 0.12 0.00 0.09 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.15 0.06 0.09 0.10 0.21 0.12
N6 0.03 0.02 0.07 0.11 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.13 0.03 0.15 0.17 0.25 0.17
N7 0.03 0.02 0.06 0.12 0.02 0.10 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.13 0.05 0.15 0.17 0.26 0.17
N9 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.09 0.21 0.12
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.09 0.04 0.07 0.04 0.11 0.06 0.17 0.18 0.09 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.08 0.04
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.13 0.11 0.15 0.15 0.13 0.13 0.06 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.06 0.06
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.15 0.08
O5' 0.04 0.09 0.03 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.12 0.09 0.09 0.15 0.15 0.08 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.09 0.05 0.07 0.10 0.08 0.13 0.10 0.13 0.13 0.10 0.10 0.17 0.17 0.09 0.09 0.11 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.21 0.10 0.06 0.22 0.06 0.24 0.02 0.24 0.24 0.22 0.21 0.25 0.26 0.21 0.08 0.06 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.05 0.04 0.12 0.03 0.14 0.01 0.14 0.14 0.12 0.12 0.17 0.17 0.12 0.04 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.27 0.35 0.29 0.23 0.49 0.25 1.16 0.28 0.23 0.29 0.29 0.24 0.24 0.23 0.44 0.44 0.48 1.75 0.30 3.30 1.97 2.25
C2 0.17 0.28 0.29 0.29 0.22 0.36 0.26 0.88 0.32 0.18 0.32 0.29 0.23 0.22 0.17 0.29 0.36 0.44 1.42 0.35 2.59 1.35 1.70
C2' 0.37 0.34 0.37 0.29 0.33 0.48 0.34 1.21 0.35 0.34 0.35 0.34 0.33 0.34 0.34 0.49 0.42 0.38 1.84 0.36 3.55 2.16 2.44
C3' 0.38 0.32 0.34 0.27 0.32 0.40 0.31 1.09 0.31 0.34 0.31 0.32 0.32 0.32 0.34 0.44 0.40 0.29 1.71 0.31 3.43 1.97 2.28
C4 0.17 0.24 0.25 0.29 0.17 0.34 0.19 0.85 0.25 0.16 0.27 0.26 0.19 0.17 0.15 0.23 0.36 0.39 1.40 0.29 2.71 1.35 1.71
C4' 0.29 0.25 0.36 0.29 0.24 0.46 0.25 1.16 0.25 0.27 0.26 0.25 0.24 0.26 0.26 0.47 0.44 0.42 1.76 0.26 3.42 2.03 2.31
C5 0.14 0.19 0.17 0.33 0.12 0.22 0.12 0.57 0.19 0.14 0.22 0.22 0.14 0.11 0.12 0.14 0.31 0.30 1.05 0.24 2.21 0.85 1.24
C5' 0.27 0.20 0.33 0.29 0.21 0.39 0.21 1.03 0.20 0.25 0.21 0.21 0.20 0.23 0.23 0.39 0.43 0.36 1.61 0.20 3.23 1.79 2.11
C6 0.16 0.18 0.17 0.36 0.11 0.18 0.11 0.41 0.19 0.18 0.22 0.22 0.13 0.14 0.14 0.23 0.29 0.28 0.84 0.25 1.83 0.60 0.93
C8 0.15 0.19 0.19 0.30 0.13 0.27 0.13 0.71 0.19 0.14 0.21 0.22 0.15 0.12 0.13 0.13 0.34 0.32 1.23 0.22 2.55 1.11 1.50
N1 0.14 0.23 0.20 0.34 0.13 0.22 0.17 0.54 0.27 0.16 0.29 0.26 0.17 0.13 0.12 0.16 0.30 0.33 1.01 0.34 2.00 0.76 1.14
N3 0.20 0.27 0.32 0.27 0.22 0.43 0.25 1.04 0.30 0.21 0.30 0.28 0.23 0.23 0.20 0.38 0.39 0.47 1.61 0.32 2.95 1.67 1.99
N6 0.24 0.16 0.21 0.42 0.18 0.22 0.17 0.25 0.14 0.28 0.17 0.20 0.15 0.26 0.23 0.46 0.27 0.26 0.48 0.16 1.30 0.61 0.50
N7 0.14 0.17 0.15 0.33 0.11 0.20 0.11 0.51 0.16 0.14 0.19 0.21 0.13 0.11 0.12 0.17 0.30 0.27 0.98 0.19 2.16 0.76 1.15
N9 0.18 0.23 0.26 0.28 0.18 0.36 0.19 0.91 0.24 0.17 0.26 0.25 0.19 0.17 0.17 0.26 0.38 0.39 1.48 0.27 2.88 1.49 1.85
O2' 0.41 0.38 0.45 0.37 0.38 0.67 0.38 1.50 0.40 0.38 0.40 0.38 0.37 0.38 0.38 0.65 0.49 0.54 2.16 0.40 3.97 2.69 2.88
O3' 0.46 0.38 0.38 0.29 0.39 0.43 0.37 1.16 0.36 0.40 0.37 0.38 0.39 0.38 0.41 0.52 0.42 0.26 1.81 0.34 3.64 2.19 2.47
O4' 0.21 0.23 0.34 0.30 0.19 0.48 0.20 1.13 0.23 0.20 0.25 0.25 0.20 0.20 0.19 0.43 0.46 0.50 1.71 0.25 3.25 1.91 2.19
O5' 0.26 0.20 0.27 0.32 0.21 0.29 0.20 0.82 0.19 0.24 0.20 0.21 0.21 0.22 0.24 0.25 0.40 0.27 1.37 0.19 2.91 1.39 1.77
OP1 0.25 0.18 0.24 0.31 0.20 0.28 0.18 0.78 0.17 0.23 0.17 0.18 0.19 0.20 0.22 0.23 0.37 0.26 1.31 0.16 2.85 1.29 1.69
OP2 0.26 0.24 0.25 0.36 0.25 0.35 0.25 0.68 0.24 0.26 0.23 0.24 0.25 0.25 0.26 0.30 0.35 0.37 1.08 0.23 2.44 0.91 1.32
P 0.22 0.16 0.24 0.34 0.18 0.30 0.17 0.75 0.16 0.21 0.15 0.16 0.17 0.19 0.21 0.20 0.38 0.31 1.24 0.15 2.71 1.18 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.33 0.00 0.18 0.01 0.32 0.20 0.12
C2 0.05 0.00 0.14 0.81 0.01 0.87 0.02 1.58 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.54 0.27 0.56 1.68 0.03 1.65 2.77 2.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.10 0.02 0.09 0.15 0.12 0.04 0.14 0.16 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.59 0.12 0.72 0.30 0.59
C3' 0.01 0.81 0.01 0.00 0.57 0.01 0.53 0.03 0.66 0.15 0.78 0.88 0.73 0.31 0.27 0.03 0.01 0.03 0.42 0.65 0.36 0.15 0.38
C4 0.02 0.01 0.10 0.57 0.00 0.47 0.01 0.74 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.40 0.12 0.28 0.67 0.01 0.39 1.28 0.85
C4' 0.01 0.87 0.02 0.01 0.47 0.00 0.31 0.01 0.47 0.20 0.71 1.05 0.82 0.05 0.11 0.34 0.01 0.01 0.03 0.40 0.20 0.21 0.03
C5 0.01 0.02 0.09 0.53 0.01 0.31 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.39 0.19 0.10 0.38 0.01 0.32 1.02 0.52
C5' 0.03 1.58 0.15 0.03 0.74 0.01 0.48 0.00 0.80 0.41 1.28 1.98 1.41 0.18 0.13 0.19 0.24 0.02 0.02 0.68 0.24 0.31 0.03
C6 0.01 0.02 0.12 0.66 0.01 0.47 0.01 0.80 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.46 0.29 0.21 0.71 0.00 0.40 1.61 1.00
C8 0.03 0.02 0.04 0.15 0.01 0.20 0.01 0.41 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.07 0.28 0.79 0.03 1.35 0.47 0.78
N1 0.04 0.01 0.14 0.78 0.01 0.71 0.01 1.28 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.54 0.31 0.40 1.30 0.02 1.15 2.41 1.75
N2 0.09 0.01 0.16 0.88 0.02 1.05 0.02 1.98 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.58 0.32 0.68 2.22 0.04 2.46 3.62 2.93
N3 0.05 0.01 0.13 0.73 0.01 0.82 0.02 1.41 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.48 0.18 0.58 1.46 0.03 1.33 2.23 1.79
N7 0.02 0.03 0.05 0.31 0.01 0.05 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.26 0.13 0.17 0.54 0.03 1.15 0.34 0.50
N9 0.00 0.01 0.03 0.27 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.22 0.07 0.01 0.22 0.02 0.47 0.40 0.16
O2' 0.02 0.54 0.00 0.03 0.40 0.34 0.39 0.19 0.46 0.15 0.54 0.58 0.48 0.26 0.22 0.00 0.04 0.23 0.24 0.45 0.41 0.12 0.31
O3' 0.33 0.27 0.02 0.01 0.12 0.01 0.19 0.24 0.29 0.07 0.31 0.32 0.18 0.13 0.07 0.04 0.00 0.20 0.26 0.33 0.47 0.28 0.27
O4' 0.00 0.56 0.02 0.03 0.28 0.01 0.10 0.02 0.21 0.28 0.40 0.68 0.58 0.17 0.01 0.23 0.20 0.00 0.15 0.14 0.11 0.31 0.19
O5' 0.18 1.68 0.59 0.42 0.67 0.03 0.38 0.02 0.71 0.79 1.30 2.22 1.46 0.54 0.22 0.24 0.26 0.15 0.00 0.57 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.12 0.65 0.01 0.40 0.01 0.68 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.45 0.33 0.14 0.57 0.00 0.32 1.47 0.82
OP1 0.32 1.65 0.72 0.36 0.39 0.20 0.32 0.24 0.40 1.35 1.15 2.46 1.33 1.15 0.47 0.41 0.47 0.11 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 2.77 0.30 0.15 1.28 0.21 1.02 0.31 1.61 0.47 2.41 3.62 2.23 0.34 0.40 0.12 0.28 0.31 0.02 1.47 0.02 0.00 0.02
P 0.12 2.17 0.59 0.38 0.85 0.03 0.52 0.03 1.00 0.78 1.75 2.93 1.79 0.50 0.16 0.31 0.27 0.19 0.01 0.82 0.01 0.02 0.00