ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50392

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.014, 0.121, 0.227, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.121 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.039, 0.157, 0.275, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.157 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.086, 0.296, 0.505, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.296 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.213, 0.488, 0.763, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.488 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.185, 0.468, 0.751, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.468 std_dev=0.283
C2' B 0, 0.113, 0.435, 0.758, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.435 std_dev=0.323
O3' A 0, 0.277, 0.658, 1.039, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.658 std_dev=0.381
C5' A 0, 0.295, 0.771, 1.247, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.771 std_dev=0.476
O2' B 0, 0.197, 0.710, 1.223, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.710 std_dev=0.513
O5' A 0, 0.497, 1.291, 2.085, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.291 std_dev=0.794
C1' B 0, -0.024, 1.010, 2.044, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.010 std_dev=1.034
C3' B 0, 0.010, 1.191, 2.372, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.191 std_dev=1.181
P A 0, 0.686, 2.099, 3.512, 3.549 max_d=3.549 avg_d=2.099 std_dev=1.413
OP1 A 0, 0.721, 2.165, 3.609, 4.068 max_d=4.068 avg_d=2.165 std_dev=1.444
N1 B 0, 0.115, 1.633, 3.150, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.633 std_dev=1.517
C6 B 0, 0.155, 1.942, 3.730, 4.672 max_d=4.672 avg_d=1.942 std_dev=1.787
O4' B 0, -0.306, 1.511, 3.327, 4.605 max_d=4.605 avg_d=1.511 std_dev=1.817
C4' B 0, -0.181, 1.706, 3.593, 4.898 max_d=4.898 avg_d=1.706 std_dev=1.887
OP2 A 0, 0.720, 2.669, 4.618, 4.999 max_d=4.999 avg_d=2.669 std_dev=1.949
O3' B 0, -0.015, 1.981, 3.976, 5.308 max_d=5.308 avg_d=1.981 std_dev=1.995
C2 B 0, 0.237, 2.384, 4.530, 5.638 max_d=5.638 avg_d=2.384 std_dev=2.147
C5 B 0, 0.272, 2.519, 4.766, 5.826 max_d=5.826 avg_d=2.519 std_dev=2.247
O2 B 0, 0.337, 2.632, 4.927, 6.028 max_d=6.028 avg_d=2.632 std_dev=2.295
O5' B 0, 0.047, 2.626, 5.206, 6.801 max_d=6.801 avg_d=2.626 std_dev=2.580
C4 B 0, 0.271, 3.018, 5.765, 7.130 max_d=7.130 avg_d=3.018 std_dev=2.747
N3 B 0, 0.270, 3.080, 5.890, 7.350 max_d=7.350 avg_d=3.080 std_dev=2.810
C5' B 0, -0.163, 2.662, 5.487, 7.358 max_d=7.358 avg_d=2.662 std_dev=2.825
OP2 B 0, 0.301, 3.425, 6.550, 8.221 max_d=8.221 avg_d=3.425 std_dev=3.124
N4 B 0, 0.339, 3.738, 7.138, 8.789 max_d=8.789 avg_d=3.738 std_dev=3.399
P B 0, 0.084, 3.588, 7.092, 9.204 max_d=9.204 avg_d=3.588 std_dev=3.504
OP1 B 0, -0.010, 4.237, 8.485, 11.097 max_d=11.097 avg_d=4.237 std_dev=4.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.40 0.36 0.27 0.31
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.64 0.65 0.84 0.71
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.26 0.20 0.29 0.19
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.01 0.16 0.03 0.16 0.18 0.14 0.11 0.18 0.19 0.10 0.02 0.01 0.02 0.21 0.23 0.31 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.68 0.70 0.79 0.73
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.14 0.15 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.15 0.22 0.14
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.81 0.92 1.03 0.96
C5' 0.04 0.16 0.02 0.03 0.17 0.00 0.25 0.00 0.25 0.26 0.21 0.12 0.29 0.29 0.16 0.03 0.06 0.01 0.01 0.38 0.35 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.16 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.02 0.83 0.96 1.13 1.01
C8 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.19 0.04 0.83 0.93 0.90 0.93
N1 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.75 0.82 1.02 0.89
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.03 0.58 0.55 0.69 0.60
N6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.20 0.03 0.89 1.10 1.28 1.15
N7 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.21 0.03 0.89 1.06 1.13 1.09
N9 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.65 0.66 0.64 0.66
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.09 0.05 0.11 0.12 0.08 0.05 0.04 0.00 0.05 0.04 0.10 0.24 0.15 0.21
O3' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.11 0.03 0.16 0.06 0.17 0.19 0.14 0.10 0.20 0.21 0.10 0.05 0.00 0.02 0.21 0.23 0.41 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.31 0.36 0.22 0.26
O5' 0.40 0.64 0.26 0.21 0.68 0.01 0.81 0.01 0.83 0.83 0.75 0.58 0.89 0.89 0.65 0.10 0.21 0.31 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.36 0.65 0.20 0.23 0.70 0.15 0.92 0.38 0.96 0.93 0.82 0.55 1.10 1.06 0.66 0.24 0.23 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.84 0.29 0.31 0.79 0.22 1.03 0.35 1.13 0.90 1.02 0.69 1.28 1.13 0.64 0.15 0.41 0.22 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.71 0.19 0.19 0.73 0.14 0.96 0.01 1.01 0.93 0.89 0.60 1.15 1.09 0.66 0.21 0.25 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.94 1.16 0.30 0.24 1.24 0.83 1.24 1.09 1.18 1.08 1.24 1.29 1.23 0.29 0.60 1.29 1.03 1.10 1.14 1.25
C2 0.81 0.40 0.23 0.49 0.37 1.32 0.70 1.64 0.85 0.63 0.35 0.29 0.63 0.29 0.36 1.52 1.40 1.61 1.34 1.59
C2' 0.78 1.19 0.28 0.24 1.27 0.50 1.15 0.66 1.03 1.00 1.32 1.37 1.28 0.30 0.77 0.96 0.64 0.62 0.74 0.79
C3' 0.71 1.12 0.32 0.29 1.21 0.49 1.08 0.65 0.95 0.92 1.26 1.32 1.21 0.34 0.77 0.86 0.62 0.65 0.72 0.77
C4 0.81 0.66 0.27 0.40 0.62 1.16 0.83 1.52 0.92 0.74 0.63 0.58 0.85 0.32 0.36 1.39 1.33 1.60 1.36 1.59
C4' 0.84 1.21 0.29 0.24 1.33 0.64 1.24 0.86 1.12 1.04 1.35 1.44 1.26 0.30 0.72 1.09 0.84 0.88 0.97 1.04
C5 0.67 0.51 0.26 0.56 0.30 1.36 0.60 1.83 0.76 0.49 0.51 0.28 0.90 0.34 0.50 1.39 1.57 2.03 1.60 1.90
C5' 0.76 1.08 0.34 0.29 1.19 0.68 1.13 0.94 1.03 0.94 1.21 1.29 1.15 0.38 0.69 1.04 0.90 1.04 1.04 1.14
C6 0.56 0.56 0.23 0.73 0.30 1.55 0.47 2.09 0.66 0.29 0.66 0.42 1.06 0.34 0.73 1.42 1.76 2.32 1.74 2.10
C8 0.75 0.69 0.29 0.42 0.62 1.16 0.81 1.58 0.88 0.70 0.69 0.59 0.93 0.33 0.38 1.33 1.40 1.78 1.48 1.72
N1 0.61 0.48 0.21 0.72 0.25 1.58 0.49 2.04 0.68 0.32 0.58 0.35 0.97 0.31 0.68 1.50 1.70 2.12 1.62 1.96
N3 0.90 0.75 0.27 0.33 0.75 1.08 0.93 1.36 1.00 0.86 0.71 0.71 0.83 0.31 0.39 1.42 1.21 1.34 1.21 1.40
N6 0.42 0.83 0.21 0.87 0.63 1.67 0.48 2.32 0.59 0.19 1.02 0.82 1.36 0.37 1.00 1.37 1.97 2.74 1.98 2.39
N7 0.66 0.56 0.27 0.55 0.35 1.33 0.61 1.82 0.75 0.50 0.57 0.33 0.95 0.34 0.50 1.35 1.58 2.10 1.65 1.95
N9 0.84 0.84 0.29 0.32 0.84 1.04 0.97 1.38 1.00 0.85 0.85 0.83 0.98 0.31 0.40 1.33 1.24 1.47 1.31 1.50
O2' 0.85 1.46 0.26 0.34 1.58 0.30 1.35 0.39 1.16 1.15 1.65 1.72 1.54 0.33 1.02 0.91 0.45 0.30 0.59 0.54
O3' 0.67 1.22 0.29 0.35 1.34 0.34 1.12 0.43 0.94 0.94 1.41 1.50 1.30 0.30 0.89 0.70 0.41 0.42 0.50 0.50
O4' 0.94 1.19 0.30 0.25 1.30 0.85 1.30 1.14 1.22 1.10 1.29 1.37 1.24 0.29 0.60 1.31 1.09 1.19 1.23 1.34
O5' 0.62 0.96 0.64 0.48 0.92 0.41 0.80 0.61 0.72 0.75 1.03 0.98 1.16 0.75 0.81 0.77 0.59 0.71 0.73 0.80
OP1 0.60 0.89 0.61 0.46 0.87 0.42 0.80 0.64 0.72 0.71 0.95 0.95 1.07 0.73 0.79 0.76 0.63 0.77 0.80 0.87
OP2 0.78 1.04 0.97 0.77 0.80 0.61 0.67 0.75 0.66 0.79 1.02 0.80 1.35 1.13 0.96 0.78 0.72 0.94 0.85 0.94
P 0.60 0.88 0.70 0.52 0.77 0.48 0.71 0.71 0.66 0.67 0.90 0.82 1.11 0.84 0.80 0.77 0.68 0.88 0.85 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.09 0.04 0.13 0.13 0.22 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.11 0.02 0.12 0.03 0.03 0.05 0.16 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.13 0.00 0.19 0.02 0.19 0.08 0.08 0.14 0.12 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.16 0.02 0.23 0.27 0.35 0.30
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.24 0.05 0.25 0.30 0.35 0.32
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.18 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.22 0.06 0.20 0.22 0.25 0.24
N1 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.13 0.19 0.16
N3 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.18 0.20 0.29 0.24
N4 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.19 0.02 0.25 0.33 0.41 0.34
O2 0.02 0.01 0.16 0.12 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.17 0.07 0.09 0.08 0.19 0.13
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.02 0.07 0.06 0.18 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.16 0.04 0.24 0.05 0.22 0.08 0.10 0.19 0.17 0.07 0.00 0.04 0.11 0.16 0.17 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04 0.00 0.08 0.08 0.12 0.09
O5' 0.07 0.13 0.04 0.05 0.23 0.02 0.25 0.01 0.20 0.13 0.18 0.25 0.09 0.04 0.11 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.13 0.06 0.08 0.27 0.03 0.30 0.04 0.22 0.13 0.20 0.33 0.08 0.07 0.16 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.22 0.09 0.08 0.35 0.04 0.35 0.02 0.25 0.19 0.29 0.41 0.19 0.05 0.17 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.18 0.05 0.06 0.30 0.02 0.32 0.01 0.24 0.16 0.24 0.34 0.13 0.04 0.14 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00