ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 9, 9, 4, 2, 1, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.034, 0.061, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.034 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.052, 0.220, 0.388, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.220 std_dev=0.168
O2' A 0, 0.108, 0.280, 0.452, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.280 std_dev=0.172
O4' A 0, 0.009, 0.193, 0.378, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.193 std_dev=0.184
O4' B 0, 0.187, 0.381, 0.576, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.381 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.146, 0.354, 0.562, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.354 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.122, 0.342, 0.563, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.342 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.187, 0.415, 0.642, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.415 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.132, 0.368, 0.604, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.368 std_dev=0.236
C3' B 0, 0.166, 0.435, 0.704, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.435 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.151, 0.425, 0.700, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.425 std_dev=0.274
C4' A 0, 0.029, 0.307, 0.585, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.307 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.056, 0.338, 0.620, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.338 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.205, 0.510, 0.816, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.510 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.143, 0.450, 0.757, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.450 std_dev=0.307
O3' B 0, 0.182, 0.489, 0.797, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.489 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.145, 0.455, 0.766, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.455 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.181, 0.503, 0.825, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.503 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.205, 0.570, 0.935, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.570 std_dev=0.365
N3 B 0, 0.160, 0.538, 0.915, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.538 std_dev=0.378
C5 B 0, 0.190, 0.585, 0.980, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.585 std_dev=0.395
O3' A 0, 0.065, 0.477, 0.888, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.477 std_dev=0.411
C4 B 0, 0.180, 0.598, 1.016, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.598 std_dev=0.418
O5' A 0, -0.004, 0.441, 0.886, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.441 std_dev=0.445
C5' A 0, 0.027, 0.493, 0.959, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.493 std_dev=0.466
P B 0, 0.176, 0.670, 1.163, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.670 std_dev=0.493
N4 B 0, 0.194, 0.698, 1.202, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.698 std_dev=0.504
P A 0, 0.000, 0.547, 1.094, 2.480 max_d=2.480 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP1 A 0, -0.016, 0.602, 1.221, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.602 std_dev=0.619
OP2 A 0, -0.008, 0.614, 1.235, 2.581 max_d=2.581 avg_d=0.614 std_dev=0.621
OP2 B 0, 0.202, 0.827, 1.451, 2.634 max_d=2.634 avg_d=0.827 std_dev=0.624
OP1 B 0, 0.168, 0.895, 1.623, 2.949 max_d=2.949 avg_d=0.895 std_dev=0.727

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.20 0.06
C2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.05 0.17 0.09 0.18 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.13 0.14 0.05
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.10 0.06 0.13 0.12 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.18 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.17 0.09 0.18 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.08 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.22 0.12 0.18 0.13
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.05 0.10 0.09 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.14 0.03 0.22 0.14 0.19 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.22 0.12 0.17 0.11
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.20 0.12 0.19 0.13
N3 0.03 0.00 0.12 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.15 0.08 0.18 0.09
N6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.14 0.03 0.25 0.17 0.21 0.17
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.24 0.14 0.18 0.14
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.16 0.08 0.18 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.10 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.11 0.17 0.06
O3' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.14 0.07 0.17 0.16 0.14 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.16 0.23 0.18 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.06 0.24 0.11
O5' 0.08 0.17 0.12 0.17 0.17 0.02 0.22 0.01 0.22 0.22 0.20 0.15 0.25 0.24 0.16 0.06 0.16 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.09 0.13 0.18 0.09 0.08 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12 0.08 0.17 0.14 0.08 0.11 0.23 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.18 0.14 0.14 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19 0.17 0.19 0.18 0.21 0.18 0.18 0.17 0.18 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.09 0.17 0.14 0.08 0.06 0.15 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.16 0.15 0.16 0.15 0.16 0.10 0.18 0.08 0.09 0.18 0.18 0.20 0.18 0.22 0.11 0.14 0.31 0.12 0.13
C2 0.20 0.26 0.16 0.14 0.24 0.17 0.21 0.22 0.20 0.22 0.26 0.25 0.29 0.17 0.15 0.17 0.20 0.40 0.18 0.19
C2' 0.18 0.22 0.12 0.13 0.21 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.23 0.22 0.25 0.12 0.15 0.18 0.16 0.31 0.12 0.17
C3' 0.16 0.17 0.13 0.16 0.17 0.21 0.16 0.24 0.17 0.15 0.18 0.18 0.19 0.14 0.17 0.19 0.20 0.34 0.14 0.21
C4 0.12 0.22 0.12 0.11 0.21 0.14 0.16 0.18 0.14 0.16 0.23 0.22 0.26 0.16 0.15 0.11 0.15 0.36 0.13 0.15
C4' 0.09 0.14 0.13 0.14 0.14 0.16 0.10 0.18 0.09 0.10 0.17 0.17 0.17 0.13 0.18 0.12 0.14 0.29 0.10 0.14
C5 0.14 0.24 0.12 0.11 0.24 0.15 0.20 0.21 0.17 0.18 0.26 0.25 0.27 0.16 0.14 0.14 0.18 0.42 0.17 0.19
C5' 0.10 0.18 0.12 0.13 0.18 0.14 0.13 0.17 0.11 0.12 0.21 0.22 0.21 0.12 0.16 0.11 0.12 0.29 0.09 0.13
C6 0.18 0.26 0.14 0.13 0.26 0.17 0.24 0.25 0.21 0.22 0.27 0.28 0.28 0.16 0.14 0.17 0.23 0.47 0.22 0.24
C8 0.10 0.21 0.12 0.11 0.21 0.14 0.16 0.18 0.13 0.14 0.24 0.24 0.25 0.16 0.17 0.10 0.14 0.37 0.12 0.14
N1 0.21 0.27 0.16 0.15 0.27 0.19 0.25 0.26 0.23 0.24 0.28 0.28 0.29 0.16 0.15 0.19 0.24 0.47 0.24 0.25
N3 0.14 0.22 0.13 0.11 0.20 0.14 0.16 0.18 0.14 0.16 0.22 0.21 0.27 0.17 0.15 0.11 0.15 0.34 0.13 0.14
N6 0.19 0.27 0.15 0.14 0.29 0.19 0.26 0.27 0.24 0.23 0.29 0.30 0.29 0.16 0.15 0.19 0.26 0.53 0.27 0.29
N7 0.12 0.23 0.12 0.10 0.23 0.14 0.19 0.20 0.16 0.17 0.26 0.26 0.26 0.15 0.15 0.12 0.17 0.41 0.15 0.18
N9 0.09 0.20 0.13 0.12 0.19 0.14 0.14 0.17 0.11 0.13 0.22 0.21 0.24 0.17 0.18 0.10 0.13 0.34 0.11 0.13
O2' 0.16 0.21 0.12 0.15 0.21 0.17 0.19 0.19 0.18 0.18 0.23 0.23 0.25 0.13 0.22 0.16 0.15 0.31 0.13 0.16
O3' 0.21 0.18 0.19 0.22 0.20 0.28 0.21 0.30 0.22 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.24 0.25 0.27 0.37 0.21 0.27
O4' 0.14 0.19 0.20 0.19 0.20 0.18 0.16 0.18 0.15 0.16 0.22 0.23 0.21 0.21 0.23 0.14 0.16 0.30 0.17 0.15
O5' 0.11 0.19 0.15 0.17 0.20 0.20 0.13 0.24 0.11 0.12 0.24 0.24 0.22 0.17 0.21 0.15 0.19 0.36 0.17 0.20
OP1 0.11 0.22 0.15 0.16 0.22 0.18 0.15 0.22 0.12 0.14 0.26 0.27 0.24 0.16 0.20 0.12 0.17 0.35 0.14 0.18
OP2 0.19 0.29 0.18 0.18 0.30 0.22 0.24 0.26 0.21 0.23 0.33 0.33 0.31 0.18 0.21 0.19 0.23 0.43 0.18 0.24
P 0.11 0.23 0.13 0.13 0.24 0.16 0.17 0.20 0.13 0.16 0.28 0.29 0.26 0.14 0.17 0.12 0.15 0.35 0.12 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.08 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.07 0.13 0.23 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.05 0.15 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.11 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.03 0.05 0.05 0.14 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.08 0.06
C4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.10 0.19 0.23 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.16 0.09 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.03 0.12 0.15 0.23 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.18 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.11 0.09 0.22 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.08 0.21 0.09
N3 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.03 0.08 0.18 0.23 0.12
N4 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.03 0.10 0.23 0.23 0.14
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.16 0.05 0.08 0.13 0.23 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.07 0.06 0.14 0.00 0.04 0.04 0.04 0.17 0.10 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.03 0.12 0.03 0.06 0.07 0.16 0.04 0.00 0.01 0.10 0.23 0.13 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.07 0.12 0.19 0.07
O5' 0.05 0.07 0.04 0.06 0.10 0.02 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.10 0.08 0.04 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.13 0.12 0.16 0.19 0.16 0.15 0.18 0.09 0.08 0.18 0.23 0.13 0.17 0.23 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.23 0.11 0.08 0.23 0.09 0.23 0.06 0.22 0.21 0.23 0.23 0.23 0.10 0.13 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.04 0.06 0.12 0.02 0.11 0.01 0.09 0.09 0.12 0.14 0.13 0.04 0.10 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00