ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.001, 0.026, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.002, 0.028, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.001, 0.029, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.004, 0.037, 0.071, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.037 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.007, 0.045, 0.082, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.045 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.016, 0.074, 0.132, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.074 std_dev=0.058
O2' B 0, 0.081, 0.402, 0.723, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.402 std_dev=0.321
C2' B 0, 0.039, 0.379, 0.720, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.379 std_dev=0.340
C1' B 0, 0.038, 0.449, 0.861, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.449 std_dev=0.412
N1 B 0, 0.029, 0.622, 1.214, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.622 std_dev=0.593
O4' B 0, 0.020, 0.630, 1.239, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.630 std_dev=0.609
C3' B 0, -0.018, 0.601, 1.219, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.601 std_dev=0.618
C4' B 0, -0.010, 0.636, 1.283, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.636 std_dev=0.646
C2' A 0, -0.217, 0.471, 1.159, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.471 std_dev=0.688
C6 B 0, -0.026, 0.675, 1.377, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.675 std_dev=0.702
O3' B 0, -0.008, 0.734, 1.475, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.734 std_dev=0.742
O5' B 0, 0.032, 0.873, 1.713, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.873 std_dev=0.841
C5 B 0, -0.020, 0.839, 1.698, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.839 std_dev=0.859
C2 B 0, 0.052, 0.920, 1.787, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.920 std_dev=0.868
O4' A 0, -0.288, 0.583, 1.454, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.583 std_dev=0.871
C3' A 0, -0.094, 0.801, 1.695, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.801 std_dev=0.895
O2 B 0, -0.021, 0.992, 2.005, 2.751 max_d=2.751 avg_d=0.992 std_dev=1.013
C5' B 0, -0.111, 0.920, 1.950, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.920 std_dev=1.030
C4 B 0, 0.067, 1.115, 2.162, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.115 std_dev=1.047
O2' A 0, -0.075, 0.987, 2.049, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.987 std_dev=1.062
C4' A 0, -0.382, 0.693, 1.767, 2.823 max_d=2.823 avg_d=0.693 std_dev=1.075
N3 B 0, 0.027, 1.174, 2.321, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.174 std_dev=1.147
P B 0, -0.033, 1.142, 2.317, 2.961 max_d=2.961 avg_d=1.142 std_dev=1.175
N4 B 0, 0.070, 1.388, 2.706, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.388 std_dev=1.318
O3' A 0, -0.253, 1.092, 2.437, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.092 std_dev=1.345
OP2 B 0, -0.063, 1.284, 2.631, 3.626 max_d=3.626 avg_d=1.284 std_dev=1.347
OP1 B 0, -0.068, 1.319, 2.707, 3.490 max_d=3.490 avg_d=1.319 std_dev=1.388
C5' A 0, -0.552, 1.530, 3.613, 5.558 max_d=5.558 avg_d=1.530 std_dev=2.082
O5' A 0, -0.491, 2.111, 4.713, 7.056 max_d=7.056 avg_d=2.111 std_dev=2.602
OP2 A 0, -0.851, 2.489, 5.829, 8.930 max_d=8.930 avg_d=2.489 std_dev=3.340
P A 0, -0.882, 2.771, 6.423, 9.685 max_d=9.685 avg_d=2.771 std_dev=3.653
OP1 A 0, -0.918, 3.457, 7.833, 11.541 max_d=11.541 avg_d=3.457 std_dev=4.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.41 0.89 0.24 0.43
C2 0.05 0.00 0.40 0.14 0.00 0.41 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.81 0.52 0.56 0.18 1.08 0.17 0.21
C2' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.24 0.04 0.16 0.22 0.24 0.13 0.34 0.39 0.21 0.04 0.05 0.01 0.07 0.04 0.46 0.81 0.23 0.47
C3' 0.04 0.14 0.01 0.00 0.14 0.01 0.23 0.04 0.21 0.33 0.15 0.13 0.26 0.33 0.18 0.03 0.01 0.02 0.14 0.33 0.33 0.18
C4 0.03 0.00 0.24 0.14 0.00 0.19 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.38 0.30 0.49 1.28 0.34 0.52
C4' 0.01 0.41 0.04 0.01 0.19 0.00 0.10 0.02 0.17 0.24 0.32 0.39 0.12 0.16 0.06 0.24 0.05 0.01 0.05 0.31 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.16 0.23 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.40 0.31 0.15 0.75 1.65 0.68 0.83
C5' 0.06 0.58 0.22 0.04 0.25 0.02 0.16 0.00 0.26 0.37 0.46 0.53 0.20 0.28 0.11 0.15 0.26 0.04 0.02 0.34 0.34 0.04
C6 0.02 0.00 0.24 0.21 0.00 0.17 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.54 0.36 0.27 0.63 1.62 0.59 0.70
C8 0.03 0.01 0.13 0.33 0.01 0.24 0.01 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.22 0.21 0.26 1.13 1.82 1.00 1.22
N1 0.04 0.00 0.34 0.15 0.01 0.32 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.71 0.44 0.45 0.35 1.33 0.31 0.38
N3 0.05 0.00 0.39 0.13 0.00 0.39 0.00 0.53 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.77 0.53 0.56 0.17 0.99 0.11 0.20
N6 0.02 0.01 0.21 0.26 0.01 0.12 0.02 0.20 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.49 0.35 0.19 0.79 1.85 0.81 0.91
N7 0.02 0.01 0.04 0.33 0.01 0.16 0.00 0.28 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.24 0.25 0.12 1.10 1.97 1.07 1.24
N9 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.26 0.02 0.69 1.33 0.49 0.72
O2' 0.02 0.81 0.01 0.03 0.49 0.24 0.40 0.15 0.54 0.22 0.71 0.77 0.49 0.24 0.19 0.00 0.12 0.16 0.29 0.64 0.16 0.33
O3' 0.35 0.52 0.07 0.01 0.38 0.05 0.31 0.26 0.36 0.21 0.44 0.53 0.35 0.25 0.26 0.12 0.00 0.22 0.55 0.75 0.63 0.60
O4' 0.01 0.56 0.04 0.02 0.30 0.01 0.15 0.04 0.27 0.26 0.45 0.56 0.19 0.12 0.02 0.16 0.22 0.00 0.33 0.71 0.32 0.35
O5' 0.41 0.18 0.46 0.14 0.49 0.05 0.75 0.02 0.63 1.13 0.35 0.17 0.79 1.10 0.69 0.29 0.55 0.33 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.89 1.08 0.81 0.33 1.28 0.31 1.65 0.34 1.62 1.82 1.33 0.99 1.85 1.97 1.33 0.64 0.75 0.71 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.17 0.23 0.33 0.34 0.26 0.68 0.34 0.59 1.00 0.31 0.11 0.81 1.07 0.49 0.16 0.63 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.21 0.47 0.18 0.52 0.07 0.83 0.04 0.70 1.22 0.38 0.20 0.91 1.24 0.72 0.33 0.60 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.60 0.21 0.26 0.63 0.18 0.35 0.17 0.17 0.31 0.74 0.75 0.68 0.33 0.41 0.13 0.50 0.87 0.74 0.73
C2 0.07 0.56 0.17 0.21 0.52 0.22 0.33 0.23 0.24 0.27 0.64 0.59 0.70 0.32 0.29 0.25 0.15 0.31 0.12 0.15
C2' 0.44 0.12 0.62 0.69 0.16 0.64 0.31 0.62 0.45 0.28 0.22 0.25 0.22 0.67 0.77 0.45 0.68 0.90 0.70 0.75
C3' 0.15 0.36 0.31 0.46 0.42 0.38 0.34 0.43 0.29 0.20 0.47 0.52 0.43 0.30 0.59 0.21 0.17 0.38 0.32 0.26
C4 0.03 0.57 0.22 0.26 0.56 0.20 0.32 0.15 0.18 0.25 0.69 0.67 0.69 0.35 0.37 0.12 0.29 0.59 0.36 0.42
C4' 0.76 1.07 0.61 0.62 1.08 0.69 0.88 0.78 0.77 0.88 1.16 1.16 1.12 0.49 0.55 0.80 0.85 0.95 1.08 1.01
C5 0.06 0.59 0.20 0.23 0.58 0.17 0.36 0.14 0.24 0.27 0.71 0.69 0.73 0.35 0.34 0.19 0.25 0.56 0.27 0.36
C5' 1.13 1.31 1.12 1.19 1.27 1.19 1.12 1.26 1.06 1.17 1.35 1.31 1.37 1.04 1.23 1.16 1.21 1.21 1.23 1.22
C6 0.12 0.59 0.16 0.18 0.57 0.15 0.39 0.16 0.30 0.30 0.70 0.67 0.75 0.33 0.28 0.27 0.17 0.43 0.12 0.22
C8 0.03 0.58 0.23 0.27 0.60 0.18 0.33 0.14 0.17 0.25 0.72 0.73 0.70 0.36 0.39 0.10 0.37 0.76 0.51 0.56
N1 0.14 0.59 0.14 0.15 0.54 0.18 0.39 0.21 0.31 0.31 0.67 0.62 0.75 0.31 0.23 0.31 0.14 0.31 0.10 0.12
N3 0.03 0.55 0.20 0.26 0.53 0.23 0.30 0.19 0.16 0.25 0.65 0.62 0.66 0.34 0.38 0.12 0.24 0.46 0.28 0.32
N6 0.15 0.60 0.14 0.15 0.59 0.13 0.42 0.15 0.34 0.33 0.71 0.69 0.76 0.32 0.26 0.30 0.16 0.41 0.09 0.19
N7 0.06 0.59 0.21 0.25 0.60 0.16 0.35 0.12 0.22 0.26 0.73 0.73 0.72 0.35 0.36 0.16 0.30 0.67 0.37 0.45
N9 0.05 0.56 0.23 0.28 0.58 0.20 0.31 0.15 0.14 0.25 0.70 0.70 0.67 0.36 0.41 0.06 0.39 0.75 0.53 0.57
O2' 0.96 0.47 1.18 1.31 0.50 1.27 0.74 1.26 0.93 0.77 0.41 0.46 0.38 1.21 1.42 1.00 1.18 1.35 1.02 1.14
O3' 0.64 0.52 0.94 1.12 0.58 0.95 0.60 0.95 0.64 0.56 0.57 0.62 0.48 0.96 1.37 0.64 0.55 0.48 0.23 0.29
O4' 0.84 1.20 0.65 0.62 1.20 0.72 0.99 0.80 0.87 0.99 1.29 1.28 1.25 0.51 0.46 0.89 0.95 1.11 1.19 1.13
O5' 0.75 0.88 0.81 1.00 0.96 0.95 0.91 1.15 0.82 0.81 0.95 1.03 0.87 0.70 1.11 0.82 1.15 1.37 1.20 1.24
OP1 0.93 1.06 0.93 1.18 1.27 1.08 1.27 1.30 1.16 1.05 1.17 1.36 0.94 0.73 1.35 1.02 1.29 1.73 1.32 1.39
OP2 0.91 0.98 1.06 1.26 0.96 1.16 0.91 1.31 0.87 0.92 0.99 0.99 1.02 1.00 1.45 0.96 1.30 1.48 1.29 1.33
P 0.90 0.95 1.05 1.30 1.05 1.18 1.04 1.38 0.97 0.94 1.01 1.10 0.92 0.93 1.51 0.97 1.38 1.66 1.37 1.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.09 0.13 0.21 0.11
C2 0.02 0.00 0.24 0.23 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.29 0.10 0.19 0.22 0.45 0.28
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.05 0.21 0.10 0.37 0.01 0.07 0.01 0.19 0.19 0.34 0.21
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.15 0.10 0.23 0.17 0.33 0.02 0.02 0.02 0.27 0.23 0.34 0.26
C4 0.02 0.00 0.10 0.16 0.00 0.10 0.01 0.23 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.21 0.08 0.36 0.47 0.71 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.16 0.05 0.04 0.12 0.10 0.02 0.04 0.00 0.04 0.13 0.07 0.05
C5 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.15 0.07 0.39 0.48 0.67 0.53
C5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.23 0.01 0.31 0.00 0.27 0.11 0.13 0.26 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.14 0.03 0.03
C6 0.03 0.01 0.11 0.15 0.03 0.16 0.01 0.27 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.15 0.09 0.31 0.34 0.46 0.37
N1 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.20 0.36 0.22
N3 0.02 0.01 0.21 0.23 0.00 0.04 0.02 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.30 0.10 0.29 0.35 0.61 0.42
N4 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.12 0.03 0.26 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.23 0.09 0.41 0.56 0.82 0.62
O2 0.05 0.01 0.37 0.33 0.01 0.10 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.29 0.41 0.13 0.12 0.14 0.38 0.19
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.09 0.01 0.15 0.07 0.29 0.00 0.07 0.03 0.10 0.12 0.23 0.09
O3' 0.05 0.29 0.07 0.02 0.21 0.04 0.15 0.05 0.15 0.12 0.30 0.23 0.41 0.07 0.00 0.03 0.29 0.26 0.32 0.27
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.10 0.09 0.13 0.03 0.03 0.00 0.19 0.20 0.16 0.17
O5' 0.09 0.19 0.19 0.27 0.36 0.04 0.39 0.02 0.31 0.18 0.29 0.41 0.12 0.10 0.29 0.19 0.00 0.04 0.03 0.01
OP1 0.13 0.22 0.19 0.23 0.47 0.13 0.48 0.14 0.34 0.20 0.35 0.56 0.14 0.12 0.26 0.20 0.04 0.00 0.00 0.01
OP2 0.21 0.45 0.34 0.34 0.71 0.07 0.67 0.03 0.46 0.36 0.61 0.82 0.38 0.23 0.32 0.16 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.11 0.28 0.21 0.26 0.52 0.05 0.53 0.03 0.37 0.22 0.42 0.62 0.19 0.09 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00