ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50381

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 5, 4, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.024, 0.065, 0.107, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.065 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.011, 0.058, 0.105, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.058 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.044, 0.094, 0.144, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.094 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.039, 0.095, 0.151, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.095 std_dev=0.056
O3' A 0, 0.048, 0.107, 0.165, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.107 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.047, 0.114, 0.181, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.114 std_dev=0.067
C5' A 0, 0.059, 0.145, 0.231, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.145 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.037, 0.167, 0.297, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.167 std_dev=0.130
P A 0, 0.068, 0.214, 0.361, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.214 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.147, 0.299, 0.452, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.299 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.140, 0.300, 0.461, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.300 std_dev=0.160
C4' B 0, 0.211, 0.384, 0.557, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.384 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.298, 0.475, 0.653, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.475 std_dev=0.178
C5' B 0, 0.166, 0.344, 0.522, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.344 std_dev=0.178
O3' B 0, 0.239, 0.417, 0.596, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.417 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.220, 0.404, 0.588, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.404 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.217, 0.403, 0.588, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.403 std_dev=0.186
C2' B 0, 0.253, 0.445, 0.638, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.445 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.238, 0.431, 0.625, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.431 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.177, 0.390, 0.603, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.390 std_dev=0.213
N1 B 0, 0.263, 0.477, 0.691, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.477 std_dev=0.214
OP1 B 0, 0.210, 0.427, 0.645, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.427 std_dev=0.217
O2 B 0, 0.245, 0.466, 0.687, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.466 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.258, 0.482, 0.705, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.482 std_dev=0.223
C6 B 0, 0.310, 0.536, 0.762, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.536 std_dev=0.226
P B 0, 0.201, 0.442, 0.682, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.442 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.291, 0.534, 0.776, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.534 std_dev=0.243
C5 B 0, 0.348, 0.592, 0.836, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.592 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.335, 0.587, 0.840, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.587 std_dev=0.252
N4 B 0, 0.382, 0.657, 0.932, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.657 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.245, 0.565, 0.885, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.565 std_dev=0.320

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03 0.04 0.09 0.06 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.09 0.06 0.06
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.10 0.06 0.06
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.08 0.06 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.10 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.03 0.04 0.09 0.06 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.06 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.05 0.04 0.09 0.05 0.09 0.03 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05
C2 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
C2' 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04
C3' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.03 0.07 0.04 0.04
C4 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06
C4' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.09 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04
C5 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07
C5' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04
C6 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08
C8 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06
N1 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10
N3 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09
N6 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08
N7 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06
N9 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05
O2' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04
O3' 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.03 0.08 0.05 0.05
O4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05
O5' 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04
OP1 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07
OP2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05
P 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.09 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
N4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.10 0.10 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.09 0.04 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.10 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.06 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00