ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50389

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 2, 2, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.052, 0.083, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.052 std_dev=0.031
N6 A 0, 0.023, 0.054, 0.086, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.028, 0.065, 0.103, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.065 std_dev=0.037
O2' B 0, 0.191, 0.383, 0.575, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.383 std_dev=0.192
O4' B 0, 0.512, 0.841, 1.171, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.841 std_dev=0.330
C4' B 0, 0.561, 0.950, 1.339, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.950 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.182, 0.575, 0.968, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.575 std_dev=0.393
C1' B 0, 0.409, 0.870, 1.331, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.870 std_dev=0.461
C3' B 0, 0.503, 0.978, 1.452, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.978 std_dev=0.475
O3' B 0, 0.614, 1.151, 1.688, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.151 std_dev=0.537
O4' A 0, 0.086, 0.636, 1.186, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.636 std_dev=0.550
C2' A 0, 0.082, 0.642, 1.203, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.642 std_dev=0.561
C5' B 0, 0.884, 1.529, 2.174, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.529 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.734, 1.499, 2.265, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.499 std_dev=0.765
C3' A 0, 0.187, 0.975, 1.762, 2.590 max_d=2.590 avg_d=0.975 std_dev=0.788
O2' A 0, 0.016, 0.856, 1.697, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.856 std_dev=0.840
O3' A 0, 0.428, 1.291, 2.153, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.291 std_dev=0.862
C4' A 0, 0.118, 0.994, 1.871, 2.822 max_d=2.822 avg_d=0.994 std_dev=0.876
O5' B 0, 1.009, 1.888, 2.767, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.888 std_dev=0.879
C6 B 0, 0.933, 1.829, 2.724, 3.461 max_d=3.461 avg_d=1.829 std_dev=0.895
O2 B 0, 0.884, 1.829, 2.774, 3.665 max_d=3.665 avg_d=1.829 std_dev=0.945
C2 B 0, 0.927, 1.898, 2.869, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.898 std_dev=0.971
P B 0, 1.149, 2.316, 3.484, 4.380 max_d=4.380 avg_d=2.316 std_dev=1.167
C5 B 0, 1.229, 2.405, 3.581, 4.540 max_d=4.540 avg_d=2.405 std_dev=1.176
OP2 A 0, 0.624, 1.842, 3.060, 3.802 max_d=3.802 avg_d=1.842 std_dev=1.218
P A 0, 0.327, 1.556, 2.786, 4.061 max_d=4.061 avg_d=1.556 std_dev=1.229
O5' A 0, 0.339, 1.581, 2.822, 4.179 max_d=4.179 avg_d=1.581 std_dev=1.241
N3 B 0, 1.233, 2.477, 3.721, 4.773 max_d=4.773 avg_d=2.477 std_dev=1.244
C5' A 0, 0.317, 1.576, 2.836, 4.194 max_d=4.194 avg_d=1.576 std_dev=1.260
OP1 B 0, 1.197, 2.517, 3.836, 4.815 max_d=4.815 avg_d=2.517 std_dev=1.319
C4 B 0, 1.358, 2.692, 4.026, 5.122 max_d=5.122 avg_d=2.692 std_dev=1.334
OP2 B 0, 1.206, 2.593, 3.980, 5.073 max_d=5.073 avg_d=2.593 std_dev=1.387
OP1 A 0, 0.394, 1.888, 3.382, 4.713 max_d=4.713 avg_d=1.888 std_dev=1.494
N4 B 0, 1.678, 3.294, 4.910, 6.209 max_d=6.209 avg_d=3.294 std_dev=1.616

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.22 0.74 0.56 0.30
C2 0.02 0.00 0.47 0.36 0.01 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.38 0.36 0.29 0.90 0.30 0.29
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.26 0.01 0.15 0.17 0.25 0.20 0.39 0.46 0.21 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.38 1.05 0.85 0.68
C3' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.29 0.01 0.34 0.03 0.38 0.28 0.39 0.32 0.41 0.33 0.20 0.03 0.01 0.02 0.20 0.71 0.33 0.29
C4 0.01 0.01 0.26 0.29 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.21 0.20 0.22 0.88 0.28 0.26
C4' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.07 0.24 0.13 0.20 0.09 0.20 0.08 0.26 0.02 0.01 0.10 0.33 0.49 0.13
C5 0.01 0.01 0.15 0.34 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.14 0.15 0.10 0.20 0.95 0.23 0.31
C5' 0.08 0.26 0.17 0.03 0.12 0.03 0.10 0.00 0.11 0.27 0.19 0.25 0.13 0.23 0.09 0.08 0.19 0.06 0.03 0.13 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.38 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.23 0.17 0.22 0.96 0.30 0.34
C8 0.01 0.01 0.20 0.28 0.00 0.24 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.46 0.13 0.20 0.27 0.92 0.16 0.30
N1 0.02 0.00 0.39 0.39 0.02 0.13 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.22 0.32 0.29 0.25 0.93 0.29 0.31
N3 0.02 0.01 0.46 0.32 0.01 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.37 0.36 0.30 0.86 0.34 0.29
N6 0.04 0.01 0.21 0.41 0.03 0.09 0.02 0.13 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.12 0.24 0.12 0.23 1.00 0.40 0.41
N7 0.01 0.01 0.08 0.33 0.01 0.20 0.00 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.39 0.13 0.10 0.26 0.99 0.22 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.16 0.10 0.01 0.19 0.82 0.33 0.24
O2' 0.02 0.38 0.00 0.03 0.09 0.26 0.14 0.08 0.07 0.46 0.22 0.38 0.12 0.39 0.16 0.00 0.03 0.18 0.28 1.05 1.03 0.69
O3' 0.29 0.38 0.02 0.01 0.21 0.02 0.15 0.19 0.23 0.13 0.32 0.37 0.24 0.13 0.10 0.03 0.00 0.20 0.31 0.48 0.21 0.16
O4' 0.01 0.36 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.06 0.17 0.20 0.29 0.36 0.12 0.10 0.01 0.18 0.20 0.00 0.13 0.57 0.61 0.28
O5' 0.22 0.29 0.38 0.20 0.22 0.10 0.20 0.03 0.22 0.27 0.25 0.30 0.23 0.26 0.19 0.28 0.31 0.13 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.74 0.90 1.05 0.71 0.88 0.33 0.95 0.13 0.96 0.92 0.93 0.86 1.00 0.99 0.82 1.05 0.48 0.57 0.03 0.00 0.05 0.01
OP2 0.56 0.30 0.85 0.33 0.28 0.49 0.23 0.38 0.30 0.16 0.29 0.34 0.40 0.22 0.33 1.03 0.21 0.61 0.04 0.05 0.00 0.01
P 0.30 0.29 0.68 0.29 0.26 0.13 0.31 0.02 0.34 0.30 0.31 0.29 0.41 0.38 0.24 0.69 0.16 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.58 0.23 0.16 0.62 0.20 0.51 0.28 0.42 0.43 0.66 0.69 0.62 0.21 0.25 0.11 0.15 0.26 0.17 0.09
C2 0.13 0.25 0.10 0.14 0.29 0.20 0.27 0.25 0.24 0.21 0.29 0.32 0.26 0.12 0.19 0.08 0.13 0.19 0.14 0.07
C2' 0.96 1.24 0.92 0.70 1.22 0.53 1.09 0.37 1.01 1.08 1.28 1.26 1.30 0.86 0.60 0.70 0.55 0.32 0.68 0.50
C3' 0.76 0.89 0.81 0.69 0.86 0.54 0.78 0.42 0.75 0.81 0.91 0.87 0.95 0.82 0.70 0.58 0.52 0.35 0.59 0.46
C4 0.20 0.40 0.15 0.17 0.42 0.23 0.35 0.33 0.29 0.30 0.45 0.47 0.43 0.17 0.25 0.08 0.18 0.31 0.11 0.13
C4' 0.35 0.46 0.43 0.37 0.43 0.32 0.37 0.32 0.35 0.37 0.48 0.45 0.53 0.48 0.43 0.26 0.29 0.25 0.25 0.20
C5 0.14 0.30 0.12 0.21 0.31 0.28 0.25 0.41 0.20 0.21 0.34 0.35 0.35 0.15 0.29 0.09 0.27 0.43 0.16 0.25
C5' 0.37 0.44 0.47 0.41 0.41 0.34 0.38 0.34 0.36 0.38 0.45 0.42 0.52 0.54 0.48 0.31 0.33 0.29 0.27 0.26
C6 0.09 0.19 0.11 0.24 0.19 0.30 0.17 0.44 0.14 0.12 0.21 0.23 0.24 0.13 0.30 0.12 0.31 0.45 0.22 0.29
C8 0.21 0.43 0.16 0.20 0.45 0.26 0.35 0.40 0.28 0.30 0.49 0.51 0.49 0.19 0.30 0.08 0.24 0.44 0.13 0.23
N1 0.08 0.15 0.11 0.21 0.16 0.27 0.16 0.37 0.14 0.10 0.17 0.19 0.19 0.13 0.26 0.12 0.24 0.32 0.15 0.19
N3 0.22 0.41 0.16 0.14 0.44 0.19 0.39 0.25 0.34 0.33 0.46 0.48 0.42 0.16 0.21 0.09 0.13 0.20 0.17 0.07
N6 0.09 0.14 0.14 0.29 0.16 0.33 0.18 0.50 0.16 0.10 0.16 0.19 0.19 0.14 0.35 0.16 0.41 0.59 0.36 0.43
N7 0.16 0.34 0.13 0.22 0.34 0.29 0.27 0.44 0.21 0.22 0.38 0.39 0.40 0.17 0.32 0.09 0.30 0.50 0.19 0.29
N9 0.24 0.48 0.19 0.17 0.51 0.23 0.42 0.33 0.34 0.35 0.55 0.57 0.53 0.20 0.27 0.09 0.19 0.33 0.11 0.14
O2' 1.02 1.51 0.91 0.60 1.52 0.38 1.30 0.22 1.16 1.24 1.62 1.60 1.60 0.78 0.43 0.66 0.46 0.18 0.65 0.40
O3' 0.77 0.88 0.88 0.80 0.83 0.66 0.77 0.58 0.75 0.80 0.88 0.84 0.94 0.91 0.87 0.63 0.63 0.47 0.65 0.54
O4' 0.28 0.31 0.33 0.41 0.30 0.48 0.28 0.54 0.28 0.26 0.34 0.33 0.37 0.38 0.46 0.37 0.43 0.50 0.30 0.38
O5' 0.41 0.49 0.48 0.40 0.46 0.32 0.43 0.29 0.40 0.42 0.50 0.48 0.56 0.55 0.46 0.32 0.32 0.27 0.30 0.26
OP1 0.95 0.91 0.98 0.99 0.87 0.99 0.87 1.01 0.90 0.91 0.89 0.85 0.93 1.00 1.02 0.94 1.00 0.97 0.95 0.96
OP2 0.50 0.63 0.55 0.45 0.53 0.39 0.43 0.36 0.42 0.51 0.63 0.55 0.73 0.61 0.50 0.37 0.38 0.37 0.27 0.29
P 0.50 0.56 0.57 0.49 0.49 0.42 0.42 0.36 0.42 0.49 0.55 0.49 0.65 0.64 0.55 0.39 0.38 0.28 0.29 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.13 0.24 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.05 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.11 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.05 0.08 0.11 0.13 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.08 0.06
C4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.04 0.11 0.18 0.26 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.16 0.04 0.11 0.15 0.23 0.16
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.15 0.04 0.09 0.11 0.19 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.19 0.12
N3 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.03 0.11 0.17 0.26 0.18
N4 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.14 0.04 0.12 0.22 0.27 0.20
O2 0.02 0.01 0.11 0.13 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.15 0.02 0.12 0.13 0.24 0.16
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.01 0.16 0.03 0.15 0.06 0.10 0.14 0.15 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.13 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.12 0.06
O5' 0.04 0.10 0.05 0.07 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.11 0.12 0.12 0.02 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.03 0.13 0.05 0.08 0.18 0.08 0.15 0.09 0.11 0.08 0.17 0.22 0.13 0.09 0.15 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.24 0.11 0.08 0.26 0.04 0.23 0.02 0.19 0.19 0.26 0.27 0.24 0.07 0.13 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.05 0.06 0.18 0.02 0.16 0.02 0.12 0.12 0.18 0.20 0.16 0.02 0.10 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00