ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.008, 0.036, 0.065, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C1' B 0, 0.163, 0.354, 0.546, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.354 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.140, 0.365, 0.590, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.365 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.233, 0.517, 0.801, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.517 std_dev=0.284
O4' B 0, 0.088, 0.402, 0.715, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.402 std_dev=0.313
C3' B 0, 0.162, 0.519, 0.876, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.519 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.173, 0.531, 0.890, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.531 std_dev=0.359
O2 B 0, 0.259, 0.651, 1.043, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.651 std_dev=0.392
C2' A 0, -0.102, 0.343, 0.789, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.343 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.178, 0.643, 1.109, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.643 std_dev=0.466
O2' A 0, -0.035, 0.431, 0.897, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.431 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.162, 0.633, 1.104, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.633 std_dev=0.471
O4' A 0, -0.146, 0.329, 0.804, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.329 std_dev=0.475
C4' B 0, 0.079, 0.570, 1.060, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.570 std_dev=0.490
C6 B 0, 0.206, 0.725, 1.245, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.725 std_dev=0.519
O5' B 0, 0.311, 0.858, 1.404, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.858 std_dev=0.546
N3 B 0, 0.141, 0.829, 1.517, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.829 std_dev=0.688
C4' A 0, -0.213, 0.487, 1.186, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.487 std_dev=0.700
C5 B 0, 0.209, 0.910, 1.611, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.910 std_dev=0.701
C3' A 0, -0.194, 0.526, 1.247, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.526 std_dev=0.720
C4 B 0, 0.135, 0.927, 1.718, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.927 std_dev=0.791
P B 0, 0.056, 0.896, 1.735, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.896 std_dev=0.839
C5' B 0, -0.020, 0.820, 1.661, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.820 std_dev=0.840
O3' A 0, -0.200, 0.754, 1.708, 2.892 max_d=2.892 avg_d=0.754 std_dev=0.954
O5' A 0, -0.063, 0.928, 1.920, 2.948 max_d=2.948 avg_d=0.928 std_dev=0.992
N4 B 0, 0.142, 1.139, 2.137, 2.833 max_d=2.833 avg_d=1.139 std_dev=0.998
OP1 B 0, 0.042, 1.128, 2.214, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.128 std_dev=1.086
P A 0, -0.071, 1.016, 2.102, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.016 std_dev=1.087
OP1 A 0, -0.040, 1.087, 2.214, 3.115 max_d=3.115 avg_d=1.087 std_dev=1.127
OP2 B 0, -0.217, 0.923, 2.063, 2.710 max_d=2.710 avg_d=0.923 std_dev=1.140
OP2 A 0, -0.126, 1.042, 2.210, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.042 std_dev=1.168
C5' A 0, -0.350, 0.839, 2.029, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.839 std_dev=1.190

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.26 0.08 0.19
C2 0.06 0.00 0.25 0.38 0.02 0.16 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.48 0.08 0.38 0.41 0.37 0.42
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.04 0.02 0.09 0.15 0.18 0.27 0.06 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.14 0.04
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.00 0.10 0.02 0.19 0.19 0.31 0.37 0.15 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.22 0.18 0.11
C4 0.02 0.02 0.13 0.20 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.23 0.03 0.30 0.34 0.24 0.34
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.08 0.14 0.15 0.11 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.17 0.04 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.30 0.35 0.26 0.35
C5' 0.02 0.20 0.02 0.02 0.12 0.00 0.10 0.00 0.15 0.11 0.19 0.17 0.16 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.17 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.23 0.02 0.36 0.41 0.35 0.41
C8 0.02 0.02 0.15 0.19 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.21 0.07 0.21 0.23 0.13 0.19
N1 0.04 0.00 0.18 0.31 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.38 0.05 0.39 0.43 0.39 0.44
N3 0.05 0.01 0.27 0.37 0.01 0.15 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.44 0.08 0.33 0.37 0.30 0.36
N6 0.02 0.02 0.06 0.15 0.02 0.11 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.17 0.04 0.37 0.43 0.38 0.44
N7 0.01 0.02 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.12 0.05 0.23 0.28 0.17 0.27
N9 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.28 0.13 0.24
O2' 0.03 0.11 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.13 0.04 0.07 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.15 0.11 0.05
O3' 0.01 0.48 0.01 0.01 0.23 0.02 0.12 0.02 0.23 0.21 0.38 0.44 0.17 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.36 0.25 0.22
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.15 0.35 0.11 0.24
O5' 0.13 0.38 0.06 0.10 0.30 0.01 0.30 0.00 0.36 0.21 0.39 0.33 0.37 0.23 0.20 0.05 0.19 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.41 0.16 0.22 0.34 0.17 0.35 0.17 0.41 0.23 0.43 0.37 0.43 0.28 0.28 0.15 0.36 0.35 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.08 0.37 0.14 0.18 0.24 0.04 0.26 0.02 0.35 0.13 0.39 0.30 0.38 0.17 0.13 0.11 0.25 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.19 0.42 0.04 0.11 0.34 0.05 0.35 0.01 0.41 0.19 0.44 0.36 0.44 0.27 0.24 0.05 0.22 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.29 0.12 0.10 0.47 0.25 0.46 0.36 0.36 0.25 0.40 0.54 0.21 0.22 0.19 0.18 0.17 0.27 0.11 0.11
C2 0.15 0.07 0.20 0.15 0.18 0.20 0.24 0.36 0.24 0.15 0.10 0.19 0.04 0.32 0.16 0.17 0.23 0.20 0.06 0.09
C2' 0.53 0.76 0.42 0.32 0.90 0.33 0.86 0.41 0.77 0.71 0.86 0.96 0.66 0.31 0.19 0.47 0.42 0.34 0.41 0.31
C3' 0.71 0.83 0.65 0.57 0.90 0.56 0.88 0.59 0.83 0.80 0.88 0.93 0.77 0.58 0.47 0.65 0.59 0.48 0.53 0.46
C4 0.14 0.20 0.16 0.12 0.34 0.22 0.37 0.38 0.32 0.22 0.27 0.38 0.13 0.26 0.13 0.17 0.22 0.25 0.08 0.10
C4' 0.36 0.46 0.31 0.29 0.54 0.36 0.53 0.45 0.49 0.44 0.51 0.57 0.41 0.26 0.22 0.39 0.35 0.33 0.27 0.24
C5 0.15 0.15 0.17 0.15 0.29 0.23 0.34 0.42 0.31 0.19 0.21 0.33 0.10 0.27 0.15 0.17 0.25 0.27 0.04 0.12
C5' 0.42 0.44 0.41 0.40 0.47 0.44 0.48 0.52 0.47 0.44 0.46 0.48 0.43 0.41 0.37 0.44 0.41 0.36 0.29 0.28
C6 0.16 0.09 0.19 0.18 0.20 0.23 0.27 0.43 0.27 0.16 0.12 0.22 0.04 0.31 0.18 0.17 0.28 0.28 0.05 0.15
C8 0.14 0.25 0.15 0.12 0.42 0.23 0.44 0.41 0.36 0.24 0.34 0.49 0.18 0.23 0.15 0.17 0.22 0.28 0.09 0.10
N1 0.17 0.07 0.21 0.19 0.16 0.22 0.23 0.41 0.24 0.15 0.08 0.17 0.06 0.33 0.20 0.17 0.28 0.24 0.05 0.13
N3 0.14 0.17 0.18 0.11 0.29 0.19 0.33 0.35 0.30 0.20 0.22 0.32 0.10 0.28 0.12 0.18 0.20 0.21 0.11 0.10
N6 0.18 0.09 0.21 0.21 0.18 0.25 0.27 0.45 0.28 0.18 0.10 0.19 0.05 0.32 0.22 0.19 0.32 0.34 0.13 0.22
N7 0.15 0.19 0.16 0.14 0.35 0.23 0.39 0.43 0.33 0.21 0.27 0.40 0.14 0.25 0.15 0.17 0.25 0.28 0.06 0.12
N9 0.13 0.26 0.14 0.10 0.43 0.23 0.44 0.38 0.36 0.25 0.35 0.49 0.19 0.23 0.14 0.18 0.20 0.26 0.11 0.10
O2' 0.37 0.72 0.20 0.12 0.91 0.26 0.83 0.35 0.69 0.62 0.87 1.00 0.62 0.11 0.14 0.32 0.29 0.32 0.32 0.23
O3' 0.94 1.08 0.89 0.79 1.12 0.75 1.08 0.73 1.03 1.03 1.12 1.14 1.05 0.83 0.69 0.85 0.75 0.66 0.71 0.64
O4' 0.06 0.18 0.06 0.10 0.29 0.27 0.29 0.39 0.24 0.14 0.25 0.34 0.20 0.13 0.14 0.22 0.17 0.28 0.09 0.14
O5' 0.52 0.56 0.52 0.48 0.60 0.49 0.61 0.54 0.59 0.55 0.59 0.62 0.52 0.53 0.45 0.51 0.50 0.36 0.44 0.37
OP1 0.53 0.60 0.53 0.47 0.66 0.46 0.65 0.51 0.62 0.58 0.64 0.68 0.58 0.52 0.43 0.51 0.51 0.33 0.44 0.36
OP2 0.50 0.47 0.55 0.49 0.50 0.45 0.54 0.48 0.54 0.50 0.48 0.50 0.44 0.61 0.51 0.46 0.54 0.32 0.38 0.33
P 0.53 0.54 0.54 0.50 0.60 0.50 0.62 0.55 0.61 0.56 0.57 0.61 0.50 0.55 0.48 0.52 0.55 0.38 0.44 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.11 0.05
C2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.01 0.07 0.02 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.08 0.03 0.22 0.19 0.09 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.02 0.07 0.06 0.15 0.01 0.03 0.01 0.17 0.25 0.08 0.15
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.11 0.01 0.08 0.02 0.17 0.01 0.01 0.02 0.25 0.31 0.10 0.21
C4 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.25 0.16 0.09 0.15
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.09 0.03 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.02
C5 0.01 0.02 0.07 0.08 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.11 0.05 0.25 0.15 0.08 0.14
C5' 0.04 0.16 0.03 0.02 0.21 0.01 0.18 0.00 0.13 0.12 0.20 0.23 0.15 0.03 0.01 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.05 0.23 0.15 0.07 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.20 0.16 0.07 0.11
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.02 0.24 0.18 0.10 0.15
N4 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.08 0.02 0.23 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.26 0.17 0.12 0.17
O2 0.07 0.00 0.15 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.07 0.21 0.21 0.10 0.14
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.09 0.08 0.14 0.00 0.03 0.01 0.05 0.19 0.09 0.06
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.12 0.03 0.07 0.04 0.17 0.03 0.00 0.02 0.20 0.35 0.15 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.00 0.06 0.06 0.21 0.06
O5' 0.10 0.22 0.17 0.25 0.25 0.02 0.25 0.01 0.23 0.20 0.24 0.26 0.21 0.05 0.20 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.19 0.25 0.31 0.16 0.12 0.15 0.12 0.15 0.16 0.18 0.17 0.21 0.19 0.35 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.18 0.08 0.27 0.07 0.07 0.10 0.12 0.10 0.09 0.15 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.15 0.21 0.15 0.02 0.14 0.01 0.13 0.11 0.15 0.17 0.14 0.06 0.22 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00