ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 6, 10, 4, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.019, 0.029, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.023, 0.038, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.024, 0.040, 0.055, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.034, 0.050, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.050 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.036, 0.054, 0.071, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.054 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.044, 0.063, 0.083, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.063 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.029, 0.049, 0.070, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.049 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.034, 0.059, 0.085, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.059 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.066, 0.108, 0.150, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.108 std_dev=0.042
C2' B 0, 0.338, 0.531, 0.724, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.531 std_dev=0.193
O4' A 0, 0.112, 0.323, 0.534, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.323 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.114, 0.327, 0.541, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.327 std_dev=0.213
O4' B 0, 0.372, 0.601, 0.830, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.601 std_dev=0.229
C1' B 0, 0.343, 0.572, 0.801, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.572 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.293, 0.539, 0.784, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.539 std_dev=0.246
C4' B 0, 0.419, 0.680, 0.941, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.680 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.360, 0.630, 0.900, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.630 std_dev=0.270
O2' A 0, 0.016, 0.339, 0.662, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.339 std_dev=0.323
C4' A 0, 0.183, 0.545, 0.908, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.545 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.386, 0.763, 1.139, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.763 std_dev=0.377
C3' A 0, 0.198, 0.581, 0.964, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.581 std_dev=0.383
C5' B 0, 0.500, 0.909, 1.318, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.909 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.296, 0.742, 1.189, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.742 std_dev=0.447
C6 B 0, 0.465, 0.950, 1.436, 2.082 max_d=2.082 avg_d=0.950 std_dev=0.485
O2 B 0, 0.498, 0.998, 1.497, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.998 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.551, 1.052, 1.552, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.052 std_dev=0.500
C2 B 0, 0.464, 0.966, 1.468, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.966 std_dev=0.502
O5' A 0, 0.423, 0.956, 1.488, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.956 std_dev=0.532
C5' A 0, 0.233, 0.779, 1.326, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.779 std_dev=0.546
P A 0, 0.200, 0.759, 1.318, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.759 std_dev=0.559
O3' A 0, 0.306, 0.898, 1.489, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.898 std_dev=0.591
C5 B 0, 0.522, 1.206, 1.889, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.206 std_dev=0.683
OP2 A 0, 0.681, 1.374, 2.067, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.374 std_dev=0.693
N3 B 0, 0.532, 1.233, 1.934, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.233 std_dev=0.701
P B 0, 0.749, 1.489, 2.229, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.489 std_dev=0.740
C4 B 0, 0.515, 1.311, 2.107, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.311 std_dev=0.796
OP2 B 0, 0.942, 1.840, 2.739, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.840 std_dev=0.898
OP1 B 0, 0.943, 1.851, 2.760, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.851 std_dev=0.909
N4 B 0, 0.602, 1.618, 2.635, 3.649 max_d=3.649 avg_d=1.618 std_dev=1.017
OP1 A 0, 0.758, 1.903, 3.049, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.903 std_dev=1.145

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.09 0.20 0.25 0.14
C2 0.04 0.00 0.21 0.27 0.02 0.12 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.32 0.06 0.20 0.47 0.53 0.25
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.09 0.10 0.09 0.17 0.21 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.34 0.26 0.23
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.18 0.01 0.18 0.02 0.22 0.16 0.26 0.25 0.22 0.17 0.11 0.02 0.01 0.01 0.09 0.19 0.29 0.11
C4 0.02 0.02 0.11 0.18 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.17 0.03 0.15 0.40 0.48 0.22
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.05 0.13 0.02 0.01 0.01 0.15 0.23 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.15 0.04 0.18 0.49 0.59 0.25
C5' 0.03 0.14 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.11 0.14 0.12 0.15 0.12 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01 0.24 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.17 0.21 0.05 0.20 0.56 0.65 0.28
C8 0.03 0.03 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.13 0.05 0.15 0.36 0.46 0.19
N1 0.04 0.01 0.17 0.26 0.02 0.11 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.17 0.29 0.05 0.21 0.54 0.61 0.28
N3 0.04 0.01 0.21 0.25 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.29 0.05 0.17 0.40 0.45 0.23
N6 0.03 0.02 0.08 0.22 0.02 0.11 0.02 0.15 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.18 0.21 0.07 0.22 0.63 0.71 0.31
N7 0.02 0.02 0.05 0.17 0.01 0.09 0.01 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.16 0.14 0.05 0.18 0.49 0.60 0.25
N9 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.06 0.02 0.11 0.31 0.38 0.17
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.13 0.13 0.16 0.05 0.17 0.14 0.17 0.14 0.18 0.16 0.09 0.00 0.04 0.09 0.16 0.36 0.27 0.23
O3' 0.12 0.32 0.02 0.01 0.17 0.02 0.15 0.08 0.21 0.13 0.29 0.29 0.21 0.14 0.06 0.04 0.00 0.08 0.16 0.32 0.45 0.15
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.02 0.09 0.08 0.00 0.10 0.19 0.25 0.17
O5' 0.09 0.20 0.19 0.09 0.15 0.01 0.18 0.01 0.20 0.15 0.21 0.17 0.22 0.18 0.11 0.16 0.16 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.47 0.34 0.19 0.40 0.15 0.49 0.24 0.56 0.36 0.54 0.40 0.63 0.49 0.31 0.36 0.32 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.53 0.26 0.29 0.48 0.23 0.59 0.28 0.65 0.46 0.61 0.45 0.71 0.60 0.38 0.27 0.45 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.25 0.23 0.11 0.22 0.05 0.25 0.01 0.28 0.19 0.28 0.23 0.31 0.25 0.17 0.23 0.15 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.59 0.22 0.20 0.71 0.20 0.64 0.29 0.53 0.48 0.70 0.79 0.59 0.31 0.43 0.23 0.23 0.33 0.26 0.16
C2 0.21 0.28 0.23 0.20 0.35 0.22 0.39 0.27 0.35 0.26 0.32 0.38 0.33 0.32 0.34 0.15 0.22 0.26 0.20 0.14
C2' 0.53 0.80 0.39 0.29 0.88 0.26 0.80 0.30 0.71 0.69 0.89 0.93 0.80 0.38 0.42 0.44 0.33 0.36 0.37 0.27
C3' 0.60 0.83 0.50 0.41 0.86 0.37 0.78 0.37 0.70 0.71 0.90 0.91 0.86 0.48 0.49 0.51 0.39 0.41 0.41 0.33
C4 0.23 0.41 0.20 0.20 0.50 0.21 0.49 0.30 0.42 0.34 0.48 0.55 0.43 0.30 0.40 0.17 0.24 0.34 0.18 0.14
C4' 0.44 0.71 0.36 0.29 0.78 0.27 0.69 0.32 0.59 0.58 0.80 0.86 0.73 0.38 0.44 0.36 0.30 0.37 0.30 0.23
C5 0.20 0.34 0.20 0.22 0.41 0.22 0.42 0.32 0.36 0.27 0.39 0.45 0.38 0.30 0.41 0.13 0.25 0.39 0.15 0.18
C5' 0.46 0.69 0.39 0.33 0.76 0.30 0.67 0.36 0.58 0.57 0.78 0.83 0.73 0.41 0.47 0.38 0.33 0.43 0.26 0.25
C6 0.19 0.25 0.22 0.23 0.30 0.23 0.33 0.31 0.29 0.21 0.28 0.33 0.33 0.30 0.38 0.12 0.24 0.36 0.16 0.19
C8 0.23 0.45 0.19 0.21 0.55 0.22 0.52 0.33 0.43 0.36 0.54 0.62 0.48 0.29 0.44 0.16 0.25 0.42 0.16 0.18
N1 0.20 0.23 0.23 0.22 0.27 0.23 0.31 0.28 0.28 0.19 0.25 0.30 0.31 0.31 0.34 0.14 0.22 0.29 0.16 0.13
N3 0.24 0.40 0.22 0.20 0.49 0.21 0.50 0.28 0.44 0.36 0.46 0.53 0.41 0.32 0.36 0.19 0.24 0.28 0.24 0.15
N6 0.19 0.22 0.22 0.24 0.24 0.24 0.29 0.31 0.26 0.18 0.24 0.28 0.31 0.30 0.37 0.14 0.27 0.41 0.22 0.25
N7 0.20 0.37 0.19 0.22 0.45 0.22 0.44 0.34 0.37 0.30 0.44 0.51 0.41 0.29 0.43 0.13 0.26 0.44 0.15 0.21
N9 0.25 0.49 0.19 0.20 0.60 0.21 0.56 0.31 0.47 0.40 0.58 0.66 0.50 0.29 0.42 0.19 0.24 0.36 0.19 0.15
O2' 0.45 0.83 0.30 0.30 0.93 0.29 0.82 0.37 0.69 0.67 0.94 1.01 0.83 0.30 0.53 0.35 0.34 0.46 0.36 0.31
O3' 0.72 0.98 0.64 0.55 0.98 0.49 0.86 0.46 0.78 0.83 1.04 1.03 1.04 0.62 0.62 0.60 0.49 0.50 0.49 0.43
O4' 0.28 0.59 0.22 0.20 0.70 0.21 0.62 0.30 0.51 0.46 0.70 0.79 0.60 0.29 0.42 0.23 0.25 0.35 0.24 0.16
O5' 0.45 0.66 0.38 0.34 0.70 0.31 0.64 0.37 0.56 0.55 0.72 0.76 0.70 0.42 0.49 0.39 0.35 0.48 0.23 0.26
OP1 0.57 0.72 0.55 0.63 0.75 0.63 0.69 0.74 0.63 0.62 0.77 0.80 0.77 0.56 0.82 0.57 0.69 0.92 0.52 0.66
OP2 0.60 0.73 0.51 0.45 0.81 0.46 0.79 0.48 0.74 0.69 0.79 0.86 0.73 0.49 0.50 0.57 0.52 0.52 0.57 0.50
P 0.46 0.67 0.38 0.33 0.72 0.31 0.66 0.37 0.58 0.56 0.74 0.79 0.71 0.39 0.49 0.39 0.36 0.50 0.23 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.06 0.24 0.13
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.05 0.14 0.17 0.37 0.22
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.09 0.18 0.00 0.02 0.01 0.05 0.14 0.08 0.04
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.01 0.14 0.02 0.13 0.09 0.15 0.17 0.16 0.02 0.01 0.01 0.05 0.20 0.10 0.09
C4 0.03 0.02 0.07 0.15 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.16 0.04 0.23 0.35 0.52 0.35
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.07 0.07 0.01 0.01 0.02 0.15 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.07 0.14 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.17 0.07 0.26 0.38 0.55 0.39
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.18 0.08 0.09 0.17 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.13 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.14 0.08 0.23 0.29 0.45 0.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.02 0.14 0.16 0.35 0.22
N3 0.03 0.01 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.04 0.18 0.26 0.45 0.28
N4 0.04 0.03 0.09 0.17 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.19 0.05 0.26 0.41 0.56 0.39
O2 0.05 0.01 0.18 0.16 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.13 0.17 0.09 0.11 0.11 0.32 0.17
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.08 0.13 0.00 0.05 0.06 0.05 0.23 0.05 0.06
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.03 0.14 0.07 0.15 0.19 0.17 0.05 0.00 0.02 0.09 0.35 0.27 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.09 0.06 0.02 0.00 0.07 0.07 0.24 0.14
O5' 0.07 0.14 0.05 0.05 0.23 0.02 0.26 0.01 0.23 0.14 0.18 0.26 0.11 0.05 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.17 0.14 0.20 0.35 0.15 0.38 0.13 0.29 0.16 0.26 0.41 0.11 0.23 0.35 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.37 0.08 0.10 0.52 0.05 0.55 0.02 0.45 0.35 0.45 0.56 0.32 0.05 0.27 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.22 0.04 0.09 0.35 0.02 0.39 0.02 0.32 0.22 0.28 0.39 0.17 0.06 0.21 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00