ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50398

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.051 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.002, 0.032, 0.067, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.032 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.010, 0.045, 0.081, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.045 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.027, 0.064, 0.101, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.064 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.008, 0.045, 0.083, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.045 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.034, 0.074, 0.114, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.074 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.027, 0.083, 0.138, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.083 std_dev=0.055
O4' A 0, -0.031, 0.132, 0.296, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.132 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.013, 0.221, 0.430, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.221 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.062, 0.347, 0.632, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.347 std_dev=0.285
C4' A 0, -0.090, 0.214, 0.519, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.214 std_dev=0.304
C3' A 0, -0.044, 0.264, 0.573, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.264 std_dev=0.309
O2' B 0, 0.062, 0.425, 0.788, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.425 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.024, 0.434, 0.845, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.434 std_dev=0.411
C5' A 0, -0.091, 0.351, 0.793, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.351 std_dev=0.442
O3' A 0, -0.067, 0.382, 0.831, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.382 std_dev=0.449
C3' B 0, -0.051, 0.503, 1.057, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.503 std_dev=0.554
O5' A 0, -0.125, 0.439, 1.003, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.439 std_dev=0.564
OP2 B 0, 0.053, 0.623, 1.192, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.623 std_dev=0.570
OP2 A 0, -0.077, 0.710, 1.497, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.710 std_dev=0.787
P A 0, -0.188, 0.677, 1.542, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.677 std_dev=0.865
O5' B 0, -0.219, 0.722, 1.662, 2.915 max_d=2.915 avg_d=0.722 std_dev=0.941
O3' B 0, -0.271, 0.685, 1.641, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.685 std_dev=0.956
OP1 A 0, -0.307, 0.845, 1.997, 3.573 max_d=3.573 avg_d=0.845 std_dev=1.152
P B 0, -0.282, 0.874, 2.030, 3.567 max_d=3.567 avg_d=0.874 std_dev=1.156
C1' B 0, -0.448, 0.858, 2.164, 3.993 max_d=3.993 avg_d=0.858 std_dev=1.306
C4' B 0, -0.526, 0.783, 2.092, 3.955 max_d=3.955 avg_d=0.783 std_dev=1.309
O4' B 0, -0.624, 0.933, 2.489, 4.700 max_d=4.700 avg_d=0.933 std_dev=1.556
C5' B 0, -0.667, 0.942, 2.551, 4.844 max_d=4.844 avg_d=0.942 std_dev=1.609
C6 B 0, -0.527, 1.274, 3.076, 5.557 max_d=5.557 avg_d=1.274 std_dev=1.801
OP1 B 0, -0.692, 1.158, 3.007, 5.607 max_d=5.607 avg_d=1.158 std_dev=1.849
N1 B 0, -0.678, 1.194, 3.066, 5.694 max_d=5.694 avg_d=1.194 std_dev=1.872
C5 B 0, -0.835, 1.639, 4.112, 7.563 max_d=7.563 avg_d=1.639 std_dev=2.473
C2 B 0, -1.098, 1.510, 4.118, 7.826 max_d=7.826 avg_d=1.510 std_dev=2.608
O2 B 0, -1.147, 1.508, 4.163, 7.953 max_d=7.953 avg_d=1.508 std_dev=2.655
C4 B 0, -1.334, 1.948, 5.230, 9.878 max_d=9.878 avg_d=1.948 std_dev=3.282
N3 B 0, -1.426, 1.882, 5.191, 9.902 max_d=9.902 avg_d=1.882 std_dev=3.309
N4 B 0, -1.676, 2.365, 6.407, 12.139 max_d=12.139 avg_d=2.365 std_dev=4.041

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07
C2 0.07 0.00 0.22 0.23 0.01 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.29 0.04 0.07 0.14 0.11 0.09
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.07 0.18 0.22 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.12 0.09 0.07
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.11 0.18 0.22 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.17 0.13 0.12
C4 0.03 0.01 0.11 0.12 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.02 0.08 0.08 0.13 0.12
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.07 0.13 0.06 0.10 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04 0.16 0.16 0.24 0.23
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.09 0.17 0.05 0.10 0.15 0.18 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.13 0.04 0.15 0.15 0.26 0.23
C8 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.11 0.05 0.25 0.26 0.27 0.29
N1 0.05 0.00 0.18 0.18 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.23 0.02 0.09 0.10 0.18 0.15
N3 0.07 0.00 0.22 0.22 0.01 0.13 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.05 0.08 0.15 0.10 0.08
N6 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.10 0.09 0.07 0.22 0.25 0.36 0.32
N7 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.10 0.00 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.26 0.30 0.35 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.10 0.14 0.14
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.11 0.04 0.08 0.03 0.13 0.04 0.20 0.22 0.10 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.11 0.07 0.04
O3' 0.02 0.29 0.02 0.01 0.13 0.01 0.08 0.03 0.13 0.11 0.23 0.26 0.09 0.08 0.03 0.06 0.00 0.02 0.14 0.28 0.19 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.07
O5' 0.05 0.07 0.05 0.09 0.08 0.02 0.16 0.01 0.15 0.25 0.09 0.08 0.22 0.26 0.11 0.04 0.14 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.04 0.14 0.12 0.17 0.08 0.03 0.16 0.05 0.15 0.26 0.10 0.15 0.25 0.30 0.10 0.11 0.28 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.11 0.09 0.13 0.13 0.04 0.24 0.03 0.26 0.27 0.18 0.10 0.36 0.35 0.14 0.07 0.19 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.07 0.09 0.07 0.12 0.12 0.02 0.23 0.01 0.23 0.29 0.15 0.08 0.32 0.33 0.14 0.04 0.19 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 1.76 0.19 0.61 2.54 1.14 1.90 1.50 1.21 1.11 2.46 3.07 1.60 0.27 0.92 0.48 0.78 1.57 0.17 0.90
C2 0.40 1.43 0.16 0.34 1.56 0.69 1.23 0.81 0.91 0.96 1.68 1.71 1.43 0.20 0.51 0.17 0.31 0.76 0.13 0.34
C2' 0.20 1.13 0.09 0.82 1.89 1.49 1.38 1.81 0.72 0.58 1.76 2.40 0.96 0.14 1.03 0.98 1.05 1.67 0.35 1.12
C3' 0.31 1.05 0.15 0.85 1.85 1.54 1.30 1.87 0.62 0.47 1.71 2.43 0.90 0.15 1.03 1.09 1.13 1.76 0.44 1.23
C4 0.41 1.80 0.22 0.44 2.23 0.88 1.69 1.13 1.18 1.17 2.32 2.56 1.74 0.26 0.69 0.26 0.50 1.14 0.11 0.57
C4' 0.05 1.47 0.06 0.76 2.32 1.36 1.67 1.76 0.93 0.81 2.20 3.00 1.33 0.17 1.00 0.79 1.04 1.84 0.40 1.19
C5 0.45 1.80 0.19 0.38 2.18 0.77 1.64 1.00 1.15 1.16 2.29 2.52 1.81 0.20 0.60 0.16 0.43 1.08 0.12 0.51
C5' 0.05 1.54 0.06 0.72 2.38 1.32 1.70 1.72 0.95 0.85 2.29 3.08 1.42 0.16 0.94 0.76 1.02 1.85 0.41 1.19
C6 0.45 1.62 0.14 0.31 1.85 0.62 1.41 0.80 1.01 1.05 1.99 2.11 1.68 0.11 0.47 0.09 0.32 0.88 0.14 0.38
C8 0.43 1.94 0.23 0.47 2.55 0.92 1.90 1.24 1.27 1.24 2.59 3.06 1.88 0.26 0.74 0.27 0.59 1.37 0.12 0.71
N1 0.42 1.41 0.11 0.27 1.54 0.55 1.19 0.68 0.88 0.94 1.67 1.71 1.48 0.09 0.40 0.08 0.25 0.71 0.15 0.29
N3 0.38 1.63 0.23 0.43 1.94 0.89 1.51 1.07 1.08 1.09 2.02 2.15 1.55 0.29 0.67 0.28 0.45 1.00 0.11 0.50
N6 0.44 1.54 0.09 0.28 1.78 0.54 1.34 0.72 0.96 1.00 1.90 2.05 1.62 0.03 0.41 0.05 0.29 0.84 0.14 0.35
N7 0.46 1.90 0.20 0.40 2.39 0.81 1.78 1.09 1.22 1.22 2.48 2.83 1.89 0.21 0.64 0.18 0.49 1.22 0.12 0.60
N9 0.39 1.87 0.23 0.50 2.49 0.99 1.87 1.30 1.25 1.20 2.51 2.95 1.78 0.29 0.78 0.33 0.62 1.36 0.12 0.72
O2' 0.29 0.96 0.12 0.92 1.75 1.58 1.30 1.96 0.63 0.45 1.56 2.26 0.77 0.11 1.14 1.07 1.20 1.82 0.45 1.27
O3' 0.59 0.66 0.29 0.97 1.46 1.71 0.97 2.02 0.31 0.15 1.29 2.03 0.51 0.22 1.09 1.37 1.30 1.83 0.58 1.39
O4' 0.32 1.88 0.22 0.59 2.72 1.11 2.02 1.51 1.27 1.18 2.63 3.39 1.74 0.28 0.90 0.43 0.80 1.67 0.20 0.95
O5' 0.10 1.62 0.09 0.63 2.41 1.22 1.72 1.59 1.00 0.92 2.35 3.07 1.53 0.15 0.82 0.67 0.90 1.69 0.31 1.05
OP1 0.18 1.34 0.13 0.78 2.14 1.41 1.46 1.78 0.74 0.65 2.07 2.84 1.25 0.10 0.91 0.93 1.09 1.85 0.51 1.26
OP2 0.18 1.67 0.12 0.52 2.37 1.09 1.70 1.44 1.02 0.97 2.37 3.00 1.62 0.13 0.65 0.57 0.78 1.54 0.25 0.93
P 0.14 1.67 0.11 0.58 2.44 1.17 1.74 1.54 1.03 0.95 2.41 3.12 1.60 0.14 0.74 0.62 0.86 1.66 0.30 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.22 0.01 0.15 0.12 0.21 0.18
C2 0.03 0.00 0.16 0.21 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.05 0.05 0.05 0.13 0.12
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.14 0.12 0.03 0.13 0.06 0.28 0.01 0.03 0.02 0.31 0.23 0.42 0.33
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.30 0.00 0.28 0.03 0.23 0.18 0.27 0.33 0.18 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03
C4 0.03 0.00 0.05 0.30 0.00 0.13 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.02 0.12 0.13 0.16 0.11
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.13 0.00 0.15 0.02 0.14 0.07 0.08 0.14 0.03 0.22 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C5 0.01 0.02 0.08 0.28 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.31 0.17 0.05 0.14 0.13 0.15 0.11
C5' 0.06 0.02 0.14 0.03 0.11 0.02 0.14 0.00 0.11 0.03 0.05 0.13 0.02 0.11 0.12 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01 0.14 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.05 0.01 0.05 0.05 0.14 0.12
N3 0.03 0.00 0.13 0.27 0.01 0.08 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.08 0.04 0.07 0.08 0.14 0.11
N4 0.03 0.01 0.06 0.33 0.00 0.14 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.02 0.16 0.17 0.20 0.13
O2 0.06 0.00 0.28 0.18 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.06 0.05 0.04 0.13 0.12
O2' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.25 0.22 0.31 0.11 0.27 0.15 0.18 0.27 0.15 0.00 0.06 0.15 0.21 0.16 0.44 0.25
O3' 0.22 0.09 0.03 0.01 0.14 0.02 0.17 0.12 0.12 0.05 0.08 0.18 0.18 0.06 0.00 0.14 0.17 0.39 0.24 0.24
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.15 0.14 0.00 0.09 0.10 0.13 0.13
O5' 0.15 0.05 0.31 0.02 0.12 0.03 0.14 0.02 0.08 0.05 0.07 0.16 0.05 0.21 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.05 0.23 0.10 0.13 0.07 0.13 0.06 0.07 0.05 0.08 0.17 0.04 0.16 0.39 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.13 0.42 0.08 0.16 0.05 0.15 0.03 0.12 0.14 0.14 0.20 0.13 0.44 0.24 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.12 0.33 0.03 0.11 0.04 0.11 0.02 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.25 0.24 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00