Doublet Group distance statistics: 50385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N7	A	0, 0.019, 0.044, 0.068, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.024
N6	A	0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.022, 0.053, 0.084, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C2'	A	0, 0.280, 0.522, 0.764, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.522 std_dev=0.242
O4'	A	0, 0.188, 0.435, 0.682, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.435 std_dev=0.247
O2'	A	0, 0.407, 0.671, 0.936, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.671 std_dev=0.264
C2'	B	0, 0.552, 0.825, 1.097, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.825 std_dev=0.272
C1'	B	0, 0.499, 0.777, 1.056, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.777 std_dev=0.278
O4'	B	0, 0.598, 0.886, 1.174, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.886 std_dev=0.288
O2'	B	0, 0.526, 0.896, 1.266, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.896 std_dev=0.370
C3'	B	0, 0.569, 0.958, 1.347, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.958 std_dev=0.389
C4'	B	0, 0.656, 1.049, 1.442, 1.631 max_d=1.631 avg_d=1.049 std_dev=0.393
C3'	A	0, 0.410, 0.812, 1.214, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.812 std_dev=0.402
C4'	A	0, 0.310, 0.716, 1.122, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.716 std_dev=0.406
O3'	B	0, 0.621, 1.090, 1.559, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.090 std_dev=0.469
P	A	0, 0.422, 0.899, 1.375, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.899 std_dev=0.477
N1	B	0, 0.496, 0.974, 1.453, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.974 std_dev=0.479
O2	B	0, 0.580, 1.091, 1.603, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.091 std_dev=0.512
O3'	A	0, 0.624, 1.193, 1.762, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.193 std_dev=0.569
C2	B	0, 0.583, 1.155, 1.726, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.155 std_dev=0.572
C5'	B	0, 0.731, 1.309, 1.888, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.309 std_dev=0.578
C6	B	0, 0.575, 1.213, 1.852, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.213 std_dev=0.638
C5'	A	0, 0.543, 1.186, 1.830, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.186 std_dev=0.643
OP2	A	0, 1.053, 1.715, 2.377, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.715 std_dev=0.662
O5'	A	0, 0.710, 1.399, 2.089, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.399 std_dev=0.689
O5'	B	0, 0.674, 1.402, 2.129, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.402 std_dev=0.727
N3	B	0, 0.696, 1.498, 2.301, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.498 std_dev=0.802
C5	B	0, 0.653, 1.521, 2.389, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.521 std_dev=0.868
P	B	0, 0.997, 1.909, 2.821, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.909 std_dev=0.912
C4	B	0, 0.701, 1.646, 2.592, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.646 std_dev=0.945
OP1	B	0, 1.300, 2.281, 3.261, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.281 std_dev=0.981
OP2	B	0, 1.247, 2.255, 3.263, 3.475 max_d=3.475 avg_d=2.255 std_dev=1.008
OP1	A	0, 0.907, 1.966, 3.025, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.966 std_dev=1.059
N4	B	0, 0.839, 2.020, 3.201, 3.691 max_d=3.691 avg_d=2.020 std_dev=1.181

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.07	0.17	0.09	0.15
C2	0.02	0.00	0.17	0.22	0.01	0.09	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.28	0.03	0.15	0.16	0.26	0.18
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.02	0.09	0.10	0.13	0.17	0.08	0.07	0.03	0.00	0.01	0.01	0.10	0.17	0.21	0.06
C3'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.13	0.01	0.13	0.02	0.15	0.17	0.19	0.20	0.15	0.16	0.08	0.02	0.01	0.02	0.12	0.27	0.25	0.13
C4	0.01	0.01	0.09	0.13	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.14	0.02	0.14	0.14	0.20	0.16
C4'	0.01	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.06	0.10	0.07	0.09	0.06	0.09	0.04	0.07	0.02	0.00	0.02	0.12	0.08	0.06
C5	0.02	0.01	0.06	0.13	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.15	0.03	0.17	0.17	0.23	0.19
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.08	0.01	0.10	0.00	0.10	0.16	0.10	0.10	0.11	0.15	0.08	0.07	0.04	0.02	0.01	0.12	0.05	0.02
C6	0.02	0.00	0.09	0.15	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.07	0.20	0.03	0.16	0.17	0.26	0.20
C8	0.02	0.01	0.10	0.17	0.01	0.10	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.18	0.03	0.23	0.21	0.20	0.20
N1	0.02	0.00	0.13	0.19	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.25	0.03	0.16	0.16	0.27	0.19
N3	0.02	0.00	0.17	0.20	0.01	0.09	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.14	0.24	0.03	0.14	0.14	0.22	0.17
N6	0.02	0.01	0.08	0.15	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.06	0.21	0.04	0.18	0.19	0.29	0.22
N7	0.02	0.01	0.07	0.16	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.18	0.03	0.22	0.21	0.25	0.21
N9	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.04	0.01	0.08	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.01	0.13	0.16	0.15	0.16
O2'	0.01	0.15	0.00	0.02	0.07	0.07	0.04	0.07	0.07	0.06	0.12	0.14	0.06	0.04	0.01	0.00	0.05	0.05	0.06	0.16	0.17	0.05
O3'	0.02	0.28	0.01	0.01	0.14	0.02	0.15	0.04	0.20	0.18	0.25	0.24	0.21	0.18	0.07	0.05	0.00	0.02	0.14	0.38	0.30	0.19
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.10	0.30	0.11	0.24
O5'	0.07	0.15	0.10	0.12	0.14	0.02	0.17	0.01	0.16	0.23	0.16	0.14	0.18	0.22	0.13	0.06	0.14	0.10	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.17	0.16	0.17	0.27	0.14	0.12	0.17	0.12	0.17	0.21	0.16	0.14	0.19	0.21	0.16	0.16	0.38	0.30	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.26	0.21	0.25	0.20	0.08	0.23	0.05	0.26	0.20	0.27	0.22	0.29	0.25	0.15	0.17	0.30	0.11	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.18	0.06	0.13	0.16	0.06	0.19	0.02	0.20	0.20	0.19	0.17	0.22	0.21	0.16	0.05	0.19	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.56	0.17	0.17	0.76	0.19	0.71	0.21	0.58	0.47	0.70	0.85	0.52	0.28	0.26	0.24	0.26	0.22	0.24	0.21
C2	0.18	0.29	0.15	0.14	0.40	0.16	0.43	0.20	0.39	0.28	0.35	0.43	0.27	0.26	0.21	0.18	0.21	0.22	0.18	0.17
C2'	0.39	0.65	0.32	0.29	0.79	0.25	0.75	0.21	0.64	0.57	0.76	0.87	0.60	0.36	0.37	0.33	0.29	0.21	0.33	0.25
C3'	0.45	0.67	0.43	0.41	0.79	0.35	0.74	0.29	0.64	0.59	0.77	0.87	0.65	0.47	0.51	0.39	0.33	0.26	0.35	0.29
C4	0.19	0.40	0.13	0.14	0.56	0.17	0.56	0.19	0.47	0.35	0.50	0.62	0.37	0.26	0.25	0.19	0.21	0.20	0.17	0.16
C4'	0.33	0.63	0.31	0.28	0.81	0.23	0.74	0.18	0.60	0.52	0.77	0.92	0.60	0.39	0.40	0.28	0.24	0.18	0.25	0.20
C5	0.17	0.35	0.14	0.16	0.50	0.18	0.52	0.19	0.43	0.31	0.44	0.57	0.32	0.27	0.27	0.18	0.18	0.19	0.14	0.12
C5'	0.35	0.62	0.33	0.30	0.80	0.24	0.73	0.18	0.60	0.52	0.76	0.92	0.60	0.41	0.43	0.29	0.22	0.17	0.22	0.18
C6	0.19	0.29	0.17	0.18	0.42	0.20	0.46	0.20	0.39	0.28	0.36	0.47	0.27	0.28	0.27	0.19	0.17	0.19	0.14	0.11
C8	0.19	0.44	0.13	0.15	0.63	0.18	0.62	0.19	0.50	0.38	0.57	0.72	0.41	0.27	0.28	0.19	0.19	0.18	0.16	0.13
N1	0.21	0.28	0.18	0.17	0.38	0.18	0.41	0.19	0.37	0.27	0.32	0.41	0.26	0.28	0.24	0.19	0.18	0.18	0.15	0.11
N3	0.19	0.38	0.14	0.15	0.52	0.18	0.54	0.21	0.47	0.36	0.46	0.57	0.35	0.26	0.23	0.21	0.24	0.23	0.21	0.20
N6	0.22	0.29	0.20	0.22	0.42	0.23	0.46	0.23	0.40	0.29	0.35	0.47	0.27	0.29	0.30	0.22	0.19	0.22	0.18	0.15
N7	0.18	0.38	0.13	0.17	0.55	0.19	0.56	0.20	0.45	0.33	0.49	0.63	0.35	0.27	0.29	0.18	0.18	0.19	0.13	0.12
N9	0.21	0.47	0.14	0.15	0.66	0.18	0.64	0.19	0.52	0.40	0.59	0.74	0.44	0.27	0.26	0.21	0.22	0.20	0.19	0.17
O2'	0.41	0.72	0.30	0.28	0.90	0.25	0.83	0.25	0.71	0.62	0.85	0.98	0.66	0.31	0.31	0.37	0.35	0.29	0.39	0.32
O3'	0.54	0.75	0.55	0.54	0.86	0.46	0.79	0.40	0.70	0.66	0.85	0.94	0.74	0.60	0.66	0.47	0.43	0.36	0.44	0.39
O4'	0.25	0.59	0.18	0.17	0.80	0.18	0.73	0.19	0.58	0.47	0.74	0.92	0.55	0.29	0.28	0.23	0.25	0.22	0.24	0.21
O5'	0.37	0.62	0.31	0.27	0.76	0.21	0.69	0.16	0.58	0.52	0.73	0.85	0.60	0.34	0.35	0.30	0.22	0.17	0.22	0.18
OP1	0.42	0.65	0.34	0.29	0.74	0.26	0.68	0.23	0.59	0.55	0.74	0.82	0.67	0.30	0.29	0.35	0.28	0.25	0.24	0.22
OP2	0.39	0.61	0.29	0.21	0.72	0.20	0.67	0.20	0.58	0.53	0.70	0.79	0.60	0.23	0.20	0.32	0.26	0.27	0.17	0.21
P	0.35	0.56	0.30	0.24	0.68	0.20	0.63	0.15	0.54	0.48	0.66	0.76	0.56	0.29	0.30	0.28	0.20	0.18	0.19	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.03	0.01	0.08	0.08	0.20	0.12
C2	0.03	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.12	0.03	0.17	0.23	0.36	0.25
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.03	0.06	0.04	0.11	0.00	0.03	0.01	0.09	0.13	0.15	0.10
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.07	0.00	0.07	0.02	0.09	0.04	0.10	0.08	0.14	0.02	0.01	0.02	0.07	0.14	0.08	0.08
C4	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.03	0.19	0.33	0.45	0.32
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.05	0.05	0.06	0.06	0.03	0.00	0.03	0.09	0.06	0.04
C5	0.02	0.01	0.05	0.07	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.04	0.17	0.31	0.44	0.31
C5'	0.03	0.09	0.02	0.02	0.12	0.01	0.12	0.00	0.11	0.08	0.11	0.13	0.09	0.06	0.03	0.01	0.01	0.10	0.02	0.02
C6	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.11	0.04	0.16	0.23	0.36	0.25
N1	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.05	0.02	0.14	0.18	0.31	0.21
N3	0.02	0.00	0.06	0.10	0.01	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.13	0.03	0.20	0.30	0.42	0.30
N4	0.02	0.01	0.04	0.08	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.05	0.11	0.04	0.20	0.38	0.48	0.35
O2	0.05	0.00	0.11	0.14	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.06	0.16	0.05	0.17	0.21	0.33	0.23
O2'	0.02	0.04	0.00	0.02	0.04	0.06	0.05	0.06	0.05	0.03	0.05	0.05	0.06	0.00	0.06	0.04	0.05	0.10	0.11	0.06
O3'	0.03	0.12	0.03	0.01	0.09	0.03	0.10	0.03	0.11	0.05	0.13	0.11	0.16	0.06	0.00	0.03	0.08	0.19	0.11	0.10
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.04	0.05	0.04	0.03	0.00	0.07	0.07	0.17	0.10
O5'	0.08	0.17	0.09	0.07	0.19	0.03	0.17	0.01	0.16	0.14	0.20	0.20	0.17	0.05	0.08	0.07	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.08	0.23	0.13	0.14	0.33	0.09	0.31	0.10	0.23	0.18	0.30	0.38	0.21	0.10	0.19	0.07	0.02	0.00	0.02	0.00
OP2	0.20	0.36	0.15	0.08	0.45	0.06	0.44	0.02	0.36	0.31	0.42	0.48	0.33	0.11	0.11	0.17	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.25	0.10	0.08	0.32	0.04	0.31	0.02	0.25	0.21	0.30	0.35	0.23	0.06	0.10	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00