ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.008, 0.026, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.013, 0.033, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.183, 0.372, 0.560, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.372 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.141, 0.330, 0.520, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.330 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.237, 0.488, 0.739, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.488 std_dev=0.251
C4' A 0, 0.174, 0.445, 0.715, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.445 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.348, 0.633, 0.918, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.633 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.301, 0.595, 0.888, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.595 std_dev=0.293
C3' A 0, 0.265, 0.566, 0.868, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.566 std_dev=0.301
O5' A 0, 0.415, 0.748, 1.081, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.748 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.447, 0.823, 1.200, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.823 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.493, 0.877, 1.261, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.877 std_dev=0.384
O3' A 0, 0.447, 0.866, 1.286, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.866 std_dev=0.420
P A 0, 0.321, 0.762, 1.204, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.762 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.431, 0.886, 1.342, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.886 std_dev=0.456
C5' A 0, 0.314, 0.809, 1.303, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.809 std_dev=0.494
OP1 A 0, 0.311, 0.814, 1.316, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.814 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.312, 0.825, 1.339, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.825 std_dev=0.514
O2 B 0, 0.697, 1.259, 1.820, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.259 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.610, 1.309, 2.009, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.309 std_dev=0.699
N1 B 0, 0.556, 1.280, 2.004, 2.591 max_d=2.591 avg_d=1.280 std_dev=0.724
C2 B 0, 0.660, 1.399, 2.138, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.399 std_dev=0.739
O4' B 0, 0.455, 1.216, 1.978, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.216 std_dev=0.762
C5' B 0, 0.996, 2.069, 3.142, 3.940 max_d=3.940 avg_d=2.069 std_dev=1.073
C6 B 0, 0.707, 1.781, 2.855, 3.910 max_d=3.910 avg_d=1.781 std_dev=1.074
N3 B 0, 0.812, 1.911, 3.010, 3.930 max_d=3.930 avg_d=1.911 std_dev=1.099
C5 B 0, 0.802, 2.180, 3.558, 4.954 max_d=4.954 avg_d=2.180 std_dev=1.378
C4 B 0, 0.818, 2.200, 3.582, 4.908 max_d=4.908 avg_d=2.200 std_dev=1.382
O5' B 0, 0.450, 1.975, 3.501, 4.702 max_d=4.702 avg_d=1.975 std_dev=1.525
N4 B 0, 0.940, 2.673, 4.406, 6.137 max_d=6.137 avg_d=2.673 std_dev=1.733
P B 0, 0.634, 2.734, 4.833, 6.516 max_d=6.516 avg_d=2.734 std_dev=2.099
OP1 B 0, 0.635, 2.799, 4.964, 6.554 max_d=6.554 avg_d=2.799 std_dev=2.165
OP2 B 0, 0.892, 3.161, 5.430, 7.317 max_d=7.317 avg_d=3.161 std_dev=2.269

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.02
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.03 0.13 0.08 0.08 0.10
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.11 0.14 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.09 0.07
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.08 0.11 0.13 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.13 0.09 0.07 0.10
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.19 0.15 0.12 0.17
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.03 0.04 0.08 0.12 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.20 0.16 0.14 0.19
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.19 0.15 0.08 0.15
N1 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.17 0.12 0.12 0.15
N3 0.03 0.00 0.14 0.13 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.03 0.10 0.06 0.07 0.07
N6 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.02 0.22 0.19 0.19 0.22
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.23 0.19 0.15 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.08 0.05 0.08
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.09 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.10 0.08 0.16 0.17 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.16 0.10 0.14 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.16 0.07
O5' 0.05 0.13 0.11 0.16 0.13 0.01 0.19 0.01 0.20 0.19 0.17 0.10 0.22 0.23 0.11 0.03 0.16 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09 0.05 0.15 0.05 0.16 0.15 0.12 0.06 0.19 0.19 0.08 0.06 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.09 0.11 0.07 0.11 0.12 0.11 0.14 0.08 0.12 0.07 0.19 0.15 0.05 0.11 0.14 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.07 0.09 0.10 0.01 0.17 0.01 0.19 0.15 0.15 0.07 0.22 0.21 0.08 0.03 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.20 0.16 0.17 0.21 0.35 0.27 0.45 0.30 0.23 0.22 0.23 0.28 0.22 0.12 0.45 0.45 0.51 0.47 0.51
C2 0.34 0.23 0.13 0.21 0.31 0.48 0.43 0.60 0.46 0.34 0.25 0.30 0.25 0.25 0.20 0.61 0.80 0.79 0.85 0.86
C2' 0.12 0.21 0.23 0.19 0.25 0.19 0.13 0.23 0.07 0.06 0.30 0.32 0.30 0.33 0.26 0.24 0.24 0.29 0.20 0.26
C3' 0.11 0.29 0.28 0.23 0.36 0.20 0.22 0.23 0.11 0.11 0.42 0.47 0.36 0.39 0.34 0.22 0.26 0.32 0.19 0.27
C4 0.33 0.21 0.15 0.20 0.25 0.45 0.36 0.58 0.40 0.30 0.22 0.24 0.26 0.21 0.15 0.57 0.72 0.77 0.76 0.80
C4' 0.14 0.21 0.19 0.14 0.28 0.25 0.20 0.34 0.16 0.09 0.32 0.37 0.30 0.31 0.22 0.33 0.29 0.38 0.26 0.34
C5 0.34 0.21 0.13 0.20 0.28 0.48 0.40 0.64 0.44 0.32 0.22 0.26 0.26 0.21 0.18 0.61 0.90 0.98 0.95 1.00
C5' 0.16 0.22 0.21 0.16 0.29 0.29 0.20 0.40 0.16 0.09 0.34 0.40 0.31 0.33 0.24 0.37 0.38 0.49 0.34 0.44
C6 0.33 0.22 0.12 0.20 0.31 0.51 0.45 0.69 0.48 0.34 0.24 0.31 0.25 0.24 0.23 0.63 1.04 1.12 1.10 1.16
C8 0.33 0.20 0.16 0.20 0.23 0.46 0.34 0.60 0.39 0.29 0.21 0.22 0.26 0.21 0.14 0.57 0.76 0.86 0.79 0.86
N1 0.33 0.23 0.12 0.21 0.34 0.51 0.47 0.68 0.49 0.35 0.25 0.33 0.25 0.27 0.25 0.64 1.02 1.05 1.07 1.11
N3 0.33 0.22 0.15 0.21 0.27 0.43 0.36 0.54 0.40 0.31 0.23 0.25 0.27 0.21 0.14 0.56 0.64 0.66 0.69 0.70
N6 0.32 0.21 0.11 0.19 0.33 0.51 0.48 0.72 0.50 0.34 0.24 0.33 0.25 0.25 0.27 0.64 1.18 1.32 1.26 1.34
N7 0.33 0.20 0.14 0.20 0.26 0.48 0.38 0.65 0.43 0.31 0.22 0.25 0.26 0.20 0.17 0.60 0.89 1.01 0.94 1.01
N9 0.32 0.20 0.16 0.20 0.23 0.42 0.32 0.55 0.37 0.28 0.21 0.22 0.26 0.21 0.14 0.53 0.64 0.71 0.67 0.72
O2' 0.08 0.20 0.20 0.16 0.29 0.13 0.20 0.16 0.12 0.08 0.31 0.37 0.25 0.30 0.23 0.18 0.09 0.13 0.10 0.12
O3' 0.15 0.42 0.37 0.33 0.57 0.18 0.42 0.14 0.27 0.26 0.59 0.69 0.43 0.45 0.45 0.11 0.20 0.23 0.22 0.19
O4' 0.27 0.21 0.15 0.17 0.25 0.37 0.31 0.50 0.33 0.24 0.25 0.29 0.29 0.23 0.12 0.47 0.47 0.55 0.50 0.55
O5' 0.31 0.18 0.26 0.27 0.20 0.46 0.19 0.56 0.25 0.20 0.25 0.28 0.27 0.33 0.26 0.51 0.65 0.78 0.61 0.72
OP1 0.23 0.22 0.25 0.23 0.28 0.39 0.16 0.51 0.17 0.12 0.35 0.41 0.32 0.36 0.28 0.45 0.59 0.75 0.52 0.67
OP2 0.27 0.23 0.26 0.25 0.20 0.45 0.14 0.58 0.22 0.15 0.31 0.30 0.36 0.37 0.30 0.51 0.78 0.96 0.74 0.88
P 0.30 0.18 0.24 0.25 0.20 0.47 0.21 0.60 0.27 0.19 0.27 0.30 0.29 0.33 0.25 0.54 0.71 0.87 0.67 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.19 0.21 0.05 0.16
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.03 0.44 0.43 0.35 0.40
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.01 0.30 0.34 0.15 0.27
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.38 0.43 0.13 0.33
C4 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.64 0.64 0.61 0.64
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.24 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.68 0.66 0.59 0.67
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.05 0.09 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.20 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.59 0.54 0.38 0.53
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.42 0.40 0.26 0.37
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.54 0.54 0.50 0.53
N4 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.69 0.71 0.71 0.72
O2 0.04 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.12 0.04 0.33 0.34 0.27 0.31
O2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.06 0.15 0.00 0.05 0.04 0.09 0.16 0.04 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.02 0.14 0.07 0.11 0.16 0.12 0.05 0.00 0.02 0.29 0.41 0.14 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.23 0.08
O5' 0.19 0.44 0.30 0.38 0.64 0.01 0.68 0.01 0.59 0.42 0.54 0.69 0.33 0.09 0.29 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.21 0.43 0.34 0.43 0.64 0.12 0.66 0.20 0.54 0.40 0.54 0.71 0.34 0.16 0.41 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.35 0.15 0.13 0.61 0.24 0.59 0.40 0.38 0.26 0.50 0.71 0.27 0.04 0.14 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.40 0.27 0.33 0.64 0.01 0.67 0.01 0.53 0.37 0.53 0.72 0.31 0.09 0.29 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00