ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.009, 0.045, 0.081, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.045 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.003, 0.186, 0.369, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.186 std_dev=0.183
C2' A 0, 0.016, 0.225, 0.434, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.225 std_dev=0.209
C3' A 0, 0.045, 0.367, 0.688, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.367 std_dev=0.321
C4' A 0, 0.026, 0.365, 0.704, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.365 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.049, 0.390, 0.731, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.390 std_dev=0.341
O2' B 0, 0.134, 0.565, 0.997, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.565 std_dev=0.432
O3' A 0, 0.067, 0.583, 1.098, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.583 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.110, 0.650, 1.191, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.650 std_dev=0.540
C5' A 0, 0.049, 0.622, 1.196, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.622 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.154, 0.812, 1.470, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.812 std_dev=0.658
O5' A 0, 0.285, 0.957, 1.629, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.957 std_dev=0.672
P A 0, 0.280, 1.382, 2.484, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.382 std_dev=1.102
C1' B 0, 0.191, 1.351, 2.511, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.351 std_dev=1.160
C4' B 0, -0.063, 1.312, 2.687, 4.051 max_d=4.051 avg_d=1.312 std_dev=1.375
O3' B 0, -0.191, 1.257, 2.705, 4.276 max_d=4.276 avg_d=1.257 std_dev=1.448
O4' B 0, 0.037, 1.577, 3.117, 4.548 max_d=4.548 avg_d=1.577 std_dev=1.540
O5' B 0, -0.084, 1.524, 3.131, 4.685 max_d=4.685 avg_d=1.524 std_dev=1.607
N1 B 0, 0.209, 1.850, 3.492, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.850 std_dev=1.641
OP1 A 0, 0.345, 2.032, 3.719, 4.595 max_d=4.595 avg_d=2.032 std_dev=1.687
C6 B 0, 0.274, 1.964, 3.655, 4.984 max_d=4.984 avg_d=1.964 std_dev=1.691
OP2 B 0, 0.079, 1.885, 3.692, 5.198 max_d=5.198 avg_d=1.885 std_dev=1.807
OP2 A 0, 0.221, 2.194, 4.167, 5.323 max_d=5.323 avg_d=2.194 std_dev=1.973
C5' B 0, -0.208, 1.785, 3.778, 5.893 max_d=5.893 avg_d=1.785 std_dev=1.993
C5 B 0, 0.228, 2.435, 4.642, 6.604 max_d=6.604 avg_d=2.435 std_dev=2.207
P B 0, -0.212, 2.017, 4.246, 6.545 max_d=6.545 avg_d=2.017 std_dev=2.229
C2 B 0, 0.037, 2.295, 4.554, 6.773 max_d=6.773 avg_d=2.295 std_dev=2.258
O2 B 0, -0.030, 2.249, 4.527, 6.838 max_d=6.838 avg_d=2.249 std_dev=2.279
OP1 B 0, -0.522, 2.299, 5.120, 8.275 max_d=8.275 avg_d=2.299 std_dev=2.821
C4 B 0, 0.020, 2.888, 5.756, 8.622 max_d=8.622 avg_d=2.888 std_dev=2.868
N3 B 0, -0.093, 2.832, 5.757, 8.776 max_d=8.776 avg_d=2.832 std_dev=2.925
N4 B 0, -0.108, 3.429, 6.966, 10.625 max_d=10.625 avg_d=3.429 std_dev=3.537

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.34 0.72 0.43 0.08
C2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.21 0.03 0.45 0.96 0.73 0.50
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.12 0.15 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.76 0.24 0.30
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.10 0.15 0.12 0.13 0.11 0.14 0.07 0.01 0.01 0.02 0.27 0.63 0.24 0.43
C4 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.48 0.91 0.80 0.49
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.16 0.04 0.05 0.10 0.16 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.62 0.37 0.25
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.13 0.05 0.59 1.11 1.16 0.75
C5' 0.07 0.16 0.03 0.02 0.20 0.01 0.28 0.00 0.27 0.33 0.21 0.13 0.30 0.36 0.21 0.04 0.04 0.02 0.01 0.26 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.10 0.01 0.08 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.15 0.05 0.59 1.19 1.21 0.81
C8 0.04 0.01 0.05 0.15 0.01 0.16 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.16 0.06 0.64 0.97 1.17 0.71
N1 0.03 0.01 0.12 0.12 0.02 0.04 0.02 0.21 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.18 0.19 0.05 0.53 1.10 1.00 0.68
N3 0.02 0.01 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.18 0.02 0.40 0.87 0.60 0.37
N6 0.04 0.01 0.07 0.11 0.02 0.10 0.02 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.11 0.16 0.06 0.65 1.34 1.45 0.96
N7 0.03 0.01 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.36 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.16 0.06 0.68 1.21 1.40 0.89
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.47 0.79 0.75 0.41
O2' 0.02 0.21 0.00 0.01 0.11 0.05 0.08 0.04 0.13 0.04 0.18 0.20 0.11 0.03 0.04 0.00 0.04 0.07 0.10 0.99 0.74 0.51
O3' 0.02 0.21 0.01 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.15 0.16 0.19 0.18 0.16 0.16 0.06 0.04 0.00 0.03 0.44 0.57 0.69 0.62
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.41 0.70 0.55 0.26
O5' 0.34 0.45 0.19 0.27 0.48 0.02 0.59 0.01 0.59 0.64 0.53 0.40 0.65 0.68 0.47 0.10 0.44 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.72 0.96 0.76 0.63 0.91 0.62 1.11 0.26 1.19 0.97 1.10 0.87 1.34 1.21 0.79 0.99 0.57 0.70 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.73 0.24 0.24 0.80 0.37 1.16 0.32 1.21 1.17 1.00 0.60 1.45 1.40 0.75 0.74 0.69 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.50 0.30 0.43 0.49 0.25 0.75 0.02 0.81 0.71 0.68 0.37 0.96 0.89 0.41 0.51 0.62 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 1.50 0.19 0.52 1.63 0.96 1.02 1.32 0.62 0.79 1.89 1.95 1.72 0.20 0.94 0.52 0.93 1.61 0.72 1.11
C2 0.14 0.86 0.20 0.31 0.84 0.63 0.52 0.77 0.31 0.44 1.02 0.97 1.07 0.18 0.55 0.42 0.53 0.82 0.40 0.60
C2' 0.20 1.33 0.14 0.72 1.51 1.31 0.82 1.73 0.38 0.56 1.79 1.89 1.56 0.35 1.11 0.88 1.31 2.06 1.09 1.54
C3' 0.29 1.20 0.12 0.71 1.37 1.34 0.69 1.79 0.29 0.47 1.64 1.75 1.43 0.32 1.03 0.99 1.39 2.16 1.22 1.67
C4 0.15 1.07 0.19 0.37 1.10 0.74 0.67 0.98 0.38 0.53 1.31 1.31 1.28 0.19 0.66 0.47 0.68 1.12 0.52 0.80
C4' 0.19 1.39 0.13 0.61 1.55 1.13 0.89 1.57 0.46 0.65 1.82 1.93 1.61 0.22 1.00 0.72 1.19 1.97 1.02 1.44
C5 0.17 0.77 0.22 0.29 0.80 0.60 0.47 0.78 0.27 0.37 0.95 0.96 0.93 0.22 0.49 0.47 0.56 0.88 0.46 0.66
C5' 0.25 1.37 0.21 0.44 1.50 0.95 0.88 1.38 0.49 0.69 1.76 1.84 1.60 0.14 0.79 0.61 1.04 1.78 0.91 1.30
C6 0.26 0.51 0.26 0.27 0.53 0.48 0.35 0.59 0.27 0.30 0.62 0.63 0.61 0.26 0.42 0.47 0.44 0.61 0.39 0.51
C8 0.14 1.04 0.19 0.35 1.11 0.74 0.66 1.01 0.36 0.51 1.31 1.35 1.22 0.19 0.63 0.49 0.73 1.20 0.59 0.87
N1 0.25 0.50 0.26 0.28 0.51 0.48 0.34 0.56 0.26 0.29 0.60 0.59 0.61 0.25 0.41 0.46 0.42 0.57 0.37 0.47
N3 0.19 1.19 0.18 0.41 1.20 0.79 0.74 1.01 0.45 0.61 1.43 1.39 1.44 0.18 0.74 0.45 0.69 1.13 0.50 0.79
N6 0.37 0.41 0.31 0.32 0.43 0.40 0.38 0.45 0.37 0.36 0.45 0.48 0.43 0.32 0.47 0.50 0.37 0.43 0.38 0.42
N7 0.17 0.79 0.22 0.29 0.85 0.62 0.49 0.82 0.28 0.38 1.01 1.03 0.95 0.22 0.50 0.48 0.60 0.95 0.50 0.72
N9 0.17 1.22 0.19 0.42 1.30 0.83 0.80 1.12 0.46 0.62 1.53 1.56 1.44 0.18 0.75 0.49 0.79 1.33 0.62 0.94
O2' 0.13 1.51 0.25 0.87 1.77 1.41 1.00 1.89 0.48 0.67 2.05 2.21 1.72 0.44 1.35 0.86 1.42 2.30 1.18 1.68
O3' 0.44 1.12 0.24 0.87 1.32 1.58 0.59 2.09 0.25 0.38 1.60 1.74 1.35 0.44 1.18 1.23 1.68 2.54 1.52 2.01
O4' 0.29 1.53 0.21 0.50 1.69 0.91 1.07 1.29 0.66 0.83 1.93 2.02 1.74 0.18 0.92 0.46 0.91 1.63 0.72 1.11
O5' 0.26 1.31 0.44 0.61 1.48 1.04 0.86 1.45 0.48 0.64 1.72 1.84 1.52 0.48 0.95 0.70 1.10 1.84 0.97 1.37
OP1 0.98 1.93 0.99 0.62 2.01 0.73 1.49 1.04 1.19 1.35 2.25 2.30 2.14 0.86 0.37 0.74 0.87 1.47 0.90 1.10
OP2 0.37 1.00 0.53 0.70 1.11 1.21 0.49 1.64 0.16 0.37 1.36 1.46 1.23 0.72 0.94 0.92 1.33 2.13 1.29 1.67
P 0.33 1.47 0.50 0.26 1.62 0.71 1.03 1.15 0.64 0.81 1.86 1.97 1.67 0.43 0.52 0.44 0.84 1.61 0.79 1.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.13 0.12
C2 0.05 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.17 0.19 0.25 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.05 0.14 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.08 0.04 0.14 0.02 0.01 0.02 0.07 0.13 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.17 0.24 0.32 0.24
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.06 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.04 0.18 0.26 0.33 0.25
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.12 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.10 0.03 0.18 0.21 0.26 0.22
N1 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.16 0.17 0.21 0.18
N3 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.18 0.21 0.29 0.22
N4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04 0.16 0.26 0.34 0.25
O2 0.09 0.01 0.14 0.14 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.14 0.16 0.08 0.19 0.19 0.23 0.20
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.07 0.14 0.00 0.03 0.04 0.06 0.13 0.08 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.10 0.06 0.11 0.08 0.16 0.03 0.00 0.02 0.13 0.24 0.23 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.13 0.14 0.12 0.13
O5' 0.11 0.17 0.04 0.07 0.17 0.02 0.18 0.01 0.18 0.16 0.18 0.16 0.19 0.06 0.13 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.19 0.10 0.13 0.24 0.08 0.26 0.09 0.21 0.17 0.21 0.26 0.19 0.13 0.24 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.25 0.07 0.12 0.32 0.03 0.33 0.02 0.26 0.21 0.29 0.34 0.23 0.08 0.23 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.20 0.05 0.09 0.24 0.03 0.25 0.02 0.22 0.18 0.22 0.25 0.20 0.07 0.18 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00