ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50379

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 3, 4, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.038 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.030, 0.089, 0.149, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.089 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.051, 0.123, 0.195, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.123 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.056, 0.145, 0.234, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.145 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.058, 0.156, 0.254, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.156 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.126, 0.229, 0.332, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.229 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.070, 0.198, 0.327, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.198 std_dev=0.129
O2' B 0, 0.211, 0.352, 0.493, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.352 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.148, 0.313, 0.478, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.313 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.079, 0.249, 0.420, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.249 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.292, 0.506, 0.720, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.506 std_dev=0.214
P A 0, 0.152, 0.381, 0.610, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.381 std_dev=0.229
O5' A 0, -0.015, 0.228, 0.470, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.228 std_dev=0.243
OP1 A 0, 0.185, 0.504, 0.824, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.504 std_dev=0.320
C5 B 0, 0.149, 0.473, 0.797, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.473 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.086, 0.430, 0.775, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.430 std_dev=0.345
C1' B 0, -0.016, 0.399, 0.814, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.399 std_dev=0.415
N1 B 0, 0.019, 0.445, 0.871, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.445 std_dev=0.426
C3' B 0, -0.084, 0.409, 0.902, 2.848 max_d=2.848 avg_d=0.409 std_dev=0.493
C4 B 0, -0.038, 0.596, 1.231, 3.660 max_d=3.660 avg_d=0.596 std_dev=0.635
O4' B 0, -0.262, 0.446, 1.155, 4.059 max_d=4.059 avg_d=0.446 std_dev=0.709
O3' B 0, -0.251, 0.479, 1.210, 4.190 max_d=4.190 avg_d=0.479 std_dev=0.731
C2 B 0, -0.173, 0.574, 1.321, 4.294 max_d=4.294 avg_d=0.574 std_dev=0.747
C4' B 0, -0.319, 0.442, 1.203, 4.342 max_d=4.342 avg_d=0.442 std_dev=0.761
N4 B 0, -0.111, 0.684, 1.479, 4.584 max_d=4.584 avg_d=0.684 std_dev=0.795
N3 B 0, -0.233, 0.654, 1.540, 5.096 max_d=5.096 avg_d=0.654 std_dev=0.887
O2 B 0, -0.340, 0.635, 1.611, 5.564 max_d=5.564 avg_d=0.635 std_dev=0.976
O5' B 0, -0.588, 0.530, 1.649, 6.290 max_d=6.290 avg_d=0.530 std_dev=1.119
C5' B 0, -0.659, 0.527, 1.712, 6.650 max_d=6.650 avg_d=0.527 std_dev=1.186
OP2 B 0, -0.692, 0.663, 2.018, 7.629 max_d=7.629 avg_d=0.663 std_dev=1.355
P B 0, -0.881, 0.621, 2.122, 8.375 max_d=8.375 avg_d=0.621 std_dev=1.501
OP1 B 0, -1.060, 0.767, 2.594, 10.214 max_d=10.214 avg_d=0.767 std_dev=1.827

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.12 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.17 0.16 0.06 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.17 0.06 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.22 0.04 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.16 0.12 0.07 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.12 0.08 0.09
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.20 0.15 0.08 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.16 0.08 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.19 0.16 0.07 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.15 0.14 0.06 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.21 0.15 0.10 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.18 0.10 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.09 0.09 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.13 0.09 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.26 0.05 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.17 0.07
O5' 0.06 0.17 0.12 0.16 0.16 0.01 0.18 0.00 0.20 0.16 0.19 0.15 0.21 0.18 0.13 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.16 0.17 0.22 0.12 0.07 0.12 0.06 0.15 0.08 0.16 0.14 0.15 0.10 0.09 0.13 0.26 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.06 0.06 0.04 0.07 0.14 0.08 0.17 0.08 0.11 0.07 0.06 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.07 0.12 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.07 0.12 0.09 0.04 0.03 0.14 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.54 0.10 0.47 0.40 0.66 0.12 0.99 0.10 0.19 0.61 0.47 0.78 0.11 0.62 0.36 0.87 1.32 0.89 1.05
C2 0.11 0.27 0.12 0.28 0.19 0.33 0.11 0.43 0.10 0.14 0.28 0.21 0.38 0.13 0.39 0.16 0.38 0.55 0.37 0.42
C2' 0.09 0.56 0.10 0.45 0.43 0.72 0.12 1.05 0.10 0.18 0.65 0.52 0.81 0.12 0.55 0.45 0.90 1.31 0.89 1.08
C3' 0.11 0.56 0.10 0.40 0.46 0.71 0.13 1.04 0.11 0.18 0.68 0.57 0.80 0.14 0.48 0.48 0.90 1.33 0.91 1.10
C4 0.09 0.39 0.11 0.36 0.28 0.49 0.10 0.69 0.09 0.16 0.42 0.32 0.56 0.12 0.48 0.25 0.60 0.89 0.59 0.70
C4' 0.09 0.57 0.10 0.46 0.45 0.73 0.12 1.09 0.11 0.18 0.69 0.56 0.82 0.12 0.57 0.46 0.97 1.48 1.03 1.21
C5 0.09 0.32 0.11 0.29 0.23 0.39 0.10 0.56 0.09 0.14 0.35 0.27 0.46 0.13 0.40 0.21 0.49 0.74 0.49 0.58
C5' 0.09 0.57 0.08 0.40 0.46 0.68 0.13 1.05 0.10 0.18 0.69 0.58 0.81 0.14 0.49 0.45 0.93 1.45 1.00 1.18
C6 0.10 0.23 0.13 0.22 0.18 0.27 0.11 0.37 0.10 0.13 0.25 0.20 0.32 0.14 0.29 0.15 0.33 0.50 0.33 0.39
C8 0.08 0.42 0.10 0.37 0.32 0.52 0.10 0.77 0.09 0.16 0.48 0.38 0.61 0.12 0.49 0.29 0.68 1.04 0.70 0.82
N1 0.11 0.20 0.13 0.20 0.16 0.22 0.11 0.29 0.11 0.13 0.21 0.17 0.27 0.14 0.27 0.12 0.26 0.39 0.27 0.30
N3 0.10 0.39 0.11 0.37 0.27 0.49 0.11 0.67 0.09 0.16 0.41 0.30 0.56 0.12 0.51 0.24 0.57 0.82 0.55 0.65
N6 0.11 0.19 0.13 0.17 0.16 0.19 0.11 0.26 0.11 0.13 0.20 0.17 0.25 0.14 0.22 0.12 0.24 0.37 0.25 0.28
N7 0.09 0.35 0.11 0.31 0.26 0.43 0.10 0.63 0.09 0.14 0.39 0.31 0.50 0.13 0.42 0.24 0.55 0.85 0.57 0.67
N9 0.08 0.46 0.10 0.40 0.34 0.57 0.11 0.83 0.09 0.17 0.51 0.40 0.66 0.12 0.54 0.30 0.72 1.09 0.73 0.87
O2' 0.08 0.60 0.12 0.53 0.45 0.79 0.11 1.18 0.11 0.18 0.70 0.55 0.87 0.11 0.65 0.48 1.04 1.50 1.05 1.25
O3' 0.14 0.56 0.11 0.41 0.48 0.75 0.13 1.11 0.14 0.16 0.71 0.61 0.80 0.13 0.46 0.56 0.96 1.39 0.98 1.18
O4' 0.08 0.56 0.10 0.47 0.42 0.68 0.12 1.03 0.10 0.19 0.65 0.51 0.80 0.11 0.62 0.38 0.92 1.42 0.97 1.14
O5' 0.20 0.40 0.21 0.56 0.32 0.81 0.08 1.13 0.20 0.08 0.53 0.45 0.61 0.17 0.66 0.57 1.00 1.46 1.04 1.21
OP1 0.31 0.30 0.26 0.59 0.24 0.87 0.19 1.19 0.32 0.16 0.43 0.36 0.50 0.21 0.64 0.69 1.08 1.53 1.14 1.31
OP2 0.10 0.45 0.09 0.34 0.38 0.58 0.11 0.86 0.09 0.13 0.56 0.49 0.63 0.12 0.40 0.40 0.75 1.15 0.79 0.94
P 0.17 0.40 0.16 0.48 0.32 0.73 0.09 1.04 0.18 0.09 0.52 0.44 0.60 0.13 0.56 0.52 0.93 1.38 0.98 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.06 0.08 0.11 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.11 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.08 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.09 0.03 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.11 0.05 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.09 0.07 0.11 0.14 0.08 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00