ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C2' B 0, 0.109, 0.410, 0.710, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.410 std_dev=0.301
O2' B 0, 0.270, 0.827, 1.383, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.827 std_dev=0.556
C1' B 0, 0.205, 1.022, 1.838, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.022 std_dev=0.817
O3' B 0, 0.275, 1.102, 1.929, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.102 std_dev=0.827
C3' B 0, -0.181, 0.701, 1.583, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.701 std_dev=0.882
O4' A 0, 0.340, 1.333, 2.327, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.333 std_dev=0.994
C2' A 0, 0.332, 1.361, 2.390, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.361 std_dev=1.029
O3' A 0, 0.262, 1.460, 2.658, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.460 std_dev=1.198
O4' B 0, -0.314, 0.899, 2.112, 3.554 max_d=3.554 avg_d=0.899 std_dev=1.213
C4' B 0, 0.222, 1.438, 2.653, 3.657 max_d=3.657 avg_d=1.438 std_dev=1.215
N1 B 0, 0.650, 1.896, 3.142, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.896 std_dev=1.246
C3' A 0, 0.259, 1.571, 2.883, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.571 std_dev=1.312
C6 B 0, 1.218, 2.622, 4.025, 3.964 max_d=3.964 avg_d=2.622 std_dev=1.404
C4' A 0, 0.382, 1.816, 3.250, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.816 std_dev=1.434
O2' A 0, 0.562, 2.110, 3.657, 3.597 max_d=3.597 avg_d=2.110 std_dev=1.547
C2 B 0, 1.611, 3.323, 5.035, 4.811 max_d=4.811 avg_d=3.323 std_dev=1.712
O2 B 0, 2.189, 4.078, 5.968, 5.905 max_d=5.905 avg_d=4.078 std_dev=1.889
C5' B 0, 0.725, 2.620, 4.515, 4.997 max_d=4.997 avg_d=2.620 std_dev=1.895
O5' B 0, 0.429, 2.469, 4.509, 6.092 max_d=6.092 avg_d=2.469 std_dev=2.040
C5 B 0, 1.474, 3.554, 5.634, 5.608 max_d=5.608 avg_d=3.554 std_dev=2.080
N3 B 0, 1.932, 4.297, 6.662, 6.080 max_d=6.080 avg_d=4.297 std_dev=2.365
OP2 B 0, 0.771, 3.174, 5.576, 6.894 max_d=6.894 avg_d=3.174 std_dev=2.402
O5' A 0, 0.746, 3.157, 5.567, 5.520 max_d=5.520 avg_d=3.157 std_dev=2.410
C5' A 0, 0.746, 3.168, 5.589, 5.516 max_d=5.516 avg_d=3.168 std_dev=2.422
P B 0, 0.568, 3.168, 5.768, 7.652 max_d=7.652 avg_d=3.168 std_dev=2.600
C4 B 0, 1.167, 3.949, 6.731, 6.435 max_d=6.435 avg_d=3.949 std_dev=2.782
OP2 A 0, 1.231, 4.130, 7.028, 6.628 max_d=6.628 avg_d=4.130 std_dev=2.898
OP1 B 0, 0.798, 3.866, 6.934, 9.013 max_d=9.013 avg_d=3.866 std_dev=3.068
P A 0, 0.997, 4.139, 7.282, 7.153 max_d=7.153 avg_d=4.139 std_dev=3.143
N4 B 0, 1.445, 5.037, 8.628, 8.184 max_d=8.184 avg_d=5.037 std_dev=3.592
OP1 A 0, 0.728, 4.834, 8.940, 8.919 max_d=8.919 avg_d=4.834 std_dev=4.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.31 0.01 0.36 0.08 0.61 0.34
C2 0.04 0.00 0.52 0.43 0.01 0.20 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.39 0.15 0.44 0.63 0.33 1.14 0.71
C2' 0.01 0.52 0.00 0.00 0.28 0.02 0.14 0.16 0.25 0.25 0.41 0.51 0.20 0.13 0.03 0.01 0.02 0.03 0.44 0.39 0.69 0.46
C3' 0.02 0.43 0.00 0.00 0.38 0.00 0.45 0.02 0.50 0.29 0.48 0.36 0.55 0.39 0.26 0.01 0.01 0.03 0.14 0.18 0.21 0.13
C4 0.01 0.01 0.28 0.38 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.17 0.06 0.22 0.73 0.38 1.24 0.77
C4' 0.02 0.20 0.02 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.13 0.32 0.13 0.21 0.20 0.30 0.12 0.31 0.02 0.00 0.03 0.09 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.14 0.45 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.15 0.08 0.98 0.66 1.69 1.07
C5' 0.06 0.29 0.16 0.02 0.14 0.01 0.25 0.00 0.24 0.43 0.22 0.28 0.33 0.43 0.14 0.13 0.23 0.03 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.50 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.21 0.18 0.99 0.70 1.77 1.11
C8 0.01 0.02 0.25 0.29 0.01 0.32 0.01 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.62 0.09 0.27 1.04 0.66 1.62 1.08
N1 0.03 0.00 0.41 0.48 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.34 0.82 0.52 1.48 0.91
N3 0.04 0.00 0.51 0.36 0.00 0.21 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.40 0.12 0.44 0.56 0.24 0.97 0.60
N6 0.04 0.01 0.20 0.55 0.03 0.20 0.03 0.33 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.30 0.27 0.11 1.15 0.91 2.07 1.32
N7 0.01 0.02 0.13 0.39 0.02 0.30 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.57 0.16 0.15 1.15 0.84 1.94 1.27
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.27 0.05 0.02 0.71 0.33 1.13 0.70
O2' 0.03 0.39 0.01 0.01 0.17 0.31 0.30 0.13 0.23 0.62 0.24 0.40 0.30 0.57 0.27 0.00 0.04 0.21 0.38 0.35 0.74 0.42
O3' 0.31 0.15 0.02 0.01 0.06 0.02 0.15 0.23 0.21 0.09 0.18 0.12 0.27 0.16 0.05 0.04 0.00 0.17 0.08 0.30 0.10 0.11
O4' 0.01 0.44 0.03 0.03 0.22 0.00 0.08 0.03 0.18 0.27 0.34 0.44 0.11 0.15 0.02 0.21 0.17 0.00 0.31 0.10 0.45 0.29
O5' 0.36 0.63 0.44 0.14 0.73 0.03 0.98 0.01 0.99 1.04 0.82 0.56 1.15 1.15 0.71 0.38 0.08 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.33 0.39 0.18 0.38 0.09 0.66 0.10 0.70 0.66 0.52 0.24 0.91 0.84 0.33 0.35 0.30 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.61 1.14 0.69 0.21 1.24 0.04 1.69 0.02 1.77 1.62 1.48 0.97 2.07 1.94 1.13 0.74 0.10 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.71 0.46 0.13 0.77 0.02 1.07 0.02 1.11 1.08 0.91 0.60 1.32 1.27 0.70 0.42 0.11 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.95 0.12 0.41 1.67 0.75 1.92 1.18 1.61 0.97 1.29 1.87 0.82 0.44 0.38 0.28 1.12 1.70 1.08 1.36
C2 0.78 0.95 0.19 0.30 1.01 0.26 0.97 0.63 0.90 0.87 1.02 1.05 0.92 0.39 0.83 0.77 0.75 1.44 0.62 0.87
C2' 0.50 0.69 0.88 0.96 1.32 1.25 1.53 1.45 1.15 0.59 0.97 1.59 0.84 1.18 0.86 0.69 1.40 1.88 1.18 1.50
C3' 0.24 0.96 0.26 0.55 1.88 0.97 2.07 1.23 1.60 0.93 1.43 2.19 0.74 0.52 0.58 0.43 1.16 1.68 0.98 1.33
C4 0.59 0.96 0.17 0.35 1.31 0.48 1.40 0.96 1.20 0.88 1.15 1.43 0.92 0.46 0.61 0.32 0.97 1.73 0.91 1.20
C4' 0.94 1.70 0.45 0.38 2.74 0.73 2.94 1.11 2.42 1.70 2.22 3.05 1.28 0.26 0.16 0.79 1.11 1.53 1.21 1.36
C5 0.64 0.97 0.18 0.32 1.25 0.39 1.27 0.90 1.07 0.86 1.14 1.37 0.95 0.43 0.67 0.47 0.95 1.81 0.92 1.20
C5' 1.09 2.05 0.58 0.37 3.26 0.63 3.36 1.01 2.67 1.95 2.69 3.71 1.57 0.35 0.11 0.84 1.05 1.51 1.24 1.34
C6 0.75 0.99 0.19 0.27 1.12 0.28 1.06 0.73 0.94 0.87 1.10 1.20 0.98 0.40 0.77 0.72 0.85 1.69 0.79 1.04
C8 0.49 0.96 0.16 0.35 1.51 0.56 1.64 1.09 1.33 0.89 1.25 1.71 0.90 0.45 0.50 0.13 1.08 1.90 1.09 1.37
N1 0.81 0.97 0.19 0.27 1.03 0.26 0.97 0.61 0.90 0.88 1.05 1.07 0.96 0.36 0.86 0.86 0.77 1.50 0.66 0.89
N3 0.64 0.94 0.18 0.35 1.18 0.43 1.24 0.86 1.12 0.88 1.08 1.25 0.90 0.45 0.68 0.42 0.87 1.54 0.76 1.04
N6 0.78 1.00 0.19 0.26 1.10 0.27 1.03 0.70 0.92 0.88 1.11 1.18 0.99 0.37 0.80 0.79 0.83 1.67 0.80 1.01
N7 0.57 0.96 0.16 0.34 1.36 0.46 1.42 1.00 1.16 0.85 1.19 1.54 0.93 0.44 0.60 0.32 1.02 1.91 1.03 1.31
N9 0.48 0.96 0.15 0.37 1.51 0.61 1.68 1.09 1.40 0.91 1.24 1.69 0.89 0.46 0.48 0.09 1.06 1.79 1.03 1.32
O2' 0.71 0.67 1.18 1.17 0.87 1.40 1.12 1.56 0.83 0.49 0.68 1.08 1.09 1.49 1.03 0.87 1.47 1.89 1.30 1.54
O3' 0.67 1.14 0.24 0.48 1.90 0.99 2.08 1.21 1.71 1.15 1.51 2.15 0.94 0.20 0.45 0.77 1.12 1.55 1.00 1.27
O4' 1.04 1.70 0.58 0.63 2.61 0.81 2.87 1.28 2.45 1.74 2.15 2.85 1.32 0.31 0.57 0.85 1.25 1.77 1.43 1.57
O5' 0.79 1.72 0.31 0.21 2.86 0.61 2.93 0.93 2.27 1.61 2.34 3.32 1.32 0.22 0.13 0.59 0.98 1.48 0.99 1.21
OP1 0.89 1.98 0.39 0.31 3.26 0.71 3.20 1.09 2.43 1.78 2.70 3.88 1.52 0.23 0.24 0.71 1.20 1.80 1.32 1.52
OP2 0.62 1.58 0.18 0.22 2.68 0.60 2.67 0.91 2.00 1.40 2.19 3.19 1.24 0.25 0.23 0.43 1.01 1.54 0.90 1.20
P 0.86 1.88 0.39 0.20 3.11 0.54 3.10 0.86 2.37 1.71 2.56 3.66 1.45 0.23 0.11 0.61 0.94 1.46 0.99 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.03 0.06 0.05 0.11 0.02 0.27 0.01 0.31 0.32 0.26 0.26
C2 0.07 0.00 0.07 0.09 0.01 0.24 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.23 0.21 0.24 0.30 0.22
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.10 0.21 0.11 0.04 0.06 0.06 0.13 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.33 0.01 0.46 0.02 0.44 0.21 0.17 0.36 0.22 0.01 0.01 0.02 0.12 0.19 0.12 0.12
C4 0.04 0.01 0.06 0.33 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.14 0.05 0.80 0.90 1.00 0.88
C4' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.33 0.01 0.38 0.07 0.16 0.10 0.52 0.28 0.01 0.01 0.02 0.17 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.46 0.01 0.33 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.18 0.19 1.29 1.43 1.62 1.44
C5' 0.09 0.59 0.21 0.02 0.06 0.01 0.42 0.00 0.50 0.08 0.48 0.07 1.09 0.06 0.20 0.02 0.01 0.33 0.29 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.44 0.01 0.38 0.00 0.50 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.12 0.25 1.27 1.31 1.43 1.33
N1 0.03 0.01 0.04 0.21 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.15 0.06 0.04 0.57 0.59 0.57 0.55
N3 0.06 0.00 0.06 0.17 0.00 0.16 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.06 0.17 0.33 0.37 0.40 0.32
N4 0.05 0.01 0.06 0.36 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.19 0.05 0.84 0.98 1.11 0.96
O2 0.11 0.01 0.13 0.22 0.02 0.52 0.01 1.09 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.15 0.15 0.39 0.65 0.71 0.90 0.77
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.25 0.28 0.31 0.06 0.29 0.15 0.15 0.27 0.15 0.00 0.03 0.19 0.07 0.16 0.03 0.09
O3' 0.27 0.06 0.01 0.01 0.14 0.01 0.18 0.20 0.12 0.06 0.06 0.19 0.15 0.03 0.00 0.22 0.19 0.39 0.26 0.23
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.05 0.01 0.19 0.02 0.25 0.04 0.17 0.05 0.39 0.19 0.22 0.00 0.38 0.38 0.20 0.27
O5' 0.31 0.21 0.07 0.12 0.80 0.02 1.29 0.01 1.27 0.57 0.33 0.84 0.65 0.07 0.19 0.38 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.32 0.24 0.09 0.19 0.90 0.17 1.43 0.33 1.31 0.59 0.37 0.98 0.71 0.16 0.39 0.38 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.30 0.05 0.12 1.00 0.13 1.62 0.29 1.43 0.57 0.40 1.11 0.90 0.03 0.26 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.22 0.07 0.12 0.88 0.05 1.44 0.03 1.33 0.55 0.32 0.96 0.77 0.09 0.23 0.27 0.02 0.00 0.00 0.00