ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50391

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.005, 0.020, 0.046, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.020 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.006, 0.047, 0.087, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.047 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.007, 0.105, 0.203, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.105 std_dev=0.098
C2' A 0, -0.018, 0.117, 0.252, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.117 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.020, 0.185, 0.349, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.185 std_dev=0.165
C3' A 0, -0.010, 0.188, 0.386, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.188 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.016, 0.227, 0.437, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.227 std_dev=0.211
O3' A 0, 0.012, 0.319, 0.627, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.319 std_dev=0.308
C5' A 0, 0.026, 0.343, 0.661, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.343 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.316, 0.707, 1.098, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.707 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.371, 0.869, 1.367, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.869 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.370, 0.911, 1.452, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.911 std_dev=0.541
C1' B 0, 0.392, 0.944, 1.496, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.944 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.436, 1.004, 1.571, 1.603 max_d=1.603 avg_d=1.004 std_dev=0.567
O5' A 0, 0.036, 0.624, 1.213, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.624 std_dev=0.589
C3' B 0, 0.434, 1.085, 1.736, 1.825 max_d=1.825 avg_d=1.085 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.420, 1.099, 1.778, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.099 std_dev=0.679
N1 B 0, 0.459, 1.353, 2.248, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.353 std_dev=0.894
P A 0, 0.229, 1.141, 2.053, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.141 std_dev=0.912
C5' B 0, 0.546, 1.509, 2.471, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.509 std_dev=0.962
C6 B 0, 0.671, 1.755, 2.840, 3.065 max_d=3.065 avg_d=1.755 std_dev=1.084
OP1 A 0, 0.263, 1.405, 2.546, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.405 std_dev=1.142
OP2 A 0, 0.384, 1.530, 2.677, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.530 std_dev=1.146
O2 B 0, 0.188, 1.369, 2.551, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.369 std_dev=1.181
C2 B 0, 0.266, 1.455, 2.645, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.455 std_dev=1.190
O5' B 0, 0.524, 1.854, 3.184, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.854 std_dev=1.330
C5 B 0, 0.733, 2.131, 3.529, 3.679 max_d=3.679 avg_d=2.131 std_dev=1.398
N3 B 0, 0.297, 1.835, 3.373, 3.665 max_d=3.665 avg_d=1.835 std_dev=1.538
C4 B 0, 0.527, 2.124, 3.721, 3.907 max_d=3.907 avg_d=2.124 std_dev=1.597
P B 0, 0.428, 2.266, 4.103, 4.909 max_d=4.909 avg_d=2.266 std_dev=1.837
N4 B 0, 0.552, 2.494, 4.437, 4.736 max_d=4.736 avg_d=2.494 std_dev=1.943
OP1 B 0, 0.348, 2.455, 4.562, 5.408 max_d=5.408 avg_d=2.455 std_dev=2.107
OP2 B 0, 0.467, 2.594, 4.720, 5.779 max_d=5.779 avg_d=2.594 std_dev=2.127

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.43 0.21 0.11
C2 0.06 0.00 0.13 0.12 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.16 0.04 0.20 0.68 0.55 0.31
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.10 0.13 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.20 0.11
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.09 0.09 0.11 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.15 0.14 0.21 0.15
C4 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.19 0.68 0.52 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.02 0.07 0.04 0.00 0.02 0.12 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.26 0.84 0.67 0.42
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.11 0.07 0.18 0.17 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.15 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.08 0.04 0.28 0.87 0.73 0.46
C8 0.02 0.02 0.06 0.09 0.02 0.08 0.02 0.15 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.23 0.79 0.60 0.38
N1 0.05 0.00 0.10 0.09 0.02 0.04 0.00 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.03 0.25 0.80 0.66 0.40
N3 0.06 0.01 0.13 0.11 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.14 0.04 0.16 0.61 0.45 0.24
N6 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.08 0.03 0.18 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.07 0.33 0.97 0.86 0.55
N7 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.10 0.05 0.28 0.92 0.74 0.48
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.15 0.62 0.43 0.24
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.14 0.15 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.22 0.13 0.06
O3' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.08 0.11 0.13 0.14 0.09 0.10 0.04 0.02 0.00 0.03 0.14 0.36 0.28 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.10 0.42 0.11 0.14
O5' 0.05 0.20 0.11 0.15 0.19 0.02 0.26 0.01 0.28 0.23 0.25 0.16 0.33 0.28 0.15 0.04 0.14 0.10 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.43 0.68 0.17 0.14 0.68 0.12 0.84 0.15 0.87 0.79 0.80 0.61 0.97 0.92 0.62 0.22 0.36 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.55 0.20 0.21 0.52 0.15 0.67 0.30 0.73 0.60 0.66 0.45 0.86 0.74 0.43 0.13 0.28 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.31 0.11 0.15 0.30 0.04 0.42 0.02 0.46 0.38 0.40 0.24 0.55 0.48 0.24 0.06 0.15 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.42 0.20 0.36 0.30 0.50 0.16 0.74 0.15 0.22 0.44 0.33 0.58 0.31 0.53 0.24 0.62 0.87 0.64 0.77
C2 0.27 0.38 0.27 0.34 0.33 0.45 0.30 0.52 0.31 0.29 0.40 0.35 0.47 0.28 0.39 0.33 0.43 0.58 0.54 0.60
C2' 0.20 0.32 0.21 0.54 0.24 0.67 0.25 0.98 0.28 0.21 0.34 0.26 0.48 0.26 0.70 0.38 0.86 1.17 0.92 1.04
C3' 0.21 0.38 0.21 0.51 0.28 0.67 0.26 1.00 0.29 0.23 0.41 0.31 0.56 0.29 0.66 0.40 0.87 1.23 0.96 1.08
C4 0.27 0.51 0.26 0.31 0.43 0.46 0.32 0.61 0.29 0.33 0.55 0.47 0.65 0.30 0.40 0.29 0.46 0.66 0.54 0.63
C4' 0.18 0.44 0.20 0.37 0.30 0.53 0.17 0.84 0.17 0.22 0.46 0.34 0.62 0.32 0.54 0.27 0.73 1.06 0.78 0.91
C5 0.34 0.67 0.32 0.25 0.63 0.39 0.48 0.52 0.42 0.46 0.74 0.69 0.81 0.29 0.29 0.31 0.40 0.61 0.56 0.61
C5' 0.22 0.50 0.26 0.35 0.37 0.52 0.22 0.82 0.21 0.27 0.54 0.42 0.68 0.36 0.49 0.29 0.70 1.03 0.76 0.90
C6 0.38 0.72 0.34 0.27 0.71 0.36 0.58 0.43 0.51 0.52 0.80 0.77 0.83 0.26 0.24 0.33 0.41 0.61 0.63 0.64
C8 0.30 0.64 0.29 0.26 0.58 0.43 0.41 0.62 0.34 0.41 0.71 0.64 0.79 0.30 0.36 0.28 0.46 0.71 0.55 0.66
N1 0.35 0.58 0.31 0.29 0.56 0.37 0.49 0.43 0.46 0.45 0.63 0.60 0.66 0.25 0.28 0.35 0.43 0.61 0.63 0.64
N3 0.22 0.35 0.25 0.38 0.28 0.50 0.22 0.64 0.23 0.23 0.37 0.30 0.47 0.30 0.47 0.30 0.50 0.66 0.56 0.64
N6 0.42 0.85 0.38 0.28 0.89 0.32 0.73 0.38 0.62 0.62 0.99 0.98 0.94 0.25 0.21 0.34 0.45 0.64 0.73 0.69
N7 0.36 0.73 0.34 0.23 0.70 0.39 0.53 0.53 0.44 0.49 0.83 0.78 0.88 0.30 0.28 0.30 0.40 0.63 0.56 0.63
N9 0.25 0.52 0.25 0.31 0.43 0.47 0.28 0.67 0.25 0.31 0.56 0.47 0.67 0.31 0.44 0.27 0.51 0.75 0.57 0.68
O2' 0.19 0.25 0.21 0.60 0.23 0.69 0.31 1.03 0.32 0.21 0.26 0.24 0.39 0.22 0.78 0.39 0.98 1.30 1.05 1.15
O3' 0.24 0.35 0.23 0.60 0.29 0.75 0.36 1.12 0.39 0.25 0.37 0.32 0.51 0.26 0.75 0.46 1.03 1.44 1.16 1.27
O4' 0.22 0.50 0.25 0.30 0.37 0.44 0.20 0.70 0.17 0.27 0.53 0.41 0.66 0.35 0.47 0.20 0.59 0.86 0.61 0.74
O5' 0.28 0.53 0.31 0.35 0.42 0.56 0.30 0.84 0.30 0.32 0.59 0.47 0.72 0.37 0.44 0.39 0.70 1.01 0.77 0.91
OP1 0.60 0.39 0.58 0.80 0.42 0.95 0.56 1.12 0.63 0.52 0.37 0.39 0.37 0.58 0.90 0.79 0.99 1.15 0.96 1.08
OP2 0.78 1.20 0.79 0.52 1.13 0.54 0.89 0.71 0.79 0.91 1.30 1.21 1.37 0.79 0.46 0.58 0.65 0.93 0.85 0.90
P 0.33 0.54 0.34 0.37 0.47 0.58 0.37 0.83 0.37 0.37 0.61 0.52 0.70 0.38 0.43 0.45 0.68 0.95 0.75 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.10 0.16 0.16 0.18
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.03 0.17 0.19 0.21 0.22
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.08 0.02
C3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.13 0.07 0.12 0.12 0.15 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.19 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.13 0.03 0.24 0.27 0.29 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.04 0.28 0.31 0.33 0.32
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.14 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.05 0.26 0.29 0.29 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.17 0.20 0.21 0.23
N3 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.03 0.21 0.22 0.25 0.25
N4 0.02 0.02 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.15 0.03 0.26 0.29 0.31 0.30
O2 0.05 0.00 0.13 0.15 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.18 0.06 0.14 0.16 0.18 0.18
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.02 0.07 0.06 0.12 0.00 0.02 0.07 0.04 0.14 0.09 0.08
O3' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.03 0.14 0.07 0.15 0.15 0.18 0.02 0.00 0.02 0.17 0.34 0.30 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.00 0.13 0.22 0.20 0.23
O5' 0.10 0.17 0.03 0.10 0.24 0.01 0.28 0.01 0.26 0.17 0.21 0.26 0.14 0.04 0.17 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.16 0.19 0.11 0.19 0.27 0.10 0.31 0.11 0.29 0.20 0.22 0.29 0.16 0.14 0.34 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.21 0.08 0.19 0.29 0.05 0.33 0.03 0.29 0.21 0.25 0.31 0.18 0.09 0.30 0.20 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.22 0.02 0.11 0.29 0.05 0.32 0.01 0.30 0.23 0.25 0.30 0.18 0.08 0.22 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00