ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50383

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 5, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.021, 0.046, 0.070, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.046 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.026, 0.052, 0.078, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.052 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.014, 0.041, 0.069, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.068, 0.126, 0.184, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.126 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.038, 0.104, 0.170, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.104 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.145, 0.238, 0.331, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.238 std_dev=0.093
C2' B 0, 0.244, 0.374, 0.505, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.374 std_dev=0.131
C4' A 0, 0.087, 0.218, 0.350, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.218 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.090, 0.232, 0.373, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.232 std_dev=0.142
C1' B 0, 0.119, 0.268, 0.416, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.268 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.191, 0.372, 0.554, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.372 std_dev=0.182
C5' A 0, 0.164, 0.348, 0.532, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.348 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.350, 0.549, 0.747, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.549 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.173, 0.381, 0.589, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.381 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.269, 0.496, 0.723, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.496 std_dev=0.227
OP2 B 0, 0.141, 0.372, 0.602, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.372 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.085, 0.316, 0.548, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.316 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.133, 0.366, 0.598, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.366 std_dev=0.232
P A 0, 0.208, 0.450, 0.691, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.450 std_dev=0.242
O2 B 0, 0.228, 0.480, 0.732, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.480 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.172, 0.431, 0.689, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.431 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.188, 0.452, 0.716, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.452 std_dev=0.264
OP2 A 0, 0.274, 0.551, 0.828, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.551 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.019, 0.301, 0.582, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.301 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.074, 0.364, 0.654, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.364 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.067, 0.408, 0.749, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.408 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.043, 0.384, 0.726, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.384 std_dev=0.341
P B 0, 0.049, 0.397, 0.746, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.397 std_dev=0.349
N3 B 0, 0.213, 0.577, 0.941, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.577 std_dev=0.364
C5' B 0, -0.002, 0.408, 0.818, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.408 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.028, 0.466, 0.904, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.466 std_dev=0.438
C5 B 0, 0.133, 0.583, 1.033, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.583 std_dev=0.450
C4 B 0, 0.193, 0.647, 1.101, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.647 std_dev=0.454
N4 B 0, 0.257, 0.838, 1.419, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.838 std_dev=0.581

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.02 0.05 0.09 0.10 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.11 0.05 0.12 0.10 0.12 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.04 0.08 0.08 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.05 0.10 0.11 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.06 0.11 0.12 0.13
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.06 0.10 0.12 0.12
N3 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.04 0.07 0.08 0.08
N6 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.08 0.13 0.14 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.11 0.12 0.12
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.14 0.06 0.15 0.11 0.15 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.10 0.08 0.13 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.06 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.06 0.03 0.04 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.03 0.05 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.07 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.04 0.06 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.12 0.08 0.14 0.12 0.07 0.04 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.13 0.09 0.12 0.08 0.14 0.12 0.07 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.18 0.14 0.17 0.11 0.18 0.13 0.20 0.11 0.11 0.15 0.12 0.30 0.17 0.21 0.13 0.15 0.23 0.16 0.09
C2 0.09 0.09 0.17 0.23 0.25 0.26 0.30 0.27 0.25 0.13 0.16 0.29 0.11 0.23 0.32 0.12 0.17 0.26 0.18 0.09
C2' 0.07 0.16 0.07 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.16 0.12 0.28 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.25 0.12
C3' 0.08 0.17 0.07 0.08 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.08 0.18 0.13 0.29 0.08 0.07 0.14 0.13 0.09 0.29 0.16
C4 0.10 0.09 0.17 0.21 0.18 0.21 0.24 0.24 0.19 0.09 0.09 0.21 0.20 0.23 0.29 0.11 0.16 0.26 0.18 0.09
C4' 0.09 0.22 0.08 0.09 0.15 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.23 0.17 0.33 0.09 0.10 0.09 0.10 0.16 0.19 0.08
C5 0.09 0.07 0.17 0.22 0.24 0.21 0.30 0.24 0.25 0.11 0.12 0.29 0.18 0.24 0.32 0.11 0.16 0.29 0.19 0.10
C5' 0.08 0.21 0.08 0.08 0.15 0.09 0.12 0.11 0.11 0.10 0.22 0.16 0.33 0.09 0.09 0.10 0.10 0.17 0.20 0.09
C6 0.09 0.09 0.17 0.23 0.30 0.22 0.37 0.26 0.30 0.15 0.17 0.36 0.12 0.25 0.35 0.11 0.16 0.30 0.19 0.10
C8 0.10 0.11 0.17 0.20 0.16 0.19 0.23 0.22 0.18 0.08 0.09 0.20 0.25 0.23 0.29 0.11 0.15 0.27 0.18 0.09
N1 0.09 0.12 0.17 0.24 0.32 0.25 0.38 0.28 0.31 0.17 0.20 0.37 0.09 0.24 0.36 0.11 0.17 0.29 0.19 0.10
N3 0.11 0.08 0.17 0.21 0.17 0.23 0.22 0.24 0.18 0.09 0.09 0.20 0.18 0.22 0.28 0.12 0.16 0.25 0.17 0.09
N6 0.09 0.11 0.17 0.23 0.35 0.21 0.42 0.25 0.34 0.17 0.21 0.41 0.11 0.24 0.36 0.11 0.16 0.32 0.20 0.11
N7 0.09 0.08 0.17 0.21 0.22 0.20 0.29 0.23 0.23 0.10 0.10 0.27 0.21 0.24 0.32 0.11 0.15 0.29 0.19 0.10
N9 0.11 0.13 0.16 0.19 0.13 0.19 0.19 0.22 0.15 0.09 0.10 0.16 0.26 0.21 0.26 0.12 0.15 0.25 0.17 0.09
O2' 0.11 0.26 0.10 0.10 0.21 0.11 0.14 0.12 0.11 0.15 0.27 0.22 0.35 0.11 0.13 0.10 0.10 0.15 0.19 0.09
O3' 0.10 0.22 0.11 0.14 0.18 0.17 0.11 0.17 0.12 0.10 0.26 0.22 0.32 0.12 0.14 0.18 0.19 0.11 0.32 0.22
O4' 0.14 0.22 0.14 0.16 0.14 0.18 0.13 0.22 0.12 0.14 0.20 0.15 0.34 0.15 0.19 0.15 0.17 0.26 0.14 0.12
O5' 0.07 0.16 0.08 0.08 0.11 0.09 0.15 0.11 0.14 0.08 0.16 0.13 0.29 0.09 0.09 0.11 0.11 0.16 0.22 0.10
OP1 0.08 0.16 0.08 0.09 0.11 0.10 0.17 0.11 0.16 0.08 0.15 0.13 0.29 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.25 0.12
OP2 0.09 0.14 0.09 0.10 0.13 0.12 0.21 0.13 0.20 0.10 0.12 0.15 0.27 0.11 0.12 0.14 0.13 0.19 0.24 0.13
P 0.08 0.12 0.07 0.08 0.11 0.10 0.20 0.11 0.19 0.08 0.11 0.13 0.26 0.09 0.09 0.13 0.11 0.15 0.26 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.22 0.13
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.19 0.24 0.42 0.27
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.14 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.12 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.25 0.39 0.54 0.39
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.23 0.38 0.53 0.39
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.15 0.00 0.16 0.00 0.13 0.09 0.12 0.16 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.20 0.28 0.41 0.31
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.17 0.20 0.36 0.24
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.23 0.33 0.50 0.34
N4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.26 0.45 0.59 0.42
O2 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.03 0.17 0.19 0.38 0.23
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.12 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.15 0.08
O5' 0.08 0.19 0.07 0.05 0.25 0.01 0.23 0.00 0.20 0.17 0.23 0.26 0.17 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.24 0.05 0.06 0.39 0.06 0.38 0.07 0.28 0.20 0.33 0.45 0.19 0.06 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.42 0.14 0.06 0.54 0.05 0.53 0.02 0.41 0.36 0.50 0.59 0.38 0.12 0.04 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.27 0.08 0.04 0.39 0.02 0.39 0.01 0.31 0.24 0.34 0.42 0.23 0.06 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00