ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.003, 0.020, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.022, 0.047, 0.072, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.047 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.023, 0.054, 0.085, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.033, 0.073, 0.113, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.073 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.027, 0.070, 0.113, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.070 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.037, 0.083, 0.128, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.083 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.044, 0.108, 0.171, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.108 std_dev=0.063
O2' B 0, 0.070, 0.140, 0.210, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.140 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.059, 0.137, 0.215, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.137 std_dev=0.078
C2' B 0, 0.058, 0.140, 0.222, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.140 std_dev=0.082
C1' B 0, 0.072, 0.163, 0.254, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.163 std_dev=0.091
O2 B 0, 0.092, 0.191, 0.289, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.191 std_dev=0.099
N1 B 0, 0.081, 0.181, 0.281, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.181 std_dev=0.100
C2 B 0, 0.087, 0.187, 0.287, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.187 std_dev=0.100
O5' A 0, 0.074, 0.177, 0.280, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.177 std_dev=0.103
O4' B 0, 0.071, 0.185, 0.298, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.185 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.057, 0.172, 0.287, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.172 std_dev=0.115
O3' B 0, 0.065, 0.184, 0.304, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.184 std_dev=0.120
C4' B 0, 0.066, 0.188, 0.309, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.188 std_dev=0.122
N3 B 0, 0.079, 0.212, 0.345, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.212 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.075, 0.218, 0.361, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.218 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.088, 0.234, 0.381, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.234 std_dev=0.147
C5 B 0, 0.085, 0.242, 0.399, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.242 std_dev=0.157
O5' B 0, 0.148, 0.306, 0.464, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.306 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.094, 0.253, 0.411, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.253 std_dev=0.158
P A 0, 0.070, 0.232, 0.394, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.232 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.126, 0.313, 0.500, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.313 std_dev=0.187
N4 B 0, 0.092, 0.280, 0.467, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.280 std_dev=0.188
OP1 A 0, 0.098, 0.304, 0.509, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.304 std_dev=0.205
P B 0, 0.146, 0.365, 0.583, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.365 std_dev=0.219
OP1 B 0, 0.255, 0.479, 0.702, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.479 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.174, 0.442, 0.710, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.442 std_dev=0.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.07 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.07 0.06
N3 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.08 0.09 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.09 0.08 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.11 0.07
O5' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.09 0.04 0.05 0.12 0.12 0.13 0.12 0.10 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09
C2 0.03 0.08 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.05 0.03 0.08 0.07 0.12 0.04 0.08 0.04 0.08 0.12 0.08 0.09
C2' 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.04 0.10 0.04 0.05 0.12 0.13 0.13 0.10 0.10 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09
C3' 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.04 0.11 0.05 0.05 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.10
C4 0.04 0.10 0.03 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.11 0.10 0.14 0.05 0.08 0.04 0.07 0.10 0.07 0.07
C4' 0.10 0.07 0.13 0.13 0.07 0.12 0.05 0.13 0.06 0.07 0.08 0.10 0.09 0.15 0.12 0.11 0.13 0.14 0.14 0.13
C5 0.04 0.11 0.03 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.12 0.11 0.14 0.04 0.08 0.03 0.06 0.10 0.06 0.06
C5' 0.11 0.07 0.12 0.13 0.07 0.12 0.06 0.13 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.14 0.12 0.11 0.14 0.15 0.14 0.13
C6 0.04 0.10 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.11 0.09 0.14 0.04 0.08 0.03 0.06 0.10 0.06 0.07
C8 0.04 0.11 0.04 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.13 0.13 0.14 0.07 0.08 0.04 0.06 0.09 0.07 0.06
N1 0.03 0.09 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.09 0.07 0.13 0.04 0.08 0.03 0.07 0.11 0.07 0.08
N3 0.03 0.08 0.03 0.07 0.06 0.08 0.03 0.09 0.04 0.03 0.09 0.08 0.12 0.05 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08 0.08
N6 0.05 0.11 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.11 0.10 0.15 0.04 0.08 0.03 0.06 0.10 0.06 0.06
N7 0.05 0.11 0.03 0.06 0.10 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.13 0.12 0.15 0.05 0.08 0.04 0.06 0.09 0.06 0.06
N9 0.04 0.11 0.05 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.05 0.12 0.12 0.14 0.08 0.08 0.05 0.07 0.10 0.07 0.07
O2' 0.10 0.10 0.13 0.13 0.10 0.13 0.05 0.13 0.05 0.07 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12
O3' 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.11 0.06 0.12 0.07 0.08 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.14 0.13 0.12
O4' 0.08 0.08 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07 0.11 0.06 0.06 0.11 0.12 0.09 0.14 0.11 0.09 0.11 0.13 0.12 0.11
O5' 0.10 0.07 0.11 0.12 0.06 0.12 0.05 0.13 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.11 0.11 0.13 0.14 0.13 0.12
OP1 0.13 0.08 0.14 0.14 0.07 0.15 0.07 0.15 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.16 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.15
OP2 0.18 0.14 0.18 0.18 0.13 0.18 0.14 0.19 0.15 0.16 0.13 0.12 0.15 0.19 0.16 0.18 0.20 0.21 0.19 0.19
P 0.13 0.09 0.14 0.14 0.08 0.15 0.08 0.15 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.16 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.10 0.12 0.14 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.09 0.10 0.11 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.09 0.13 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.10 0.12 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.03 0.03 0.11 0.04 0.12 0.04 0.10 0.06 0.09 0.12 0.06 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.14 0.02 0.14 0.01 0.11 0.09 0.13 0.16 0.09 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.09 0.07 0.09 0.12 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00