ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50399

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.014, 0.037, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.024, 0.051, 0.077, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.051 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.012, 0.048, 0.083, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.048 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.028, 0.067, 0.106, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.067 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.012, 0.053, 0.095, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.053 std_dev=0.041
O4' B 0, 0.177, 0.449, 0.721, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.449 std_dev=0.272
C2' A 0, 0.149, 0.470, 0.790, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.470 std_dev=0.320
O4' A 0, 0.145, 0.476, 0.806, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.476 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.167, 0.518, 0.869, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.518 std_dev=0.351
O2' B 0, 0.189, 0.550, 0.912, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.550 std_dev=0.361
O2' A 0, 0.157, 0.533, 0.908, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.533 std_dev=0.375
C2' B 0, 0.187, 0.628, 1.069, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.628 std_dev=0.441
C4' B 0, 0.272, 0.714, 1.157, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.714 std_dev=0.443
C4' A 0, 0.255, 0.733, 1.211, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.733 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.307, 0.822, 1.337, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.822 std_dev=0.515
C3' A 0, 0.260, 0.776, 1.293, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.776 std_dev=0.517
O3' B 0, 0.334, 0.892, 1.451, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.892 std_dev=0.558
N1 B 0, 0.286, 0.902, 1.518, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.902 std_dev=0.616
O3' A 0, 0.323, 0.994, 1.665, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.994 std_dev=0.671
C6 B 0, 0.347, 1.078, 1.809, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.078 std_dev=0.731
C5' B 0, 0.459, 1.252, 2.044, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.252 std_dev=0.792
O5' A 0, 0.430, 1.240, 2.049, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.240 std_dev=0.809
O2 B 0, 0.389, 1.214, 2.040, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.214 std_dev=0.826
C2 B 0, 0.374, 1.205, 2.037, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.205 std_dev=0.831
C5' A 0, 0.420, 1.293, 2.166, 2.413 max_d=2.413 avg_d=1.293 std_dev=0.873
O5' B 0, 0.547, 1.542, 2.537, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.542 std_dev=0.995
C5 B 0, 0.442, 1.441, 2.440, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.441 std_dev=0.999
N3 B 0, 0.478, 1.577, 2.676, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.577 std_dev=1.099
C4 B 0, 0.495, 1.664, 2.834, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.664 std_dev=1.169
P A 0, 0.664, 1.899, 3.134, 3.240 max_d=3.240 avg_d=1.899 std_dev=1.235
P B 0, 0.715, 2.144, 3.573, 3.484 max_d=3.484 avg_d=2.144 std_dev=1.429
OP2 A 0, 0.650, 2.102, 3.555, 4.196 max_d=4.196 avg_d=2.102 std_dev=1.453
N4 B 0, 0.593, 2.052, 3.510, 3.750 max_d=3.750 avg_d=2.052 std_dev=1.459
OP1 A 0, 0.829, 2.426, 4.023, 3.631 max_d=3.631 avg_d=2.426 std_dev=1.597
OP2 B 0, 0.748, 2.374, 4.000, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.374 std_dev=1.626
OP1 B 0, 0.839, 2.728, 4.617, 4.538 max_d=4.538 avg_d=2.728 std_dev=1.889

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.31 0.27 0.10
C2 0.06 0.00 0.16 0.21 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.25 0.05 0.40 0.42 0.71 0.43
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.03 0.08 0.11 0.11 0.17 0.07 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.29 0.44 0.35 0.24
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.03 0.10 0.15 0.16 0.20 0.08 0.11 0.05 0.03 0.01 0.02 0.41 0.49 0.38 0.32
C4 0.04 0.01 0.09 0.10 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.42 0.39 0.67 0.44
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.39 0.22 0.14
C5 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.18 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.09 0.03 0.56 0.53 0.88 0.64
C5' 0.04 0.15 0.03 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.21 0.16 0.19 0.12 0.25 0.19 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.24 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.02 0.21 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.12 0.05 0.60 0.59 0.98 0.70
C8 0.02 0.02 0.11 0.15 0.02 0.08 0.02 0.16 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.17 0.05 0.54 0.48 0.73 0.57
N1 0.04 0.00 0.11 0.16 0.02 0.08 0.02 0.19 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.13 0.19 0.04 0.52 0.52 0.89 0.60
N3 0.07 0.01 0.17 0.20 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.22 0.06 0.33 0.37 0.58 0.33
N6 0.03 0.00 0.07 0.08 0.03 0.10 0.03 0.25 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.09 0.11 0.07 0.68 0.71 1.13 0.84
N7 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.08 0.02 0.19 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.15 0.05 0.62 0.61 0.93 0.72
N9 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.37 0.34 0.55 0.36
O2' 0.01 0.17 0.00 0.03 0.09 0.02 0.08 0.03 0.10 0.06 0.13 0.16 0.09 0.07 0.03 0.00 0.04 0.04 0.11 0.53 0.13 0.22
O3' 0.02 0.25 0.03 0.01 0.11 0.02 0.09 0.03 0.12 0.17 0.19 0.22 0.11 0.15 0.06 0.04 0.00 0.01 0.35 0.60 0.27 0.32
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.29 0.28 0.13
O5' 0.14 0.40 0.29 0.41 0.42 0.01 0.56 0.01 0.60 0.54 0.52 0.33 0.68 0.62 0.37 0.11 0.35 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.42 0.44 0.49 0.39 0.39 0.53 0.24 0.59 0.48 0.52 0.37 0.71 0.61 0.34 0.53 0.60 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.71 0.35 0.38 0.67 0.22 0.88 0.35 0.98 0.73 0.89 0.58 1.13 0.93 0.55 0.13 0.27 0.28 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.10 0.43 0.24 0.32 0.44 0.14 0.64 0.02 0.70 0.57 0.60 0.33 0.84 0.72 0.36 0.22 0.32 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.49 0.18 0.34 0.38 0.52 0.20 0.88 0.15 0.26 0.52 0.43 0.67 0.29 0.47 0.21 0.82 1.40 0.91 1.10
C2 0.16 0.41 0.17 0.17 0.36 0.33 0.22 0.49 0.15 0.25 0.44 0.39 0.51 0.25 0.24 0.12 0.46 0.77 0.41 0.60
C2' 0.14 0.37 0.12 0.48 0.21 0.66 0.08 1.06 0.14 0.15 0.38 0.26 0.57 0.18 0.60 0.35 1.05 1.77 1.20 1.38
C3' 0.16 0.42 0.09 0.46 0.27 0.67 0.13 1.10 0.18 0.19 0.45 0.32 0.64 0.18 0.56 0.39 1.09 1.87 1.26 1.46
C4 0.20 0.57 0.20 0.23 0.49 0.43 0.30 0.67 0.20 0.33 0.62 0.55 0.72 0.26 0.34 0.14 0.59 1.04 0.58 0.80
C4' 0.16 0.49 0.18 0.35 0.34 0.54 0.12 0.94 0.08 0.22 0.52 0.40 0.69 0.32 0.47 0.25 0.91 1.62 1.07 1.25
C5 0.27 0.74 0.26 0.17 0.71 0.34 0.48 0.53 0.35 0.46 0.83 0.79 0.87 0.26 0.28 0.07 0.42 0.83 0.35 0.60
C5' 0.14 0.49 0.23 0.37 0.35 0.57 0.11 0.96 0.08 0.21 0.54 0.42 0.70 0.37 0.49 0.29 0.92 1.61 1.06 1.26
C6 0.32 0.80 0.28 0.12 0.81 0.22 0.60 0.34 0.46 0.55 0.91 0.89 0.89 0.25 0.19 0.07 0.23 0.57 0.12 0.37
C8 0.23 0.69 0.24 0.26 0.64 0.45 0.40 0.72 0.27 0.40 0.78 0.73 0.86 0.27 0.40 0.14 0.61 1.11 0.59 0.84
N1 0.28 0.65 0.25 0.10 0.63 0.19 0.48 0.29 0.38 0.46 0.71 0.68 0.71 0.25 0.16 0.08 0.22 0.52 0.12 0.34
N3 0.13 0.39 0.14 0.27 0.31 0.46 0.17 0.70 0.11 0.20 0.42 0.35 0.53 0.25 0.35 0.19 0.66 1.06 0.66 0.85
N6 0.37 0.96 0.33 0.16 1.04 0.14 0.80 0.21 0.62 0.67 1.12 1.15 1.00 0.24 0.18 0.13 0.09 0.38 0.16 0.18
N7 0.27 0.79 0.27 0.20 0.77 0.37 0.52 0.58 0.37 0.48 0.90 0.88 0.93 0.26 0.33 0.08 0.45 0.90 0.38 0.65
N9 0.20 0.58 0.20 0.29 0.49 0.49 0.28 0.78 0.18 0.32 0.63 0.55 0.75 0.27 0.41 0.18 0.70 1.22 0.72 0.94
O2' 0.14 0.30 0.17 0.51 0.12 0.62 0.11 1.05 0.16 0.12 0.29 0.15 0.50 0.25 0.66 0.29 1.07 1.83 1.28 1.42
O3' 0.24 0.40 0.20 0.56 0.25 0.75 0.25 1.20 0.30 0.24 0.41 0.28 0.60 0.20 0.66 0.47 1.24 2.11 1.47 1.65
O4' 0.27 0.58 0.32 0.38 0.46 0.52 0.28 0.87 0.22 0.34 0.61 0.52 0.76 0.42 0.50 0.23 0.81 1.39 0.90 1.08
O5' 0.39 0.67 0.44 0.42 0.60 0.60 0.46 0.94 0.42 0.46 0.73 0.66 0.84 0.52 0.43 0.43 0.92 1.51 1.05 1.24
OP1 0.26 0.55 0.24 0.37 0.44 0.70 0.31 1.13 0.32 0.30 0.62 0.51 0.78 0.32 0.37 0.51 1.09 1.81 1.26 1.47
OP2 0.78 1.14 0.83 0.67 1.11 0.73 0.91 0.94 0.83 0.89 1.24 1.21 1.29 0.87 0.63 0.66 0.94 1.43 1.03 1.21
P 0.44 0.79 0.49 0.39 0.71 0.59 0.51 0.93 0.45 0.53 0.87 0.80 0.98 0.57 0.39 0.43 0.89 1.51 1.01 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.09 0.13 0.19 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.06 0.08 0.12 0.01 0.02 0.01 0.06 0.15 0.11 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.11 0.04 0.04 0.08 0.12 0.02 0.01 0.02 0.11 0.21 0.14 0.13
C4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.03 0.14 0.20 0.26 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.04 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.04 0.14 0.18 0.22 0.15
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.08 0.14 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.10 0.11 0.14 0.09
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.13 0.05
N3 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.05 0.01 0.12 0.18 0.24 0.14
N4 0.02 0.03 0.08 0.08 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.10 0.10 0.03 0.17 0.25 0.31 0.21
O2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.10 0.14 0.02 0.09 0.13 0.18 0.08
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.09 0.10 0.10 0.00 0.04 0.03 0.06 0.12 0.09 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.08 0.01 0.13 0.04 0.13 0.04 0.05 0.10 0.14 0.04 0.00 0.01 0.15 0.30 0.17 0.19
O4' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.13 0.09 0.12
O5' 0.03 0.09 0.06 0.11 0.14 0.00 0.14 0.01 0.10 0.06 0.12 0.17 0.09 0.06 0.15 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.13 0.15 0.21 0.20 0.06 0.18 0.09 0.11 0.08 0.18 0.25 0.13 0.12 0.30 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.19 0.11 0.14 0.26 0.02 0.22 0.02 0.14 0.13 0.24 0.31 0.18 0.09 0.17 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.07 0.13 0.17 0.01 0.15 0.01 0.09 0.05 0.14 0.21 0.08 0.06 0.19 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00