ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.018 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.026, 0.042, 0.058, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.042 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.027, 0.047, 0.068, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.047 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.076, 0.170, 0.264, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.170 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.091, 0.210, 0.329, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.210 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.099, 0.234, 0.369, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.234 std_dev=0.135
O2' A 0, 0.113, 0.260, 0.406, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.260 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.130, 0.301, 0.471, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.301 std_dev=0.170
C6 B 0, 0.128, 0.306, 0.483, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.306 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.138, 0.321, 0.504, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.321 std_dev=0.183
C5 B 0, 0.115, 0.307, 0.499, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.307 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.201, 0.401, 0.601, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.401 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.105, 0.313, 0.521, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.313 std_dev=0.208
O3' A 0, 0.172, 0.399, 0.625, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.399 std_dev=0.227
OP1 A 0, 0.110, 0.339, 0.569, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.339 std_dev=0.230
P A 0, 0.127, 0.357, 0.587, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.357 std_dev=0.230
OP2 A 0, 0.153, 0.395, 0.637, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.395 std_dev=0.242
O2' B 0, 0.256, 0.498, 0.740, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.498 std_dev=0.242
O5' A 0, 0.163, 0.420, 0.677, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.420 std_dev=0.257
C5' A 0, 0.211, 0.476, 0.742, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.476 std_dev=0.266
O4' B 0, 0.211, 0.488, 0.765, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.488 std_dev=0.277
C3' B 0, 0.270, 0.549, 0.828, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.549 std_dev=0.279
C4 B 0, 0.148, 0.437, 0.726, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.437 std_dev=0.289
C4' B 0, 0.249, 0.572, 0.894, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.572 std_dev=0.322
N4 B 0, 0.192, 0.524, 0.856, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.524 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.285, 0.681, 1.076, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.681 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.326, 0.747, 1.169, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.747 std_dev=0.422
O3' B 0, 0.445, 0.896, 1.347, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.896 std_dev=0.451
O2 B 0, 0.393, 0.966, 1.538, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.966 std_dev=0.572
O5' B 0, 0.447, 1.041, 1.636, 1.568 max_d=1.568 avg_d=1.041 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.451, 1.071, 1.690, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.071 std_dev=0.619
P B 0, 0.698, 1.582, 2.466, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.582 std_dev=0.884
OP2 B 0, 0.774, 1.726, 2.678, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.726 std_dev=0.952
OP1 B 0, 0.878, 1.938, 2.998, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.938 std_dev=1.060

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.11 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.07 0.09 0.16 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.06 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.15 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.11 0.17 0.13
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.09 0.12 0.17 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.11 0.15 0.13
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.11 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.08 0.15 0.11
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.14 0.18 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.12 0.17 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.14 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.16 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.13 0.12
O5' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.08 0.12 0.09 0.06 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.08 0.14 0.12 0.08 0.08 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.16 0.06 0.06 0.15 0.04 0.17 0.01 0.17 0.15 0.17 0.15 0.18 0.17 0.14 0.06 0.09 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.05 0.04 0.12 0.04 0.13 0.01 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.11 0.05 0.06 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.14 0.16 0.09 0.20 0.09 0.29 0.10 0.09 0.12 0.09 0.16 0.18 0.19 0.13 0.25 0.38 0.26 0.32
C2 0.10 0.18 0.16 0.17 0.08 0.29 0.09 0.40 0.11 0.08 0.16 0.08 0.31 0.22 0.17 0.23 0.30 0.39 0.29 0.36
C2' 0.13 0.14 0.16 0.23 0.12 0.28 0.14 0.42 0.15 0.12 0.13 0.11 0.19 0.19 0.27 0.18 0.38 0.56 0.42 0.48
C3' 0.11 0.13 0.15 0.19 0.10 0.25 0.12 0.38 0.13 0.11 0.13 0.10 0.19 0.18 0.22 0.17 0.35 0.53 0.40 0.46
C4 0.08 0.14 0.16 0.14 0.08 0.24 0.09 0.34 0.10 0.08 0.13 0.08 0.23 0.21 0.15 0.18 0.26 0.36 0.25 0.33
C4' 0.09 0.11 0.14 0.14 0.09 0.16 0.09 0.26 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.17 0.18 0.11 0.23 0.37 0.26 0.31
C5 0.09 0.15 0.16 0.12 0.08 0.23 0.10 0.33 0.12 0.08 0.14 0.09 0.27 0.21 0.14 0.22 0.24 0.33 0.23 0.30
C5' 0.09 0.11 0.15 0.14 0.09 0.15 0.09 0.24 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.17 0.18 0.12 0.21 0.33 0.22 0.28
C6 0.10 0.18 0.17 0.13 0.08 0.25 0.12 0.35 0.14 0.09 0.17 0.09 0.34 0.21 0.13 0.25 0.24 0.33 0.23 0.31
C8 0.08 0.12 0.15 0.12 0.08 0.20 0.09 0.30 0.10 0.08 0.12 0.09 0.19 0.18 0.14 0.18 0.22 0.33 0.22 0.30
N1 0.11 0.21 0.17 0.15 0.08 0.28 0.12 0.37 0.14 0.09 0.18 0.09 0.38 0.22 0.14 0.26 0.27 0.35 0.26 0.33
N3 0.09 0.15 0.15 0.17 0.08 0.26 0.08 0.37 0.10 0.08 0.14 0.08 0.24 0.22 0.18 0.17 0.29 0.39 0.29 0.35
N6 0.11 0.19 0.17 0.12 0.09 0.24 0.13 0.33 0.15 0.09 0.18 0.10 0.36 0.20 0.13 0.26 0.22 0.30 0.21 0.29
N7 0.08 0.13 0.16 0.11 0.08 0.21 0.10 0.31 0.11 0.08 0.13 0.09 0.23 0.19 0.14 0.21 0.22 0.32 0.21 0.29
N9 0.09 0.13 0.15 0.14 0.09 0.21 0.09 0.31 0.10 0.08 0.12 0.09 0.19 0.20 0.16 0.16 0.25 0.36 0.25 0.32
O2' 0.14 0.15 0.19 0.28 0.13 0.28 0.15 0.41 0.15 0.14 0.14 0.13 0.17 0.21 0.35 0.17 0.40 0.59 0.45 0.50
O3' 0.13 0.14 0.16 0.23 0.12 0.27 0.14 0.41 0.14 0.12 0.14 0.11 0.19 0.19 0.27 0.17 0.40 0.61 0.46 0.52
O4' 0.09 0.11 0.15 0.14 0.09 0.14 0.08 0.21 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.17 0.18 0.10 0.19 0.30 0.19 0.25
O5' 0.12 0.12 0.17 0.16 0.12 0.21 0.13 0.30 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.18 0.20 0.19 0.25 0.37 0.26 0.33
OP1 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.19 0.13 0.27 0.13 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.19 0.22 0.33 0.22 0.30
OP2 0.16 0.15 0.12 0.09 0.16 0.22 0.18 0.31 0.18 0.16 0.15 0.16 0.16 0.12 0.10 0.26 0.24 0.33 0.23 0.31
P 0.12 0.09 0.09 0.08 0.11 0.19 0.13 0.27 0.14 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.21 0.22 0.31 0.21 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.10 0.11 0.18 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.17 0.22 0.29 0.23
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.19 0.24 0.29 0.24
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.16 0.18 0.21 0.18
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.11 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.14 0.16 0.24 0.18
N4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.19 0.25 0.33 0.26
O2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.03 0.06 0.07 0.14 0.08
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.03 0.03 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04
O5' 0.05 0.10 0.02 0.02 0.17 0.00 0.19 0.01 0.16 0.11 0.14 0.19 0.06 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.04 0.05 0.22 0.04 0.24 0.04 0.18 0.11 0.16 0.25 0.07 0.03 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.18 0.05 0.03 0.29 0.01 0.29 0.01 0.21 0.15 0.24 0.33 0.14 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.02 0.02 0.23 0.01 0.24 0.02 0.18 0.12 0.18 0.26 0.08 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00