ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50380

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 7, 3, 3, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.035, 0.096, 0.158, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.096 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.059, 0.122, 0.185, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.122 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.042, 0.107, 0.171, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.107 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.068, 0.164, 0.260, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.164 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.073, 0.172, 0.271, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.172 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.090, 0.236, 0.381, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.236 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.119, 0.269, 0.420, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.269 std_dev=0.150
OP1 A 0, 0.228, 0.389, 0.551, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.389 std_dev=0.162
P A 0, 0.169, 0.331, 0.493, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.331 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.156, 0.318, 0.481, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.318 std_dev=0.162
C4' B 0, 0.137, 0.316, 0.494, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.316 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.143, 0.322, 0.502, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.322 std_dev=0.180
C5' B 0, 0.134, 0.315, 0.495, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.315 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.159, 0.350, 0.541, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.350 std_dev=0.191
OP2 A 0, 0.249, 0.441, 0.633, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.441 std_dev=0.192
O2 B 0, 0.207, 0.400, 0.593, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.400 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.176, 0.374, 0.572, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.374 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.170, 0.369, 0.567, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.369 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.203, 0.402, 0.601, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.402 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.163, 0.362, 0.562, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.362 std_dev=0.200
C2' B 0, 0.159, 0.361, 0.563, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.361 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.175, 0.381, 0.587, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.381 std_dev=0.206
C3' B 0, 0.156, 0.362, 0.569, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.362 std_dev=0.207
C5 B 0, 0.203, 0.415, 0.626, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.415 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.224, 0.437, 0.650, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.437 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.227, 0.443, 0.659, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.443 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.165, 0.384, 0.603, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.384 std_dev=0.219
O3' B 0, 0.164, 0.383, 0.602, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.383 std_dev=0.219
P B 0, 0.146, 0.368, 0.591, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.368 std_dev=0.222
N4 B 0, 0.251, 0.488, 0.726, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.488 std_dev=0.237
OP2 B 0, 0.163, 0.418, 0.673, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.418 std_dev=0.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.15 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.02 0.08 0.09 0.17 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.06
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.12 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.08 0.16 0.10
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.10 0.16 0.11
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.08 0.13 0.13 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.11 0.16 0.12
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.09 0.15 0.10
N1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.09 0.10 0.17 0.11
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.07 0.08 0.17 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.11 0.13 0.16 0.13
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.11 0.16 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.06 0.16 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.13 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.15 0.08
O5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.12 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.05 0.07 0.08 0.05 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.08 0.13 0.11 0.06 0.06 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.17 0.14 0.12 0.16 0.09 0.16 0.04 0.16 0.15 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.13 0.10 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.06 0.05 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.09 0.05 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.13 0.12 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08
C2 0.11 0.14 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.10 0.17 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09
C2' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09
C3' 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10
C4 0.10 0.12 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.15 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08
C4' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09
C5 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.16 0.14 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10
C5' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11
C6 0.15 0.15 0.14 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.14 0.15 0.12 0.18 0.15 0.12 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10
C8 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.15 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09
N1 0.15 0.16 0.14 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.14 0.15 0.12 0.18 0.15 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09
N3 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.15 0.12 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08
N6 0.16 0.17 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.16 0.14 0.19 0.16 0.14 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13
N7 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.16 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11
N9 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.14 0.12 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08
O2' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09
O3' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12
O4' 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08
OP1 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.12 0.13 0.10 0.08 0.10 0.12 0.10 0.10
OP2 0.12 0.11 0.12 0.14 0.12 0.15 0.15 0.16 0.15 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.15 0.14 0.16 0.16 0.16 0.16
P 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.10 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.05 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00